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        基于Demons算法的MR圖像與病理切片的非剛性配準(zhǔn)

        2014-06-13 02:13:20史長征羅嘉莉曾德威
        河南醫(yī)學(xué)研究 2014年6期
        關(guān)鍵詞:病理切片互信息浮動

        趙 倩,史長征,羅嘉莉,曾德威,陳 婷

        (1.廣州醫(yī)科大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院統(tǒng)計系 廣東 廣州 510182;2.暨南大學(xué)附屬第一醫(yī)院醫(yī)學(xué)影像中心 廣東 廣州 510630)

        腦膠質(zhì)瘤是神經(jīng)系統(tǒng)最常見的原發(fā)腫瘤,約占原發(fā)性神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤的42%[1]。目前,罹患惡性膠質(zhì)瘤患者的中位生存期僅為9個月,2年存活率為5%,偏良性膠質(zhì)瘤患者10年存活率為20%,患者大多在確診后1 a內(nèi)死亡[2]。MRI檢查具備較高的軟組織分辨率和多平面、多方位成像,對腦腫瘤的診斷有重要價值。為研究不同病理特征所對應(yīng)的MR參數(shù)特點,首先需要獲取腫瘤相應(yīng)層面的全面病理信息,這在人腦膠質(zhì)瘤中通常難以實現(xiàn)。本研究基于SD大鼠的C6膠質(zhì)瘤模型獲取其腫瘤的病理切片,進一步探討如何將MR圖像與病理切片圖像進行有效配準(zhǔn)。

        基于光流場的Demons算法是一種較為穩(wěn)定的非剛性配準(zhǔn)算法[3]。近年來,為達到更準(zhǔn)確、更快速的配準(zhǔn)變換,國內(nèi)外一些學(xué)者提出了一種可用于多模態(tài)圖像配準(zhǔn)的改進Demons算法[4-6]。在Demons算法單純利用參考圖像梯度信息為驅(qū)動圖像變形力的基礎(chǔ)上,結(jié)合兩幅圖像的互信息,作為當(dāng)前變換的附加力,并將浮動圖像的梯度信息加入到光流場方程中。最終把參考圖像梯度和圖像互信息共同作為內(nèi)力使浮動圖像向兩幅圖像互信息增大的方向變形。

        本課題組采用Demons算法對腦膠質(zhì)瘤MR圖像和病理切片進行非剛性配準(zhǔn),結(jié)合MR圖像與病理切片的灰度信息,對病理切片進行變形。初步判斷腦膠質(zhì)瘤在腦組織中的真實區(qū)域,排除腦腫瘤周邊水腫或其它臨床指征對判別腫瘤區(qū)域的影響,最終獲取較好的配準(zhǔn)結(jié)果。

        1 材料和方法

        1.1 大鼠C6膠質(zhì)瘤模型 SD大鼠禁食12 h,腹腔注射麻醉后,立體定位儀固定頭部。取單側(cè)尾殼核為接種點,采用微量注射器抽取10 μl C6膠質(zhì)瘤細胞懸液,將細胞懸液注入接種點,縫合頭皮,消毒切口,常規(guī)飼養(yǎng)。

        1.2 MR掃描和圖像后處理 采用GE signa 1.5T磁共振成像系統(tǒng)和八通道的腕線圈(GE Healthcare,Milwaukee,WI),SD大鼠在接種C6膠質(zhì)瘤細胞第2周進行MR檢查。冠狀面T2加權(quán)成像(TR/TE:2 960/68 ms;矩陣:256×192),T1加權(quán)成像(TR/TE:300/10 ms;矩陣:256 ×192),掃描層厚2.0 mm,層距0 mm,矩陣284×224,F(xiàn)OV=80 mm ×80 mm,激勵次數(shù)(NEX)=2次。平掃后馬上行增強掃描,造影劑0.1 mmol/kg,掃描參數(shù)同T1加權(quán)成像。

        1.3 病理標(biāo)本 大鼠行MRI檢查后立即處死開胸,鼠體僵硬后斷頭取腦,對應(yīng)MRI掃描中心層面將鼠腦切片取材,石蠟包埋,以5 μm層厚連續(xù)切片,行常規(guī)病理學(xué)檢查、HE染色、拍照,獲取病理圖片,見圖1。

