冷戰(zhàn)結(jié)束，蘇聯(lián)解體。全球發(fā)生了兩個(gè)根本性的變化：首先，冷戰(zhàn)的結(jié)束，產(chǎn)生了許多新的趨勢，如，經(jīng)濟(jì)因素正在各國關(guān)系中扮演的角色越來越重要，另外就是分散化與一體化的出現(xiàn)，蘇聯(lián)的解體和歐盟的出現(xiàn)便是最好例子。第二，9.11事件使全球聚焦于有關(guān)恐怖主義的爭論，美國對伊拉克和阿富汗發(fā)動反恐戰(zhàn)爭，全球進(jìn)入反恐時(shí)期。2001年9月11日，發(fā)生了震驚世界的911事件，恐怖分子劫持的4架民航客機(jī)撞擊美國紐約世界貿(mào)易中心和華盛頓五角大樓，事件造成2998人遇難，其中2974人被官方證實(shí)死亡，另外還有24人下落不明。2001年10月7日，美國發(fā)動阿富汗戰(zhàn)爭。

911事件讓巴基斯坦站在一個(gè)十字路口。巴基斯坦必須做出選擇，要么同美國一起，參與反恐戰(zhàn)爭，打擊塔利班，要么遭遇來自美國的報(bào)復(fù)。這標(biāo)志著巴基斯坦對阿富汗的政策的改變，及巴阿兩國關(guān)系進(jìn)入一個(gè)新的時(shí)期。

最后，巴基斯坦選擇與美國合作，為美國在反恐戰(zhàn)爭中提供后勤保障，幫助美國快速贏得戰(zhàn)爭勝利。雖然，這個(gè)決定并不是巴基斯坦軍方的簡單裁定。

經(jīng)過戰(zhàn)爭，11月，塔利班倒臺，其主力被迫撤回到阿富汗東南部坎大哈周圍地區(qū)。2001年12月22日，阿富汗產(chǎn)生了過渡政府，巴基斯坦表示支持，兩國重新恢復(fù)友好關(guān)系。此后，巴阿兩國關(guān)系開始了一個(gè)短暫的蜜月期。巴基斯坦為阿富汗新政府提供政治，經(jīng)濟(jì)方面的援助。2002年1月，阿富汗總統(tǒng)卡爾扎伊訪問巴基斯坦，4月，巴基斯坦總統(tǒng)穆沙拉夫訪問阿富汗，宣布為阿富汗重建提供經(jīng)濟(jì)援助。

但是，好景不長，雙方的友好關(guān)系在不久就出現(xiàn)了裂痕。主要表現(xiàn)為：首先，雙方由于互不信任而陷入了相互指責(zé)之中。當(dāng)阿富汗反恐壓力變大時(shí)，一般會指責(zé)巴基斯坦配合不全面。阿富汗總統(tǒng)卡爾扎伊指責(zé)巴基斯坦支持阿富汗邊境恐怖主義活動，并聲稱要對躲藏在巴基斯坦領(lǐng)土的武裝人員實(shí)施越境打擊。許多觀察人士也開始懷疑巴基斯坦政府與塔利班有著合作，認(rèn)為這樣巴基斯坦可以達(dá)到其在阿富汗的目標(biāo)。如，2008年7月7日，阿富汗喀布爾印度大使館門口發(fā)生汽車炸彈爆炸事件，造成兩名印度外交官、兩名印度警衛(wèi)和30多名阿富汗人喪生，另有將近150人受傷。這是自2001年塔利班政權(quán)倒臺以來，阿富汗發(fā)生的最嚴(yán)重的炸彈襲擊事件。爆炸發(fā)生后，阿富汗指責(zé)襲擊事件背后有巴基斯坦三軍情報(bào)局的影子，是巴基斯坦情報(bào)機(jī)構(gòu)與阿富汗境內(nèi)的恐怖分子共謀的結(jié)果。巴基斯坦對此表示否認(rèn)，稱巴基斯坦本身也是恐怖主義的受害者，巴基斯坦與阿富汗都在與恐怖主義這個(gè)共同的敵人做斗爭。此外，在08年的南盟峰會上，卡爾扎伊也公開指責(zé)巴基斯坦與恐怖分子的聯(lián)系。在2011年12月發(fā)生在喀布爾圣地的自殺式炸彈襲擊中很多什葉派穆斯林喪生，這使得阿富汗和巴基斯坦之間的局勢更加緊張，阿富汗要求巴基斯坦政府保證將查清此事。

