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        基于nad5 基因分析黑斑蛙裂頭蚴種系發(fā)育關(guān)系

        2015-03-09 05:40:44王先坤鄧興珍劉譚彬
        關(guān)鍵詞:絳蟲(chóng)分支線粒體

        李 暉,王先坤,鄧興珍,劉譚彬,譚 磊,劉 偉*

        (1.湘西民族職業(yè)技術(shù)學(xué)院,湖南 吉首 416000;2.湖南農(nóng)業(yè)大學(xué) 動(dòng)物醫(yī)學(xué)學(xué)院,湖南 長(zhǎng)沙 410128;3.沅陵縣畜牧水產(chǎn)局,湖南 懷化 419600)

        裂頭蚴(Sparganum)屬于假葉目,雙葉槽科,裂頭屬。并且是絳蟲(chóng)的幼蟲(chóng)階段。裂頭蚴的感染地區(qū)主要以亞洲南部為主,特別是在一些發(fā)展中國(guó)家感染尤為突出。裂頭蚴主要以感染犬、貓為主,也能感染人,是一種人畜共患的寄生蟲(chóng)病。裂頭蚴在宿主中的寄生部位因宿主不同而存在差異,例如:在豬、蛇、蛙等宿主主要是寄生在皮下、粘膜和肌肉,偶見(jiàn)于豬的膽管內(nèi)。而在貓、犬、人等宿主則以寄生在小腸內(nèi)為主[1-4]。

        隨著時(shí)間的推移,很多寄生蟲(chóng)在形態(tài)學(xué)上發(fā)生了改變,所以傳統(tǒng)的鑒定方法已經(jīng)不能有效的進(jìn)行分類。而此時(shí),分子標(biāo)記已經(jīng)在寄生蟲(chóng)學(xué)的分類學(xué)中被廣泛應(yīng)用。近年來(lái),線粒體DNA(mtDNA)作為一種核外遺傳物質(zhì),具有分子量小、結(jié)構(gòu)簡(jiǎn)單、進(jìn)化速度快、母性遺傳、無(wú)組織特異性等特點(diǎn),使之成為研究寄生蟲(chóng)系統(tǒng)進(jìn)化的一種理想的分子標(biāo)記[5-6]。利用PCR 方法并結(jié)合DNA 序列分析,首次系統(tǒng)地對(duì)蛙裂頭蚴線粒體利用線粒體nad5 基因的序列進(jìn)行多態(tài)性研究,并利用nad5重構(gòu)裂頭蚴與其他絳蟲(chóng)蚴的種群遺傳關(guān)系,從而明確裂頭蚴線粒體nad5 基因序列能否成為理想的種間遺傳標(biāo)記,從而為裂頭蚴的種群體遺傳學(xué)研究和其相關(guān)疾病的診斷奠定了基礎(chǔ)[7-10]。

        1 材料和方法

        1.1 蟲(chóng)體樣品 9 個(gè)黑斑蛙裂頭蚴樣品采自湖南張家界(SeZJJ)、湖南星沙(SeXS)、湖南衡陽(yáng)(SeHY)、湖南株洲縣(SeZZX)、湖南望城(SeWC)、湖南邵陽(yáng)(SeSY)、湖南瀏陽(yáng)(SeLY)、湖南長(zhǎng)沙(SeCS)、湖南醴陵(SeLL),分別保存于70 %酒精中。

        1.2 主要試劑 Taq DNA 聚合酶及相關(guān)試劑購(gòu)自TaKaRa 公司;蛋白酶K 購(gòu)自Merck 公司;WizardTMDNA Clean-up System 試劑盒和基因組DNA 提取試劑盒(Wizard SV GenomicDNA Purification System)購(gòu)自Promega 公司。引物由上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司合成。

        1.3 目的DNA 片段擴(kuò)增 利用DNA 提取試劑盒提取裂頭蚴基因組DNA,以其為模板,按照文獻(xiàn)[11]設(shè)計(jì)合成一對(duì)引物(5'-TCATACTGGGTCTATCA GGTGTT-3'/5'-ACAGCAAAGTTAGGGGGTAATAGG T-3'),進(jìn)行nad5 基因片段的PCR 擴(kuò)增,預(yù)期擴(kuò)增片段為510 bp。反應(yīng)體系為50 μL,擴(kuò)增條件為:94 ℃5 min;94 ℃30 s、51 ℃30 s、72 ℃30 s,共38 個(gè)循環(huán);72 ℃5 min。PCR 產(chǎn)物經(jīng)1 %瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)。

