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        丹參散活性成分丹參素作用靶標(biāo)虛擬篩選研究

        2013-11-15 07:50:50程佳祎浙江中醫(yī)藥大學(xué)藥學(xué)院杭州310053
        關(guān)鍵詞:研究

        程佳祎 浙江中醫(yī)藥大學(xué)藥學(xué)院 杭州 310053

        盧 坤 華中科技大學(xué)同濟(jì)醫(yī)學(xué)院附屬梨園醫(yī)院內(nèi)分泌科

        《本草綱目》謂丹參“能破宿血,補(bǔ)新血”?!秼D人良方·卷二》載丹參散:丹參不拘多少(去土,切),上為細(xì)末,每服2 錢,溫酒調(diào)下,經(jīng)脈不調(diào),食前服。主治婦人經(jīng)脈不調(diào),或前或后,或多或少等。《婦科明理論》有“一味丹參散,功同四物湯”之說。丹參是中醫(yī)臨床常用活血化瘀藥物,丹參素是其主要活性成分之一。研究表明,丹參素具有改善微循環(huán)、抗動(dòng)脈粥樣硬化、抑制和解除血小板聚集等作用[1-3]。藥物作用分子機(jī)制相關(guān)靶點(diǎn)的虛擬篩選是基于應(yīng)用計(jì)算機(jī)輔助設(shè)計(jì)(computer-aided drug design,CADD)軟件結(jié)合CAS 化學(xué)名稱查號(hào)系統(tǒng)及PharmMapper 系統(tǒng),虛擬篩選出化學(xué)單體藥物對(duì)于某種疾病作用的相關(guān)靶點(diǎn)的一種新方法。筆者利用上海藥物研究所的反向找靶技術(shù)[4]對(duì)丹參素進(jìn)行潛在作用靶標(biāo)的虛擬篩選研究,探討丹參散活血化瘀作用機(jī)制。

        1 方 法

        1.1 sdf-mol 格式文件建立 從化學(xué)CAS 數(shù)據(jù)庫(kù),確定丹參素(C9H10O5,CAS 號(hào):76822-21-4)的化學(xué)結(jié)構(gòu)。其次在ChemDraw Ultra 7.0 中以structure 選項(xiàng)下的“convert name to structure”功能分別畫出其結(jié)構(gòu)圖,并以MDL Molfile(*.mol)格式存儲(chǔ)。再次使用OpenBabel 軟件導(dǎo)入上步建立的MDL Molfile(*.mol)格式文件,使用其convert 功能,將MDL Molfile 格式轉(zhuǎn)換成為sdf-MDL MOL format 格式文件。

        1.2 潛在作用靶標(biāo)反向預(yù)測(cè) 登陸PharmMapper 服務(wù)器(http://59.78.96.61/pharmmapper/submit_file.php)上傳1.1 中制作的3D 結(jié)構(gòu)圖,得到虛擬篩選結(jié)果。

        2 結(jié)果

        PharmMapper 返回的1000 個(gè)丹參素潛在作用靶標(biāo)根據(jù)匹配度(Fit)得分的由高到低進(jìn)行排序,其中有靶標(biāo)名稱(Target Name)相同但蛋白編號(hào)(PDB ID)不同的靶標(biāo)可在蛋白質(zhì)庫(kù)(Protein Data Bank,PDB)中查閱到與其空間結(jié)構(gòu)或作用位點(diǎn)不同的信息。經(jīng)過進(jìn)一步分析、歸納,在其中虛擬篩選出26 個(gè)可能與丹參散治療月經(jīng)不調(diào)相關(guān)聯(lián)的潛在作用靶標(biāo),見表1。

