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        基于科研人員本體的知識產(chǎn)出自動獲取方法與技術(shù)研究*

        2014-01-11 02:00:12盧利農(nóng)祝忠明張旺強李慧佳
        圖書與情報 2014年1期
        關(guān)鍵詞:同名科研人員本體

        盧利農(nóng) 祝忠明 張旺強 李慧佳

        (中國科學(xué)院國家科學(xué)圖書館蘭州分館/中國科學(xué)院資源環(huán)境科學(xué)信息中心 甘肅蘭州 730000)

        1 引言

        長期以來,以保存與管理科研機構(gòu)自身知識產(chǎn)出為宗旨的機構(gòu)知識庫(Institutional Repository,IR),一直未能有效解決內(nèi)容收集難與作者唯一標(biāo)識問題。

        在IR的內(nèi)容建設(shè)方面,機構(gòu)已有的知識產(chǎn)出中很大一部分都已經(jīng)被數(shù)字化,且分散保存在多個其它數(shù)字資源系統(tǒng)中,例如大型的數(shù)字出版系統(tǒng)、學(xué)科知識庫、機構(gòu)其它數(shù)字資源系統(tǒng)等。因此,在構(gòu)建IR過程中,對這些知識產(chǎn)出的重復(fù)建設(shè)勢必會造成人力、物力的浪費,其更好的解決方案是加以重用。對外部系統(tǒng)中知識產(chǎn)出的復(fù)用,一般有人工采集與機器自動采集兩種途徑。人工采集相對難度高、花費時間多,當(dāng)數(shù)據(jù)量大時,機器自動采集明顯優(yōu)于人工采集。

        此外,IR從多個外部系統(tǒng)匯集知識產(chǎn)出元數(shù)據(jù)時,面臨著作者的唯一標(biāo)識問題。由于不同系統(tǒng)名稱規(guī)范、編碼方式、數(shù)據(jù)格式等的不同,普遍存在著作者同名、同一作者多個名稱的現(xiàn)象。當(dāng)前,國內(nèi)外已有一些項目對名稱規(guī)范問題展開了研究。如JISC的Names Project[1]嘗試從已有的數(shù)據(jù)源中搜集名稱方面的數(shù)據(jù)并自動產(chǎn)生相當(dāng)規(guī)模的名稱規(guī)范數(shù)據(jù);ReasercherID[2]在全球范圍內(nèi)通過給每個注冊用戶分配一個唯一的標(biāo)識符,以解決用戶名稱的沖突問題,并支持獲取特定作者的引文信息。類似的還有國際標(biāo)準組織 ISO 的 ISPI[3]、ORCID[4]以及 OpenID[5]等。已有的名稱規(guī)范解決方案雖然一定程度起到了區(qū)分用戶主體的作用,但缺少與科研人員其他背景信息的語義關(guān)聯(lián),在使用時過多地依賴于人工操作,無法實現(xiàn)對科研人員主體的機器自動推理、匹配,難以擴展。語義網(wǎng)技術(shù)的興起,為解決這一問題提供了可能。

        本文在研究知識產(chǎn)出自動獲取方法與技術(shù)的基礎(chǔ)上,結(jié)合科研人員本體等語義網(wǎng)技術(shù),最終將通過機器采集獲取到的知識產(chǎn)出與其作者主體間建立真正的對應(yīng)關(guān)系。

        2 知識產(chǎn)出資源存儲系統(tǒng)及其采集方法分析

        通過機器方式自動獲取外部系統(tǒng)中的知識產(chǎn)出元數(shù)據(jù)時,根據(jù)源系統(tǒng)是否提供了程序訪問接口可將其劃分為兩種類型,同時對應(yīng)兩種不同的采集方法。如果源系統(tǒng)提供了程序接口,采集程序可通過接口批量獲取到格式化的數(shù)據(jù)集;如果沒有,一般需要通過解析網(wǎng)頁HTML源文件來獲取元數(shù)據(jù)。

