程 剛,蘭海燕
(新疆大學生命科學與技術(shù)學院新疆生物資源基因工程重點實驗室,烏魯木齊830046)
磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(PEPC)是C4光合途徑中重要的光合調(diào)控酶,催化磷酸烯醇式丙酮酸(PEP)的β-羧化并以四碳酸形式固定CO2,充當CO2泵 的 作 用[1-3]。PEPC 存 在 于 所 有 植 物、綠 藻、光合細菌、古細菌及非光合細菌中,主要參與C4及景天酸光合代謝途徑[4-5]。PEPC 在植物中主要以C4型、C3型、CAM 型 以 及 細 菌 型4 種 同 工 酶 形 式存 在[6-7]。除 了調(diào)控光 合 作 用,PEPC 還 參 與 三 羧 酸循環(huán)(TCA)中各種生物合成及氮同化過程所消耗的中間產(chǎn)物的回補反應,在植物、藻類及細菌中起到重要的非光合協(xié)調(diào)作用[8-10]。除此之外,PEPC在植物應對逆境脅迫中也發(fā)揮重要作用,如非生物脅迫中的鹽[11]、干旱[12]、低溫[13]、臭氧脅迫[14]等均能誘導PEPC 基因上調(diào)表達,參與植物抗逆反應。特別是通過轉(zhuǎn)基因方法將C4植物PEPC 基因?qū)隒3經(jīng)濟作物中,以提高其光合速率及脅迫耐受性,從而增加作物產(chǎn)量和適應性的研究已被廣泛報道。研究發(fā)現(xiàn),轉(zhuǎn)玉米PPDK 和PEPC 基因的擬南芥和水稻較對照具有更高的光合速率[15-16],干旱脅迫下,過表達PEPC 水稻較對照具有更高光耐受性[17]。在生物脅迫中,一些植物病毒能夠誘導PEPC 基因的高表達,間接幫助植物抵御病毒侵害[18]。
近年來發(fā)現(xiàn)的幾種單細胞C4植物光合碳同化模式[19],為人類進一步認識光合碳同化途徑及其進化關(guān)系提供了新證據(jù)。異子蓬(Suaeda aralocaspica)作為藜科異子蓬屬一年生鹽生植物,在中國僅分布于新疆,生長于重度鹽化荒漠,整個生活史均具極強的抗逆性[20]。異子蓬特有的單細胞C4光合途徑,能夠在單個葉肉細胞內(nèi)經(jīng)極性區(qū)隔化分布的兩種異型葉綠體進行高效光合作用[21]。因此,探索單細胞C4植物異子蓬中PEPC 的相關(guān)功能對揭示該物種高光效機制及逆境脅迫響應機制具有重要意義。前期研究中發(fā)現(xiàn)異子蓬中至少有2 種植物型PEPC(根據(jù)文獻命名為PEPC-1型和PEPC-2型),目前 獲 得 了PEPC-1 型PEPC 基 因 的cDNA 全長[22]。本 研 究 通 過 原 核 表 達 異 子 蓬PEPC-1 型PEPC 基因,分析了PEPC 在原核表達系統(tǒng)中的酶學特性,并檢測了PEPC 重組菌在非生物脅迫下的耐受性能。本研究為后續(xù)深入分析PEPC的功能及利用其改良作物光合特性和抗逆性提供參考依據(jù)。
異子蓬(Suaeda aralocaspica)種植于新疆大學新疆生物資源基因工程重點實驗室陽臺。本研究所用的菌株、質(zhì)粒和PCR 擴增用引物序列見表1。
1.2.1 cDNA 全長序列的克隆 取發(fā)育2 個月的異子蓬幼苗嫩葉0.15g,于液氮中磨碎至均勻粉末狀,用RNAprep Pure植物總RNA 提取試劑盒(天根)提取異子蓬總RNA,置-80 ℃?zhèn)溆谩?/p>
取 上 述 總RNA 1 μg,用 M-MLV 試 劑 盒(TaKaRa)反轉(zhuǎn)錄合成cDNA 第一鏈,以此作為模板,根據(jù)已報道異子蓬PEPC 基因的部分序列(DQ538353),以及近源種中相似性較高的PEPC保守編碼序列(DQ538352、AY950667)設(shè)計簡并引物(表1),獲得部分序列(缺失5′端)。PCR 反應程序為94 ℃預變性5min;94 ℃變性30s,58.8 ℃復性30s,72 ℃延伸3min,30個循環(huán)后,72℃延伸7 min。隨后,利用SMARTerTMRACE cDNA Amplification Kit(Clontech,TaKaRa)及引物GSP1和NGSP1擴增獲得PEPC 基因5′端序列。獲得的PEPC 全長cDNA 由上海Sangon公司測序。
