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        遺傳學(xué)家推動(dòng)全球數(shù)據(jù)共享

        2013-04-10 19:43:30李升偉編譯
        世界科學(xué) 2013年8期
        關(guān)鍵詞:遺傳學(xué)研究所基因組

        李升偉/編譯

        ●一個(gè)兩難悖論困惑著基因組醫(yī)學(xué)界:盡管近乎人們都普遍認(rèn)同醫(yī)生和遺傳學(xué)家之間應(yīng)該交換更多的數(shù)據(jù),但緣于隱私和安全考慮,或信息是一種有價(jià)值的商品,要完成其目標(biāo)仍有一段不小的距離。

        6月5日,一個(gè)由來(lái)自13個(gè)國(guó)家的69家機(jī)構(gòu)組成的“全球同盟”組織宣稱,將制定相關(guān)的標(biāo)準(zhǔn)和政策以推進(jìn)對(duì)個(gè)人DNA序列和臨床信息的共享。就具體工作方式,其創(chuàng)辦者將效仿萬(wàn)維網(wǎng)聯(lián)盟模式,后者于20世紀(jì)90年代建立了編程語(yǔ)言HTML標(biāo)準(zhǔn),刺激了因特網(wǎng)網(wǎng)頁(yè)的急劇增長(zhǎng)。

        該同盟成員之一的美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院(NIH)院長(zhǎng)弗朗西斯·柯林斯(Francis Collins)認(rèn)為,目前還沒(méi)有存儲(chǔ)遺傳學(xué)序列或評(píng)估其準(zhǔn)確性的標(biāo)準(zhǔn),“同盟步入了一種事實(shí)上還是空白的領(lǐng)域?!蓖藶榇讼M鉀Q那些妨礙研究人員共享數(shù)據(jù)的隱私和知情同意問(wèn)題,包括計(jì)劃創(chuàng)建一個(gè)由云計(jì)算平臺(tái)和分析工具組成的網(wǎng)絡(luò)來(lái)提供對(duì)共享數(shù)據(jù)的檢索。

        “毫無(wú)疑問(wèn),這項(xiàng)計(jì)劃是物有所值的?!奔又菟箍死账罐D(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究所所長(zhǎng)埃里克·托普爾(Eric Topol)如是說(shuō)。迄今他還沒(méi)有考慮加入同盟。但他補(bǔ)充說(shuō):“推倒圍墻、走向共享,這意味著是需要技巧的。因?yàn)槊總€(gè)機(jī)構(gòu)都想在其專有領(lǐng)域擁有自己的數(shù)據(jù)?!?/p>

        這項(xiàng)努力得到了包括NIH、英國(guó)維爾康姆基金會(huì)桑格研究所、中國(guó)華大基因研究院等世界上最有影響力的序列數(shù)據(jù)擁有機(jī)構(gòu)的支持。麻省坎布里奇市布羅德研究所的遺傳學(xué)家大衛(wèi)·阿特舒勒(David Altshuler),正領(lǐng)導(dǎo)著這個(gè)項(xiàng)目的8人組織委員會(huì),他說(shuō):“這個(gè)項(xiàng)目比任何小組或機(jī)構(gòu)都更大,讓我們一起來(lái)勾畫如何使其正確運(yùn)行的方法?!?/p>

        隨著測(cè)序成本的下降,已測(cè)序的人類基因組的數(shù)目有望達(dá)到數(shù)百萬(wàn)個(gè)。但是,研究人員不能從中得到一個(gè)完整的圖景,即各種基因是如何影響疾病的,除非那些數(shù)據(jù)與臨床信息得到鏈接,并且不同的機(jī)構(gòu)彼此可以共享這些數(shù)據(jù)。

        通常,研究人員是不愿與他人分享這些來(lái)之不易的信息的。在有些場(chǎng)合,基于隱私方面的考慮,他們甚至還會(huì)動(dòng)用法律手段來(lái)阻止這樣的行為。然而,這同時(shí)也阻礙了科學(xué)家通過(guò)來(lái)自世界的數(shù)據(jù)以發(fā)現(xiàn)一些簡(jiǎn)單問(wèn)題的答案,比如,一種特定的遺傳學(xué)變異本與某種疾病有多頻繁的關(guān)聯(lián)性?

        儲(chǔ)存和數(shù)據(jù)共享技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)的建立,將使基因組數(shù)據(jù)更加容易分享和分析。當(dāng)然,同盟還希望克服一些法律障礙:匿名性如何處理、什么信息需要保密以及需要遵守的一些核心原則。即使它們的政策與其他不太中性化的方式而有所不同。

        為了鼓勵(lì)工具的研發(fā)及便于患者保持對(duì)他們的醫(yī)療和遺傳學(xué)數(shù)據(jù)的控制與掌握,美國(guó)國(guó)立癌癥研究所(NCI)所長(zhǎng)哈羅德·瓦穆斯(Harold Varmus)建議,各機(jī)構(gòu)應(yīng)該對(duì)他們的數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)記,以便其只對(duì)特定的研究開放。他說(shuō),這一步“將是非常重要的?!?/p>

        盡管一些大型的基因組醫(yī)學(xué)研究機(jī)構(gòu)加入了這個(gè)同盟,但還是有相當(dāng)?shù)臋C(jī)構(gòu)沒(méi)有參加,這或多或少地限制了外部人員對(duì)數(shù)據(jù)的獲取。后者或是基于隱私和安全考慮有所顧忌,或同時(shí)也是因?yàn)樾畔⑹且环N非常有價(jià)值的商品而有所保留。

        柯林斯和瓦穆斯認(rèn)為,將來(lái)NIH和NCI這樣的機(jī)構(gòu)可以引導(dǎo)更多的研究計(jì)劃加入其中,措施是要求受資助的機(jī)構(gòu)和科學(xué)家遵守同盟制定的政策。桑格研究所所長(zhǎng)米歇爾·斯特拉頓(Michael Stratton)認(rèn)為,這一計(jì)劃的成功取決于各個(gè)機(jī)構(gòu)能否放棄對(duì)各自數(shù)據(jù)的控制,以獲取更加廣闊世界的數(shù)據(jù)是值得的?!拔覀兒V信這樣的理念:為了人類的福祉,對(duì)于提煉最大數(shù)量的知識(shí)來(lái)說(shuō),共享數(shù)據(jù)將是最核心的?!?/p>

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