方亞輝 李會英 鄭丹 袁聯(lián)群
(上海應用技術學院化學與環(huán)境工程學院 上海201418)
分子反應動力學和表面化學問題是化學動力學中的兩個前沿領域,都是從分子水平上研究基元反應的速率,使人們對化學反應過程有比較細致的了解。這類研究對深入理解化學反應的微觀機理,進而更好地控制化學反應和化學途徑,可起重要的作用。在物理化學課程相應章節(jié)的學習過程中涉及到的微觀結(jié)構和基礎概念(如表面結(jié)構、活化能、過渡態(tài)理論及構型及基元反應速率等)需要學生有很強的想象力,但由于學生在初學時缺乏對化學反應在分子水平上的認識,難于理解微觀上的動力學知識。隨著計算技術的發(fā)展,我們能從分子水平模擬化學反應,研究微觀動力學,并可將相應的計算結(jié)果引入到物理化學教學中,加深學生對微觀反應動力學的理解。
SIESTA(Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms)是常用于分子和固體的電子計算和分子動力學模擬程序,可以研究體系的能量和結(jié)構、反應路徑、電偶極矩、原子、軌道和鍵分析等[1-3]。該程序可以在一般的工作站模擬幾百個原子的體系,深受化學工作者的青睞。我們在物理化學課程教學中應用了SIESTA軟件,使教學內(nèi)容從抽象到直觀,從復雜到簡單,對學生從微觀水平理解化學反應很有幫助。下面結(jié)合物理化學分子反應動力學和表面化學課程的教學,介紹SIESTA軟件在輔助教學方面的應用。重點介紹O2在Pt金屬表面的吸附解離過程,該過程結(jié)合了分子動力學和表面化學微觀知識,能夠使學生更好地了解微觀化學反應和表面化學。
O2在Pt表面上的吸附還原是現(xiàn)代催化化學燃料電池陰極常見的化學反應,也是在實際工作中經(jīng)常會碰到的一類反應。微觀上,一塊理想的Pt固體原子排布具有完整的三維周期性,而表面則是這種三維周期性在某一方向上的中斷。因此,理想表面的原子具有完整的二維周期。我們使用這類理想表面來模擬金屬Pt的平臺面(圖1(a))。對于Pt表面的不同位置,標記為頂位(top)、橋位(bridge)等。當這類金屬表面置于O2氛圍中時,O2會吸附于該金屬表面,并且發(fā)生解離生成O原子。
在模擬過程中,我們首先研究了O2在Pt金屬表面的不同吸附位置,分別計算了O2吸附于單個Pt原子的頂位(圖1(b)),兩個O分別吸附于表面兩個Pt原子的頂位(圖1(c))以及O2中的一個O吸附于橋位而另一個O吸附于頂位(圖1(d))的情況,詳細的計算結(jié)果列于表1。從表1可以看出,O2在Pt表面不同位置吸附的能量不盡相同,即在分子水平上,O2對于同一表面的不同位置的選擇性不同。從計算結(jié)果可知,O2吸附于橋位-頂位時吸附能最大,即該位置為O2最佳吸附位點。在該吸附位置時,頂位Pt—O之間鍵長為2.05?,O—O之間的鍵長為1.39?。O2另外一個穩(wěn)定吸附位置為O—O鍵分別吸附于Pt原子的頂部,吸附能為0.72eV。而O2以一個O與表面Pt原子吸附的結(jié)構最不穩(wěn)定。
圖1 表面及O2吸附結(jié)構
表1 O2在不同位置時的吸附能及鍵長
對于O2解離的化學反應(O2→O+O),在反應過程中發(fā)生了共價鍵的斷裂。在此情況下,體系的能量隨著O—O之間的距離而發(fā)生變化。在此變化過程中,O2先活化為處于過渡態(tài)的活化絡合物(TS),然后再分解為兩個O原子。我們可使用SIESTA程序計算出該活化絡合物和反應勢壘,并畫出該反應的勢能面,這樣就可以更加直觀地理解勢能面和活化絡合物。圖2顯示了O2解離的活化絡合物結(jié)構,過渡態(tài)O2解離為吸附在橋位的O和頂位的O,此時兩個O之間的距離為2.05?,經(jīng)過該活化過程后,O2進一步解離為吸附在表面的O原子。
圖2 O2在Pt表面吸附解離的自由能圖
我們可以計算出O2在發(fā)生解離過程的勢能面隨著O—O鍵長的變化。如圖2所示,以Pt金屬表面和氣相O原子作為該過程的起點,隨著O2在表面的吸附,整個系統(tǒng)的能量降低。然后吸附在表面的O2發(fā)生解離,系統(tǒng)能量逐漸升高。活化絡合物所需要的能量就是整個反應過程的能壘(0.25eV),系統(tǒng)越過該活化絡合物后,便解離生成兩個O原子,系統(tǒng)達到最穩(wěn)定狀態(tài)。
在物理化學教學中充分利用計算機化學的最新成果,可使學生更加深入地了解化學反應的基本原理,提高對化學反應的認識;對培養(yǎng)學生的興趣有重要意義。通過對O2在Pt金屬表面吸附解離過程的研究,學生可以從直觀上了解表面的原子構型,以及分子在表面的吸附解離過程,從而更好地理解勢能面和過渡態(tài)理論。
[1]Soler J M,Artacho E,Gale J D,et al.J Phys Condes Matter,2002,14(11):2745
[2]Andreoni W,Curioni A.Parallel Computing,2000,26(7-8):819
[3]Fattebert J L,Gygi F.J Comput Chem,2002,23(6):662
[4]Tian N,Zhou Z Y,Sun S G,et al.Science,2007,316(5825):732
[5]Zhang J,Sasaki K,Sutter E,et al.Science,2007,315(5809):220
[6]Stamenkovic V R,Mun B S,Mayrhofer K J J,et al.J Am Chem Soc,2006,128(27):8813
[7]Lim B,Jiang M J,Camargo P H C,et al.Science,2009,324(5932):1302