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        實時熒光定量PCR技術(shù)在發(fā)育生物學(xué)實驗

        2014-02-10 01:04:54薛秀花向本瓊
        實驗室研究與探索 2014年7期
        關(guān)鍵詞:實驗課生物學(xué)定量

        靳 溪, 薛秀花, 李 潔, 向本瓊

        (北京師范大學(xué) 生命科學(xué)學(xué)院, 北京 100875)

        0 引 言

        發(fā)育生物學(xué)是在傳統(tǒng)的胚胎學(xué)基礎(chǔ)上,綜合分子生物學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)、遺傳學(xué)和生物化學(xué)等多學(xué)科, 逐漸發(fā)展起來的一門新興學(xué)科。主要研究多細(xì)胞生物體生殖細(xì)胞的發(fā)生、受精、胚胎的發(fā)育、生長、衰老和死亡,即研究生物胚胎發(fā)育和個體發(fā)育的機(jī)制[1-2]。隨著實驗技術(shù)的發(fā)展以及多學(xué)科的交叉融合,發(fā)育生物學(xué)研究進(jìn)展迅速,這對發(fā)育生物學(xué)實驗課程提出了較高的要求。實驗課程的設(shè)計要理論與實踐并重,既需要與理論課程有一定的聯(lián)系,又要突出對于學(xué)生科學(xué)思維的訓(xùn)練和分析問題、解決問題能力的培養(yǎng)。實驗教學(xué)是培養(yǎng)學(xué)生動手能力、科學(xué)思維和綜合素質(zhì)的重要措施,只有合理設(shè)置實驗教學(xué)內(nèi)容,才有可能提高實驗課程教學(xué)效果,實現(xiàn)培養(yǎng)全面人才的教學(xué)目標(biāo)[3-4]。

        實時熒光定量PCR (Real-time quantitative PCR) 是通過熒光染料或熒光標(biāo)記的特異性探針,在PCR反應(yīng)過程中累積熒光信號,實時監(jiān)測PCR進(jìn)程,對待測樣品起始模板量進(jìn)行定量,可用于檢測和比較多種樣本中的微量核酸,包括:mRNA 表達(dá)分析、基因定量分析、點(diǎn)突變分析、等位基因分析、單核苷酸多態(tài)性分析、DNA 甲基化的檢測及對多種傳染病病原體的定量定性分析等。自1995年該技術(shù)問世以來,由于其具有快速、靈敏性高和特異性強(qiáng)等特點(diǎn),已被廣泛應(yīng)用于醫(yī)學(xué)診斷、生命科學(xué)、農(nóng)學(xué)、海關(guān)檢驗檢疫及國防軍事等領(lǐng)域的研究[5-7]。

        我院自2007~2008學(xué)年秋季開始,為生物科學(xué)專業(yè)三年級本科生開設(shè)發(fā)育生物學(xué)實驗課程。該課程核心宗旨是通過實驗幫助學(xué)生理解發(fā)育生物學(xué)理論,提高學(xué)生自主實驗技能。對于每一學(xué)年的實驗課設(shè)置,任課教師都會結(jié)合課程要求和學(xué)生特點(diǎn),安排新的實驗教學(xué)內(nèi)容。由于易于手術(shù)操作、便于觀察,雞胚是發(fā)育生物學(xué)研究的經(jīng)典實驗?zāi)P蚚8]。多年來,在我院發(fā)育生物學(xué)實驗動物部分課程中,雞胚是主要的實驗材料之一。近年來,實時熒光定量PCR技術(shù)的應(yīng)用已十分普遍,雖然有些課程簡單介紹過該項技術(shù),但均缺乏實踐操作環(huán)節(jié)。為了讓本科生從分子水平理解雞胚發(fā)育,同時,從理論到實踐全面了解實時熒光定量PCR技術(shù),本學(xué)年設(shè)計了結(jié)合綜合性和探索性的實驗內(nèi)容應(yīng)用于發(fā)育生物實驗課教學(xué),以激發(fā)學(xué)生的獨(dú)立思考能力和自主學(xué)習(xí)積極性,提高學(xué)生的實踐能力和科學(xué)素養(yǎng)。實驗內(nèi)容教學(xué)效果良好。