        2.1 機器接口自動獲取

        目前,一些主流的數(shù)字資源系統(tǒng)或出版集團已經(jīng)提供了知識產(chǎn)出元數(shù)據(jù)或全文的開放共享接口。WOS(Web of Science)的元數(shù)據(jù)共享Web Service接口,支持機構(gòu)注冊用戶使用該接口獲取WOS收錄的本機構(gòu)科研人員的知識產(chǎn)出[6]。BMC(BioMed Central)為知識庫提供基于SWORD協(xié)議的知識產(chǎn)出自動存繳服務(wù),科研機構(gòu)首先在BMC網(wǎng)站注冊登記,之后BMC會自動將此科研機構(gòu)在BMC最新出版的期刊文章提交到機構(gòu)知識庫中[7]。arXiv為了便于機器訪問網(wǎng)站元數(shù)據(jù),提供了無限制、基于Atom的查詢接口[8]。源系統(tǒng)的開放接口一般是基于一種或多種協(xié)議,常見的用于開放知識產(chǎn)出元數(shù)據(jù)接口的協(xié)議有 OAI-PHM、SWORD、SOAP、RESTful、Atom、SRU 等。不同的接口類型對應(yīng)的數(shù)據(jù)返回格式不一,為了實現(xiàn)程序自動采集,需要針對各個源系統(tǒng)的接口開發(fā)專門的采集程序。由于不同系統(tǒng)往往使用的元數(shù)據(jù)描述框架不同,從源系統(tǒng)獲取到數(shù)據(jù)集后,需要通過映射并轉(zhuǎn)換為當(dāng)前系統(tǒng)的標(biāo)準元數(shù)據(jù)并保存。

        這些開放接口已經(jīng)被集成、應(yīng)用到很多機構(gòu)知識產(chǎn)出保存與管理系統(tǒng)中。例如,Eprints支持通過WOS、PubMed等系統(tǒng)提供的接口獲取知識產(chǎn)出數(shù)據(jù)[9]。中科院國家科學(xué)圖書館蘭州分館開發(fā)的機構(gòu)知識庫開源軟件CSpace[10]支持科研機構(gòu)從WOS中自動獲取本機構(gòu)科研知識產(chǎn)出。中國科學(xué)院OA論文知識庫[11]與BMC合作,BMC會自動將其收錄的中科院發(fā)表的文章提交到OA知識庫中。

        2.2 非機器接口自動獲取

        如果源系統(tǒng)沒有提供機器接口,一般可通過以下兩種方式來采集:一種是先通過爬蟲程序取得目標(biāo)源系統(tǒng)中知識產(chǎn)出元數(shù)據(jù)對應(yīng)的HTML文檔,使用抽取算法并結(jié)合自然語言處理、機器學(xué)習(xí)等技術(shù)抽取得到規(guī)范化編碼的知識產(chǎn)出元數(shù)據(jù)。另一種是根據(jù)目標(biāo)系統(tǒng)網(wǎng)頁源文件的特定格式編寫專門的獲取與解析程序。第一種方式的優(yōu)點是可以從多個數(shù)據(jù)源中快速、大批量地獲取到知識產(chǎn)出數(shù)據(jù),但準確性及查全率一般;第二種方式則正好相反。

