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        基于DCMTK的DICOM-ECG實(shí)現(xiàn)的研究

        2013-12-05 09:38:38王祥吳劍馬亞全彭誠(chéng)
        中國(guó)醫(yī)療器械雜志 2013年6期
        關(guān)鍵詞:標(biāo)準(zhǔn)信息

        【作 者】王祥,吳劍,馬亞全,彭誠(chéng)

        1 清華大學(xué)深圳研究生院 深圳市無(wú)損監(jiān)測(cè)與微創(chuàng)醫(yī)學(xué)技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,深圳市,518055

        2 深圳華清心儀醫(yī)療電子有限公司,深圳市,518054

        作為一種對(duì)心臟疾病的無(wú)創(chuàng)檢測(cè)和早期診斷方法,心電圖反映了心臟激動(dòng)的電學(xué)活動(dòng),對(duì)于各種心律失常和傳導(dǎo)障礙的診斷具有決定性作用。近年來(lái),隨著網(wǎng)絡(luò)化信息化的發(fā)展,對(duì)于醫(yī)療診斷的信息化智能化的需要越來(lái)越多,如何使心電數(shù)據(jù)與HIS(Hospital Information System,醫(yī)院信息系統(tǒng))、PACS(Picture Archiving and Communication System,醫(yī)學(xué)影像存檔與通信系統(tǒng))等系統(tǒng)更好的交互成為人們迫切需要解決的問(wèn)題。

        很長(zhǎng)一段時(shí)間以來(lái),由于沒(méi)有統(tǒng)一的工業(yè)標(biāo)準(zhǔn),各個(gè)心電圖機(jī)的生產(chǎn)廠家定義的心電數(shù)據(jù)格式大不一樣,主要使用的數(shù)據(jù)格式有三種:SCP-ECG、HL7-aECG和DICOM-ECG[1]。SCP-ECG和HL7-aECG的數(shù)據(jù)格式雖然在其他方面有其優(yōu)勢(shì),但均不能直接與醫(yī)院信息系統(tǒng)直接通訊。而作為滿足DICOM標(biāo)準(zhǔn)的DICOM-ECG格式,又由于其標(biāo)準(zhǔn)的復(fù)雜性等原因,直到2006年才有廠商聲稱支持采用DICOM標(biāo)準(zhǔn)作為診斷型心電圖機(jī)的存儲(chǔ)標(biāo)準(zhǔn)。

        目前,雖然支持SCP-ECG和HL7-aECG心電存儲(chǔ)格式的廠家與協(xié)會(huì)比較多,但當(dāng)這些格式的數(shù)據(jù)與醫(yī)院信息系統(tǒng)交互時(shí),需要提供第三方軟件或是工具,將數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)為符合DICOM標(biāo)準(zhǔn)的格式,才能實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)上傳及存儲(chǔ)等功能[2]。本文通過(guò)對(duì)DICOM 3.0標(biāo)準(zhǔn)的心電波形部分解析,并借助工具包DCMTK(DICOM ToolKit)實(shí)現(xiàn)對(duì)DICOM-ECG文件的生成,使心電數(shù)據(jù)實(shí)現(xiàn)與HIS、PACS等系統(tǒng)的直接通訊。

        1 DICOM簡(jiǎn)介

        為了解決由于醫(yī)療設(shè)備的生產(chǎn)廠家不同帶來(lái)的互操作困難,美國(guó)放射聯(lián)合會(huì)(American College of Radiology,ACR)和美國(guó)國(guó)家電子制造商協(xié)會(huì)(National Electrical Manufacturers Association,NEMA)制定了DICOM(Digital Imaging and Communications in Medicine,醫(yī)學(xué)數(shù)字影像和通訊)標(biāo)準(zhǔn)。從最初的1.0版本(ACR-NEMA-Standards Publications No.300-1985)到1988年推出的2.0版本(ACR-NEMA-Standards Publications No.300-1988),到1993年3.0版本,DICOM標(biāo)準(zhǔn)已經(jīng)發(fā)展成為醫(yī)學(xué)影像信息學(xué)領(lǐng)域的國(guó)際通用標(biāo)準(zhǔn)[3]。