        1.4 nad5 基因片段序列測(cè)定和序列分析 PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物由上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司測(cè)序,9 個(gè)樣品的測(cè)序結(jié)果采用DNAStar 5.0 軟件進(jìn)行分析,并與GenBank 中登錄的代表性的裂頭蚴nad5序列進(jìn)行比較,以胎生網(wǎng)尾線蟲(chóng)(D.viviparus)作為外群。利用Clustal X2.0 及Mega 4.1 軟件對(duì)擴(kuò)增的nad5 序列進(jìn)行比對(duì),并利用Mega 4.1 程序中的臨接法(Neighbor-joining method,NJ)構(gòu)建種系發(fā)育樹(shù)。NJ 法在軟件默認(rèn)設(shè)置下進(jìn)行分析;同時(shí)利用DNAStar 5.0 中的Megalign 程序進(jìn)行相似性分析。

        2 結(jié)果與討論

        2.1 目的DNA 片段的擴(kuò)增結(jié)果 9 個(gè)黑斑蛙裂頭蚴樣品均擴(kuò)增出約510 bp nad5,與預(yù)期目的片段長(zhǎng)度相符,并且無(wú)非特異性片段,空白對(duì)照為陰性(圖1)。

        圖1 裂頭蚴線粒體p nad5 PCR 擴(kuò)增結(jié)果Fig.1 Amplification of mtDNA nad5 gene fragment from frog sparganum by PCR

        2.2 測(cè)序與序列分析結(jié)果 測(cè)序結(jié)果顯示,擴(kuò)增的蛙裂頭蚴nad5 片段大小為510 bp,對(duì)9 條黑斑蛙裂頭蚴nad5序列進(jìn)行了種內(nèi)比較,結(jié)果顯示,9 個(gè)不同個(gè)體間的nad5序列的差異為0~3 %,分離株之間的nad5序列相差21 bp,其差異主要是以堿基替換為主。湖南省各分離株之間相應(yīng)序列的相似性在97 %以上,湖南分離株與基因庫(kù)中其它裂頭蚴nad5序列的相似度均低于89 %。

        2.3 nad5 基因序列系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)的構(gòu)建 通過(guò)種系發(fā)育分析顯示,利用NJ 法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)。結(jié)果顯示,湖南9 株分離株中,有5 株(SeCS、SeLL、SeHY、SeZJJ 和SeZZX)位于同一分支,并且同源性為100 %。而其余4 株湖南分離株(SeSY、SeLY、SeXS 和SeWC)與闊節(jié)裂頭絳蟲(chóng)(D.latum)位于另一分支,這4 株湖南分離株同源性為96 %,而與闊節(jié)裂頭絳蟲(chóng)的同源性為89 %(圖2)。系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)中的Bootstrap 值較高。湖南省各分離株之間相隔較近,但與其他絳蟲(chóng)所屬分支相隔較遠(yuǎn),具有鑒別意義。

        圖2 基于nad5 基因序列所構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)Fig.2 The Bootstrap consensus phylogram of the stationary tree reconstructed by NJ based on the nad5 sequences

        本研究結(jié)果表明,蛙裂頭蚴湖南省分離株序列與基因庫(kù)中的D.latum 的序列均有相當(dāng)高的相似性(p nad5 為96.4 %),9 個(gè)蛙裂頭蚴湖南省分離株與基因庫(kù)中其它絳蟲(chóng)序列相比,相似性較低nad5 為89 %。采用NJ 法構(gòu)建的進(jìn)化樹(shù)與其具有一致性,顯示出湖南省分離株與D.latum 位于同一大分支,9個(gè)分離株所屬分支與其他絳蟲(chóng)所屬分支相隔較遠(yuǎn)。本研究結(jié)果表明,蛙裂頭蚴湖南省分離株nad5 序列的種內(nèi)相對(duì)保守,種間差異相對(duì)較大,說(shuō)明nad5 序列能夠作為蛙裂頭蚴的遺傳分子標(biāo)記用于蛙裂頭蚴的分類學(xué)和鑒別鑒定研究。本研究結(jié)果填補(bǔ)了國(guó)內(nèi)關(guān)于蛙裂頭蚴nad5 序列研究的空白,為蛙裂頭蚴的分類鑒定以及進(jìn)一步的分子流行病學(xué)調(diào)查和群體遺傳研究奠定了基礎(chǔ)。

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