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        輕度認(rèn)知障礙轉(zhuǎn)化阿爾茲海默病影像預(yù)測研究

        2014-12-05 04:09:46楊文璐劉鳳俠張小慢
        關(guān)鍵詞:體素靈敏度分類

        楊文璐,劉鳳俠,張小慢

        (上海海事大學(xué)信息工程學(xué)院,上海 201306)

        阿爾茲海默病(Alzheimer's disease,簡稱AD)是一種以進(jìn)行性認(rèn)知功能障礙和記憶損害為特征的神經(jīng)系統(tǒng)退行性疾?。?],是目前為止最常見的一種老年癡呆疾病.截至2050年,全世界將有2 660萬阿爾茲海默病患者,平均85人中將有一個患有AD[2].由于AD的臨床診斷多數(shù)在中晚期,此時的治療效果不佳,故研究的注意力開始轉(zhuǎn)向 AD的早期診斷和早期干預(yù).輕度認(rèn)知障礙(mild cognitive impairment,簡稱MCI)是介于正常衰老和癡呆之間的一種中間狀態(tài),轉(zhuǎn)化為癡呆的危險性很高.研究表明,MCI患者每年以10% ~15%的速率轉(zhuǎn)化為AD,6年后轉(zhuǎn)化為AD的幾率高達(dá)80%[3-4].因此,MCI階段可能是進(jìn)行AD預(yù)防性治療最重要和最合適的階段.對MCI進(jìn)行深入研究,有可能發(fā)現(xiàn)和篩選出AD的高危人群,提供一個最佳的治療時期,從而預(yù)防或延緩癡呆的發(fā)生.

        神經(jīng)影像學(xué)技術(shù)為探討MCI及AD患者的大腦結(jié)構(gòu)和功能的改變提供了重要的診斷方法,對MCI的早期診斷、風(fēng)險預(yù)測、鑒別是否轉(zhuǎn)化為AD具有重要的作用.通過縱向核磁共振成像(magnetic resonance imaging,簡稱MRI)掃描發(fā)現(xiàn),MCI患者大腦結(jié)構(gòu)異常要比臨床量表得分變化出現(xiàn)得早[5].Misra等[6]已經(jīng)證明轉(zhuǎn)化為AD的MCI患者與AD患者具有相似的大腦病變結(jié)構(gòu)特征,隨訪時間內(nèi)未轉(zhuǎn)化的MCI患者與正常衰老人群具有相似的大腦結(jié)構(gòu)特征.因此,作者利用MCI患者與AD以及正常衰老人群大腦結(jié)構(gòu)特征之間的聯(lián)系,對MCI向AD轉(zhuǎn)化進(jìn)行預(yù)測.

        1 材料與方法

        1.1 材 料

        實(shí)驗(yàn)使用的研究對象均來自美國ADNI(Alzheimer's disease neuroimaging initiative)中心數(shù)據(jù)庫[7].ADNI中心通過美國與加拿大的50多個機(jī)構(gòu)招募了800多名年齡在55~90歲受試者進(jìn)行MRI影像的跟蹤采集.該文中的主要研究對象是基線AD、正常對照(healthy controls,簡稱HC)和MCI的結(jié)構(gòu)核磁共振影像.依據(jù)臨床癡呆等級量表(clinical dementia rating scale,簡稱CDR)將MCI樣本界定為兩類:一類是CDR值在基線之后的任何時刻轉(zhuǎn)化為1或者2的MCI樣本,記為MCI-C;另一類是CDR值在隨訪時間內(nèi)一直保持不變的MCI樣本,記為MCI-NC.為了獲取AD與HC組間具有顯著性差異的特征和排除噪聲干擾,篩選了基線CDR值為1的AD樣本以及在隨訪時間內(nèi)CDR值一直保持為0的HC樣本.最終確定的研究樣本信息統(tǒng)計(jì)如表1所示.

