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        實(shí)時(shí)熒光RT-PCR在人感染H7N9禽流感病毒檢測(cè)中的應(yīng)用

        2013-09-11 07:11:42華哲云宋黎黎高淑娜勞寶法
        檢驗(yàn)醫(yī)學(xué) 2013年9期
        關(guān)鍵詞:禽流感核酸試劑盒

        華哲云,褚 維,宋黎黎,王 宇,高淑娜,勞寶法

        (上海市黃浦區(qū)疾病預(yù)防控制中心,上海 200023)

        2013年4月1日,中國(guó)國(guó)家衛(wèi)生和計(jì)劃生育委員會(huì)向世界衛(wèi)生組織(WHO)通報(bào)了3例人感染H7N9禽流感病例。引起此次疫情的H7N9禽流感病毒[avian influenza A(H7N9)virus 2013]是一種新型的重組禽流感病毒,其基因組8個(gè)片段中血凝素(hemagglutinin,HA)基因來(lái)自北京燕雀 A(H7N3),神經(jīng)氨酸酶(neuraminidase,NA)基因來(lái)自韓國(guó)野禽A(H7N9),其余6個(gè)基因片段均來(lái)自浙江鴨A(H9N2)[1]。人感染H7N9禽流感病情發(fā)展迅速,可快速進(jìn)展為急性呼吸窘迫綜合征,死亡率極高[2]。由于人感染H7N9禽流感臨床癥狀的非特異性,對(duì)疫情的確診和控制只能依賴于實(shí)驗(yàn)室的檢測(cè)結(jié)果,所以建立一套穩(wěn)定的H7N9病毒核酸實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)方法是疫情防控的關(guān)鍵。為此,我們對(duì)4種不同的實(shí)時(shí)熒光逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)(RT-PCR)試劑開(kāi)展了檢測(cè)效果比對(duì),以確立檢測(cè)方法并提供更可靠的實(shí)驗(yàn)結(jié)果,同時(shí)還分析了不同標(biāo)本的病毒核酸檢出情況,為今后不明原因肺炎及禽流感病例監(jiān)測(cè)的采樣工作提供建議。

        材料和方法

        一、對(duì)象

        1.病例定義 人感染H7N9禽流感監(jiān)測(cè)病例需同時(shí)具備以下4項(xiàng)條件:(1)發(fā)熱(腋下體溫≥38℃以上;(2)具有肺炎的影像學(xué)特征;(3)發(fā)病早期白細(xì)胞總數(shù)降低或正常,或淋巴細(xì)胞分類計(jì)數(shù)減少;(4)不能從臨床或?qū)嶒?yàn)室角度診斷為常見(jiàn)的病原所致肺炎[3]。

        2.標(biāo)本類型、采集、保存和運(yùn)輸 及時(shí)采集患者上呼吸道標(biāo)本(鼻咽拭子、鼻腔抽取物、咽漱液和鼻洗液等)和下呼吸道標(biāo)本(氣管吸取物、肺泡灌洗液、痰液等)。拭子標(biāo)本采集使用塑料桿的聚酯纖維拭子,采集后的標(biāo)本置于3 mL病毒采樣液中,4℃保存,并使用生物安全轉(zhuǎn)運(yùn)裝置及時(shí)將標(biāo)本送至本實(shí)驗(yàn)室。從2013年4月1日至5月8日,一共收到137例人感染H7N9禽流感病毒的臨床監(jiān)測(cè)及可疑病例標(biāo)本。

        二、檢測(cè)方法

        1.病毒核酸的抽提 吸取140 μL標(biāo)本液,加入套管內(nèi),置于QIAcube全自動(dòng)核酸純化系統(tǒng)中,使用QIAamp Viral RNA Mini Kit試劑盒(德國(guó)QIAGEN公司)配套程序進(jìn)行病毒核酸的提取,抽提產(chǎn)物存儲(chǔ)于100 μL無(wú)RNA酶水中,4℃保存待檢。

