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        綠膿桿菌ATCC9027外毒素PE40基因克隆與系統(tǒng)發(fā)育分析

        2013-05-31 09:50:04劉紅彬顧小龍
        中國(guó)老年學(xué)雜志 2013年19期
        關(guān)鍵詞:綠膿桿菌甘油克隆

        劉紅彬 顧小龍

        (河北北方學(xué)院,河北 張家口 075000)

        Wels等〔1〕構(gòu)建的免疫毒素可使裸鼠體內(nèi)的移植瘤消退。由美國(guó)國(guó)立癌癥研究所研制的新型免疫毒素BL22,在白血病臨床試驗(yàn)中更顯示了“生物魔彈”的神奇威力〔2〕。綠膿桿菌外毒素(PE)是有效的細(xì)胞殺傷劑,只要一個(gè)毒素分子進(jìn)入細(xì)胞質(zhì)就足以殺死細(xì)胞。PE是613肽的單鏈毒素蛋白,通過細(xì)胞識(shí)別區(qū)和跨膜區(qū)將具有ADP-核糖基化活性的毒性區(qū)導(dǎo)入細(xì)胞,催化細(xì)胞內(nèi)的延伸因子(EF-2)發(fā)生ADP-核糖基化反應(yīng),使EF-2滅活而殺死細(xì)胞。據(jù)Hwang等〔3〕報(bào)道,缺失Ⅰa區(qū)的PE分子(即PE40)對(duì)培養(yǎng)細(xì)胞的毒性很低,但卻具有完全的毒性活性,將PE40與抗體或生長(zhǎng)因子等導(dǎo)向分子連接,能選擇性殺傷特定靶細(xì)胞。因此,PE40作為毒素彈頭基因廣泛用于免疫毒素的研究〔4~6〕。利用PCR技術(shù)從綠膿桿菌ATCC9027基因組DNA中擴(kuò)增PE40基因,與pMD18-T simple載體連接后測(cè)序,獲得用于構(gòu)建分子免疫毒素的毒素彈頭基因PE40。

        1 材料與方法

        1.1 菌株、質(zhì)粒 綠膿桿菌ATCC9027,購自廣東省微生物菌種保藏中心。感受態(tài)大腸桿菌JM109和pMD18-T simple vector購自寶生物大連公司。

        1.2 主要試劑 質(zhì)粒提取試劑盒、瓊脂糖凝膠DNA回收試劑盒、內(nèi)切酶HindⅢ和T4 DNA連接酶購自大連寶生物公司。

        1.3 引物 根據(jù)綠膿桿菌標(biāo)準(zhǔn)毒株P(guān)A103外毒素基因序列〔7〕,自行設(shè)計(jì)引物,上下游引物引入HindⅢ酶切位點(diǎn),目的是為了將PE40亞克隆至表達(dá)載體,致上下游引物分別長(zhǎng)33 bp和 31 bp。上游引物:5'-AAGCTTATGGGCGGCAGCCTGGCCGCGCTGACC-3';下游引物:5'-AAGCTTCTTCAGGTCCTCGCGCGGCGGTTTG-3';引物由上海生物工程有限公司合成

        1.4 綠膿桿菌ATCC9027基因組DNA的制備 酚/氯仿法。

        1.5 PCR反應(yīng)體系 2.5μl 10×PCR擴(kuò)增緩沖液,2μl dNTP混合物(10 mmol/L),上下游引物各 0.5μl,1μlDNA模板(20 ng),Taq DNA聚合酶0.5 μl,50%甘油5 μl,滅菌水13 μl,總體積25μl。反應(yīng)條件:94℃預(yù)變性5 min,接著進(jìn)入循環(huán),94℃變性1 min,58℃退火 1 min,72℃延伸 1.5 min,共循環(huán) 30個(gè)周期,72℃終末延伸10 min。取5μl PCR產(chǎn)物,在0.8%瓊脂糖凝膠上進(jìn)行電泳,美國(guó)伯樂凝膠成像系統(tǒng)拍照。

        1.6 克隆PE40 純化PCR產(chǎn)物與PMD18-T simple載體16℃連接3 h,連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化E.coli JM109感受態(tài)細(xì)胞,轉(zhuǎn)化菌液均勻涂布于含Amp、IPTG和X-Gal的LB平板上,37℃培養(yǎng)過夜,藍(lán)白斑篩選陽性克隆,將此克隆質(zhì)粒命名為pT-PE40??寺≠|(zhì)粒經(jīng)HindⅢ酶切鑒定后測(cè)序。

        1.7 序列比對(duì) 將獲得的PE40基因序列在Genbank中進(jìn)行blast搜索,下載一致性高的PE基因序列,以PE40基因序列為內(nèi)群,以白喉毒素基因?yàn)橥馊哼M(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析。用ClustalX(2.0)軟件進(jìn)行多序列比對(duì),多序列比對(duì)參數(shù)為:空位開放罰分15;空位延伸罰分6.66;DNA轉(zhuǎn)換權(quán)重0.5;延遲趨異序列30%。比對(duì)結(jié)果用MegA 4.0軟件的鄰接法(Neighbor-Joining)繪制系統(tǒng)發(fā)育樹。