        表1 樣本信息統(tǒng)計(jì)Tab.1 Characteristics of the data set

        1.2 影像預(yù)處理

        由于不同受試者之間大腦形狀、大小差異等原因,使得采集到的核磁共振影像本身就存在一定的差異.因此,為了后期實(shí)驗(yàn)需要,該研究用統(tǒng)計(jì)參數(shù)圖(statistical parametric mapping,簡稱SPM)軟件[8]對所有核磁共振影像預(yù)處理.首先,對所有的MRI影像進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化,標(biāo)準(zhǔn)化原理是將源影像的腦組織的空間位置與模板中相應(yīng)的腦組織的空間位置對齊,將MRI影像歸一化到蒙特利爾神經(jīng)學(xué)研究所(Montreal Neurological Institute,簡稱MNI)的T1模板;其次,執(zhí)行影像分割,從全腦影像中分離出大腦灰質(zhì),所有灰質(zhì)的大小為78×95×68體素,每個體素的大小是2 mm×2 mm×2 mm.

        1.3 方 法

        所有影像預(yù)處理之后,首先,采取獨(dú)立成分分析(independent component analysis,簡稱ICA)對AD與HC組的灰質(zhì)影像進(jìn)行組間特征提取;其次,執(zhí)行感興趣體素分析,獲取AD與HC組間差異特征信息,并將MCI樣本在AD與HC的特征空間上進(jìn)行表達(dá);最后,采取基于支持向量機(jī)(support vector machine,簡稱SVM)的分類預(yù)測.

        1.3.1 ICA 模型

        ICA是近年來發(fā)展起來的一種強(qiáng)有力的數(shù)據(jù)分析工具,廣泛應(yīng)用于生物醫(yī)學(xué)信號處理、圖像特征提取、人臉識別等領(lǐng)域.ICA是將給定的參數(shù)矩陣分解為相互獨(dú)立的一系列獨(dú)立成分.其基本的數(shù)學(xué)模型形式為

        模型中X是觀察隨機(jī)變量,獨(dú)立成分si是隱藏變量,不能被直接觀察到,混合系數(shù)ai也是未知的.獨(dú)立成分分析的過程就是把混合系數(shù)和獨(dú)立成分同時估計(jì)出來.在ICA求解之前,先對數(shù)據(jù)進(jìn)行白化處理,這樣可以使得各個分量之間是不相關(guān)的,便于進(jìn)行解混計(jì)算.ICA數(shù)據(jù)處理過程如圖1所示,A是混合系數(shù)矩陣,W是白化矩陣,U為正交矩陣,s(t)是原始信號,x(t)是混合信號,z(t)是白化處理后的信號,y(t)是經(jīng)過解混后的信號.

        圖1 ICA數(shù)據(jù)處理過程Fig.1 Data processed by ICA

        針對核磁共振影像獨(dú)立成分分析的模型,可進(jìn)行如圖2所示的圖形化描述,X是N×M的觀測數(shù)據(jù)矩陣,N代表了研究對象的個數(shù),M代表了每幅MRI影像的體素?cái)?shù),K代表分解后獨(dú)立成分的個數(shù).X被分解為A和S,矩陣A稱為混合系數(shù)矩陣,每一行元素代表每個對象所包含的所有獨(dú)立成分的信息,每一列代表單個獨(dú)立成分包含的所有對象的信息.矩陣S是K×M的源矩陣,Si(i=1,2,…,K)代表各個獨(dú)立成分.

        圖2 磁共振影像獨(dú)立成分分析模型圖Fig.2 The model of ICA

        目前用于核磁共振影像處理的獨(dú)立成分分析算法主要有信息極大化算法和不動點(diǎn)算法(FastICA).作者采用的是基于負(fù)熵的不動點(diǎn)算法,該算法利用了牛頓迭代法原理,計(jì)算效率較高.對于任意概率分布的p(x)和具有相同協(xié)方差矩陣的高斯分布pG(x),定義負(fù)熵

        基于負(fù)熵的牛頓迭代公式為

        其中:E代表求均值;w是解混系數(shù);z=wx是白化后的數(shù)據(jù);k代表第k個獨(dú)立成分;g函數(shù)為奇函數(shù),一般可選

        基于負(fù)熵提取多個分量的FastICA算法流程如下:

        (1)觀測數(shù)據(jù)X去均值,進(jìn)行白化得Z;