        對于非機器接口的知識產(chǎn)出元數(shù)據(jù)自動獲取,具有代表性的項目是英國洛翰普頓大學(xué)自2007年開始,2009年結(jié)束的AIR(Automated Archiving for an Institutional Repository)[12],該項目旨在解決機構(gòu)知識庫內(nèi)容建設(shè)難的問題,實現(xiàn)了從機構(gòu)網(wǎng)站下載包含本機構(gòu)科研人員產(chǎn)出的網(wǎng)頁文件,通過索引、知識抽取、元數(shù)據(jù)重新組織描述等步驟,將獲取到的知識產(chǎn)出數(shù)據(jù)經(jīng)科研人員輔助編輯確認后通過SWORD提交到機構(gòu)知識庫中。類似的還有Google Scholar[13]、CiteSeer(又名ResearchIndex)[14],它們都支持從互聯(lián)網(wǎng)上檢索并抽取知識產(chǎn)出元數(shù)據(jù)。國內(nèi)中科院軟件所Field Specialist Knowledge Collection領(lǐng)域?qū)<抑R導(dǎo)航系統(tǒng)[15]可以從多個數(shù)字知識產(chǎn)出出版系統(tǒng)中自動獲取科研人員的知識產(chǎn)出數(shù)據(jù)。

        3 基于科研人員本體的學(xué)術(shù)產(chǎn)出自動獲取總體設(shè)計

        基于科研人員本體的學(xué)術(shù)產(chǎn)出自動獲取主要由知識產(chǎn)出自動獲取與語義化匹配存儲兩部分組成。前者負責(zé)從多個外部系統(tǒng)中批量獲取并解析得到知識產(chǎn)出數(shù)據(jù),后者對這些數(shù)據(jù)進行語義化描述,并實現(xiàn)作者名稱消歧及作者與知識產(chǎn)出、機構(gòu)、地址等資源間的匹配關(guān)聯(lián)(系統(tǒng)整體框架的設(shè)計見圖1)。

        自動采集包括以下三種方式:

        第一種針對目標(biāo)系統(tǒng)沒有提供程序接口,但每條知識產(chǎn)出對應(yīng)元數(shù)據(jù)在各Web網(wǎng)頁中有相對固定的規(guī)范化HTML DOM編碼,對于這類資源提供專門針對目標(biāo)系統(tǒng)的HTML下載器與解析器來獲取知識產(chǎn)出元數(shù)據(jù)。

        第二種是使用爬蟲程序來下載到目標(biāo)系統(tǒng)的Web頁面,通過頁面分類器對原始文檔進行分類,得到知識產(chǎn)出對應(yīng)的文檔,然后結(jié)合抽取算法從中得到知識產(chǎn)出元數(shù)據(jù)。這種方式也是針對沒有提供機器接口的第三方系統(tǒng),但與第一種采集方式針對目標(biāo)系統(tǒng)不同的是,各知識產(chǎn)出元數(shù)據(jù)在不同的Web頁面中沒有使用固定的HTML DOM編碼。

        第三種針對提供了程序API接口的第三方系統(tǒng),根據(jù)目標(biāo)系統(tǒng)共享元數(shù)據(jù)使用協(xié)議、認證方式、元數(shù)據(jù)編碼組織方式等的不同,有針對性的編寫專門采集與解析程序來獲取知識產(chǎn)出元數(shù)據(jù)。

        通過以上三種途徑獲取到知識產(chǎn)出元數(shù)據(jù)后,需要對不同來源的數(shù)據(jù)進行規(guī)范化預(yù)處理,包括特殊字符過濾、數(shù)據(jù)項的合并與拆解、元數(shù)據(jù)格式統(tǒng)一等。

        最后是語義化編碼與匹配存儲,系統(tǒng)依據(jù)科研人員本體模型,將知識產(chǎn)出元數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為作者、機構(gòu)、知識產(chǎn)出、地址等本體實例。在保存時,先判斷系統(tǒng)中是否已存在同名作者,若存在,利用當(dāng)前作者所屬機構(gòu)、地址、關(guān)鍵詞、主題詞、合著者等信息與已有數(shù)據(jù)進行語義匹配,確定是是否為同一作者。如果是同一作者,則不創(chuàng)建新的作者實例,將當(dāng)前知識產(chǎn)出與已有的作者實例進行關(guān)聯(lián),否則,創(chuàng)建新的作者實例。

