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        抗HIV感染治療模型及臨床數(shù)據(jù)模擬

        2015-02-24 05:12:56孫起麟閔樂泉
        計算機工程與應(yīng)用 2015年5期
        關(guān)鍵詞:載量平衡點計數(shù)

        孫起麟 ,閔樂泉 ,2

        1.北京科技大學(xué) 自動化學(xué)院,北京 100083

        2.北京科技大學(xué) 數(shù)理學(xué)院,北京 100083

        1 引言

        據(jù)世界衛(wèi)生組織2014年7月發(fā)布的艾滋?。ˋIDS)疫情報道:艾滋病仍然是一個嚴重的全球公共健康問題,截至目前全世界共有超過3 900萬人感染過艾滋病病毒(HIV);在2013年中,全球共有150萬人死于艾滋??;有效的抗逆轉(zhuǎn)錄病毒藥物治療能夠控制病情,使得HIV感染者可以享有健康的生活[1]。

        數(shù)學(xué)模型已經(jīng)成為病毒感染動力學(xué)研究中重要的研究工具,用以做出假設(shè),提出新的實驗,或者對復(fù)雜過程進行簡單解釋[2]。例如,數(shù)學(xué)模型能夠?qū)Σ《据d量在體內(nèi)變化的動力學(xué)進行合理解釋分析,并且在深入了解疾病和藥物治療中起到重要作用[3]。

        Nowak等提出的病毒感染動力學(xué)模型已經(jīng)被廣泛用于研究HIV感染動力學(xué)[4-6]:

        其中x,y和v分別表示未感染CD4+T細胞計數(shù),已感染CD4+T細胞計數(shù)和HIV病毒載量。λ為未感染CD4+T細胞固有生成率;dx為未感染CD4+T細胞凋亡率;βxv為未感染CD4+T細胞被病毒感染的速率;ay為已感染CD4+T細胞凋亡率;ky為已感染CD4+T細胞產(chǎn)生病毒的復(fù)制率。uv為病毒的死亡率。這里λ,d,β,a,k,u均為正常數(shù)。

        模型式(1)有兩個平衡點:病毒清除平衡點和持續(xù)帶毒平衡點。模型式(1)的基本再生數(shù)為:R0=λβk/dau,表示一個已感染CD4+T細胞在生命周期內(nèi)復(fù)制釋放出新病毒感染的靶細胞總數(shù)。當(dāng)R0≤1,則模型式(1)的病毒清除平衡點全局漸近穩(wěn)定;當(dāng)R0>1,則模型式(1)的持續(xù)帶毒平衡點全局漸近穩(wěn)定[7]。

        在模型式(1)的基本再生數(shù)R0中,λ/d代表人體內(nèi)未感染CD4+T細胞的總數(shù),這就意味著體內(nèi)CD4+T細胞總數(shù)越大的人越難以治愈。顯然模型式(1)導(dǎo)出的基本再生數(shù)R0不合理,因此需要對模型式(1)進行修正。為此,文獻[8]提出了運用飽和發(fā)生率βxv/(x+v)替換病毒感染模型的雙線性發(fā)生率βxv,修正模型的基本再生數(shù)R0與靶器官細胞總數(shù)無關(guān)。

        在模型式(1)中未感染CD4+T細胞的凋亡率dx表示CD4+T細胞凋亡僅與人體固有的細胞生命周期相關(guān)。然而,HIV能夠通過不同的機制分別誘導(dǎo)CD4+和CD8+T細胞凋亡[9]。而且,一定比例的CD4+T細胞被誘導(dǎo)凋亡說明HIV誘導(dǎo)凋亡可能是導(dǎo)致CD4+T細胞數(shù)量減少的一個重要機制;此外,HIV誘導(dǎo)CD4+T細胞凋亡的機制直接與病毒載量和CD4+T細胞計數(shù)相關(guān)[10]?;谏鲜鲇懻?,本文假設(shè)模型式(1)中的CD4+T細胞凋亡率dx被替換為dx(1+k1v),該修正凋亡率包含CD4+T細胞固有凋亡和有HIV誘導(dǎo)CD4+T細胞凋亡機制。

        2 抗HIV感染治療模型

        基于模型式(1),本文運用文獻[8]提出的飽和發(fā)生率βxv/(x+v)和含有細胞凋亡誘導(dǎo)機制的凋亡率dx(1+k1v)得到一個改進的HIV感染模型:

        其中變量x,y,v和參數(shù)λ,d,β,a,k,u的含義與模型式(1)相同。k1為HIV誘導(dǎo)細胞凋亡的誘導(dǎo)率。

        目前,抗病毒藥物在對HIV病毒的抑制方面起到不可忽視的作用,已研發(fā)出治療HIV的藥物有逆轉(zhuǎn)錄酶抑制劑和蛋白酶抑制劑;逆轉(zhuǎn)錄酶抑制劑和蛋白酶抑制劑分別作用在β和k[11]。因此,模型式(2)所對應(yīng)的抗HIV感染治療模型為:

        其中變量x,y,v和參數(shù)λ,d,β,a,k,u,k1的含義與模型式(2)相同。m,n(0<m,n<100%)表示治療效果參數(shù)。

        模型式(3)有兩個平衡點:

        是病毒清除平衡點,表示患者體內(nèi)HIV被清除。其中x0=λ/d。

        是持續(xù)帶毒平衡點,表示患者體內(nèi)HIV持續(xù)感染。其中:

        其中:

        是模型式(3)的基本再生數(shù),且與人體內(nèi)CD4+T細胞總數(shù)無關(guān)。

        3 平衡點穩(wěn)定性分析

        假設(shè)模型存在平衡點Q,若存在包含Q的鄰域S(δ),當(dāng)初始值Q0∈S(δ)時,隨著時間趨于無窮,模型的解無限趨近于平衡點Q,則平衡點Q為小范圍漸近穩(wěn)定(局部漸近穩(wěn)定);當(dāng)初始值Q0∈Rn時,隨著時間趨于無窮,模型的解始終無限趨近于平衡點Q,則平衡點Q為大范圍漸近穩(wěn)定(全局漸近穩(wěn)定)[12]。

        常用于判別平衡點局部漸近穩(wěn)定的方法有特征值正負判別和Routh-Hurwitz判別定理[13-14]。常用于判別平衡點全局漸近穩(wěn)定的方法有Lyapunov穩(wěn)定性定理和LaSalle不變集原理[15-17]。

        本章首先討論模型式(3)解的有界性,然后分別論證平衡點Q1和平衡點Q2的穩(wěn)定性。

        3.1 解的有界性

        容易證明在初始值為x(0)>0,y(0)>0,v(0)>0的條件下,模型式(3)的解在t>0時全為正。因此,模型式(3)的解存在于非負集合:

        根據(jù)模型式(3)前兩個等式,可以得到:

        則可以得到:

        因此x(t),y(t)是有界的。根據(jù)模型式(3)第三個等式:

        則可以得到:

        因此v(t)也是有界的。綜上得到D的一個有界子集:

        3.2 病毒清除平衡點Q1的穩(wěn)定性

        首先運用特征值正負判別討論模型式(3)病毒清除平衡點Q1的局部漸近穩(wěn)定性,然后運用Lyapunov函數(shù)和LaSalle不變集原理討論平衡點Q1的全局漸近穩(wěn)定性。

        定理1若R0<1,則模型式(3)的病毒清除平衡點Q1局部漸近穩(wěn)定。

        證明模型式(3)在平衡點Q1處的Jacobi矩陣為:

        其特征方程為:

        化簡上式為:

        求解上式得到:

        求解式(8)得到:

        因此,若R0<1則有λ2<0和λ3<0,所以模型式(3)的病毒清除平衡點Q1是局部漸近穩(wěn)定的。

        定理2若R0<1,則模型式(3)的病毒清除平衡點Q1在Ω內(nèi)全局漸近穩(wěn)定。

        證明構(gòu)造Lyapunov函數(shù):

        構(gòu)造Lyapunov函數(shù):

        其中,λ=dx0,Q1=(x0,0,0),則

        因為λ=dx0,則有:

        因為算術(shù)平均數(shù)大于或等于幾何平均數(shù),則有:

        可以得到在E1中有≤0 。當(dāng)且僅當(dāng)x=x0,y=0時,=0。因此,在E1中存在一個最大不變吸引子集:

        綜上所述,若R0<1,則模型式(3)的病毒清除平衡點Q1在Ω內(nèi)是全局漸近穩(wěn)定的。

        3.3 持續(xù)帶毒平衡點Q2的穩(wěn)定性

        運用Routh-Hurwitz判別定理討論模型式(3)持續(xù)帶毒平衡點Q2的局部漸近穩(wěn)定性。

        定理3若R0>1,則模型式(3)的持續(xù)帶毒平衡點Q2局部漸近穩(wěn)定。

        證明模型式(3)在平衡點Q2處的Jacobi矩陣為:

        其特征方程為:

        化簡上式為:

        記作:

        則有:

        根據(jù)式(10),式(11)和式(12),計算a1a2-a3得到:

        當(dāng)R0>1時,模型式(3)存在平衡點Q2,并且可以得到:a1a2-a3>0 和a3>0,即H2>0,H3>0,則 Routh-Hurwitz判別定理得以滿足。因此,若R0>1模型式(3)的持續(xù)帶毒平衡點Q2局部漸近穩(wěn)定。

        4 抗HIV感染治療數(shù)值模擬

        基于斯坦福大學(xué)HIV耐藥性數(shù)據(jù)庫的臨床數(shù)據(jù)和計算機模擬平臺Matlab,運用模型式(3)模擬一組患者抗HIV感染治療動力學(xué)。

        4.1 抗HIV感染藥物組合治療

        Baxter等報道了一項HIV耐藥性的隨機性研究,該研究中所有患者均接受了抗HIV感染藥物組合治療,且藥物的組合由蛋白酶抑制劑和逆轉(zhuǎn)錄酶抑制劑構(gòu)成[18-19]。所有患者均在第0、4、8、12周進行了血液檢測,每次檢測都包括血液中CD4+T細胞計數(shù)和HIV RNA載量[18-19]。

        根據(jù)使用藥物的不同,從Baxter研究中選出一組患者。該組共15名患者,服用的蛋白酶抑制劑為利托那韋(RTV)和沙奎那韋(SQV),逆轉(zhuǎn)錄酶抑制劑為司坦夫定(D4T)。運用模型式(3)對該組患者抗HIV感染治療進行數(shù)值模擬,并對該組患者抗HIV感染治療療效做長期預(yù)測。

        4.2 RTV+SQV+D4T組合治療模擬

        首先確定模型式(3)參數(shù)取值或取值范圍:

        (1)正常CD4+T細胞凋亡的半衰期為50 d[20],可以得到d=-ln(0.5)/50≈0.013 9。

        (2)因為健康人體內(nèi)平均含有830/μl CD4+T細胞[21],則有λ=d×830≈0.013 9×830=11.537 0。

        (3)因為具有復(fù)制病毒能力的已感染CD4+T細胞存活時間短,其半衰期大約為1.2 d[22],則有a=-ln(0.5)/1.2≈0.577 6。

        (4)因為 HIV 在血液中的半衰期為 1~2 d[22],則有u=-ln(0.5)/1.5≈0.462 1。

        (5)根據(jù)文獻[23],得到其他參數(shù)的取值范圍:β∈[2.5 × 10-4,0.5],k∈[2,1 250],m∈[0,1],n∈[0,1]。

        運用患者的臨床數(shù)據(jù),確定了以下參數(shù)取值:β=6×10-2,k=34 ;參數(shù)k1,m,n和基本再生數(shù)R0不同時間的變化取值見表1。

        表1 不同時間的k1,m,n和 R0取值

        運用模型式(3)對RTV+SQV+D4T組合治療進行模擬,數(shù)值模擬結(jié)果見圖1和2。

        圖1 抗HIV感染治療模擬CD4+T細胞計數(shù)變化

        圖2 抗HIV感染治療模擬HIV RNA載量變化

        通過圖1和2,可以得到治療前3周的抗HIV感染治療使得患者的基本再生數(shù)R0從7.643 1降至0.672 6,且HIV對CD4+T細胞凋亡誘導(dǎo)作用較小。因此,患者的平均HIV RNA載量快速下降,平均CD4+T細胞計數(shù)快速回升,并逼近病毒清除平衡狀態(tài)。

        第3周之后,HIV對CD4+T細胞凋亡誘導(dǎo)作用加劇,導(dǎo)致患者平均CD4+T細胞計數(shù)開始下降,但抗HIV感染治療沒有惡化,患者的R0保持不變,平均HIV RNA載量沒有反彈。然而,HIV耐藥性在第4周后出現(xiàn),使得藥物療效參數(shù)n從0.84降至0.759,該組患者的R0從0.672 6升至1.013 1。因此,患者平均HIV RNA載量緩慢反彈,平均CD4+T細胞計數(shù)持續(xù)下降,并逼近新的持續(xù)帶毒平衡狀態(tài)。

        第8周之后,HIV耐藥性增強,使得藥物療效參數(shù)m從0.45降至0.449,n從0.759降至0.755。該組患者的R0從1.013 1升至1.031 8。由于藥物抑制HIV感染作用減弱,更多HIV參與感染CD4+T細胞,所以HIV對CD4+T細胞凋亡誘導(dǎo)作用輕微減弱,但仍強于初始水平。因此,患者平均HIV RNA載量繼續(xù)緩慢反彈,平均CD4+T細胞計數(shù)繼續(xù)下降,并逼近新的持續(xù)帶毒平衡狀態(tài)。