        (2)m為待提取獨(dú)立成分?jǐn)?shù)目,令初值p=1;

        (3)任選 wp,1的初值,使 wp,1的2-范數(shù)為1,k=1;

        (6)歸一化:wp,k+1=wp,k+1/||wp,k+1||;

        (8)若p<m,p=p+1,返回步驟(3),否則迭代結(jié)束;

        1.3.2 感興趣體素分析

        對于得到的獨(dú)立成分信息,有必要進(jìn)行深入分析.因?yàn)槊總€獨(dú)立成分都對應(yīng)于標(biāo)準(zhǔn)大腦空間的某一空間區(qū)域,如果這些區(qū)域分別映射到每幅核磁共振影像,每幅核磁共振影像都能找到每個獨(dú)立成分在其圖像中對應(yīng)的空間區(qū)域.對于不同的核磁共振影像,各獨(dú)立成分區(qū)域內(nèi)部的體素?cái)y帶了各核磁共振影像的個性特征.因而,可以對各個獨(dú)立成分對應(yīng)區(qū)域內(nèi)部的體素進(jìn)行感興趣體素提取.同時,對所有核磁共振影像每個獨(dú)立成分對應(yīng)區(qū)域內(nèi)的體素值進(jìn)行平均值與方差的計(jì)算,根據(jù)計(jì)算結(jié)果設(shè)定相應(yīng)的體素值的分布區(qū)間,并對每幅核磁共振影像相應(yīng)區(qū)域內(nèi)滿足該體素值分布空間的體素個數(shù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì),所有核磁共振影像統(tǒng)計(jì)結(jié)果共同構(gòu)成用于分類的特征信息.

        1.3.3 分類預(yù)測

        作者采用SVM進(jìn)行兩類MCI樣本分類,它是一種基于結(jié)構(gòu)風(fēng)險最小化理論的學(xué)習(xí)算法[9],推廣能力強(qiáng),在解決小樣本問題中表現(xiàn)出許多特有的優(yōu)勢[10].SVM的基本思想是:用核函數(shù)將輸入的向量映射到高維特征空間F中,再在F中構(gòu)造一個最大間隔的最優(yōu)超平面,將兩類樣本點(diǎn)正確分離,并取得最大分類間隔.對于兩分類問題,設(shè)(xi,yi):i=1,2,…,xi∈Rd代表訓(xùn)練集合的特征向量,yi∈{1,-1}是其對應(yīng)的類別,對于非線性分類模型有

        使得

        判別函數(shù)為

        如果y≥0,則判定x屬于MCI-C,類別為1;如果y<0,則判定x屬于MCI-NC,類別為-1.式(10)中K(xi,x)為核函數(shù),選擇不同的核函數(shù)可以構(gòu)造出不同的SVM分類器.文中使用的是高斯徑向基核函數(shù)

        核參數(shù)γ和誤差懲罰因子C是影響SVM性能的主要參數(shù).γ的取值影響數(shù)據(jù)變換后在特征空間里的分布,C決定了SVM的收斂速度及泛化能力.所以,實(shí)驗(yàn)中通過調(diào)節(jié)SVM中的各種性能參數(shù)獲取最佳的預(yù)測效果.

        2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果

        2.1 ICA獨(dú)立成分提取

        作者采用FastICA算法提取了AD與HC組樣本的70個獨(dú)立成分,并通過感興趣體素分析獲取了AD、HC以及MCI的特征信息.因?yàn)榫仃嘢攜帶體素與獨(dú)立成分之間的相關(guān)信息,因此,可以利用S提取得到這些獨(dú)立成分的可視化結(jié)果,可視化的過程是將源矩陣的每一行重新轉(zhuǎn)換到一幅三維圖像.以其中一個獨(dú)立成分為例,它的可視化效果如圖3所示.

