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        香魚HMGB1克隆、序列分析及表達特征

        2014-03-25 13:12:04吳俊史雨紅張亮陳炯
        生物學雜志 2014年5期

        吳俊, 史雨紅, 張亮, 陳炯

        (寧波大學 生物與海洋科學學院, 浙江 寧波 315211)

        高遷移率族蛋白B1(High mobility group box protein 1,HMGB1)是一種廣泛存在于細胞核與細胞質(zhì)的進化高度保守的蛋白,因其在聚丙烯酰胺凝膠電泳中的高遷移能力而得名。最初,研究認為HMGB1在細胞核內(nèi)與DNA結(jié)合,對DNA重組、修復、復制和基因轉(zhuǎn)錄起重要作用[1]。近年研究發(fā)現(xiàn),HMGB1可由單核細胞、巨噬細胞、垂體細胞、星形膠質(zhì)細胞等在炎癥介質(zhì)刺激下主動分泌至細胞外,也可由壞死細胞被動釋放至細胞外[2]。胞外HMGB1可與RAGE、TLR2、TLR4、TLR9等細胞表面受體結(jié)合,參與細胞內(nèi)信號轉(zhuǎn)導、細胞趨化性移動、促炎因子釋放等活動[3-4]。最新研究還表明,HMGB1作為一種晚期細胞因子,在敗血癥患者血清和組織中含量明顯增加。臨床觀察也證實,敗血癥致死患者比幸存者體內(nèi)HMGB1含量更高。這一研究結(jié)果預示HMGB1可以作為藥物作用靶點,通過特異性抑制HMGB1的釋放與活性達到抗炎的目的,為炎癥晚期敗血癥的治療提供可能性[5-6]。目前,NCBI數(shù)據(jù)庫中已有人(Homosapiens)、牛(BosTaurus)、大鼠(Rattusnorvegicus)、雞(Gallusgallus)、非洲有爪蟾(Xenopus(Silurana)tropicalis)等多個物種的HMGB1基因,但是與哺乳動物相比,魚類中僅有大西洋鮭(Salmosalar)、斑馬魚(Daniorerio)、胡瓜魚(Osmerusmordax)、虹鱒(Oncorhynchusmykiss)、鯽魚(Carassiusauratus)、裸蓋魚(Anoplopomafimbria)的HMGB1基因已被測定,未有深入研究。

        香魚(Plecoglossusaltivelis, Sweetfish)屬胡瓜魚目,香魚科,是一種主要分布在中國、日本和朝鮮等東亞地區(qū)的經(jīng)濟名貴魚類。近年來,由于棲息環(huán)境破壞等因素,香魚病害成為制約養(yǎng)殖業(yè)發(fā)展的重要問題。其中,鰻利斯頓氏菌引起的病害病程短,發(fā)病率和死亡率高,并且感染的香魚表現(xiàn)出典型的細菌敗血癥的癥狀,對沿海地區(qū)的香魚養(yǎng)殖業(yè)危害較大[7]。因此,對鰻利斯頓氏菌感染后香魚的相關(guān)基因和蛋白的研究,有利于香魚細菌性疾病的防治,對香魚養(yǎng)殖業(yè)具有重要指導意義。

        本文克隆并測定了香魚HMGB1基因的全長cDNA序列,闡明了它的結(jié)構(gòu)特性、系統(tǒng)進化關(guān)系及其mRNA在各組織中表達差異,并用qRT-PCR檢測鰻利斯頓氏菌感染后香魚肝臟、腦和肌肉HMGB1基因的mRNA的表達變化,旨在為進一步研究香魚HMGB1在炎癥中的分子機制提供依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 實驗材料與試劑

        健康香魚體重(53 ± 2)g,購自寧波水產(chǎn)大世界,ICR小鼠(雄)購自浙江省實驗動物中心。

        大腸桿菌TG1、BL21 pLys E、鰻利斯頓氏菌香魚分離株(ayu-H080701)均由本實驗室保存。RNAiso試劑、cDNA Library Construction Kit、rTaqTM、dNTP、pMD19-T Simple Vector、NdeI、BamH I 購自TaKaRa公司;E.Z.N.A.TMGel Extraction Kit購自OMEGA公司;PCR引物合成以及序列測定由Invitrogen公司完成;其他實驗用化學藥劑均為國產(chǎn)分析純試劑。