同樣，巴基斯坦也聲稱在巴基斯坦國內(nèi)的恐怖活動是與“反巴因素”有聯(lián)系的，特別是阿富汗和印度。巴基斯坦政府在多個(gè)場合要求阿富汗政府對雙方的邊境滲入做出阻止行動，并堅(jiān)持認(rèn)為塔利班是通過“反巴因素”滲入巴基斯坦的，這樣會加劇破壞巴基斯坦的領(lǐng)土安全。

而阿富汗則向巴基斯坦傳遞著自己的看法，阿富汗認(rèn)為，巴基斯坦領(lǐng)土不安全，阿富汗也同樣受到了威脅。在一次媒體見面會上，卡爾扎伊說道：過去，是我們一個(gè)國家的遭遇，然而，現(xiàn)在，每個(gè)人都會有和我們一樣的遭遇，任何分裂破壞，其結(jié)果將會導(dǎo)致它的鄰國也遭受分裂之苦。此外，巴阿兩國還為本拉登的藏身之所進(jìn)行相互指責(zé)。

另外，北方聯(lián)盟，這個(gè)聯(lián)盟被認(rèn)為是直接與印度有著密切聯(lián)系。在2001年11月舉行的波恩會議上，北方聯(lián)盟的回歸，這股力量進(jìn)入阿富汗，令巴基斯坦非常擔(dān)心。因?yàn)榘突固拐J(rèn)為北方聯(lián)盟的進(jìn)駐，會給巴基斯坦帶來戰(zhàn)略威脅，也同時(shí)意味著巴基斯坦以往對阿富汗塔利班投資的失敗。

最后，巴阿長久以來的邊界問題，也在阿富汗戰(zhàn)爭之后，重新開始出現(xiàn)新一輪爭端。2003年初，巴阿兩國軍隊(duì)在邊境開始發(fā)生小規(guī)模沖突，此后，兩國軍隊(duì)會在邊境發(fā)生周期性沖突。2005年4月31日，阿富汗又一次開始慶祝普什圖節(jié)。在2005年12月，巴基斯坦軍方又關(guān)閉了該國西部同阿富汗的主要邊境通道。因?yàn)?，巴基斯坦指?zé)阿富汗方面綁架并毆打巴方一名準(zhǔn)軍事人員。但阿富汗方面則指責(zé)是巴方士兵非法越境并毆打了阿方邊境士兵。巴阿邊境氣氛又一次變得緊張，雙方都將更多的軍隊(duì)調(diào)撥到邊境地帶。2006年6月，阿富汗總統(tǒng)卡爾扎伊評價(jià)杜蘭線為兩國“仇恨之界”，它在兩個(gè)兄弟之間修建了一道墻，并表示自己不會接受杜蘭線。反巴游行也出現(xiàn)在阿富汗各大城市。2003年7月8日，喀布爾的游行者闖入巴基斯坦駐阿使館，這個(gè)事件使兩國緊張關(guān)系又一次升級。

在兩國關(guān)系經(jīng)歷波折之后，由于雙方經(jīng)濟(jì)發(fā)展的需求，目前，巴阿關(guān)系經(jīng)歷波折之后，又出現(xiàn)了一些新的進(jìn)展，在2010年，2011年及2012年上半年之間，雙方高層及多邊會晤日益增多，增多了雙方共同交流的機(jī)會。經(jīng)貿(mào)交流開始復(fù)蘇。值得一提的是，雙方教育往來也日益增多，巴阿雙方?jīng)Q定通過教師、學(xué)生交流項(xiàng)目、遠(yuǎn)程教育和建立教育機(jī)構(gòu)的聯(lián)系來加強(qiáng)教育合作，同時(shí)進(jìn)行交換學(xué)者、學(xué)生以及語言研究等項(xiàng)目。

