李鐵柱,杜紅巖,劉攀峰
(1.中國林業(yè)科學研究院 經(jīng)濟林研究開發(fā)中心,河南 鄭州 450003;2.國家林業(yè)局 杜仲工程技術研究中心,河南 鄭州 450003)
杜仲Eucommia ulmoidesOliv.是我國特有名貴藥用樹種[1-4],杜仲種仁中富含油脂脂肪酸,主要成分組成為豆蔻酸、棕櫚酸、硬脂酸、油酸、亞油酸和α-亞麻酸等6種脂肪酸組分[5]。α-亞麻酸(α-linolenic acid,ALA)在杜仲翅果種仁中含量高達66.4%[6],是目前發(fā)現(xiàn)的植物中α-亞麻酸含量最高的木本植物之一,具有極大的開發(fā)潛力[7-11]。研究發(fā)現(xiàn)0.25~1.00 g/kg劑量的杜仲籽油可顯著降低大鼠血清甘油三酯及膽固醇含量[12-14]。
亞麻酸可分為α-亞麻酸(α-linolenic acid,ALA)和γ-亞麻酸(γ-linolenic acid,GLA)2種,它們均是18個碳原子3個雙鍵直鏈脂肪酸,相對分子質量為278[15-16]。其中,α-亞麻酸結構為順9,順12,順15十八碳三烯酸,簡記為9,12,15-18:3;γ-亞麻酸結構為順6,順9,順12十八碳三烯酸,簡記為6,9,15-18:3[17]。二者差異僅在于其中1個雙鍵位置不同。在天然油脂中,根據(jù)多不飽和脂肪酸甲基端距離最近雙鍵碳原子數(shù)的不同,將不飽和脂肪酸分為3個系列:以油酸為主的n-9系列;以亞油酸、亞油酸、花生四烯酸為主的n-6系列;以α-亞麻酸、EPA、DHA為主的n-3系列。這3個系列的脂肪酸在體內不能相互轉換。n-3系列亞麻酸可在體內代謝為EPA和DHA,所以α-亞麻酸具有類似EPA、DHA的生理功能和化學特性[18]。α-亞麻酸ALA 的生物合成途徑:硬脂酸在Δ9-脂肪酸脫氫酶的催化下生成油酸(oleic acid,OA),油酸在Δ12-脂肪酸脫氫酶的催化下生成亞油酸(linoleic acid,LA),隨后,亞油酸進入多不飽和脂肪酸代謝的n-3 途徑或直接進入n-6 途徑(見圖1)。在n-3途徑中,LA在Δ15-脂肪酸脫氫酶的催化下轉化成α-亞麻酸;而在n-6 途徑中,LA經(jīng)Δ6-脂肪酸脫氫酶的催化生成γ-亞麻酸。在上述2個反應中,Δ15-脂肪酸脫氫酶控制總反應的反應速度和方向,是ALA代謝途徑的關鍵酶[19]。文中在杜仲果實和葉片轉錄組測序的基礎上,比較分析α-亞麻酸合成途徑中的系列基因在不同器官不同時期的表達差異,旨在為杜仲α-亞麻酸生物合成的分子調控機制研究提供理論依據(jù)。
圖1 α-亞麻酸的生物合成的途徑Fig.1 The pathway of α-linolenic acid biosynthesis
分別于2010年5月28日和10月28日,在國家林業(yè)局泡桐研究開發(fā)中心采集“華仲6號”杜仲優(yōu)良品種葉片和果實,提取RNA,送至深圳華大基因公司進行轉錄組測序和基因功能注釋[20-21]。
轉錄組測序得到的Unigene,利用NCBI網(wǎng)站上的BLAST工具,和其它物種已知的α-亞麻酸相關CDS序列進行在線比較,用相似性得分比較高的已知基因確定并命名杜仲轉錄組中的α-亞麻酸合成相關基因。基因確定后,分析該基因(或基因家族)在杜仲葉片和果實(幼嫩果實和成熟果實)中的表達量差異。
2.1.1 杜仲幼果和成果中α-亞麻酸生物合成途徑中注釋的Unigene
杜仲幼果和成果轉錄組數(shù)據(jù)中α-亞麻酸合成途徑,從硬脂酸起始,共涉及3個代謝位點(見圖2)。位點3.1.2.2注釋有Unigene1258、Unigene18404、Unigene9145等 3條 Unigene, 其中差異表達基因有4條;位點1.14.19.1注釋有Unigene6936等4條Unigene,成熟果實特異表達有3條;位點1.14.19.-注釋有Unigene1906等6條Unigene,幼果和成果中表達水平顯著差異的有Unigene1條。