        2.病毒核酸的檢測(cè) 在ABI7300熒光定量PCR檢測(cè)儀(美國(guó)Life Technologies公司)上使用4種實(shí)時(shí)熒光RT-PCR試劑對(duì)標(biāo)本進(jìn)行檢測(cè)。其中1種為國(guó)家流感中心(CNIC)下發(fā)引物探針配合Superscript III platinum one-step qRT-PCR system試劑盒(美國(guó)Invitrogen公司)進(jìn)行病毒的核酸檢測(cè),引物探針序列信息見(jiàn)表1,反應(yīng)體系配制見(jiàn)表 2。反應(yīng)程序?yàn)?45℃ 10 min、95℃10 min、(95℃ 15 s、60℃ 45 s)×40循環(huán),60 ℃采集核酸擴(kuò)增熒光信號(hào)[4];另3種為市售商品化試劑盒(簡(jiǎn)稱A、B和C),反應(yīng)體系配制及程序設(shè)置均按照試劑盒推薦方法進(jìn)行操作。

        三、統(tǒng)計(jì)學(xué)方法

        采用SPSS 13.0統(tǒng)計(jì)軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。對(duì)4種試劑的平均Ct值使用Friedman檢驗(yàn)(氟里得曼雙向評(píng)秩方差分析)。P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

        表1 引物探針序列

        表2 反應(yīng)體系配制

        結(jié) 果

        一、H7N9禽流感病毒陽(yáng)性檢出率

        137例臨床標(biāo)本中檢出5例陽(yáng)性,陽(yáng)性率為3.65%(5/137)。4種熒光定量RT-PCR試劑檢測(cè)陽(yáng)性結(jié)果完全相符。人感染H7N9禽流感病毒核酸檢測(cè)陽(yáng)性曲線見(jiàn)圖1。

        二、4種試劑的檢測(cè)效果評(píng)估

        比較5例H7N9禽流感病毒核酸陽(yáng)性標(biāo)本的檢測(cè)Ct值。A試劑盒的Ct值低于其他試劑(P=0.025),見(jiàn)表 3。

        圖1 CNIC下發(fā)引物探針檢測(cè)H7N9禽流感病毒陽(yáng)性擴(kuò)增曲線

        表3 4種試劑平行檢測(cè)H7平均Ct值比較

        三、不同來(lái)源標(biāo)本的檢測(cè)結(jié)果分析

        5例陽(yáng)性病例分別在不同標(biāo)本中檢出。上呼吸道標(biāo)本陽(yáng)性檢出率為60%(3/5),下呼吸道標(biāo)本檢出率為100%(5/5),檢出情況見(jiàn)表4。

        表4 不同來(lái)源標(biāo)本檢測(cè)結(jié)果的比較

        討 論

        H7N9禽流感病毒是一種新型重組的甲型流感病毒,2013年2月在中國(guó)華東地區(qū)首發(fā)并呈高度散發(fā)狀態(tài)。截至2013年5月17日,全國(guó)共發(fā)生人感染H7N9禽流感確診病例131例[5]。人感染H7N9禽流感發(fā)病初期為常見(jiàn)的流感樣癥狀,但其病程進(jìn)展迅速,可在5~7 d內(nèi)發(fā)展成重癥肺炎,甚至并發(fā)急性呼吸窘迫綜合征,死亡率極高。目前我國(guó)人感染H7N9禽流感死亡病例為36例,死亡率高達(dá)27.5%。由于此疾病沒(méi)有特異的臨床癥狀,需要借助實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)結(jié)果與其他嚴(yán)重急性呼吸道感染疾病進(jìn)行鑒別診斷,所以快速準(zhǔn)確的實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)方法是此次疫情防控和臨床救治的關(guān)鍵。實(shí)時(shí)熒光RT-PCR技術(shù)作為一項(xiàng)快速、高度敏感、高度特異和可高通量檢測(cè)的新型技術(shù)已廣泛應(yīng)用于病原微生物核酸的檢測(cè),對(duì)于此次人感染H7N9禽流感病毒疫情的實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)也是首選的方法。作為國(guó)家級(jí)流感檢測(cè)網(wǎng)絡(luò)實(shí)驗(yàn)室,上海市黃浦區(qū)疾病預(yù)防控制中心微生物實(shí)驗(yàn)室在此次疫情的處置工作中,應(yīng)用實(shí)時(shí)熒光RT-PCR進(jìn)行了人感染H7N9禽流感病毒的核酸檢測(cè)。