        1 教學(xué)安排

        (1) 課時分配。樣品總RNA提取、鑒定、反轉(zhuǎn)錄模板共計8課時,實時熒光定量PCR實驗操作及結(jié)果分析共計8課時。

        (2) 實驗分組。全班共4個小組,每個3或4人。

        (3) 課程作業(yè)。授課前,要求學(xué)生預(yù)習(xí)定量PCR實驗,自學(xué)實驗原理。查閱文獻(xiàn),假設(shè)一個與雞胚發(fā)育相關(guān)的待檢測基因,每組設(shè)計一個實驗方案。

        實驗課上,講授實驗原理,提供一個標(biāo)準(zhǔn)的實驗方案讓學(xué)生進(jìn)行操作,討論學(xué)生自己設(shè)計的實驗方案,給出意見和建議。

        授課后,要求學(xué)生提交實驗報告,課上進(jìn)行實驗結(jié)果交流和討論。

        2 實驗材料與方法

        2.1 實驗材料收集

        在進(jìn)行雞胚發(fā)育觀察實驗的同時,于雞胚發(fā)育的第10 d、15 d和20 d,每個小組在進(jìn)行雞胚發(fā)育形態(tài)學(xué)觀察之后,分別采集雞胚的腦組織和心臟組織,收集于2 mL凍存管,放置液氮罐保存。

        2.2 PCR模板樣品制備

        (1) RNA提取。參照TIANGEN?動物組織總RNA提取試劑盒說明書。

        (2) RNA濃度測定。GE?NanoVue。

        (3) RNA純度測定。凝膠電泳。

        (4) 反轉(zhuǎn)錄PCR。挑選經(jīng)過鑒定濃度和純度符合要求(凝膠電泳結(jié)果顯示條帶完整,OD260/OD280介于1.8~2.0)的RNA樣品進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄,參照TAKARA?反轉(zhuǎn)錄試劑盒說明書。

        2.3 熒光定量PCR

        (1) 引物[9-10](見表1)。

        表1 引物信息

        (2) 反應(yīng)體系。滅菌水8 μL ,上下游引物(10 μM)各0.5 μL,模板1 μL,定量Mix(2×)10 μL。

        (3) 反應(yīng)程序(ABI7500)。95℃ 5 min,95℃ 15 s—60℃ 30 s(循環(huán)數(shù)33), 72℃ 35 s,熔解曲線分析程序。

        (4) 結(jié)果分析。

        3 實驗結(jié)果與分析

        綜合全班實驗數(shù)據(jù),實驗結(jié)果見圖1。

        (1) 由于本實驗從樣本采集、RNA提取、鑒定、反轉(zhuǎn)錄到最后進(jìn)行熒光定量PCR實驗步驟較多。實驗過程中,有的同學(xué)遺失樣本,有的同學(xué)提取的RNA質(zhì)量不合格,不能用于實時熒光定量PCR實驗,因此雞胚發(fā)育第10 d腦組織樣本實驗結(jié)果缺失。

        (2) 目前應(yīng)用雞胚作為實驗材料檢測發(fā)育階段GABAAreceptor γ3基因表達(dá)情況的文獻(xiàn)報道較少。本次學(xué)生實驗結(jié)果顯示,在雞胚腦組織中,該基因mRNA在雞胚發(fā)育第20 d比第15 d表達(dá)上調(diào),這種表達(dá)變化的趨勢與Zaker等[10]研究報道一致。在雞胚心臟組織中,與雞胚發(fā)育第10 d相比,該基因mRNA在雞胚發(fā)育第15 d表達(dá)下調(diào),第20 d表達(dá)上調(diào)。這些結(jié)果尚需重復(fù)實驗驗證才能得出結(jié)論。