1.2.2 PEPC生物信息學分析 用http://blast.ncbi.nlm.nih.gov程序進行序列比對,并用Clustal X 進 行 多 序 列 比 對 分 析[23]。用http://web.expasy.org/translate/在線軟件進行蛋白翻譯分析;利 用Protparam(http://web.expasy.org/protparam/)對蛋白質(zhì)基本理化性質(zhì)進行預測;Motif Scan(http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan)對蛋白質(zhì)功能位點進行預測分析;http://cello.life.nctu.edu.tw 在線軟件進行亞細胞定位預測;SignalP4.0(http://cbs.dtu.dk/services/SignalP/)預測蛋白質(zhì)信號肽序列;http://expasy.org/tools/protscale.html分析蛋白親疏水性;Predict-Protein(https://www.predictprotein.org)及Swiss-Model(http://swissmodel.expasy.org/)預測蛋白質(zhì)二級及三級結(jié)構(gòu)。
表1 菌株、質(zhì)粒和PCR 擴增所用引物Table 1 Strains,plasmids and PCR amplification primers used in this study
1.2.3 基因誘導表達及免疫印跡分析 將E.coli Transetta::pGEX-4T-1-PEPC 重 組 菌 和E.coli Transetta::pGEX-4T-1對照菌,接種于含100μg/mL氨芐青霉素的LB液體培養(yǎng)基,于37 ℃、220r/min 培 養(yǎng) 至OD6000.4~0.6,加 入0.8 mmol/L IPTG 誘導4h。離心收集5mL 菌液,用PBS(pH 7.4)緩沖液洗滌菌體2次,加入1mL PBS緩沖液,超聲波破碎菌體(功率200 W,超聲3s,間隔10s,重復10次),隨后4 ℃、12 000g離心10min,取上清及1 mL PBS 緩沖液重懸沉淀進行SDS-PAGE檢測。SDS-PAGE結(jié)束后,90V 歷時50 min將蛋白轉(zhuǎn)印至PVDF 膜。先用1∶10 000 稀釋GST Tag鼠源單克隆抗體與膜反應2h,再用1∶10 000羊抗小鼠IgG 二抗孵育2h,洗膜后加入DAB顯色液室溫避光孵育5~10 min,至出現(xiàn)目的條帶后終止顯色反應,觀察結(jié)果。
1.2.4 重組菌表達蛋白的酶活分析 用索萊寶磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶試劑盒(北京)和朗頓植物磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶酶聯(lián)免疫檢測試劑盒(上海),檢測E.coli Transetta::pGEX-4T-1-PEPC 重組菌的PEPC 酶活性和蛋白含量,以空載菌株E.coli Transetta::pGEX-4T-1 作 為 對 照。樣 品 前 處理步驟為:離心收集10mL 菌液,用PBS(pH 7.4)緩沖液洗滌菌體2 次,加入1 mL 提取液(含100 mmol/L PMSF的PBS 緩 沖 液),超 聲 波 破 碎 菌 體(功率200 W,超聲3s,間隔10s,共5min),隨后4℃、8 000g離心10min,取上清,置冰上待測。按照Deng等[24]的方法,在340nm 處檢測樣品吸光度,通過監(jiān)測NADH 的減少量來評價PEPC 酶活,每mg組織蛋白在反應體系中每分鐘消耗1nmol NADH 定義為一個酶活力單位。用生物素雙抗體夾心酶聯(lián)免疫吸附法(ELISA)評價菌體中PEPC的含量變化水平。