        4 科研人員本體的構(gòu)建

        現(xiàn)有的本體構(gòu)建方法有很多,在對比分析幾種常見的知識本體構(gòu)建方法路線[16]基礎(chǔ)上,我們采用七步法[17]構(gòu)建科研人員本體。

        首先,確定科研人員本體的目標(biāo)與邊界。通過刻畫科研人員以及相關(guān)的知識產(chǎn)出、所在單位等資源的屬性及資源相互之間的關(guān)系,實現(xiàn)對科研人員的唯一標(biāo)識與名稱規(guī)范,以及各資源實體間的精確語義關(guān)聯(lián)構(gòu)建科研人員本體的目標(biāo)。因此,科研人員本體的構(gòu)建應(yīng)結(jié)合這一目標(biāo)展開,否則有可能會造成本體過于龐大且偏離需求。

        復(fù)用已有本體可以使構(gòu)建工作更加科學(xué)、快速、準確。圍繞科研人員本體應(yīng)用的需求,通過調(diào)研,我們選擇復(fù)用與科研知識產(chǎn)出相關(guān)的 foaf[18]、bibo[19]、fabio[20]、prism[21]、vivo[22]等已有本體。

        以人物概念作為整個本體模型的中心,通過對科研領(lǐng)域的各種人物實體進行抽象分析,選取與人物概念相關(guān)的各種概念,確定科研人員本體模型的核心概念集??蒲腥藛T核心概念集主要包括三部分,即科研人員、知識產(chǎn)出、機構(gòu)(見圖2)。其中,科研人員屬于某一個(或多個)科研單位、某一科研產(chǎn)出的作者為某一個(或多個)科研人員。

        ●科研人員的核心概念包括:姓名、性別、出生日期、Email、別名、研究領(lǐng)域、ResearcherID、所在單位、知識產(chǎn)出等;

        ●知識產(chǎn)出核心概念包括:作品的內(nèi)容類型(如期刊論文、會議論文、專著、專利等)、題名、發(fā)表日期、DOI、作者等;

        在確定核心概念之后,使用本體建模工具Protégé建立科研人員本體模型(核心類關(guān)系見圖3)。

        其中,復(fù)用的foaf:Person、foaf:Organization分別表示作者和機構(gòu)。作者與機構(gòu)之間的關(guān)聯(lián)通過vivo:current-MemberOf、vivo:hasCurrentMember兩個逆反對象屬性實現(xiàn)。作者與作者間的合作關(guān)系用對稱屬性vivo:hasCollaborator表示,機構(gòu)之間的上下級關(guān)系使用逆反屬性vivo:hasSubOrganization和vivo:subOrganizationWithin表示。

        對于知識產(chǎn)出,本文暫時只考慮了期刊論文,并使用bibo:AcademicArticle表示。為了保存作者的排名,文章與作者間的關(guān)聯(lián)通過vivo:Authorship作為中介,由vivo:Au-thorship的vivo:authorRank數(shù)據(jù)屬性記錄文章的作者排名。某一篇文章與其作者進行關(guān)聯(lián)時,每個作者對應(yīng)一個vivo:Authorship實例,兩者間通過vivo:authorInAuthorship與vivo:linkedAuthor兩個逆反屬性關(guān)聯(lián)。vivo:Authorship實例與文章通過vivo:linkedInformationResource與vivo:informationResourceInAuthorship兩個逆反屬性關(guān)聯(lián)。

        文章所屬期刊對應(yīng)bibo:Journal,文章與期刊間通過vivo:hasPublicationVenue、vivo:publicationVenueFor兩個逆反屬性進行關(guān)聯(lián)。

        機構(gòu)的地址信息使用單獨的類vivo:Address表示,對應(yīng)的數(shù)據(jù)屬性有詳細地址、省、市、郵編等。機構(gòu)與地址間通過hasAddress、locationFor兩個逆反屬性進行關(guān)聯(lián)。

