公司制基金管理公司是依照《中華人民共和國公司法》設(shè)立的基金管理公司，投資人通過投資成為公司股東，以出資額為限承擔(dān)公司責(zé)任和享有《公司法》所規(guī)定的一切股東權(quán)利。

有限合伙制基金管理公司是依照《中華人民共和國合伙企業(yè)法》設(shè)立合伙企業(yè)，投資人分為有限合伙人和普通合伙人：有限合伙人（Limited Partner，簡稱LP）以其認(rèn)繳的出資額為限對合伙企業(yè)債務(wù)承擔(dān)責(zé)任；普通合伙人（General Partner，簡稱GP）對合伙企業(yè)債務(wù)承擔(dān)無限連帶責(zé)任。有限合伙的核心機制是為專業(yè)投資人才建立有效的激勵及約束機制。激勵主要表現(xiàn)在：在出資比例方面，有限合伙人（LP）出資比例很高，普通合伙人（GP）出資比例很低；而在收益分配方面，有限合伙人能夠獲得收益的80%，普通合伙人能夠獲得收益的20%。約束主要表現(xiàn)在：有限合伙人以出資額為限對企業(yè)債務(wù)承擔(dān)有限責(zé)任；普通合伙人在已收到的管理費，以及所投資的項目退出后分配的利潤中，拿出一定比例的資金存入特定賬戶，在基金或某些投資項目虧損或達不到最低收益時，用于彌補虧損或補足收益的機制，即回?fù)軝C制。

基金管理的兩種不同設(shè)立方式，決定了各自的優(yōu)劣勢：

一、成立基礎(chǔ)和承擔(dān)責(zé)任分析

公司制基金管理公司要遵循《公司法》，具有獨立的法人主體資格，股東以其認(rèn)繳的出資額為限，對公司承擔(dān)責(zé)任。

合伙制基金管理公司要遵循《合伙企業(yè)法》關(guān)于企業(yè)合伙的相關(guān)規(guī)定，不具有獨立的法人主體資格。有限合伙企業(yè)由普通合伙人和有限合伙人組成，普通合伙人對合伙企業(yè)債務(wù)承擔(dān)無限連帶責(zé)任，有限合伙人以其認(rèn)繳的出資額為限對合伙企業(yè)債務(wù)承擔(dān)責(zé)任。按《合伙企業(yè)法》第三條規(guī)定，“國有獨資公司、國有企業(yè)、上市公司以及公益性的事業(yè)單位、社會團體不得成為普通合伙人?！敝荒艹蔀橛邢藓匣锶耍诤匣锲髽I(yè)中承擔(dān)所出資有限責(zé)任。

二、從稅收分析

自然人股東在公司制基金管理公司所得稅方面存在雙重征稅的情況，一方面公司制基金管理公司作為法人主體，需要依法繳納企業(yè)所得稅；另一方面如自然人作為公司股東在分紅后還要繳納個人所得稅。國有企業(yè)在投資公司制基金管理公司所得稅方面不存在雙重征稅問題，收到基金管理公司在繳納所得稅后分配的凈利潤時，稅務(wù)機關(guān)將根據(jù)雙方執(zhí)行的所得稅率情況進行清算，如同為25%的所得稅率，即不存在一分錢的重復(fù)征收。

合伙制基金管理公司在稅收方面不存在雙重稅收的情況。合伙企業(yè)作為非法人機構(gòu)，不需要繳納企業(yè)所得稅；僅僅是合伙人在進行利潤分配后如為自然人需繳納個人所得稅，公司制合伙人將分紅收入并入該企業(yè)收入計算繳納企業(yè)所得稅。

三、從設(shè)立和退出成本分析

公司制基金管理公司需要在工商行政管理部門進行登記注冊，設(shè)立程序較為復(fù)雜。如果投資人希望結(jié)束投資，退出程序也較為復(fù)雜，所需時間也較長。

合伙制基金管理公司與公司制基金管理公司類似，也需要經(jīng)過一定的設(shè)立程序。在投資人退出方面，合伙制基金管理公司相對較更為簡便。

四、從激勵機制分析

公司制的一個顯著不足就是對基金管理公司經(jīng)理的激勵機制可能存在不足的情況。在公司制基金管理公司中，收入的多少和投資人的股權(quán)比例相匹配，而作為基金實際管理者的基金管理公司經(jīng)理，可能由于持股比例較低或者公司業(yè)績激勵不足而導(dǎo)致收入較低。

有限合伙制相對于公司制的一個顯著優(yōu)點就是激勵機制到位明晰。目前的市場慣例是：在出資比例方面，有限合伙人（LP）出資很高，普通合伙人（GP）出資很低；而在收益分配方面，有限合伙人能夠獲得收益的80%，普通合伙人能夠獲得收益的20%；在責(zé)任承擔(dān)方面，有限合伙人以出資額為限對企業(yè)債務(wù)承擔(dān)有限責(zé)任，而普通合伙人承擔(dān)無限責(zé)任。這種組織方式較好地保證了對普通合伙人的激勵。

綜上，公司制和有限合伙制基金管理公司這兩種形式各有千秋：有限合伙的優(yōu)勢突出在激勵和運作機制靈活自由，避免對個人股東雙重征稅，是個人投資者的較好選擇；公司制的優(yōu)勢突出在按法人治理結(jié)構(gòu)運作，股東出資多則對公司控制力強。國有投資人如選擇有限合伙制的設(shè)立形式，因法律規(guī)定國有投資人不能出任GP，對合伙企業(yè)沒有控制力，那么，國有投資人對GP的選擇就非常關(guān)鍵，一般應(yīng)采用公開比選的方式，并通過律師事務(wù)所等中介機構(gòu)，對GP的實力、能力和誠信等各方面進行資信調(diào)查等方式，防范投資風(fēng)險。