        圖3 獨(dú)立成分的可視化Fig.3 The visualization of independent components

        2.2 分類預(yù)測

        將AD與HC的特征信息作為訓(xùn)練數(shù)據(jù),MCI特征信息作為測試數(shù)據(jù).由于每個獨(dú)立成分的信息對分類的貢獻(xiàn)率是未知的,某些獨(dú)立成分甚至?xí)绊戭A(yù)測結(jié)果.因此,為了找出最大分類準(zhǔn)確率下的特征數(shù)目,采用主成分分析(principal components analysis,簡稱PCA)方法尋找最大主成分個數(shù),PCA可以對數(shù)據(jù)進(jìn)行壓縮,將高維數(shù)據(jù)壓縮成低維數(shù)據(jù)并且保留數(shù)據(jù)的能量.實(shí)驗(yàn)時,從第1個樣本特征集開始,依次遞增,統(tǒng)計(jì)出不同主成分下的預(yù)測準(zhǔn)確率、靈敏度、特異度,如圖4所示.準(zhǔn)確率(Accuracy)、靈敏度(Sensitivity)和特異度(Specificity)的計(jì)算如式(12)~(14)

        其中:TP表示正確分類得到的標(biāo)簽為+1的正樣本個數(shù);TN表示正確分類得到的標(biāo)簽為-1的負(fù)樣本個數(shù);FP表示誤將標(biāo)簽為-1的樣本統(tǒng)計(jì)為標(biāo)簽為+1的樣本個數(shù);FN表示誤將標(biāo)簽為+1的樣本統(tǒng)計(jì)為標(biāo)簽為-1的樣本個數(shù).

        圖4 MCI轉(zhuǎn)化預(yù)測百分比Fig.4 The prediction results of MCI

        對分類結(jié)果統(tǒng)計(jì)分析得到預(yù)測平均準(zhǔn)確率、平均靈敏度分別為71.52% 和76.24%,同時,從圖4可以看出,最大主成分個數(shù)為12時預(yù)測準(zhǔn)確率、靈敏度、特異度同時達(dá)到最大值,分別為80.26%、86.30%和74.68%.該分類模型的預(yù)測靈敏度比較高,靈敏度代表有病檢測能力,該研究中靈敏度代表發(fā)現(xiàn)MCI轉(zhuǎn)化為AD的傾向.所以,利用AD與正常對照組的差異特征信息能夠比較準(zhǔn)確地對MCI患者進(jìn)行轉(zhuǎn)化預(yù)測.

        3 討論

        MCI患者有可能向AD發(fā)生轉(zhuǎn)化,也有可能一直保持為MCI狀態(tài)或者恢復(fù)健康狀態(tài).文中作者利用MCI患者與AD和正常衰老人群的大腦結(jié)構(gòu)特征之間的聯(lián)系,采取FastICA算法、感興趣體素提取和SVM相結(jié)合的方法對MCI進(jìn)行轉(zhuǎn)化預(yù)測,預(yù)測準(zhǔn)確率、靈敏度和特異度分別達(dá)到了80.26%、86.30%和74.68%.Cui等[11]也是從美國ADNI中心數(shù)據(jù)庫獲取研究數(shù)據(jù),采用FreeSurfer軟件分割出MRI影像的解剖學(xué)結(jié)構(gòu)并獲取323個特征信息,采取SVM分類器,將AD與正常對照組的特征信息作為訓(xùn)練數(shù)據(jù),將56例MCIc樣本和87例MCInc樣本的特征信息作為測試數(shù)據(jù),分類準(zhǔn)確率、靈敏度和特異度分別為62.24%、57.14%和65.52%.與之相比,該文中的研究方法所獲得的預(yù)測準(zhǔn)確率、靈敏度和特異度更高,效果更好.

        在選取研究樣本時,界定MCI-C和MCI-NC是根據(jù)ADNI中心隨訪時間內(nèi)MCI受試者的CDR值是否發(fā)生變化來確定的,說明此時MCI-C已經(jīng)表現(xiàn)出了AD的一些臨床特性,而該文中的研究對象是基線時間點(diǎn)MCI的MRI影像,驗(yàn)證了MCI患者的影像異常的確早于臨床特征異常表現(xiàn),也表明從影像角度進(jìn)行深入研究能夠提前發(fā)現(xiàn)MCI患者是否向AD發(fā)生了轉(zhuǎn)化,對AD的早期診斷和干預(yù)具有重要意義.

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