堵晶晶,張玉托,全 琪,羅 嘉,朱 礪*
(1.四川農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科技學(xué)院,四川 雅安 625014;2. 四川農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝學(xué)院,四川 雅安 625014)
隨著生活水平的不斷提高,人們對(duì)肉質(zhì)要求也越來(lái)越高。豬肉品質(zhì)很大程度上受到肌肉內(nèi)脂肪組成比例和含量的影響[1]。線(xiàn)粒體2,4-雙烯酰輔酶A還原酶1(2,4-dienoyl-CoA reductase 1, DECR1)在脂類(lèi)代謝中扮演重要角色[2],隨著研究的不斷深入,發(fā)現(xiàn)豬DECR1基因可能與豬脂肪沉積和肉質(zhì)性狀有直接關(guān)系,極有可能成為影響豬肉性狀的主效基因或遺傳標(biāo)記。因此,深入研究豬DECR1基因可為肉質(zhì)研究帶來(lái)新的突破口,為生豬產(chǎn)業(yè)創(chuàng)造巨大的經(jīng)濟(jì)利益。
DECR1是多不飽和脂肪酸(PUFA)氧化分解途徑中的關(guān)鍵限速酶,在多不飽和脂酰基CoA β-氧化過(guò)程中起重要作用,可作為豬脂肪沉積和肉質(zhì)性能的候選基因[3]。人DECR1與豬DECR1基因具有較高的同源性[4],但與人DECR1基因位于8號(hào)染色體q21.3區(qū)域不同的是,豬DECR1基因位于4號(hào)染色體上q1.2區(qū)域[5-7],其cDNA全長(zhǎng)2 352 bp,包括987 bp的開(kāi)放閱讀 框 (ORF),53 bp的 5’ 非 翻 譯 區(qū)(UTR)和1 312 bp的3’-UTR;編碼328個(gè)氨基酸,預(yù)測(cè)其蛋白分子質(zhì)量為35.43 ku,等電點(diǎn)為9.37[8]。同時(shí),該基因包括1個(gè)啟動(dòng)密碼子,1個(gè)終止密碼子,1個(gè)polyA加尾信號(hào)(AATAAA),3個(gè)addl(ATTTA)基元。但截至目前,尚未見(jiàn)到對(duì)豬DECR1基因進(jìn)行精確定位的報(bào)道。
分析相應(yīng)的mRNA和蛋白質(zhì)相對(duì)表達(dá)量是研究目的基因的常用方法。豬DECR1基因是一個(gè)表達(dá)譜廣泛且組織間表達(dá)存在顯著差異的基因。李步高等[9]研究了馬身豬、大白豬不同組織中DECR1基因的表達(dá),結(jié)果表明豬DECR1基因在各組織中都有表達(dá),不同組織的表達(dá)量差異極顯著(P<0.01),在脂肪、肝臟和小腸中呈高豐度表達(dá)。其中,肝臟的表達(dá)度最高,而在肺臟、胃與腎臟等組織中表達(dá)度相對(duì)較低。同時(shí),史利華等[10]研究發(fā)現(xiàn)(如表1),滇南小耳豬和藏豬的DECR1基因在脂肪組織(背膘和腹脂)中的表達(dá)量高于肌肉組織中的表達(dá)量。據(jù)此說(shuō)明,豬DECR1基因在同一品種不同組織中的表達(dá)存在較大差異。
在生物進(jìn)化過(guò)程中,地理環(huán)境差異往往會(huì)造成遺傳物質(zhì)的差異化表達(dá),DECR1基因作為一個(gè)影響肉質(zhì)性狀的候選基因,在豬上差異化表達(dá)的研究報(bào)道較少。以大白豬和馬身豬作為實(shí)驗(yàn)材料,用熒光定量PCR技術(shù)檢測(cè)DECR1基因在不同品種同一組織中的蛋白相對(duì)表達(dá)量,結(jié)果表明DECR1基因在大白豬皮下脂肪組織中表達(dá)量極顯著高于馬身豬(P<0.01),而在小腸、脾臟、心臟中大白豬極顯著高于馬身豬[9]。其他實(shí)驗(yàn)表明[10],肌肉組織中的DECR1基因表達(dá)量:大約克夏豬>滇南小耳豬>藏豬,但差異不顯著;而腹脂中DECR1基因表達(dá)量:滇南小耳豬>藏豬>大約克夏豬,且差異顯著(P<0.05)。
劉海峰等[11]選擇豬前脂肪細(xì)胞誘導(dǎo)分化過(guò)程中的10個(gè)不同誘導(dǎo)分化時(shí)間點(diǎn)檢測(cè)了DECR1基因的mRNA表達(dá)量,結(jié)果顯示(如表2):DECR1基因誘導(dǎo)分化后的表達(dá)量在48 h時(shí)達(dá)到最大值,而48 h之前呈現(xiàn)有波動(dòng)的上升表達(dá),48 h之后為波動(dòng)式的下降表達(dá)。
