石室禪院位于全國最大的臺商投資區(qū)——廈門市海滄新陽工業(yè)區(qū)內(nèi)。南枕玳瑁群山，山間林木蔥翠、飛瀑流泉，但聞晨鐘暮鼓響徹寰宇。北望靈鷲山峰，放眼海天水闊、氣象萬千，好一派佛國景象。

廈門，為我國的四大經(jīng)濟(jì)特區(qū)之一，與臺灣隔海相望，素以環(huán)境優(yōu)美，風(fēng)景秀麗而著稱。閩南人自古崇佛，信仰普遍，故而靈山秀水綴以香火繚繞的寺院是廈門各景區(qū)的一大特色，聞名中外的寺院在閩南一帶隨處可見。

藥師佛道場石室禪院位于玳瑁山下，面對靈鷲山，據(jù)《漳州府志》、《龍溪縣志》、《海澄縣志》記載：石室禪院創(chuàng)建于后唐同光三年（925年），始建為寺院。宋英宗治平二年（1065年）曾修建或添建。元代元統(tǒng)甲戌（1334年），由晦庵和尚主持重建，建梵宮、僧房、塑佛像，宛然名剎，奠定了石室禪院之規(guī)模。明天順八年（1464年）一度修葺。明成化年間（1465年～1487年）寺廢。隆慶三至五年（1569年～1571年），由漳州芝山開元寺高僧云軒和尚主持理修，建法堂、山門和廊廡，周圍筑墻，煥然一新。

清朝是石室禪院的鼎盛時期，曾由朝廷下圣旨嘉獎該寺院藥師佛顯靈滅除瘟疫的事跡（圣旨碑還保存完好）。另據(jù)新編《廈門佛教志》載，石室禪院乃閩南剛開發(fā)時最初建的一批寺院之一，從出土留存的兩方有關(guān)重建石室禪院的古碑文記載中，該寺應(yīng)創(chuàng)建于唐垂拱二年（686年），原為人們修行的石室，而垂拱年則屬于閩南開漳，陳元光授第一任刺史之時。

石室禪院在宋、元、明、清、民國經(jīng)過多次重建，院內(nèi)有數(shù)幢石碑記載了這段古今歷史。明朝末年，倭寇侵?jǐn)_閩浙沿海，戚繼光將軍領(lǐng)兵抗倭，令倭兵聞風(fēng)喪膽而去，玳瑁山頂至今尚存戚將軍用于抗倭的“游城古寨”、“尖山古寨”遺跡，而禪院現(xiàn)仍留存有當(dāng)年扎寨駐兵所用的馬槽，具有一定的歷史參考價值。禪院東側(cè)為各朝僧尼之墓穴，以清朝居多，院內(nèi)多存有這些尚未破壞的古墓碑，其中已發(fā)現(xiàn)有三座明朝本寺住持的父母親古墓在寺院旁邊，其中明高僧正旭之母壽域，規(guī)模最為龐大，這種特殊葬制出現(xiàn)在中國佛教寺院之中可謂極為罕見，由此從側(cè)面也可印證，在當(dāng)時石室禪院古道場建置規(guī)模已經(jīng)非常宏大不凡了。

千年的古寺，崇峻的玳瑁山，雄壯的靈鷲山，自古相傳有十八景，如今許多景觀都僅成了歷史名詞，然而仍留下有部分景跡供后人玩賞，譬如“高山天湖”、“試劍石”、“高山飛瀑”、“仙人足跡”、“觀音崖”等，其留下的精彩傳說令后人回味無窮。

在寺院與玳瑁天湖之間有一高百米懸崖——觀音崖，寺院以前四周皆為村莊，村中有一寡婦因不堪鄉(xiāng)人誣其不貞，遂在寺內(nèi)佛祖前發(fā)一狠愿后，便攀爬至寺院后山崖處跳下以證清白，其間感得觀音菩薩救護(hù)，安然無恙，故稱此崖為“觀音崖”。

文殊菩薩曾因本寺弘揚藥師法門而應(yīng)現(xiàn)禪院，玳瑁山神向菩薩請教佛法，對答之間菩薩以劍試石，以喻佛法修行猶如寶劍砍斷世間一切煩惱，故今留“試劍石”圣跡供后人瞻仰。

禪院后山有一巨石——“仙腳石”，相傳古時有龜精騷擾民間作怪，鄉(xiāng)人來禪院祈求觀音菩薩消災(zāi)，菩薩顯靈降伏令龜精化為石頭，菩薩站立龜背之處也因此留下腳印，故稱“仙腳石”。