        圖1 實驗結(jié)果* 與10 d樣品相比,P<0.05;# 與15 d樣本相比,P<0.05

        (3) 本次實驗是探索性教學(xué)實驗,由本科生為主體,綜合一系列實驗而最終獲得結(jié)果,并且只是全班進(jìn)行了一次課堂上的實驗,匯總得到結(jié)果,可能存在實驗操作誤差。尚需重復(fù)實驗才能最終得出科研性結(jié)論。

        4 教學(xué)意義

        從課程建設(shè)和本科生教學(xué)實踐的角度考慮,此次實驗教學(xué)是成功的。通過該實驗的教學(xué)探索,為課程建設(shè)打下基礎(chǔ),讓學(xué)生得到鍛煉和收獲。主要體現(xiàn)在以下幾點(diǎn)。

        4.1 強(qiáng)化理論知識,鍛煉操作技能

        通過實踐本實驗設(shè)計內(nèi)容,學(xué)生普遍反映與單純講授實時熒光定量PCR技術(shù)相比,通過實驗操作,對該技術(shù)有了更清晰的認(rèn)識,不但理解了技術(shù)原理,還通過實際操作,學(xué)習(xí)了數(shù)據(jù)的分析方法。

        學(xué)生通過預(yù)習(xí)、自主設(shè)計實驗、課堂實踐、實驗報告撰寫等環(huán)節(jié),經(jīng)歷了一個相對完整、獨(dú)立的科研實驗過程,拓寬知識面,提高綜合實驗?zāi)芰ΑMㄟ^這樣的實踐,有助于樹立學(xué)生的科學(xué)思維和嚴(yán)謹(jǐn)態(tài)度、鍛煉學(xué)生獨(dú)立思考、培養(yǎng)學(xué)生的創(chuàng)新能力。從樣品采集到最后的結(jié)果分析,該實驗設(shè)計包含了多個基本實驗,學(xué)生通過逐一完成每個實驗,了解了實驗基本原理,熟悉了操作步驟。既培養(yǎng)學(xué)生動手操作能力、科研分析及解決問題的能力,也充分調(diào)動了學(xué)生的積極性[11]。

        在實驗中,學(xué)生會遇到各種各樣的問題,各個同學(xué)和小組之間要分工合作,這樣的過程,提供給學(xué)生一個發(fā)現(xiàn)問題、思考問題、解決問題的機(jī)會,激發(fā)學(xué)生學(xué)習(xí)興趣,培養(yǎng)學(xué)生的責(zé)任感和團(tuán)隊合作精神。教學(xué)實踐中,學(xué)生成為實驗課程的主體,教師從旁輔導(dǎo)指引,充分調(diào)動學(xué)生的主動性、積極性和創(chuàng)造性。

        4.2 合理安排實驗,善待實驗動物

        實時熒光定量PCR技術(shù)應(yīng)用于發(fā)育生物學(xué)實驗課,涉及到一系列的實驗和操作,這對學(xué)生的實驗設(shè)計和科研計劃能力提出了一定的要求。本實驗中,實驗材料的收集安排在雞胚發(fā)育觀察實驗之中,這訓(xùn)練了學(xué)生科學(xué)管理實驗材料,合理利用實驗材料,規(guī)劃實驗時間安排的能力。在教學(xué)實踐中,出現(xiàn)學(xué)生忘記收集實驗材料,學(xué)生保存的實驗材料由于標(biāo)記不清無法確定樣品來源,實驗步驟安排失誤導(dǎo)致實驗時間延長等各種情況,這對于學(xué)生都是很寶貴的教育過程。通過錯誤來學(xué)習(xí)是認(rèn)知方式之一,課堂是學(xué)生獲得知識、鍛煉能力的場所,實驗課提供給學(xué)生的正是這樣的機(jī)會。通過實時熒光定量PCR實驗的教學(xué)實踐,一方面鍛煉了學(xué)生統(tǒng)籌實驗的能力;另一方面,幫助學(xué)生樹立善待實驗動物的理念,在進(jìn)行完雞胚發(fā)育形態(tài)學(xué)觀察之后,收集實驗材料,既不會造成新的雞胚犧牲,還能充分利用已有實驗材料。