        DICOM數(shù)據(jù)文件可分為文件頭和數(shù)據(jù)集兩部分。

        DICOM的文件頭包括兩個(gè)部分。文件頭的第一部分是128 byte的保留部分,該部分通常全為00H,接下來(lái)是前綴部分,占4個(gè)byte,內(nèi)容固定為大寫(xiě)字母的字符串”DICM”,該字符串可以作為判斷一個(gè)文件是否為DICOM文件的依據(jù)。文件頭的第二部分主要是用來(lái)存儲(chǔ)元信息(meta information),包括傳輸語(yǔ)法、病人姓名、文件元信息版本、媒體存儲(chǔ)SOP(服務(wù)對(duì)象類)UID(唯一標(biāo)志符)和傳輸句法UID等。

        DICOM數(shù)據(jù)集由多個(gè)數(shù)據(jù)元素組成[4]。數(shù)據(jù)元素主要包含四個(gè)部分:標(biāo)簽(Tag)、值表示類型(value representation,VR)、值長(zhǎng)度(value length)和值域(value field),其中的值表示類型是可選的,如圖1所示。

        圖1 DICOM數(shù)據(jù)集和數(shù)據(jù)元素構(gòu)成Fig.1 DICOM data set and data element structures

        2 DICOM-ECG

        DICOM標(biāo)準(zhǔn)最初的目的是存儲(chǔ)和傳輸醫(yī)學(xué)影像,但2000年DICOM WS 30引入后,DICOM標(biāo)準(zhǔn)開(kāi)始支持醫(yī)學(xué)波形圖像的存儲(chǔ),使DICOM作為心電圖存儲(chǔ)格式成為可能。使用DICOM-ECG作為心電數(shù)據(jù)存儲(chǔ)格式有其優(yōu)勢(shì):支持多種診斷設(shè)備、全球通用、標(biāo)準(zhǔn)的成熟、文件大小合理等[1]。相對(duì)于其他標(biāo)準(zhǔn),DICOM-ECG也有自己獨(dú)特的優(yōu)勢(shì):通過(guò)DICOM,醫(yī)生可以通過(guò)綜合影像和波形對(duì)患者進(jìn)行診斷,這是其他心電標(biāo)準(zhǔn)所不具有的[5]。

        DICOM-ECG作為DICOM的一部分,其存儲(chǔ)格式遵循DICOM的文件格式。DICOM使用信息對(duì)象模型來(lái)描述現(xiàn)實(shí)世界的對(duì)象信息,圖2為ECG的DICOM信息對(duì)象定義(Information Object Definition,IOD)描述[6]。一個(gè)信息模型分為四個(gè)層次:Patient(患者)處于最頂層,表示一個(gè)DICOM文件只可能屬于唯一的一個(gè)病人;Study(檢查)處于下一層,“1,n”表示1對(duì)n的關(guān)系,即一個(gè)Patient可以有多個(gè)Study;接下來(lái)是Series(序列,即檢查得到的序列)層,最后是Waveform(波形,包含在序列里)層。

        依據(jù)該模型,DICOM WS 30給出了DICOMECG的組成[6],如表1所示(以12導(dǎo)聯(lián)的心電為例,下同)。其中M是mandatory的縮寫(xiě),表示該項(xiàng)必須填充;U是User option的縮寫(xiě),表示用戶自己選擇是否需要填充;C是conditional的縮寫(xiě),表示可有條件的填充,這里出現(xiàn)在Waveform Annotation(波形注釋)里,表示若存在對(duì)波形的注釋,應(yīng)該將注釋填充。

        下面對(duì)表1的IE(信息實(shí)體)做一下解析:

        (1)Patient(患者) Patient為DICOM波形IOD信息模型的最頂層,任何一個(gè)DICOM文件有且只有一個(gè)Patient。主要存儲(chǔ)患者的信息,例如患者姓名、性別、ID、出生日期等。