多態(tài)信息含量(PIC)是估計(jì)基因多態(tài)性的一個(gè)指標(biāo),PIC>0.5,為高度多態(tài);0.25 目前,對(duì)DECR1基因的多態(tài)性研究主要集中在第2、第5、第6、第8外顯子。Amills等[12]擴(kuò)增了DECRl基因幾乎全部編碼序列,包括外顯子2和10的937 bp片段,并通過(guò)對(duì)不同品種豬DECRl基因序列進(jìn)行比對(duì),結(jié)果發(fā)現(xiàn),外顯子2處存在G/C多態(tài)性,該SNP編碼DECR1蛋白52號(hào)位的Val(C)-Leu(G)。李步高等[9]應(yīng)用PCR-SSCP方法檢測(cè)了192頭山西白豬DECR1基因第5外顯子位點(diǎn)的多態(tài)性,其表現(xiàn)出3種不同基因型,表明該位點(diǎn)存在多態(tài)性。黃生強(qiáng)等以大白、長(zhǎng)白和杜洛克為樣本,研究豬DECR1基因SNPs的篩選及其多態(tài)性分析時(shí)發(fā)現(xiàn),第6外顯子有一個(gè)SNP無(wú)義突變位點(diǎn),第8外顯子有一個(gè)SNP錯(cuò)義突變位點(diǎn)且樣本豬群中均檢測(cè)到3種基因型(如表3),表明樣本豬群在該位點(diǎn)存在豐富的遺傳多態(tài)性。 豬DECR1基因的多態(tài)性可能與生長(zhǎng)性狀、肉質(zhì)性狀等存在關(guān)聯(lián)性,因此深入研究其遺傳多態(tài)性顯得極為重要。 表1 豬DECR1基因在不同豬種不同組織的表達(dá)差異 表2 誘導(dǎo)分化過(guò)程中DECR1基因mRNA相對(duì)表達(dá)量的最小二乘值及多重比較 表3 DECR1基因Exon8突變位點(diǎn)的遺傳多態(tài)性 脂肪酸是肉質(zhì)風(fēng)味的影響因素之一,而在生物體內(nèi),飽和脂肪酸和不飽和脂肪酸之間的轉(zhuǎn)變必須通過(guò)β-氧化途徑完成。作為不飽和脂肪酸β-氧化途徑降解中的關(guān)鍵限速酶,豬DECR1在線(xiàn)粒體內(nèi)參與催化4-雙烯輔酶A轉(zhuǎn)變?yōu)?-單烯輔酶A的過(guò)程,使多不飽和脂肪酸獲得飽和而完成氧化作用,從而調(diào)節(jié)脂肪酸的沉積。同時(shí),DECR1基因的5個(gè)高度保守的酸殘基中的1個(gè)可能是供體,它的高度表達(dá)可促進(jìn)細(xì)胞內(nèi)脂肪酸氧化。豬DECR1基因位于4號(hào)染色體上q1.2區(qū)域,該位置與影響豬胴體、生長(zhǎng)及脂肪酸代謝的QTL可靠區(qū)域一致[13-14],推測(cè)其可影響脂肪酸含量、pH、肉色等肉質(zhì)性狀。醫(yī)學(xué)研究發(fā)現(xiàn)其酶活性的變化或缺失對(duì)人是致命的[15]。 DECR1基因的表達(dá)受到多種因素的調(diào)控,表達(dá)量變化幅度較大,目前尚未徹底掌握豬DECR1基因的作用機(jī)制。目前研究認(rèn)為豬DECR1基因的主要功能是影響脂肪沉積和肉質(zhì)性狀。 隨著人們對(duì)豬肉品質(zhì)與風(fēng)味的追求,基因水平上的研究正逐漸成為尋找影響肉質(zhì)因素新的突破口。目前,國(guó)內(nèi)外對(duì)豬DECR1基因的研究正在不斷深入,但成果性報(bào)道較少。綜上所述,DECR1可能與豬脂肪沉積和肉質(zhì)性狀有直接關(guān)系,極有可能成為影響豬肉性狀的主效基因或遺傳標(biāo)記,深入研究豬DECR1基因可充分挖掘其潛在的、巨大的科研和經(jīng)濟(jì)價(jià)值。 [1]Rosenvold K, Anderson H J.Factors of significance for pork quality-A review[J]. Met Sci,2003,64:219-237. [2]Ramirez O,Quintanilla R,Varona L,et al.DECR1 and ME1 genotypes are associated with lipid composition traits in duroc pigs[J].Animal Breeding and Genetics,2013,131:46-52. [3]Kunau W H,Dommes P.Degradation of unsaturated fatty acids.Identification of intermediates in the degradation of cis-4-decenoyl-CoA by extracts 0f beefliver mitochondria[J].Eur J Biochem,1978,9l:533-544. [4]黃生強(qiáng),柳小春,蔣雋,等.