從2000年以來，雙邊貿(mào)易日趨多樣。雙邊貿(mào)易額在2003至2004年度5400萬美元，在2004至2005年度則到到12億美元。2009-2010財(cái)年度兩國貿(mào)易量為17.11億美元，而2010-2011財(cái)年度兩國貿(mào)易量已經(jīng)達(dá)到25.087億美元，增加近8億美元。這是十年來巴阿貿(mào)易增幅最快的一年。巴阿雙方還同意，在2015年，致力于將轉(zhuǎn)口貿(mào)易額到達(dá)50億美元；同時(shí)協(xié)調(diào)海關(guān)工作，提供貿(mào)易便利，以吸引公有和私營資金，設(shè)立經(jīng)濟(jì)和工業(yè)區(qū)；在農(nóng)業(yè)與環(huán)境方面，兩國表示將聯(lián)合建立糧食銀行，確保糧食安全。雙方還將啟動農(nóng)作物替代品的聯(lián)合研究，并就保護(hù)環(huán)境和應(yīng)對氣候變化影響展開對話。

同時(shí)，我們也看到，巴基斯坦與阿富汗雙方也打開僵局，雙方出現(xiàn)高層對話。這是雙方關(guān)系中的一個(gè)全新進(jìn)展。也是巴基斯坦與阿富汗關(guān)系在經(jīng)歷相互猜疑之后的一個(gè)新的開端。這是值得關(guān)注的。2009年1月，扎爾達(dá)里應(yīng)阿富汗總統(tǒng)卡爾扎伊的邀請，抵達(dá)首都喀布爾對阿進(jìn)行訪問的。在訪問中，兩位領(lǐng)導(dǎo)人都表示了加強(qiáng)反恐合作的決心。卡爾扎伊認(rèn)為，巴基斯坦與阿富汗兩國由此開啟了“新關(guān)系”，并希望這種“新關(guān)系”能促使兩國更強(qiáng)有力地打擊恐怖主義和極端主義。

此外，兩國外長還代表各自政府簽訂了《雙邊合作方向》聯(lián)合聲明。提出，兩國將“加深在反恐斗爭中的戰(zhàn)略合作”，以徹底打擊和清除非法武裝活動、極端主義和恐怖主義在地區(qū)內(nèi)的威脅。巴外長庫雷西評價(jià)這份聯(lián)合聲明是兩國關(guān)系的“分水嶺”，并稱巴阿已經(jīng)克服諸多障礙，消除了猜疑，建立起一種基于互信的“新關(guān)系”。

2011年6月10日，阿富汗總統(tǒng)卡爾扎伊也開始為期兩天的訪問巴基斯坦行程。在訪問巴基斯坦的時(shí)候，總統(tǒng)卡爾扎伊與巴基斯坦總統(tǒng)扎爾達(dá)里、總理吉拉尼以及外長等舉行了會談，并在許多問題上達(dá)成了共識。阿富汗總統(tǒng)卡爾扎伊與巴基斯坦總理吉拉尼舉行了會談，會談結(jié)束后巴基斯坦與阿富汗兩國外長代表政府簽署了《伊斯蘭堡宣言》。

從以上歷史分析可以看出，在911事件之后，巴阿關(guān)系也可以分為多個(gè)階段，每個(gè)階段的特點(diǎn)各不相同。巴阿兩國關(guān)系中的沖突及利益，不僅只是簡單的存在于兩個(gè)國家之間。長期以來也存在于各個(gè)區(qū)域及全球維度之中，阿富汗擁有非常特殊的地理位置，其戰(zhàn)略重要性顯而易見，自古以來就是就是各大國爭奪的地方。這樣，戰(zhàn)爭也很容易擴(kuò)散到鄰國巴基斯坦?？傊?，從歷史上看，巴阿兩國的命運(yùn)緊緊相連。