        圖2 DICOM波形IOD信息模型Fig.2 DICOM Waveform IOD Information Model

        表1 12導(dǎo)聯(lián)心電 IOD模型Tab.1 12-Lead ECG IOD Modules

        (2)Study(檢查) 這里存儲(chǔ)的是檢查的一些基本信息,例如檢查項(xiàng)目UID,檢查日期、檢查時(shí)間、檢查ID和檢查醫(yī)生等。

        (3)Series(序列) Series存儲(chǔ)序列的基本信息,例如形態(tài)(Modality)、序列項(xiàng)目UID、序列號(hào)等。

        (4)Frame of Reference(參考系) 主要是記錄各導(dǎo)聯(lián)數(shù)據(jù)采集時(shí)是否同步。

        (5)Equipment (設(shè)備) Equipment存儲(chǔ)的是儀器制造商的一些信息,例如制造商名稱、設(shè)備型號(hào)、軟件版本等。

        (6)Waveform(波形) Waveform里存儲(chǔ)所有與數(shù)據(jù)有關(guān)的信息,例如導(dǎo)聯(lián)數(shù)目、采樣率、數(shù)據(jù)采集時(shí)間、采集方式、采集得到的數(shù)據(jù)等。

        將表1 Usage中標(biāo)注為M部分的Module(模塊)填充,即可生成一個(gè)12導(dǎo)聯(lián)ECG的DICOM-ECG文件,但需要注意的是DICOM標(biāo)準(zhǔn)對(duì)12導(dǎo)聯(lián)ECG一些標(biāo)簽的值域做了一定的限制[6]。例如,形態(tài)(Modality)必須寫(xiě)入“ECG”,每個(gè)導(dǎo)聯(lián)樣本數(shù)量(Number of Waveform Samples)的值不能超過(guò)16384,而采樣率(Sampling Frequency)的值則限定在200到1000之間(即支持最低200 Hz,最高1000 Hz的采樣率)等等,如果不按限制值來(lái)寫(xiě)入DICOM文件,有可能會(huì)導(dǎo)致文件出錯(cuò)。

        3 DCMTK及DICOM-ECG的實(shí)現(xiàn)

        3.1 DCMTK簡(jiǎn)介

        DCMTK是由德國(guó)OFFIS公司提供的開(kāi)源項(xiàng)目,已經(jīng)實(shí)現(xiàn)了DICOM協(xié)議的大部分內(nèi)容。該開(kāi)發(fā)包提供所有的源代碼、支持庫(kù)和幫助文檔,完全是由ANSIC和C++寫(xiě)成的,被廣泛的應(yīng)用于各公司和醫(yī)院的開(kāi)發(fā)平臺(tái)中。

        本文所用的程序包主要為dcmdata,它是一個(gè)DICOM數(shù)據(jù)編碼/解碼庫(kù),這個(gè)模塊包含了一些類用來(lái)管理DICOM數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)和文件。同時(shí),它也提供了對(duì)DICOMDIR文件的支持以滿足Dicom Storage Media(存儲(chǔ)介質(zhì))的需要。

        3.2 DICOM-ECG的實(shí)現(xiàn)

        在OFFIS官網(wǎng)上下載相應(yīng)版本的DCMTK工具包后,通過(guò)CMake生成lib和include文件,將它們拷貝到VC安裝目錄下的相應(yīng)lib和include文件,打開(kāi)VC軟件即可編寫(xiě)代碼(本文使用VS 2008)。

        本文通過(guò)深圳華清心儀醫(yī)療電子有限公司提供的心電數(shù)據(jù),在DCMTK提供的類DcmItem下的putAndInsertString()等函數(shù)對(duì)相應(yīng)的Tag進(jìn)行填充,再通過(guò)DcmFileFormat類下的saveFile()對(duì)生成的文件保存,得到一個(gè)基本的DICOM-ECG文件。

        4 結(jié)果和討論

        4.1 結(jié)果

        在得到DICOM-ECG文件后,關(guān)于文件是否正確生成,我們有兩個(gè)問(wèn)題需要驗(yàn)證:數(shù)據(jù)是否正確的存儲(chǔ)以及文件是否能正確的與PACS等系統(tǒng)通訊。