        1.2 動物實驗

        購買的香魚在實驗室條件(20 ± 1)℃下暫養(yǎng),一周后隨機選取3尾健康香魚,取肝臟、脾臟、腎、腦、心臟、鰓、肌肉和腸共8個組織,快速放入液氮中,然后集中放入-80℃保存,用于不同組織表達差異分析。剩余的香魚分為兩組(12尾/組),分別腹腔注射100 μL鰻利斯頓氏菌懸液(1.0×105CFU/mL PBS) (實驗組)和100 μL無菌PBS(對照組)。實驗組和對照組香魚分別于腹腔注射后24、48、72和96 h取樣,每次3尾/組[8]。

        1.3 香魚HMGB1基因cDNA序列的獲得

        使用RNAiso(TaKaRa)提取健康香魚肝臟樣品中總RNA,經(jīng)NanoDrop 2000 (Thermo) 和瓊脂糖凝膠電泳檢測分析后,cDNA Library Construction Kit 構(gòu)建香魚肝臟組織cDNA文庫。隨機挑選287個克隆(插入片段≥800 bp)在Invitrogen公司進行序列測定,測序結(jié)果在http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/上進行同源比對分析,雙向測通與GenBank中已知物種HMGB1基因序列相似的插入片段克隆[9],進而獲得香魚HMGB1基因cDNA序列。

        1.4 香魚HMGB1基因cDNA序列分析

        將測序獲得的香魚HMGB1基因cDNA序列在http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/上進行同源比對,在http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/上預測信號肽序列,與其他已知物種的HMGB1多重序列比對采用Bioedit程序,系統(tǒng)進化樹構(gòu)建采用MEGA 4.0[10]。

        1.5 香魚HMGB1基因mRNA的組織表達特征

        表1 PCR中用到的引物序列

        提取香魚各組織樣品總RNA并合成cDNA,根據(jù)香魚HMGB1基因全長cDNA序列設計特異性引物(表1),選取香魚β-actin基因作為內(nèi)參。采用qRT-PCR檢測HMGB1組織表達變化,為了確保qRT-PCR結(jié)果的準確性和可重復性,生物學重復3次。實驗數(shù)據(jù)根據(jù)Livak等人提出的相對標準曲線法2-ΔΔCt對相對定量的結(jié)果進行分析。

        1.6 鰻利斯頓氏菌感染的香魚肝臟、腦和肌肉組織HMGB1基因mRNA表達變化

        實驗組香魚各組織樣品總RNA提取、cDNA合成、qRT-PCR引物及方法同1.5。顯著性分析采用SPSS軟件(13.0)單因素方差分析法(One-way ANOVA),以P< 0.05為顯著性差異。

        1.7 香魚HMGB1基因的原核表達和抗血清制備

        根據(jù)香魚HMGB1基因cDNA序列,設計一對含有限制性內(nèi)切酶NdeI和BamH I酶切位點(下劃線部分)的原核表達引物(表1),以香魚肝臟cDNA文庫為模板,PCR擴增香魚HMGB1基因ORF序列,預期大小615 bp。產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳分離,用E.Z.N.A.TMGel Extraction Kit純化。用于原核表達的pET-28a-HMGB1的構(gòu)建、重組蛋白誘導表達及抗血清制備同文獻[8]。

        圖1香魚HMGB1與其他動物HMGB1氨基酸序列比對Fig 1 Multiple protein sequences aligment of HMGB1 from Sweetfish and other animals黑線部分代表HMGB1中A框、B框和酸性尾巴,黑色和灰色陰影分別代表氨基酸殘基的同一性和相似性,各物種HMGB1序列登錄號分別為:斑馬魚(BC045917)、虹鱒(BT073355)、裸蓋魚(BT082257)、鯽魚(FJ785327)、香魚(FR715330)、胡瓜魚(BT074445)、大西洋鮭(BT057530)、人(CR456863)、牛(BC102929)、雞(NM_204902)、小家鼠(BC100312)、熱帶爪蟾(BC063332)。

        圖2 基于HMGB1基因氨基酸序列序列的NJ系統(tǒng)發(fā)生樹Fig 2 Phylogenetic analysis of HMGB1 amino acid sequences using neighbor-joining method