        表1 計(jì)算機(jī)輔助設(shè)計(jì)虛擬篩選丹參素潛在作用靶點(diǎn)結(jié)果

        3 討論

        月經(jīng)不調(diào)的中醫(yī)辨證分型可概括為虛實(shí)兩類,氣虛、血虛、陰虛、腎虛、肝郁、氣滯、血瘀、血熱、血寒、痰濕型等證型[5]。丹參“色赤,味苦,微寒,歸心、肝經(jīng),善調(diào)經(jīng)水”(《神農(nóng)本草經(jīng)》),尤適于治療血熱瘀滯之月經(jīng)不調(diào)。

        一般來說,中藥組分越多則作用于機(jī)體不同途徑的靶點(diǎn)也就越多[6-8]。計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)在中藥作用靶點(diǎn)研究中的應(yīng)用包括基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)、基于配體的藥物設(shè)計(jì)、高通量虛擬篩選等技術(shù),它利用分子對(duì)接方法、基于網(wǎng)絡(luò)靶標(biāo)、基于藥效團(tuán)模型進(jìn)行篩選[6]。本研究結(jié)果顯示,PharmMapper 返回的丹參素單體潛在作用靶標(biāo)中的部分內(nèi)容與已知文獻(xiàn)報(bào)道的藥理作用和臨床作用相吻合,而另一部分的相關(guān)研究報(bào)道較少,可為今后深入研究丹參散活血化瘀作用潛在靶點(diǎn)的分子機(jī)制研究提供線索。

        Coagulation factor Ⅶ,即重組活化凝血因子Ⅷ,轉(zhuǎn)變加速因子前體,促凝血酶原激酶原,輔助促凝血酶原激酶。Coagulation factor Ⅶ半衰期最短(4~6h),血漿含量較低(0.5~2mg/L)。研究表明,凝血因子Ⅶ活性下降及凝血因子Ⅶ缺乏,均可導(dǎo)致血小板活性的改變,結(jié)合血小板計(jì)數(shù)減少使出血時(shí)間延長(zhǎng),可導(dǎo)致女性經(jīng)期血量改變等多種病理變化[9]。這與文獻(xiàn)報(bào)道的丹參素能明顯抑制血小板聚集,并明顯增加血小板膜的流動(dòng)性作用一致。因此,Coagulation factor Ⅶ可能是丹參散治療女性月經(jīng)不調(diào)中活血化瘀作用潛在靶點(diǎn)之一。

        [1]舒菁菁,李菲,董亞芬,等.丹參素藥理作用及機(jī)制的研究進(jìn)展[J].藥學(xué)實(shí)踐雜志,2012,30(4):266-268.

        [2]肖志華.丹參的臨床應(yīng)用[J].中外醫(yī)學(xué)研究雜志,2012,10(36):154-155.

        [3]陳磊,陸茵,鄭仕中.丹參藥理活性成分的整合效應(yīng)[J].中草藥,2009,40(3):476-479.

        [4]Xiaofeng Liu,Sisheng Ouyang,Biao Yu,et al.PharmMpper Server:a web server for potential drug target identification via pharmacophore mapping approach[J].Nucleic Acids Research,2010,38:W609-W614.

        [5]中華人民共和國(guó)衛(wèi)生部藥政局.新藥(中藥)治療月經(jīng)不調(diào)臨床研究指導(dǎo)原則[J].中國(guó)醫(yī)藥學(xué)報(bào),1990,5(2):71-74.

        [6]吳可柱,左穎,李愛秀.計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)在中藥作用靶點(diǎn)研究中的應(yīng)用[J].武警后勤學(xué)院學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版),2012,21(6):479-483.

        [7]高麗,劉艾琳,杜冠華.計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)在新藥研發(fā)中的應(yīng)用進(jìn)展[J].中國(guó)藥學(xué)雜志,2011,46(9):641-645.

        [8]Calvin Yu-Chian Chen.TCM Database@Taiwan:The World’s Largest Traditional Chinese Medicine Database for Drug Screening in Silico[J].Plos One,2011,6(1):e15939.

        [9]范建輝,侯紅瑛.重組活化凝血因子VIIa 在產(chǎn)科出血中的應(yīng)用[J].中國(guó)新藥雜志,2011,20(6):523-525.

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