        對(duì)于第一個(gè)問(wèn)題,我們通過(guò)如下方法驗(yàn)證,通過(guò)比較用Matlab打開(kāi)的原始心電數(shù)據(jù)與用Charruasoft公司提供的DICOM-ECG Viewer打開(kāi)所生成的文件,看波形是否正確。結(jié)果如圖3所示(圖示中只顯示Lead II,重點(diǎn)比較波形走向和幅度)。

        通過(guò)比較圖3(a)、(b)兩幅圖,可知數(shù)據(jù)已經(jīng)正確的存儲(chǔ),通過(guò)使用Matlab的自帶函數(shù)dicominfo()對(duì)所生成的DICOM-ECG讀取也得出了相同的結(jié)論。

        圖3 不同軟件打開(kāi)原始數(shù)據(jù)的比較Fig.3 Result of raw data by different software

        對(duì)于第二個(gè)問(wèn)題,由于實(shí)驗(yàn)條件的限制,我們不直接通過(guò)DICOM-ECG與PACS等系統(tǒng)的交互通訊來(lái)驗(yàn)證,而是通過(guò)工具DICOM Validation Toolkit(DVTk)來(lái)驗(yàn)證。DVTk是一個(gè)DICOM的有效性測(cè)試工具,用來(lái)測(cè)試產(chǎn)品的DICOM兼容性。通過(guò)DVTk提供的DCM Viewer and Validator,我們測(cè)試了生成的DICOMECG,兼容性滿足DICOM要求,說(shuō)明實(shí)驗(yàn)生成的DICOM-ECG能夠正確地與PACS等系統(tǒng)通訊。

        4.2 討論

        本文通過(guò)對(duì)DICOM WS 30關(guān)于心電部分的解讀,利用工具包DCMTK實(shí)現(xiàn)了符合DICOM 3.0標(biāo)準(zhǔn)的DICOM-ECG文件,并且通過(guò)工具DVTk驗(yàn)證了文件的DICOM兼容性,由結(jié)果可知DICOM-ECG正確生成。

        在本文生成的DICOM-ECG中,Module里的標(biāo)簽是作者按基本的需求來(lái)填充的,醫(yī)院信息等其他信息并未填充,使用者可根據(jù)自己的需要對(duì)相應(yīng)的標(biāo)簽進(jìn)行填充。本例中只包含心電的原始數(shù)據(jù),數(shù)據(jù)沒(méi)經(jīng)過(guò)自動(dòng)診斷算法,因而波形注釋(Waveform Annotation)的相關(guān)標(biāo)簽作者并未填充,使用者若需要波形注釋,可依照DICOM標(biāo)準(zhǔn)的第16部分[7]將波形注釋信息寫(xiě)入相應(yīng)的標(biāo)簽里。

        [1]Bond RR,Finlay DD,Nugent CD,et al.A review of ECG storage formats[J].Int J Med Inform,2011,80: 683-683.

        [2]Hsieh JC,Yu KC,Lo HC,et al.DICOM-Based 12-lead ECG gateway and browser under the clinically-used information system:United States,US20090299771A1[P].2009-12-3.

        [3]梁存升,馮驥.DICOM標(biāo)準(zhǔn)分析及其應(yīng)用[J].中國(guó)醫(yī)學(xué)裝備,2006,2(3): 19-19.

        [4]National Electrical Manufacturer Association (NEMA).Digital imaging and communications in medicine,PS3.5-2011[S].

        [5]Hilbel T,Brown BD,Bie JD,et al.Innovation and advantage of the DICOM ECG standard for viewing,interchange and permanent archiving of the diagnostic electrocardiogram[J].Comput Cardiol,2007,34: 633-633.

        [6]National Electrical Manufacturer Association(NEMA).Digital imaging and communications in medicine,PS3.3-2011[S].

        [7]National Electrical Manufacturer Association(NEMA).Digital imaging and communications in medicine,PS3.16-2011[S].

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