2.1.2 杜仲葉片和幼果中α-亞麻酸生物合成途徑中注釋的Unigene
杜仲葉片和幼果轉錄組數(shù)據(jù)中,α-亞麻酸合成途徑共涉及3個代謝位點。位點3.1.2.2注釋有Unigene19869、Unigene40659、Unigene40822等 3條Unigene,且均有顯著的差異表達;位點1.14.19.1注釋有Unigene6936;位點1.14.19.-注釋有Unigene63、Unigene12834等2條Unigene,其中Unigene63在杜仲葉片和幼果中表達水平有顯著差異。
2.2.1 杜仲幼果和成果中α-亞麻酸生物合成關鍵酶基因的確定
杜仲幼果和成果的轉錄組數(shù)據(jù)經(jīng)過進一步BLAST分析后發(fā)現(xiàn),Unigene1906、Unigene14989、Unigene18329等6條Unigene與茄子等植物的δ-15脂肪酸脫氫酶相似性達到55%~86%,其中Unigene14989為δ-15脂肪酸脫氫酶全長cDNA;Unigene6936、Unigene47927等 4條 Unigene與 油桐等植物的δ-9脂肪酸脫氫酶相似性達到71%~91%,其中Unigene47927為δ-9脂肪酸脫氫酶全長cDNA;Unigene1258、Unigene18404、Unigene9145與擬南芥等植物的?;鵆oA硫酯酶相似性達到69%~81%,Unigene18404為?;鵆oA硫酯酶全長cDNA(見表1)。
圖2 KEGG數(shù)據(jù)庫中的亞麻酸生物合成途徑Fig.2 The KEGG pathway of α-linolenic acid biosynthesis
表1 杜仲幼果和成熟果α-亞麻酸合成途徑中相關酶基因和對應Unigene相似度信息Table 1 The related enzyme genes and of corresponding Unigene similarity information in α-linolenic acid synthesis pathway in Eucommia ulmoides young fruit and mature fruit
2.2.2 杜仲幼果和葉片中α-亞麻酸生物合成相關酶基因的確定
杜仲幼果和葉片的轉錄組數(shù)據(jù)經(jīng)過進一步BLAST分析后發(fā)現(xiàn),Unigene63、Unigene12843與其它植物種的δ-15脂肪酸脫氫酶基因相似性分別達到79%和55%;Unigene10591與其它植物種的δ-9脂肪酸脫氫酶相似性達到73%;Unigene19869與其它植物種的?;鵆oA硫酯酶相似性達到70%(見表2)。
轉錄組分析結果表明,杜仲幼果和成熟果實中FatA獲得3個拷貝,但序列比對后發(fā)現(xiàn),3條FatA基因Unigene序列與葡萄的acyl-coenzyme A thioesterase 8 完全相同(見表3),故命名為EuFatA8。
基因表達量差異分析結果表明,3條FatA基因的Unigene表達量差異未達到顯著水平,見表4和圖3。
表2 杜仲幼果和葉片α-亞麻酸合成途徑中相關酶基因和對應Unigene相似度信息Table 2 The related enzyme genes and of corresponding Unigene similarity information in α-linolenic acid synthesis pathway in Eucommia ulmoides young fruit and leaf
表4 EuFatA相關Unigene在杜仲幼果和成熟果中的表達量Table 4 Expression of related EuFatA Unigene in young fruit and mature fruit
圖3 EuFatA相關Unigene在杜仲幼果和成熟果中的表達差異Fig.3 Expression difference of related EuFatA Unigene in young fruit and mature fruit