1.2.5 重組菌的生長和脅迫耐受性測定 重組菌生長情況測定按照Narayan等的方法[25],并做適當修改。菌體在0.8mmol/L IPTG 誘導表達4h,調(diào)節(jié)重組菌E.coli Transetta::pGEX-4T-1-PEPC 和對照 菌 株E.coli Transetta::pGEX-4T-1 的 初 始OD 值相等,按1%(v/v)的接種量2 次 轉(zhuǎn)接至含100μg/mL氨芐青霉素的新鮮LB培養(yǎng)基中,每隔2 h取樣,在600nm 處測定菌液OD 值。
重組菌E.coli Transetta::pGEX-4T-1-PEPC和對照菌株E.coli Transetta::pGEX-4T-1的非生物脅迫耐受性檢測按照Singh等方法[5],并做適當修改。將0.8mmol/L IPTG 誘導表達4h后的重組菌和對照菌株調(diào)節(jié)OD 值一致,按1%(v/v)的接種量,接種在添加有200 ~800 mmol/L NaCl、5%~20%PEG 6 000、50~400μmol/L甲基紫精以及pH 3.0~11.0的LB 液體培養(yǎng)基,于37 ℃、220r/min振蕩培養(yǎng)。溫度脅迫實驗是將誘導后培養(yǎng)物添加到LB(pH 7.0),于25℃~52℃,220r/min振蕩培養(yǎng)。所有非生物脅迫實驗每2h取樣1次,在600 nm 處 檢 測 菌 液OD 值。
實驗數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析及作圖采用GraphPad Prism 5.01軟件進行。
以異子蓬總RNA 反轉(zhuǎn)錄獲得的cDNA 為模板,通過5′-RACE和同源克隆技術(shù),對目的片段進行擴增,得到3 000bp左右條帶(圖1,A),與預期片段大小一致。
測序結(jié)果表明,PEPC 基因cDNA 全長為2 901 bp。在線蛋白翻譯分析(http://web.expasy.org/translate/)發(fā)現(xiàn),該序列具有完整讀碼框,可進行后續(xù)蛋白表達。后將PEPC 基因重組子轉(zhuǎn)化E.coli Transetta(DE3),得到重組菌E.coli Transetta::pGEX-4T-1-PEPC(圖1,B)。
圖1 異子蓬PEPC 基因cDNA 擴增(A)及重組原核表達載體pGEX-4T-1-PEPC 雙酶切鑒定(B)M1.DL 5 000;M2.DL 15 000;A.1.PEPC 基因PCR 擴增產(chǎn)物;B.1.EcoRⅠ和NotⅠ消化的pGEX-4T-1;2.EcoRⅠ和NotⅠ消化的pGEX-4T-1-PEPC 重組質(zhì)粒。Fig.1 PCR results of PEPCcDNA of S.a(chǎn)ralocaspica(A)and restriction digestion of pGEX-4T-1-PEPCvector(B)M1.DL 5 000;M2.DL 15 000;A.1.PEPCgene fragment by PCR;B.1.pGEX-4T-1digested by EcoRⅠand NotⅠ;2.Recombinant plasmid pGEX-4T-1-PEPCdigested by EcoRⅠand NotⅠ.