        4.3 積累教學(xué)資源,完善課程設(shè)置

        通過實時熒光定量PCR技術(shù)在發(fā)育生物學(xué)實驗的教學(xué)實踐,為發(fā)育生物學(xué)的綜合性實驗設(shè)計及探索性實驗項目提供參考。雞胚發(fā)育實驗是我院開設(shè)發(fā)育生物學(xué)以來一直很重視的實驗內(nèi)容之一,如何豐富該實驗的內(nèi)容,使學(xué)生更好的理解發(fā)育原理一直是發(fā)育生物學(xué)實驗課程希望完善之處。通過本次教學(xué)實踐,為學(xué)生從分子水平觀察雞胚發(fā)育提供了可能。

        發(fā)育生物學(xué)實驗是我院生物科學(xué)專業(yè)本科生在本科階段最后一門實驗課程,之所以安排在大三學(xué)年,就是因為發(fā)育生物學(xué)實驗是一門綜合性很強(qiáng)的課程,并且,正處于快速發(fā)展階段,新的研究技術(shù)和方法不斷被應(yīng)用、新的理論觀點(diǎn)不斷被提出。因此,就要求任課教師思考如何合理有效的設(shè)置課程,既要考慮到與理論課程的有機(jī)結(jié)合,也要兼顧發(fā)育生物學(xué)實驗的綜合性。

        將實驗技術(shù)應(yīng)用于科研,其可操作性相對較強(qiáng),但要使其成為實驗課的教學(xué)實驗,需要經(jīng)過不斷的摸索和改進(jìn),使之適應(yīng)教學(xué)實驗的特點(diǎn)[12-13]。本次實踐為以后在發(fā)育生物學(xué)實驗課設(shè)計開展實時熒光定量PCR實驗?zāi)K奠定了基礎(chǔ)。只有不斷嘗試,勇于開拓,才能將理論與實踐、科學(xué)研究與教學(xué)實驗更好地結(jié)合。

        5 結(jié) 語

        在生命科學(xué)快速發(fā)展的今天,發(fā)育生物學(xué)實驗課程面臨著機(jī)遇和挑戰(zhàn)。為培養(yǎng)全面發(fā)展的高素質(zhì)本科人才,教師要不斷更新教育教學(xué)理念,不斷創(chuàng)新教學(xué)方式方法,課前要認(rèn)真研究課程內(nèi)容,基于學(xué)生已有知識基礎(chǔ),合理設(shè)置實驗課的教學(xué)內(nèi)容,積極了解學(xué)生反饋意見,并進(jìn)行必要的調(diào)整。從而改善教學(xué)質(zhì)量,鍛煉學(xué)生的綜合能力,提高教師的業(yè)務(wù)能力和科研水平,形成教學(xué)相長良性互動的局面,以適應(yīng)新時期人才培養(yǎng)和社會發(fā)展的需求[14-16]。唯有經(jīng)過不懈努力和持久開拓,才能實現(xiàn)發(fā)育生物學(xué)實驗課程的日臻完善。

        (致謝:感謝北京師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院翟永功教授對本實驗設(shè)計和實施方案提供的意見和建議。感謝北京師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院張雁云教授在文章發(fā)表過程中給予的支持和幫助。感謝研究生助教許鵬飛和樊蓉在預(yù)實驗和課堂教學(xué)時的協(xié)助指導(dǎo)。)

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