硬脂酰-ACP去飽和酶(stearoyl-ACP desaturase,SAD),它是唯一一個可溶的去飽和酶,存在于質體中。在脂肪酸形成甘油脂之前,SAD催化引入第1個雙鍵[22-23]。在杜仲的幼果和成熟果實中有被注釋為SAD基因的Unigene共4有條,分別命名為EuSAD1~EuSAD4(見表5)。
表5 杜仲δ-9脂肪酸脫氫酶基因的多樣性Table 5 Diversity of EuSAD genes
表達差異分析結果表明,EuSAD1~EuSAD4在成熟果實中均有表達,但只有EuSAD1的表達量較高,其它3個微量表達;而在幼果中只有EuSAD1表達,且表達量較高。EuSAD1在幼果中的表達量高于成熟果實,見表6和圖4。推斷杜仲幼果和成熟果實的SAD基因均以EuSAD1為主。
表6 SAD相關Unigene在杜仲幼果和成熟果中的表達量Table 6 Expression of related EuSAD Unigene in young fruit and mature fruit
在杜仲幼果和成熟果實中δ-12脂肪酸脫氫酶(FAD2)有5個拷貝(見表7),分別命名為EuFAD2-1~EuFAD2-5。
圖4 SAD相關Unigene在杜仲幼果和成熟果中的表達差異Fig.4 Expression difference of related SAD Unigene in young fruit and mature fruit
表7 杜仲δ-12脂肪酸脫氫酶基因的多樣性Table 7 Diversity of EuFAD2 genes
EuFAD2-1和EuFAD2-2這2條FAD2基因在杜仲幼果和成熟果實中的表達量差異達到顯著水平,其余3條EuFAD2基因的表達量無顯著差異;幼果中EuFAD2-4、EuFAD2-5的表達量超過成熟果實。
FAD2基因根據(jù)其在成熟果實中表達量由大到小排列依次為EuFAD2-1、EuFAD2-2、EuFAD2-3、EuFAD2-4、EuFAD2-5,根據(jù)其在幼果中的表達量由大到小依次為EuFAD2-2、EuFAD2-1、EuFAD2-4、EuFAD2-3、EuFAD2-5(見表8和圖5)。
表8 δ-12脂肪酸脫氫酶相關Unigene在杜仲幼果和成熟果中的表達量Table 8 Expression of related EuFAD2 Unigene in young fruit and mature fruit
圖5 EuFAD2相關Unigene在杜仲幼果和成熟果中的表達差異Fig.5 Expression difference of related EuFAD2 Unigene in young fruit and mature fruit
轉錄組分析結果表明,在杜仲成熟果實和幼果中α-亞麻酸生物合成關鍵酶基因FAD3共有6個拷貝,分別命名為EuFAD3-1-EuFAD3-6(見表9)。
表9 杜仲ω-3脂肪酸脫氫酶基因的多樣性Table 9 Diversity of EuFAD3 genes
對表達差異的研究結果表明,6個FAD3基因中只有EuFAD3-6在成熟果實和幼果中具有顯著的表達差異(見表10)。而且在成熟果實中表達量比幼果高出3.56倍(見圖6);而EuFAD3-1~EuFAD3-5的表達量均未達到顯著水平。
表10 δ-15脂肪酸脫氫酶相關Unigene在杜仲幼果和成果中的表達量Table 10 Expression of related EuFAD3 Unigene in young fruit and mature fruit
圖6 δ-15脂肪酸脫氫酶相關Unigene在杜仲幼果和成果中的表達差異Fig.6 Expression difference of related EuFAD3 Unigene in young fruit and mature fruit