本研究通過生物信息學平臺系統(tǒng)分析了異子蓬PEPC的蛋白信息。ProtParam 分析發(fā)現(xiàn),異子蓬PEPC 基因編碼966 個氨基酸,理論分子量為110.2kD,等電點為6.10。該蛋白質(zhì)的主要氨基酸構(gòu)成為Leu(12.2%)、Glu(8.5%)、Arg(7.3%)、Ala(6.8%)、Asp(6.1%),推測的分子式為C4903H7801N1361O1450S37。理論不穩(wěn)定系數(shù)為38.65,屬于穩(wěn)定型蛋白。親水性及疏水性分析發(fā)現(xiàn),該蛋白多肽鏈中親水性氨基酸多于疏水性氨基酸且均勻分布,因此推測異子蓬PEPC屬于親水蛋白。
前人研究發(fā)現(xiàn),植物中C4型PEPC 的C 末端第774位或附近的1 個氨基酸殘基為保守絲氨酸(Ser),而C3型PEPC 的 相 應 位 置 則 為 丙 氨 酸(Ala)[21-22]。本研究克隆的異子蓬PEPC 在C 末端第775位氨基酸是丙氨酸(圖2),推測可能屬于C3型PEPC,并將其命名為PEPC-1型PEPC。
異子蓬PEPC 蛋白功能位點與功能域預測發(fā)現(xiàn),163~966位氨基酸之間存在一個典型PEPC 結(jié)構(gòu)域。氨基酸序列分析表明,異子蓬PEPC 含有植物型PEPC所有基本模體、保守殘基、催化位點及磷酸化和泛素化位點[26](圖2)。其中,位于N 端的11SIDAQLR17模體,在C4、CAM 及部分C3植物中參與調(diào)控植物酶活性的晝夜變化,該模體中的絲氨酸殘基為專一磷酸化位點[27]。位于C 端的963QNTG966模 體 決 定 了PEPC 最 大 催 化 活 性[28]。640GRGGTVGRGG649模體中R647殘基直接參與該酶的羧化反應[29]。根據(jù)PROSITE 數(shù)據(jù)庫分析,異子蓬PEPC氨基酸序列含有2 個大的PEPC 活性位點,分別位于169~180 氨基酸位點(PS00781,Vl-TAHPTQsiRR)和 592 ~604 氨 基 酸 位 點(PS00393,VMIGYSDSgKDAG)之間。
PEPC亞細胞定位和結(jié)構(gòu)預測結(jié)果顯示,異子蓬PEPC位于線粒體基質(zhì)空間、線粒體內(nèi)膜、線粒體間隙和葉綠體類囊體膜的可能性系數(shù)分別為0.527、0.255、0.255 和0.280。PEPC 蛋白跨膜結(jié)構(gòu)域和信號肽分析發(fā)現(xiàn),該蛋白不含信號肽,屬于非分泌型蛋白。
利用PredictProtein程序預測異子蓬PEPC 二級結(jié)構(gòu)(圖3)分析發(fā)現(xiàn),α-螺旋、無規(guī)則卷曲和延伸鏈含量分別為65.73%、30.43%和3.83%,α-螺旋和無規(guī)則卷曲大量分布,而延伸鏈稀疏地散布在其中。利用Swiss-Model程序提供的同源建模法,對異子蓬PEPC蛋白質(zhì)進行同源建模,獲得的三級結(jié)構(gòu)如圖3所示。
圖2 異子蓬PEPC氨基酸序列的分析方框標示酶催化反應中重要的結(jié)構(gòu)域;灰色背景標示保守殘基;黑色背景標示功能位點;下劃線標示模體Fig.2 Analysis of amino acid sequence of PEPC fromS.a(chǎn)ralocaspica Boxes indicate the important catalytic domains;Gray and black indicate the conserved residues and functional sites,respectively;Underline sequences mean motifs
圖3 異子蓬PEPC三級結(jié)構(gòu)預測Fig.3 The predicted tertiary structure of PEPC protein
SDS-PAGE結(jié)果顯示,重組菌E.coli Transetta::pGEX-4T-1-PEPC 樣品在130kD 處有差異表達條帶(PEPC 110kD+GST 26kD),表明構(gòu)建原核表達載體正確(圖4,A)。取超聲處理后菌體上清及沉淀進行蛋白可溶性檢測(圖4,B)。結(jié)果表明目的蛋白主要以包涵體形式存在于沉淀中。
Western印跡結(jié)果發(fā)現(xiàn),重組菌和對照菌E.coli Transetta::pGEX-4T-1 經(jīng)IPTG 誘導后分 別檢測到GST 融合蛋白(130kD)和GST 標簽(26 kD),且重組菌未誘導情況下也檢測到較弱條帶,說明PEPC存在本底表達(圖4,C)。
圖4 PEPC重組蛋白的SDS-PAGE及Western blot分析A 和B.SDS-PAGE分析:M1.蛋白質(zhì)分子量對照;1.重組菌誘導前;2.重組菌誘導后;3.重組菌誘導前總蛋白;4.重組菌誘導前上清;5.重組菌誘導前上清;6.重組菌誘導后總蛋白;7.重組菌誘導后沉淀;8.重組菌誘導后上清;C.Western blot分析:M2.預染蛋白質(zhì)分子量對照;9.對照菌誘導后;10.重組菌誘導后。箭頭所示為PEPC重組蛋白條帶。Fig.4 Analysis of the recombinant PEPC protein by SDS-PAGE and Western blot A and B.SDS-PAGE analysis of recombinant PEPC protein.M1.Protein molecular weight marker;1.Un-induced recombinant E.coli Transetta::pGEX-4T-1-PEPC;2.Induced recombinant E.coli Transetta::pGEX-4T-1-PEPC;3.Total crude extract of un-induced recombinant strains;4.Insoluble fraction of un-induced recombinant strains;5.Soluble fraction of un-induced recombinant strains;6.Total crude extract of induced recombinant strains;7.Insoluble fraction of induced recombinant strains;8.Soluble fraction of induced recombinant strains;C.Western blot analysis of recombinant PEPC protein.M2.Prestained protein molecular weight marker;9.Induced control E.coli Transetta::pGEX-4T-1;10.Induced recombinant E.coli Transetta::pGEX-4T-1-PEPC.The arrow indicates the target recombinant PEPC protein.