豬DECRl基因SNPs篩選及其多態(tài)性分析[J].湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào),2011,37(2):192-194. [5]Clop A,Cercos A,Tomas A,et al.Assignment of the 2,4-dienoyl-CoA reductase(DECR)gene to porcine chromosome 4 [J].Anim Genet,2002,33:164-165. [6]Davoli R,Fontanesi L,Zambonelli P,et a1. Isolation of porcine expressed sequence tags for the construction of a first genomic transcript map of the skeletal muscle in pig[J], Anim Genet,2002,33:3-18. [7]Clop A,0vilo C,Perez-enciso M,et a1.Detection of QTL affecting fatty acid composition in the pig[J].Mamm Genome,2003,14:650-656. [8]李步高,郭曉紅,曹果清,等.豬DECR1基因cDNA的克隆、序列分析及原核表達(dá)研究[J].畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào),2010,41(11):1371-1378. [9]李步高,郭曉紅,曹果清,等.馬身豬和大白豬不同組織DECR1基因的表達(dá)[J].畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào),2011,42(4):475-480. [10]史 利 華 ,李寶 玉 ,張 浩 ,等 .豬 DECR1基因在不同豬種及組織中的差異表達(dá)研究[J].中國(guó)畜牧雜志,2012,48(13):17-19. [11]劉海峰,閻振鑫,董涵,等.豬前脂肪細(xì)胞誘導(dǎo)分化過(guò)程中PPARγ、DECR1和ECHS1基因表達(dá)模式[J].四川農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào),2010,28(2):215-218. [12]Amills M.Vidal O L,Varona A,et al.Polymorphism of the pig 2,4-dienoyl CoA reductase 1 gene(DECR1)and its association with carcass and meat quality traits[J].Anim Sci,2005.83:493-498. [13]Waling G A,Visscher P M,Anderssonl,et a1.Combined analyses of data from quantitative trait loci mapping studies.Chromosome 4 effects on porcine growth and fatness[J].Genetics,2000,155:1369-1378. [14]Perez-enciso M,Clop A,Noguera J L,et al.A QTL on pig chromosome 4 affects fatty acid metabolism:evidence from an Iberian by Landrace intercross[J].J Anim Sci,2000,78:2525-2531. [15]Roecr,Millington D S,Norwood D L,et a1.2,4-Dienoyl-coenzyme A reductase deficiency:a possible new disorder of fatty acid oxidation[J].J Clin Invest,1990,85(5):1703-1707.3.2 豬DECR1基因的功能
4 結(jié)語(yǔ)