        4.3 RTV+SQV+D4T組合治療長期預(yù)測

        根據(jù)2013年世界衛(wèi)生組織出版的HIV治療指南[24],病毒載量作為首選標(biāo)準,用以監(jiān)測、診斷和確定抗逆轉(zhuǎn)錄病毒治療失?。恢委熓《x為在至少6個月的藥物治療后,持續(xù)出現(xiàn)病毒載量超過1 000 copies/mL。然而,Baxter研究中所有患者的HIV RNA載量僅僅在第0、4、8、12周進行檢測[18-19]。因此,有必要做長期預(yù)測以確定RTV+SQV+D4T組合治療是否失敗。

        假設(shè):在第12周檢測之后,該組患者繼續(xù)保持2年的抗HIV感染治療,在這兩年中,HIV耐藥性沒有惡化,藥物療效沒有變化,所有參數(shù)取值保持不變。運用模型式(3)對該組患者抗HIV感染治療進行長期預(yù)測模擬。

        RTV+SQV+D4T組合治療長期預(yù)測模擬結(jié)果見圖3和4。

        圖3 長期預(yù)測CD4+T細胞計數(shù)變化

        圖4 長期預(yù)測HIV RNA載量變化

        觀察到在第12周檢測之后,該組患者平均CD4+T細胞計數(shù)持續(xù)下降最終保持在一個低于基線值的水平;平均HIV RNA載量持續(xù)上升,但沒有超過基線值。并且,該組患者的平均HIV RNA載量始終大于1 000 copies/mL。長期預(yù)測說明該組患者的抗HIV感染治療是失敗的,應(yīng)該及時換用更為有效的抗HIV感染治療方法。

        5 結(jié)論

        提出一個改進的含有飽和發(fā)生率和HIV誘導(dǎo)CD4+T細胞凋亡機制的抗HIV感染治療模型,來描述抗HIV感染治療動力學(xué)。模型的基本再生數(shù)R0與CD4+T細胞總數(shù)無關(guān),而且凋亡率同時包含CD4+T細胞固有凋亡和有HIV誘導(dǎo)CD4+T細胞凋亡機制,說明改進模型更為合理。改進模型具有兩個平衡點Q1和Q2:病毒清除平衡點與持續(xù)帶毒平衡點。證明了平衡點Q1的局部漸近穩(wěn)定性和全局漸近穩(wěn)定性,平衡點Q2的局部漸近穩(wěn)定性。

        基于定理2和定理3,可以得出以下結(jié)論:

        (1)若HIV感染者自身的基本再生數(shù)R0小于1,則其即使感染大量HIV,該感染者仍然能自動痊愈;若某種抗HIV感染藥物治療能使患者的R0小于1,則患者最終能被治愈。

        (2)若HIV感染者的基本再生數(shù)R0大于1,即使感染微量病毒,感染者將始終處于持續(xù)帶毒狀態(tài);若抗HIV感染藥物治療不能使患者的R0小于1,則患者體內(nèi)HIV將不能被徹底清除。

        基于Matlab平臺,運用模型式(3)模擬一組患者抗HIV感染治療,并對該組患者療效進行了長期預(yù)測。數(shù)值模擬說明:抗HIV感染藥物可能無法抑制HIV對CD4+T細胞凋亡誘導(dǎo);HIV耐藥性出現(xiàn)后,若不及時更換治療方案,HIV耐藥性可能會增強。長期預(yù)測說明該組患者的抗HIV感染治療是失敗的,應(yīng)及時更換抗HIV感染治療方案。

        文獻[25]報道一個HIV感染治愈病例:柏林病人接受兩次骨髓移植來更換其體內(nèi)CD4+T細胞,最終柏林病人得到治愈。結(jié)合本文的理論分析(定理2),可以通過假設(shè)骨髓移植后新的CD4+T細胞能夠抵御HIV感染,即感染率β=0從而R0=0來解釋上述病例。綜上所述,得出結(jié)論:世界上存在一類人群,即使他們感染大量的HIV,也終將不治自愈。

        進一步工作:CD8+T細胞是人體中一種重要的免疫細胞,該細胞通過殺傷已感染CD4+T細胞來抑制HIV復(fù)制。骨髓移植后,柏林病人體內(nèi)HIV的徹底清除,可能不僅與移植后CD4+T細胞具有抵御HIV感染能力有關(guān),同時也可能與CD8+T細胞大量殺傷已感染細胞有關(guān)。因此,將考慮在本文模型式(3)基礎(chǔ)上加入免疫響應(yīng)功能項,對骨髓移植治愈HIV做更深入分析。

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