        2 結(jié)果

        2.1 香魚HMGB1基因cDNA序列分析

        核苷酸序列分析表明,HMGB1基因cDNA序列(EMBL登錄號FR715330)長1233個核苷酸(不含polyA尾),5′端和3′端各有一段非編碼區(qū),分別由22個和596個核苷酸組成,3′末端具有一個含18個A的poly(A)尾。該序列含有一個615 bp的開放閱讀框,編碼一個由204個氨基酸組成的分子量為23.3 kDa的蛋白,其理論等電點(pI)為6.78。分析還表明,該蛋白N端包括一個由22個氨基酸組成的信號肽序列,多腺苷酸化信號序列“TATAAA”位于第670~675位。HMGB1的結(jié)構(gòu)研究表明,其分子內(nèi)含有兩個約80aa組成帶正電的L型HMG框,分別是位于N端的A框(A-box)和位于分子中間的B框(B-box)。A框和B框與DNA均有很高的親和力,是結(jié)合DNA的結(jié)構(gòu)功能域。研究發(fā)現(xiàn),HMGB1在細胞外作為炎癥因子的生物學活性主要與B框有關(guān),而A框?qū)框具有一定拮抗作用[11-12]。此外,HMGB1在C端還具有一個富含谷氨酸和天冬氨酸的帶負電的酸性尾巴(Acidic tail),這一結(jié)構(gòu)在HMGB1的轉(zhuǎn)錄過程中起重要作用[13](圖1)。

        氨基酸序列比對表明,香魚HMGB1序列和其它已經(jīng)報道的魚類HMGB1同源性較高,其中,與胡瓜魚HMGB1蛋白同源性最高,為98%。系統(tǒng)進化樹分析表明,香魚HMGB1與其他魚類HMGB1同簇,與胡瓜魚進化相關(guān)性最高(圖2)。HMGB1在眾多物種中的廣泛存在以及氨基酸序列的高度同源性揭示, 該蛋白質(zhì)在動物的生命活動中發(fā)揮重要作用。

        2.2 健康香魚HMGB1基因mRNA的組織表達特征

        采用RT-PCR技術(shù)檢測健康香魚8種不同組織(肝臟、脾臟、腎臟、腦、心、鰓、肌肉、腸)中HMGB1基因的mRNA表達量。結(jié)果表明,HMGB1基因在肝臟、腦、肌肉中表達量最高,在脾臟、腎臟、心中表達量相近,而在鰓和腸中幾乎不表達(圖3)。

        2.3 鰻利斯頓氏菌感染對香魚肝臟、腦和肌肉HMGB1基因mRNA表達的影響

        為了進一步揭示HMGB1基因mRNA在不同組織中表達量與鰻利斯頓氏菌感染的關(guān)系,本研究選擇了HMGB1表達量最大的肝、腦和肌肉3個組織,qRT-PCR分析鰻利斯頓氏菌感染后24、48、72和96 h香魚HMGB1基因mRNA表達變化。結(jié)果表明:與對照組相比,肝臟HMGB1 mRNA在感染24 h后表達量顯著上調(diào),48 h達到其峰值,為對照組的3.60倍,其后恢復健康香魚表達水平(圖4 A);香魚腦中HMGB1基因mRNA表達量在48 h時急劇上調(diào)達到最高值,為對照組的22.9倍,之后增加趨勢趨緩,但仍然高于對照組(圖4 B);香魚肌肉組織HMGB1基因mRNA表達量在感染48 h時,顯著上調(diào)(P< 0.05),72 h達到峰值,為對照組的8.59倍(圖4 C)。

        圖3 香魚HMGB1基因mRNA的組織表達特征

        圖4 qRT-PCR分析鰻利斯頓氏菌感染的香魚肝(A)、腦(B)和肌肉(C) HMGB1基因mRNA表達變化

        n=3;*:P< 0.05

        圖 5 香魚HMGB1重組蛋白的原核表達和抗血清驗證

        A: 經(jīng)IPTG誘導,香魚HMGB1重組蛋白SDS-PAGE圖。M: 低相對分子質(zhì)量標準蛋白質(zhì)(kDa); 泳道1、2、3分別代表:空載pET-28a(+); pET-28a-HMGB1重組蛋白; 重組蛋白切膠純化產(chǎn)物; B: Western blot檢測HMGB1抗血清特異性, ECL顯影。1、2分別代表: 空載pET-28a(+); pET-28a-HMGB1重組蛋白。

