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        細(xì)菌基因組DNA提取方法簡化的研究

        2014-07-01 08:06:10馮唐鍇趙文亮
        關(guān)鍵詞:方法

        馮唐鍇 趙文亮

        (景德鎮(zhèn)學(xué)院生物與化學(xué)工程系,江西 景德鎮(zhèn) 333000)

        DNA提取是生物學(xué)領(lǐng)域最基礎(chǔ)的操作,是科研和生產(chǎn)中常用的方法。目前DNA提取分離的常見方法,一般是用CTAB、SDS等緩沖液裂解細(xì)胞,而后通過酚氯仿抽提蛋白質(zhì),再用乙醇沉淀的方法來抽提DNA。該過程干擾因素多、工藝繁瑣。目前廣泛認(rèn)為核酸提取過程中低溫是必備條件,通常用液氮冷卻。但是液氮并非所有地區(qū)都能夠生產(chǎn),運(yùn)輸也很麻煩。如能利用化學(xué)試劑替代液氮的作用,并進(jìn)一步簡化核酸提取方法,對(duì)促進(jìn)生物基因資源的利用有著重大的意義。本文正是基于這一考慮,探索和研究了細(xì)菌DNA提取中盡可能簡化的方式。

        1 實(shí)驗(yàn)材料與方法

        1.1 材料

        菌種:大腸桿菌tg1。培養(yǎng)基:牛肉膏蛋白胨標(biāo)準(zhǔn)培養(yǎng)基。電泳介質(zhì):1%瓊脂糖凝膠。

        1.2 兩個(gè)菌種的擴(kuò)大培養(yǎng)和保存

        大腸桿菌tg1的擴(kuò)大培養(yǎng)和保存。無菌條件下將0.2ml大腸桿菌tg1菌液接種至200ml。

        牛肉膏蛋白胨液體培養(yǎng)基中。36℃恒溫振蕩培養(yǎng)36h。取培養(yǎng)的菌體懸浮液在平板培養(yǎng)基上劃線恒溫培養(yǎng)36h。在平板上挑取分離純化的菌落接種在1000ml液體培養(yǎng)基中,36℃培養(yǎng)36h后,部分菌液按照菌液:甘油=3:7的比例,制成0.5ml的甘油保種菌液。

        1.3 改良CTAB法提取細(xì)菌基因組DNA

        收集大腸桿菌Tg1菌體沉淀,懸浮于1ml TE溶液(PH8.0),先后加入10%SDS溶液0.5ml、5mol/LNaCl溶液0.15ml、CTAB/NaCl溶液0.15ml,混勻,65℃保溫20min。5000rpm離心10min,上清液分裝至1.5ml離心管,0.5ml每管。等體積的酚:氯仿:異戊醇(25∶24∶1)。

        抽提,5000rpm離心10min,取上清。加1倍體積異丙醇顛倒混勻,4℃靜置2h,10000rpm離心15min得DNA沉淀。70%乙醇漂洗DNA沉淀后,將沉淀溶解于TE溶液中,-20℃保存。

        1.4 瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA

        取TAE電泳工作緩沖液100ml加入1g瓊脂糖在微波爐中加熱至沸騰,振蕩溶解后搖勻。溶膠倒入膠槽,加入膠槽配套梳子,冷卻成凝膠后,拔出梳子,將膠槽置于裝滿TAE電泳工作緩沖液的電泳槽中進(jìn)行電泳。取1μl DNA樣品與0.2μl濃度為1%的溴酚藍(lán)指示液混勻,用移液槍點(diǎn)加入點(diǎn)樣孔中。點(diǎn)樣孔在負(fù)極一端,穩(wěn)定電壓120V,電流50mA開始電泳,直至溴酚藍(lán)指示液到達(dá)凝膠的2/3處為止。電泳完畢后將凝膠移入低濃度EB溶液中染色30min,在凝膠成像系統(tǒng)中選擇波長254nm的紫外燈下照射并觀察染色后的凝膠。

        2 結(jié)果與討論

        2.1 實(shí)驗(yàn)結(jié)果

        大腸桿菌培養(yǎng)得到1000ml液體菌液,用1.5ml離心管分裝20支0.5ml的甘油保種菌液,冷藏備用。其余菌液用于DNA提取,提取結(jié)果能夠明顯觀察到白色沉淀。瓊脂糖凝膠電泳染色后,在凝膠成像系統(tǒng)中能觀察到明顯的基因組DNA條帶,如圖1所示。

        2.2 討論

        細(xì)菌DNA提取是生物學(xué)領(lǐng)域一種常見的操作。本文的方法在DNA提取常用方法[1]基礎(chǔ)上做了簡化。實(shí)驗(yàn)過程中發(fā)現(xiàn),細(xì)菌細(xì)胞破壁時(shí)間不夠,會(huì)嚴(yán)重影響產(chǎn)物的生成。使用菌液不足也會(huì)影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果。一倍體積異丙醇沉淀DNA的操作如改用2倍體積的乙醇,效果要略差一些,但是或可進(jìn)一步調(diào)整乙醇用量。用異戊醇替代異丙醇時(shí),DNA得率較差。DNA靜置沉淀時(shí)間一般要求為12h,但是如果菌液使用量較大,則縮短至2h也可得到理想結(jié)果。省略NaAc溶液漂洗DNA沉淀的過程,對(duì)DNA粗提取影響不大。

        3 展望

        本文中的提取方法相對(duì)傳統(tǒng)方法而言進(jìn)行了簡化,但是簡化得還不夠徹底,各步驟之間的整合集成程度還不夠。植物、動(dòng)物樣品的DNA提取過程中,還要考慮到許多其他因素,如次生代謝產(chǎn)物和蛋白質(zhì)等對(duì)DNA提取的影響,其DNA的提取該如何簡化還有待進(jìn)一步研究。有文獻(xiàn)提到可用玻璃珠法提取DNA,景德鎮(zhèn)的陶瓷材料產(chǎn)業(yè)和科研十分發(fā)達(dá),今后或可考慮利用一些特種陶瓷材料代替玻璃珠,來輔助核酸的提取純化。核酸提取方法的簡化,為分子生物學(xué)一般方法的推廣提供了前提條件,對(duì)生物技術(shù)的應(yīng)用和普及具有重要意義。

        [1]宮強(qiáng),關(guān)道明,王耀兵等.大腸桿菌總DNA快速提取方法的比較研究[J].海洋環(huán)境科學(xué),2005,24(4):63-66.

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