本研究采用酶聯(lián)免疫吸附技術(shù)和分光光度法,對E.coli Transetta::pGEX-4T-1-PEPC 重 組 菌PEPC蛋白含量及活性進行了測定。結(jié)果表明,重組 菌經(jīng)0.8mmol/L IPTG誘導4h,PEPC含量達0.19ng/mL,分別是非誘導組和對照組的2.01和29.69倍(圖5)。PEPC活性為176.13U/mg,分別是非誘導組和對照組的2.35和5.38倍。該結(jié)果表明通過IPTG 誘導,重組菌表達了目的蛋白PEPC且具有活性。非誘導重組菌中PEPC 基因有少量泄漏表達,因此與對照菌相比檢測到一定的PEPC含量及活性。
為 了 驗 證PEPC 重 組 菌E.coli Transetta::pGEX-4T-1-PEPC 在不同非生物脅迫下的耐受性,本研究檢測了200~800mmol/L NaCl、5%~20%PEG6000、25 ℃~52 ℃、50~400μmol/L甲基紫精和pH 3.0~11.0等不同條件下的菌體生長(圖6,A~E)。結(jié)果顯示,在400mmol/L NaCl處理12h時,重組菌液OD600值是對照的1.58 倍。在10%PEG 6 000、25 ℃、75μmol/L 甲基紫精和pH 9.0脅迫下,重組菌分別是對照的1.25、2.73、1.92和1.82倍。并且,隨著脅迫增強,重組菌的生長呈現(xiàn)優(yōu)于對照菌的趨勢。以上結(jié)果表明,過量表達PEPC能夠賦予宿主菌更好的耐受非生物脅迫的能力。
圖5 異子蓬PEPC蛋白含量和活性測定1.對照菌非誘導;2.重組菌非誘導;3.重組菌誘導后;圖中數(shù)據(jù)為平均值±SD(n=3);下同。Fig.5 The protein content and enzyme activity of PEPC fromS.a(chǎn)ralocaspica 1.Un-induced control E.coli Transetta::pGEX-4T-1;2.Un-induced recombinant E.coli Transetta::pGEX-4T-1-PEPC;3.Induced recombinant E.coli Transetta::pGEX-4T-1-PEPC;Bar represents mean±SD of three replicates;The same as below.