        1.4 圖像預(yù)處理 采用Matlab R2012b對獲得的T1加權(quán)成像增強(T1增強)圖像(圖1a)和病理圖像(圖1b)進行預(yù)處理。首先對照彩色病理圖像,在T1增強中選出相應(yīng)的病灶區(qū)域,去除多余的圖像背景(圖1c);然后將彩色病理圖像轉(zhuǎn)化為灰度圖像,基于最近鄰域法對缺失區(qū)域進行補充,使病理圖片上腫瘤位置與MR圖像基本一致;最后采用雙立方插值法,將病理圖像和T1增強圖像的分辨率調(diào)至一致(圖1d)。

        2 Demons算法及結(jié)果

        Demons算法是一種基于光流理論的配準(zhǔn)方法,假設(shè)圖像在運動的過程中灰度保持不變,通過像素的運動完成兩幅圖像配準(zhǔn)[3]。對于浮動圖像M和參考圖像F,需要找出一個形變向量u驅(qū)駛浮動圖像中的每個像素點向參考圖像中對應(yīng)點移動。給定一個點p,設(shè)f是參考圖像F上的灰度,m是浮動圖像M上的灰度。則有:

        其中,▽f為參考圖像F的梯度向量。改進后的形變向量增加了浮動圖像的梯度信息,并通過參數(shù)α控制形變向量的大小,提高了配準(zhǔn)的速度和穩(wěn)定性[4]。

        配準(zhǔn)實際上就是尋找一個形變向量u,使得形變后浮動圖像和參考圖像能較為相似。通常采用均方誤差作為相似性測度,當(dāng)▽E(u)=0時,取得最優(yōu)解[5-6]:

        將預(yù)處理后的T1增強圖像作為參考圖像,病理切片圖像作為待配準(zhǔn)圖像,采用Demons算法進行配準(zhǔn)。圖1e為Demons算法得到配準(zhǔn)后的病理圖像,圖1f為T1增強圖像與配準(zhǔn)后病理圖像的融合。配準(zhǔn)后互信息為 0.68。

        3 討論

        經(jīng)MR掃描后,可直接觀測腦腫瘤的侵犯范圍、解剖位置和大小,但難以給出腫瘤的病理信息。病理切片雖然能準(zhǔn)確地給出腫瘤組織的病理和分級結(jié)果,但在制作過程中,由于化學(xué)物質(zhì)的影響,腫瘤會出現(xiàn)脫水皺縮現(xiàn)象。因此,若能將MR圖片和病理切片圖片進行有效的配準(zhǔn),就能全方面地得到腫瘤的解剖信息和病理信息。

        本文以T1增強為參照圖像,病理切片圖像為浮動圖像,采用Demons算法配準(zhǔn)后,原本有皺縮現(xiàn)象的病理切片已發(fā)生變形,腫瘤邊界向四周延伸。配準(zhǔn)后的病理圖像與MR圖像的腫瘤輪廓已基本達到一致,基本還原至T1增強腫瘤的范圍、位置、大小。

        配準(zhǔn)后的病理圖像,不但保留了金標(biāo)準(zhǔn)病理切片“病變部位與正常組織存在清晰邊界”的特點,而且腫瘤分布與MR圖像基本吻合,可認為是腦腫瘤在腦組織中接近真實的反映。本文對病理切片和MR圖像的配準(zhǔn)進行嘗試,進一步證明Demons算法對多模圖像配準(zhǔn)的有效性,具有較好的速度和精度。

        圖1 Demons算法配準(zhǔn)結(jié)果

        [1] 陳忠平,重視膠質(zhì)瘤的規(guī)范化治療[J].中國臨床神經(jīng)外科雜志,2007,12(5):257-258.

        [2] Gilbertson R J,Rich J N.Making a tumour’s bed:glioblastoma stem cells and the vascular niche[J].Nature Reviews Cancer,2007,7(10):733-736.

        [3] Thirion J P.Image matching as a diffusion process:an analogy with Maxwell’s Demon[J].Medical Image Analysis,1998,2(3):243-258.

        [4] Wang H,Dong L,O’Daniel J,et al.Validation of an accelerated 'demons'algorithm for deformable image registration in radiation therapy[J].Phys Med Biol,2005,50(12):2887-2905.

        [5] Vercauteren T,Pennec X,Malis E,et al.Insight into efficient image registration techniques and the demons algorithm[J].Inf Proc Process Med Imaging,2007,(20):495-506.

        [6] Kroon D J,Slump C H.MRI modalitiy transformation in demon registration[C].Boston,USA:IEEE International Symposium on Biomedical Imaging:From Nano to Macro,2009:963-966.

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