EuFAD3-1~EuFAD3-6根據(jù)其在幼果中的表達量由大到小排序依次為:EuFAD3-2、EuFAD3-1、EuFAD3-3、EuFAD3-5、EuFAD3-4、EuFAD3-6;依據(jù)其在成熟果實中的表達量由大到小排序依次為:EuFAD3-1、EuFAD3-2、EuFAD3-3、EuFAD3-4、EuFAD3-5、EuFAD3-6;在成熟果實中EuFAD3-1、EuFAD3-4、EuFAD3-5、EuFAD3-6等4個EuFAD基因的表達量均超過幼果,這與成熟果實的α-亞麻酸含量遠超過幼果的情況基本一致。
文中研究了杜仲α-亞麻酸合成途徑重要基因的遺傳多樣性和表達規(guī)律,并鑒定了全長cDNA。在幼果和成熟中獲得α-亞麻酸合成相關酶13條,其中差異表達基因6條,葉片和幼果獲得6條基因,差異表達3條;?;鵄CP硫脂酶(FatA)基因在幼果和成熟果實表達量無顯著差異;硬脂酰-ACP去飽和酶(SAD)基因由4個家族成員(EuSAD1-EuSAD4)組成,在成熟果實中均有表達,而幼果中只有EuSAD1表達,EuSAD1在幼果和成熟果實中表達量無顯著差異,但幼果表達量較高,幼果還是成熟果實均以EuSAD1為主;δ-12脂肪酸脫氫酶(FAD2)基因遺傳多樣性較高,由5個家族成員(EuFAD2-1-EuFAD2-5)組成,EuFAD2-1和EuFAD2-2在幼果和成熟果實中表達量達到顯著水平,EuFAD2-1-EuFAD2-3的表達量果實高于葉片,而EuFAD2-4和EuFAD2-5幼果高于成熟果實,作用機理較復雜;ω-3脂肪酸脫氫酶(FAD3)基因家族由6個成員組成(EuFAD3-1-EuFAD3-6),只有EuFAD3-6表達量具有顯著差異,且成熟果實比高出3.56倍,而EuFAD3-1~EuFAD3-5表達量均未達到顯著水平,成熟果實EuFAD3-1、EuFAD3-4-EuFAD3-6等4個基因表達量超過幼果,這可能與成熟果實α-亞麻酸含量遠高于幼果的情況一致。
杜仲籽油不飽和脂肪酸含量達91.18%,其中α-亞麻酸高達67.60%,α-亞麻酸被世界衛(wèi)生組織確定為人體自身不能合成的必需脂肪酸,具有促進腦發(fā)育、增強智力,保護視力,降血脂,降血壓,抑制血栓性疾病,預防心肌梗塞和腦梗塞,抑制過敏,抑制癌癥的發(fā)生和轉移、抗衰老等多種功能;α-亞麻酸ALA的生物合成途徑:硬脂酸在Δ9-脂肪酸脫氫酶的催化下生成油酸,油酸在Δ12-脂肪酸脫氫酶的催化下生成亞油酸,隨后,亞油酸進入多不飽和脂肪酸代謝的n-3途徑或直接進入n-6途徑。在n-3途徑中,LA在Δ15-脂肪酸脫氫酶的催化下轉化成α-亞麻酸;而在n-6途徑中,LA經(jīng)Δ6-脂肪酸脫氫酶的催化生成γ-亞麻酸。α-亞麻酸合成過程中的關鍵酶基因中FatA的遺傳多樣性較低,不同植物中保守性較強,而SAD、FAD2和FAD3遺傳多樣性都較高,如杜仲中SAD至少包含4個成員,F(xiàn)AD2至少包含5個家族成員,F(xiàn)AD3至少包含6個成員,而且這些家族成員的表達模式及不同器官中的表達特異性均不一致,表現(xiàn)出了亞麻酸合成過程中的多樣化及復雜性。如杜仲成熟果實中3個SAD基因均表達,而幼果中只有EuSAD1表達,F(xiàn)AD2的5個家族成員EuFAD2-1和EuFAD2-2在幼果和成熟果實中表達量達到顯著水平,EuFAD2-1-EuFAD2-3的表達量果實高于葉片,而EuFAD2-4和EuFAD2-5幼果高于成熟果實,作用機理較復雜,F(xiàn)AD3基因家族由6個成員組成,僅有EuFAD3-6表達量具有顯著差異,且成熟果實比幼果高,成熟果實中大部分基因如EuFAD3-1、EuFAD3-4-EuFAD3-6等基因表達量超過幼果,這可能與成熟果實α-亞麻酸含量遠高于幼果的情況一致,另一方面表現(xiàn)出了該基因在亞麻酸合成過程的調控的復雜性,需要進一步研究。
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