        2.4 香魚HMGB1的原核表達和抗血清制備

        測序驗證后的pET-28a-HMGB1轉(zhuǎn)化表達菌株BL21 pLys E并由IPTG誘導重組蛋白表達,聚丙烯酰胺凝膠電泳(SDS-PAGE)檢測。結(jié)果顯示,目的蛋白成功表達,分子量大小約為25.3 kDa(圖5),符合預期大小(23.3 kDaHMGB1成熟肽+2.0 kDa His-tag)。該目的蛋白經(jīng)切膠純化后,免疫小鼠制備抗血清。經(jīng)Western blot驗證,上述抗血清只能與重組的目的蛋白HMGB1起特異性反應,可用于后續(xù)相關(guān)研究。

        3 討論

        本研究測定了香魚HMGB1基因cDNA序列,它編碼一個由204個氨基酸組成的分子量大小為23.3 kDa的蛋白,N端包括信號肽(22個氨基酸)。結(jié)構(gòu)分析表明,香魚HMGB1的N端和分子中間分別具有一個A-box和B-box,C端還具有一個Acidic tail,這與已知的HMGB1結(jié)構(gòu)特征一致。系統(tǒng)進化樹分析表明,香魚HMGB1與其他已報道的魚類HMGB1高度相似,與胡瓜魚HMGB1蛋白同源性高達98%。

        組織表達特征研究表明,健康香魚HMGB1基因在肌肉、腦和肝臟中表達量最高,在脾、腎、心中表達量相近,而在鰓和腸中幾乎不表達。在進一步實驗中,我們以鰻利斯頓氏菌感染香魚為模型,采用qRT-PCR技術(shù)檢測肝、腦和肌肉HMGB1基因mRNA表達變化。結(jié)果表明,肝臟HMGB1基因mRNA在感染24 h后表達量顯著上調(diào),48 h達到其峰值;香魚腦中HMGB1基因mRNA表達量在48 h時急劇上調(diào)并達到最高值;香魚肌肉組織HMGB1基因mRNA表達量在感染48 h時顯著上調(diào),在72 h時達到峰值,并持續(xù)保持較高表達水平。由此,揭示HMGB1基因mRNA在這3個組織中表達總體趨勢略有不同。據(jù)文獻報道,在這3個組織中,HMGB1功能也有所不同。在發(fā)育過程中或肌肉損傷時,HMGB1控制肌肉生成[14],HMGB1表達水平的上調(diào)可能促進受損部位肌肉的修復。Sass等[15]在研究LPS刺激小鼠肝組織時發(fā)現(xiàn),HMGB1基因mRNA在LPS處理后小鼠損傷肝組織中表達顯著上升。此外,HMGB1在腦中也發(fā)揮重要作用,可以誘導神經(jīng)突起延伸,而且外源添加的HMGB1可以提高神經(jīng)細胞存活率[16]。在斑馬魚為模型的實驗中,HMGB1是腦部發(fā)育的關(guān)鍵因子,能提高神經(jīng)前體細胞存活和促進增殖[17]。此外,鰻利斯頓氏菌感染香魚36 h時,鰭基部充血發(fā)紅,體表肌肉腐爛;解剖鰻利斯頓氏菌感染香魚,發(fā)現(xiàn)感病香魚的腹腔有大量腹水,腸道充血,脾和腎充血腫大,這與之前報道一致[9]。由HMGB1基因mRNA表達響應病原感染時間及出現(xiàn)峰值時間,我們推測,香魚HMGB1作為一種主要晚期炎性細胞因子[18],在鰻利斯頓氏菌感染引起的炎癥反應中發(fā)揮重要作用。

        綜上所述,香魚肝、腦和肌肉組織中HMGB1基因可能與微生物感染引起的晚期炎癥反應相關(guān)。本研究為我們進一步探明香魚HMGB1的分子結(jié)構(gòu)及其在微生物感染引起的炎癥反應中的功能和作用機制打下基礎。

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