        2 結(jié)果

        2.1 甘油對(duì)PCR的影響 綠膿桿菌外毒素基因PE40基因片段G+C含量高達(dá)72.56%,PE40基因片段的擴(kuò)增必須依賴于一定濃度的甘油。不加甘油時(shí),PE40基因片段不能被成功擴(kuò)增;而甘油濃度超過20%時(shí),PE40基因片段也不能被成功擴(kuò)增。甘油濃度為10%時(shí),經(jīng)擴(kuò)增得到的PE40基因片段量最多。見圖1。

        圖1 甘油對(duì)PCR的影響

        2.2 克隆綠膿桿菌ATCC9027外毒素PE40基因 純化PCR產(chǎn)物與PMD18-T simple載體連接,電泳結(jié)果顯示陽性克隆質(zhì)粒為3 790 bp。見圖2。

        2.3 酶切鑒定 酶切產(chǎn)物電泳結(jié)果顯示2條帶,T載體片段長(zhǎng)2 322 bp,PE40片段長(zhǎng)1 088 bp。見圖3。

        2.4 綠膿桿菌ATCC9027外毒素PE40基因序列堿基突變分析 綠膿桿菌國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)毒株被命名為PA103,ATCC9027與PA103的PE40進(jìn)行核苷酸比對(duì),一致性為98.8%,ATCC9027產(chǎn)生了14個(gè)堿基的突變,由此導(dǎo)致8個(gè)氨基酸的突變,對(duì)應(yīng)PA103外毒素蛋白一級(jí)序列為:甘胺酸354(GGC)→絲氨酸341(AGC),丙氨酸362(GCG)→谷氨酸346(GAG),天冬酰胺364(AAC)→絲氨酸364(AGC),纈氨酸Val419(GTG)→谷氨酸419(GAG),絲氨酸506(TCG)→色氨酸506(TGG),蘇氨酸514(ACC)→丙氨酸514(GCC),絲氨酸515(AGC)→甘氨酸515(GGC),亮氨酸Leu556(CTC)→脯氨酸556(CCC)。

        2.5 綠膿桿菌ATCC9027外毒素PE40基因系統(tǒng)發(fā)育分析下載的 PE基因序列有 AE004091,AY585869,CP000438,EU595734, EU595736, FM209186, K01397, U78761 和AY820132。另在以前的研究中獲得綠膿桿菌 ATCC27853的PE40基因序列。將這10條序列及ATCC9027的PE40基因序列作為內(nèi)群,以白喉毒素為外群進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析,繪制系統(tǒng)發(fā)育樹。系統(tǒng)發(fā)育樹顯示綠膿桿菌外毒素PE40基因系形成單系群。綠膿桿菌ATCC9027與ATCC27853的PE40基因處于一個(gè)分支,說明二者的親緣關(guān)系近。

        圖2 p T-PE40電泳結(jié)果

        圖3 p T-PE40的HindⅢ酶切結(jié)果

        3 討論

        綠膿桿菌能分泌多種與毒力有關(guān)的細(xì)胞外物質(zhì),其中以外毒素A最為重要。外毒素A機(jī)制與白喉毒素有些類似,即修飾肽鏈延伸因子-2(EF-2),使之發(fā)生ADP-核糖基化,致蛋白質(zhì)生物合成停止從而殺死細(xì)胞〔8〕。Arg276和Arg279是毒素跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)的關(guān)鍵性位點(diǎn)。ADP-核糖基化的關(guān)鍵位點(diǎn)有谷氨酸553、組氨酸426、組氨酸440、色氨酸466、精氨酸458、精氨酸467、酪氨酸481、精氨酸486-492,綠膿桿菌ATCC9027外毒素PE40基因的測(cè)序結(jié)果表明,以上關(guān)鍵位點(diǎn)的氨基酸均未發(fā)生突變,產(chǎn)生變化的8個(gè)氨基酸均不是文獻(xiàn)報(bào)道中的重要活性位點(diǎn),這些突變不會(huì)對(duì) PEA的酶活性及細(xì)胞毒性產(chǎn)生影響,因此,來自ATCC9027的PE40基因可用于構(gòu)建免疫毒素。

        PE構(gòu)建的免疫毒素,已在惡性腫瘤和艾滋病的導(dǎo)向治療〔4~6,9〕中取得了巨大的成功,其中重組免疫毒素制劑 ONTAK已被美國(guó)FDA批準(zhǔn)上市,另美國(guó)國(guó)立癌癥研究所研制的新型免疫毒素BL22,在白血病臨床試驗(yàn)中顯示了“生物魔彈”的神奇威力。還可利用PE開發(fā)綠膿桿菌疫苗,其是一種很好的疫苗蛋白,不論制成無毒的PE片段或與其他抗原融合,都可以運(yùn)用到疫苗發(fā)展上。針對(duì)肝癌細(xì)胞的治療方面,利用PEA能夠攜帶蛋白質(zhì)或DNA進(jìn)入細(xì)胞中的特殊功能,可以開發(fā)出極佳的基因治療工具或蛋白質(zhì)治療藥物。隨著分子生物學(xué)的發(fā)展,將會(huì)有更多、效果更好的免疫毒素用于腫瘤的治療。

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