本研究進一步探討了400 mmol/L NaCl、10%PEG 6 000、25 ℃、75μmol/L 甲基紫精、pH 9.0等單一非生物脅迫條件下菌體生長情況(圖7,B~F)。結(jié)果顯示,在正常條件下(37℃、pH 7.0),重組菌和對照菌生長沒有差異,10h 后基本達到平穩(wěn)期(圖7,A)。在脅迫條件下,除10%PEG 6 000以外,12 h兩者菌體生長量均有顯著差異,并且對照菌的生長受到明顯脅迫抑制。以上結(jié)果表明,PEPC 基因的表達促進了菌體在非生物脅迫下的生長。
圖6 非生物脅迫下的菌體生長檢測Fig.6 Strains growth under various abiotic stresses
圖7 E.coli Transetta::pGEX-4T-1-PEPC 重組菌在不同非生物脅迫下的生長檢測Fig.7 Growth of the recombinant E.coli Transetta::pGEX-4T-1-PEPC under different abiotic stresses
盡管PEPC 基因在C3或具花環(huán)結(jié)構(gòu)的C4植物中已被廣泛研究,但在單細胞C4植物中的研究鮮見報道。本研究克隆了單細胞C4植物異子蓬PEPC 基 因cDNA全 長 序 列,包 含2 9 0 1bp個 核 苷酸,編碼966個氨基酸,序列中含有多個PEPC已知模體、保守殘基、酶催化位點、磷酸化和泛素化位點及兩個大的PEPC 活性位點[22]。氨基酸序列多重比對發(fā)現(xiàn),異子蓬PEPC 序列與甜菜(Beta vulgaris)、五色莧(Alternanthera ficoidea)及蓮子草(Alternanthera sessilis)的同源性最高,均達90%以上[22]。通過生物信息學方法對異子蓬PEPC 蛋白質(zhì)理化性質(zhì)、結(jié)構(gòu)及功能位點等預測分析發(fā)現(xiàn),異子蓬PEPC同其他種屬植物型PEPC類似[30-31]。該蛋白主要分布于線粒體基質(zhì),屬于無跨膜結(jié)構(gòu)域和信號肽的非分泌蛋白。對其三級空間結(jié)構(gòu)分析顯示,異子蓬PEPC主要以α-螺旋為主,其酶催化反應結(jié)構(gòu)域位于蛋白中心位置,符合酶活性中心局限于大分子一定區(qū)域的規(guī)律[32]。
經(jīng)免疫印跡檢測原核表達的130 kD 重組GST-PEPC蛋白主要以包涵體形式存在,在菌體裂解后上清及未誘導情況下也有少量表達。本實驗克隆的異子蓬PEPC 屬PEPC-1型,其體外重組酶活性檢測顯示,底物PEP能夠在PEPC及蘋果酸脫氫酶催化下,通過消耗NADH 最終生成蘋果酸,該結(jié)果與Park等研究結(jié)果一致 。眾所周知,PEPC作為重要的光合關(guān)鍵酶在植物中被廣泛研究。C4型PEPC在C4光合途徑中催化PEP 結(jié)合大氣中CO2形成四碳酸,后經(jīng)脫羧作用釋放CO2,并將其供給C3循 環(huán) 使 用,起 到 了CO2濃 縮 作 用[5,9,22]。C3型(和/或根型)PEPC 在C3及C4植物中則可能在三羧酸循環(huán)的中間物質(zhì)的回補反應中行使重要功能,包括草酰乙酸(OAA)、蘋果酸等[5]。
已有大量報道集中在PEPC 抗逆功能的研究。在轉(zhuǎn)基因植物中過量表達C4植物PEPC,能不同程度地增強植物抵御和適應外界脅迫的能力。除了增強植物耐旱[34-35]、耐鹽[11]、耐高 溫[17]等能力 外,Beguma等[36]發(fā)現(xiàn),轉(zhuǎn)PEPC 基因水稻具有耐受重金屬毒害的能力。此外,在E.coli中過量表達PEPC基因有利于細胞抵御逆境脅迫[5,33]。本研究也發(fā)現(xiàn)原核表達的PEPC蛋白在NaCl、PEG 6 000、甲基紫精(MV)、pH 3.0~11.0 的脅迫下能促進菌體生長,由此推測PEPC 在非生物脅迫下參與了E.coli耐受非生物脅迫的脅迫生理過程,該結(jié)果與Singh等研究結(jié)果相符[5]。推測PEPC參與脅迫應答可能存在兩種機制,一是PEPC能夠催化PEP生成OAA 和/或隨后的蘋果酸,OAA 在TCA 循環(huán)中起重要的回補反應[37-38];二是菌體內(nèi)積累大量的蘋果酸能夠作為滲透調(diào)節(jié)物質(zhì)幫助抵御脅迫產(chǎn)生的細胞損傷[39-40]。因此,PEPC作為一種重要的酶,能夠促進菌體積極應對逆境脅迫。這進一步佐證了PEPC抗逆性能研究在生物逆境生理研究領(lǐng)域的重要性。
本研究原核表達了異子蓬PEPC-1 型PEPC基因,該基因的異源表達提高了E.coli耐受非生物逆境脅迫的能力。因此,本研究將為PEPC 逆境生理和逆境生物的工程改造提供了信息。
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