        Similarity類表示兩個同名作者間的相似度,其數(shù)據(jù)屬性similarityValue記錄具體的相似值。相似度與作者間通過逆反屬性hasSimilarity與similarityWith實現(xiàn)關(guān)聯(lián)。

        科員人員知識產(chǎn)出本體的主要概念及屬性如表1所示。

        表1 科員人員知識產(chǎn)出本體的主要概念及屬性表

        5 基于科研人員本體的學(xué)術(shù)產(chǎn)出自動獲取實現(xiàn)

        下面以WOS數(shù)據(jù)庫為例介紹知識產(chǎn)出的自動獲取與作者語義匹配的實現(xiàn)。WOS提供了Web Service接口,支持科研機構(gòu)通過查詢的方式獲取機構(gòu)的知識產(chǎn)出元數(shù)據(jù),返回數(shù)據(jù)格式為XML。系統(tǒng)使用Java+Jena+SparQL+MySQL實現(xiàn),語義化編碼與作者匹配使用Jena與SparQL,存儲通過Jena的SDB保存到MySQL數(shù)據(jù)庫。

        采集程序首先獲取并解析得到知識產(chǎn)出元數(shù)據(jù),結(jié)合科研人員本體,將元數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為本體的實例,圖4是一條知識產(chǎn)出數(shù)據(jù)對應(yīng)語義描述的關(guān)鍵片斷示意。

        由于從多個外部系統(tǒng)采集知識產(chǎn)出元數(shù)據(jù)時,各系統(tǒng)使用的元數(shù)據(jù)框架不一、元數(shù)據(jù)格式不一、數(shù)據(jù)質(zhì)量不一,所以,本系統(tǒng)結(jié)合科研人員本體等語義網(wǎng)技術(shù),使用模糊匹配的方法來實現(xiàn)作者的唯一辨識。具體方法是:在向系統(tǒng)中新增一條知識產(chǎn)出數(shù)據(jù)時,首先查詢系統(tǒng)中是否已有同名作者,如果有,則利用作者相似度變量s,對作者所屬機構(gòu)、機構(gòu)地址、作者發(fā)表文章的關(guān)鍵詞、主題詞,文章所屬學(xué)科分類以及合作作者相關(guān)信息等項進行匹配并賦不同的權(quán)值,當(dāng)各參數(shù)項相似度總和s達到某一值時,確定當(dāng)前作者與此同名作者為同一作者實體。其中s值的變化是在分析原始數(shù)據(jù)與程序?qū)嶋H測試的基礎(chǔ)上確定的(見圖 4)。

        整個匹配過程包括以下六步:

        第一步,若當(dāng)前作者有Email,將此Email與系統(tǒng)中作者實例的數(shù)據(jù)屬性vivo:email進行匹配,如果匹配成功,轉(zhuǎn)至結(jié)果(1)。

        第二步,若當(dāng)前作者沒有Email或上一步匹配不成功,則檢索系統(tǒng)中是否有同名作者。如果存在同名作者,對作者所屬機構(gòu)項進行匹配,匹配成功s值增加20;然后,判斷是否存在上級機構(gòu),如果存在且匹配成功,s值增加10;最后獲取作者所屬機構(gòu)對應(yīng)的地址,對于完整地址(vivo:address1),考慮到每篇文章中相同地理位置描述的不統(tǒng)一,使用字符串模糊匹配算法計算相似度(取值為0~1),當(dāng)?shù)刂废嗨贫醛}gt;=0.8時,s值增加60,當(dāng)?shù)刂珐}gt;=0.6時,s值增加30。此外,當(dāng)省、市匹配成功時,s值各增加10。

        第三步,判斷s值是否大于等于100,如果是轉(zhuǎn)至結(jié)果(1),否則,判斷其值是否大于等于50,如果不是,跳至結(jié)果(2),如果是,獲取系統(tǒng)已存在同名作者發(fā)表文章的關(guān)鍵詞、主題詞、文章所屬學(xué)科分類,與當(dāng)前作者對應(yīng)項進行匹配,每次成功匹配,s值增加10。