        本研究應(yīng)用CNIC下發(fā)的引物探針和3種市售商品化H7N9禽流感病毒核酸檢測(cè)試劑盒同時(shí)進(jìn)行了標(biāo)本的檢測(cè),并對(duì)檢測(cè)效果進(jìn)行評(píng)估,以確立本實(shí)驗(yàn)室的檢測(cè)方法,為疫情防控和臨床治療提供穩(wěn)定可信的檢測(cè)結(jié)果。檢測(cè)結(jié)果顯示,目前3種市售商品化試劑盒與CNIC下發(fā)引物探針的檢測(cè)結(jié)果符合率為100%。4種試劑均能有效檢測(cè)出H7N9禽流感病毒核酸。由于A試劑盒在其擴(kuò)增程序中增加了5個(gè)循環(huán)的預(yù)擴(kuò)增,其最終的檢測(cè)結(jié)果Ct值均低于其他試劑盒Ct值,所以在核酸含量較低的情況下,使用A試劑盒更易判斷檢測(cè)結(jié)果。

        宋黎黎等[6]報(bào)道,不同采樣部位的標(biāo)本其流感病毒的檢測(cè)結(jié)果存在差異。本研究比較了不同采樣部位標(biāo)本的H7N9禽流感病毒核酸檢測(cè)效果。在5例陽(yáng)性標(biāo)本中,共收集了5份上呼吸道標(biāo)本(鼻咽拭子)和3份下呼吸道標(biāo)本(痰液及肺部灌洗液),結(jié)果發(fā)現(xiàn)下呼吸道標(biāo)本的陽(yáng)性檢出率更高,為100%(3/3),而上呼吸道標(biāo)本的陽(yáng)性檢出率為60%(3/5)。說(shuō)明H7N9禽流感病毒與其他禽流感病毒相似,對(duì)人下呼吸道更為敏感[7-8]。因此,在今后的不明原因重癥肺炎,特別是禽流感疑似病例的監(jiān)測(cè)采樣中,建議在有條件的情況下盡量采集患者的下呼吸道標(biāo)本,以提高病毒核酸的陽(yáng)性檢出率。

        [1]Gao R,Cao B,Hu Y,et al.Human infection with a novel avian-origin influenza A(H7N9)virus[J].N Engl J Med,2013,368(20):1888-1897.

        [2]Li Q,Zhou L,Zhou M,et al.Preliminary report:epidemiology of the avian influenza A (H7N9)outbreak in China [J].N Engl J Med,2013[Epub ahead of print].

        [3]中國(guó)國(guó)家衛(wèi)生和計(jì)劃生育委員會(huì).人感染H7N9禽流感診療方案(2013年第2版)[EB/OL].(2013-04-11)[2013-06-10].http://www.gov.cn/gzdt/2013-04/11/content_2374926.htm.

        [4]World Health Organization.WHO CC Beijing real-time RT PCR(rRT-PCR)protocol for detection of a(H7N9)avian influenza virus(Version 22013)[EB/OL].(2013-04-15)[2013-06-10].http://www.who.int/influenza/gisrs_laboratory/cnic_realtime_rt_pcr_protocol_a_h7n9.pdf.

        [5]World Health Organization.Human infection with avian influenza A(H7N9)virus– update[EB/OL].(2013-05-17)[2013-06-10].http://www.who.int/csr/don/2013_05_17/zh/index.html.

        [6]宋黎黎,趙百慧,褚 維,等.采用PCR和細(xì)胞培養(yǎng)方法比較流感樣病例不同標(biāo)本的流感病毒檢出情況[J].中國(guó)衛(wèi)生檢驗(yàn)雜志,2013,23(4):892-895.

        [7]張?jiān)龇?,樊曉暉,李康生,?人呼吸道禽流感病毒受體的分布趨勢(shì)[J].生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展,2008,35(12):1387-1393.

        [8]張?jiān)龇?,樊曉暉,陳曉燕,?禽流感病毒H9N2在人肺組織的復(fù)制[J].病毒學(xué)報(bào),2013,29(2):206-210.

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