摘 要:本文探討如何在Platform HPC界面下定制非集成的應用程序模板,讓所有只關注計算的用戶能夠透明地利用您的集群,使其無需任何集群專業(yè)知識而順利完成計算任務,同時也為運維Platform HPC的管理人員提供參考。
關鍵詞:Platform HPC;仿真分析;高性能計算集群;應用程序模板;LSF BSUB ACTRAN
中圖分類號:TP393.01
名詞解釋 Platform HPC:即Platform 公司推出的高性能計算集群系統(tǒng)。模板:這里指HPC界面下為仿真分析應用軟件提供的配置腳本,管理人員可以通過定制或修改腳本,滿足自己要求。LSF:Platform公司開發(fā)的作業(yè)調(diào)度軟件。BSUB:LSF下提交作業(yè)的執(zhí)行程序。ACTRAN:仿真分析軟件。
Platform HPC是一個高性能計算集群套件,它包好LSF作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)、PMC Web門戶界面,各行業(yè)的仿真分析用戶能夠通過WEB界面部署、管理集群和完成作業(yè)調(diào)度,使其專注于計算,而不是基礎架構(gòu)。Platform HPC界面包含主流仿真分析應用的作業(yè)模板,簡化了應用程序集成,并使您能夠透明地利用您的集群,提高應用程序工作負載。但還有眾多的應用軟件沒有被集成,只能使用命令行提交作業(yè),無法利用Web界面的優(yōu)勢,阻礙用戶的普及率。下面就探討如何定制作業(yè)模板,把所有仿真分析應用集成進Web門戶,提高用戶的使用率。
1 Platform HPC作業(yè)提交模板
定制Platform HPC作業(yè)提交模板,有兩種方式:
(1)編寫自己的模板腳本,使其滿足新應用程序要求。這種方式需要熟練掌握腳本語言和了解Platform HPC界面接口,適合商業(yè)應用公司來開發(fā)、定制復雜應用。
(2)簡單調(diào)整、定制現(xiàn)有應用程序的模板,使其適用于其它應用。這種方式適合有讀和簡單編寫腳本程序能力,大多數(shù)的HPC管理人員,這里就采用此方式來實現(xiàn)。
以編寫Actran軟件作業(yè)提交模板為例:選擇Platform HPC界面集成的Abaqus應用程序模板,另存為Actran模板。圖形編輯新生成的模板,結(jié)果如下圖1:
圖1
定制ACTRAN模板提交腳本。部分內(nèi)容如下:
(1)應用程序參數(shù)
#Actran軟件路徑及變量
PATH_OF_PRODUCTLINE=\"--apl=/FFT/Actran_13.0\"
#每個計算節(jié)點的核數(shù)
SPAN=\"span[ptile=12]\"
export SPAN
#作業(yè)名選項同Abaqus
#內(nèi)存選項
if [ \"x$MEMORY\" != \"x\" ] ; then
ACTRAN_OPTIONS=\"$ACTRAN_OPTIONS -m $MEMORY\"
fi
#并行選項,空為串行,為ACTRAN特有,也是整個腳本部分的難點
if [ \"x$PARALLEL\" != \"x\" ]; then
PARALLEL_OPT=\"--parallel=$PARALLEL\"
ACTRAN_CMD=\"actranpy_mp\"
else
PARALLEL_OPT=\"\"
ACTRAN_CMD=\"actranpy\"
Fi
#Actran額外選現(xiàn)同Abaqus
(2)集群參數(shù)
#提醒選現(xiàn)同Abaqus
#CPU選項
if [ \"x$NCPU\" != \"x\" ]; then
NCPU_OPT=\"-n $NCPU\"
else
NCPU_OPT=\"\"
fi
#隊列選項
if [ \"x$QUEUE\" != \"x\" ]; then
SUB_QUEUE_OPT=\"-q $QUEUE\"
else
SUB_QUEUE_OPT=\"\"
fi
#輸入文件及選項,簡單替換或修改Abaqus
if [ \"x$EDAT_INPUT_FILE\" = \"x\" ]; then
echo \"You must specify an input (.edat) data file to submit an ACTRAN job.\" 1>2
exit 1
else
EDAT_INPUT_FILE=`echo $EDAT_INPUT_FILE | tr -d \\"`
if [ \"x$ACTRAN_OPTIONS\" = \"x\" ]; then
ACTRAN_OPTIONS=\"-i \\"$EDAT_INPUT_FILE\\"\"
else
ACTRAN_OPTIONS=\"$ACTRAN_OPTIONS -i \\"$INP_INPUT_FILE\\"\"
fi
fi
#BSUB執(zhí)行命令參數(shù)組合,注意各參數(shù)的順序,可參考應用文檔。
JOB_RESULT=`/bin/sh -c \"bsub -B -N ${NCPU_OPT} ${OUTPUT_FILE_LOCATION_OPT} ${CWD_DIR} ${JOB_NAME_OPT} ${SUB_QUEUE_OPT} ${RUNHOST_OPT} ${MEMARC_OPT} ${EXTRA_PARAMS} ${ACTRAN_CMD} ${PATH_OF_PRODUCTLINE} ${ACTRAN_OPTIONS} ${PARALLEL_OPT} ${OTHER_OPTS} 2>1\"`
#執(zhí)行
export JOB_RESULT OUTPUT_FILE_LOCATION
${GUI_CONFDIR}/application/job-result.sh
其它部分如:輸出文件和位置,運行主機等選項基本同abaqus,只是替換ABAQUS字符為ACTRAN,因此這些部分的內(nèi)容略。
在Platform HPC界面里可以提交測試作業(yè),看最后產(chǎn)生的JOB_RESULT變量輸出的結(jié)果是否同命令行相同,如不同可以根據(jù)實際情況增減相應變量或選項。這樣一個全新的Actran作業(yè)提交模板就形成了。
2 總結(jié)
Platform HPC界面作業(yè)提交模板,實際上就是把BSUB命令與仿真分析應用軟件的腳本圖形化。定制的過程比較簡單,但也需要花費點兒時間,一個個參數(shù)測,直到最后滿足要求。定制后的模板,使用方便、簡單,計算用戶不再需要了解計算軟件各種環(huán)境變量和參數(shù),只需在界面添相應的內(nèi)容即可,達到了使其更好地專注于計算的目的。
參考文獻:
[1]Actran 13.0 User’s Guide.Actran官方電子文檔.
[2]Platform HPC Guides.Platform官方電子文檔.
作者單位:長客股份,長春 201311