        第四步,判斷s值是否大于等于100,如果是轉(zhuǎn)至結(jié)果(1),否則,如果待添加作者在當(dāng)前知識產(chǎn)出中的合著作者已匹配成功,判斷數(shù)據(jù)庫中同名作者與此合著作者是否有合作關(guān)系,如果有,s值增加30。判斷s值是否大于等于100,如果是則轉(zhuǎn)至結(jié)果(1),否則轉(zhuǎn)至結(jié)果(2)。

        結(jié)果(1):同名作者匹配成功,認為當(dāng)前作者與系統(tǒng)中的同名作者為同一作者實體,在原有作者實例基礎(chǔ)上,關(guān)聯(lián)當(dāng)前知識產(chǎn)出相關(guān)的其他實例對象。

        結(jié)果(2):同名作者匹配不成功,為當(dāng)前作者創(chuàng)建新的作者實例。判斷s值是否大于20,如果是創(chuàng)建Similarity類實例,并與兩個作者進行關(guān)聯(lián),將s值保存到實例的similarityValue數(shù)據(jù)屬性,以便管理員手動驗證同名作者是否為同一作者。

        系統(tǒng)測試使用“單位名稱=Chinese Acad Sci”獲取到作者單位為中科院的2376條知識產(chǎn)出數(shù)據(jù),共計16253個作者,同名作者6117個,成功合并作者3998個。表2是成功合并的前10個作者信息。

        通過對此10個對應(yīng)同名作者(包括匹配成功與不成功)數(shù)據(jù)的人工檢查統(tǒng)計,準確率P(Precision)與召回率R(Recall)分別為 94.5%、91.2%。

        6 結(jié)語

        在知識產(chǎn)出資源管理系統(tǒng)中,如何快速、有效地從外部系統(tǒng)中集成已有的資源,以及如何將獲取到的知識產(chǎn)出與其作者實現(xiàn)唯一、準確的關(guān)聯(lián),是包括IR在內(nèi)的很多知識資源管理系統(tǒng)共同面臨的難題。本文在分析外部數(shù)據(jù)源系統(tǒng)元數(shù)據(jù)共享方式的基礎(chǔ)上,根據(jù)各類系統(tǒng)的特點,確定了相適宜的采集方案,以減少信息資源內(nèi)容重復(fù)建設(shè)帶來的人力、物力支出。結(jié)合基于科研人員本體的語義網(wǎng)相關(guān)技術(shù),對采集到的知識產(chǎn)出數(shù)據(jù)進行語義化編碼轉(zhuǎn)換與匹配存儲。實驗結(jié)果表明,本文的方法較好的實現(xiàn)了對同名作者的唯一辨識,相比傳統(tǒng)的人工匹配,大大減輕了系統(tǒng)管理人員的負擔(dān),且具有較高的準確率與查全率。對同名作者的匹配,既支持將匹配度較高的作者自動合并,同時對匹配度較低作者間相似值進行保存,為管理人員人工識別提供接口。

        表2 Top 10合并作者信息

        與此同時,系統(tǒng)仍有很多不足之處。例如:如何保證使用爬蟲程序采集多個數(shù)據(jù)源的知識產(chǎn)出元數(shù)據(jù)時都取得比較好的采集效果;目前,系統(tǒng)的作者語義匹配主要解決了作者同名的情況,當(dāng)元數(shù)據(jù)來自多個數(shù)據(jù)源系統(tǒng)時,往往面臨同一作者有多種形式名稱的問題;此外,當(dāng)數(shù)據(jù)量逐漸增大時,會面臨效率問題,需要結(jié)合傳統(tǒng)技術(shù)與語義網(wǎng)技術(shù)做進一步的優(yōu)化。這些問題有待進一步的研究并解決。

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