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        牦牛皮蠅幼蟲的RFLP快速鑒定

        2012-12-31 00:00:00劉浩浩李玉萍
        湖北農(nóng)業(yè)科學 2012年7期

        摘要:從牦牛皮下采集皮蠅(Hypoderma)幼蟲,用DNA提取試劑盒、Chelex-100兩種方法提取幼蟲的基因組DNA;通過PCR擴增線粒體細胞色素氧化酶Ⅰ基因(COⅠ)中的高度可變序列,擴增產(chǎn)物經(jīng)BfaⅠ酶切后用瓊脂糖凝膠檢測,結果表明所采集的皮蠅幼蟲屬于同一種。測序結果顯示,擴增的序列與GenBank中中華皮蠅(H. sinense)相應序列的相似性為99.56%,表明所采集的皮蠅幼蟲均為中華皮蠅。

        關鍵詞:牦牛;皮蠅(Hypoderma)幼蟲;RFLP;細胞色素氧化酶Ⅰ;鑒定

        中圖分類號:S852.74+3 文獻標識碼:A 文章編號:0439-8114(2012)07-1477-04

        RFLP Rapid Identification of Hypoderma Larva Affecting Yaks

        LIU Hao-hao1,LI Yu-ping2,HUANG Zhi-hong1,XU Ya-ou1,JIN Su-yu1,LIN Ya-qiu1, ZHENG Yu-cai1

        (1.College of Life Science and Technology, Southwest University for Nationalities, Chengdu 610041,China;

        2.Animal Husbandry Bureau of Jiulong County, Jiulong 622000,Sichuan,China)

        Abstract: RFLP and sequencing was used to identify the Hypoderma larvae collected from yaks. DNA of larvae was extracted by Genomic DNA Extraction Kit and Chelex-100 method. The variable region of the mitochondrial cytochrome oxidase Ⅰ gene (COⅠ) was amplified by PCR. BfaⅠ digestion and agarose gel electrophoresis revealed that the collected larvae belonged to one species. Sequencing and alignment showed that the amplified sequence shared 99.56% homology with that of H. sinense in GenBank, suggesting that the collected larvae were H. sinense.

        Key words: yak; Hypoderma larva; RFLP; cytochrome oxidase Ⅰ; identification

        牦牛皮蠅蛆病是牦牛中常見的一種寄生蟲病,該病發(fā)病率高,尤其是在1~2歲的幼齡牦牛中[1]。被皮蠅幼蟲感染的牦牛會出現(xiàn)產(chǎn)奶量下降、體重減少等癥狀,另外皮革的質量也會受損,這將嚴重影響藏區(qū)畜牧業(yè)的發(fā)展[2,3]。因此,加強該病的監(jiān)測及防治工作非常重要。侵襲牦牛的皮蠅種類有很多,在我國主要有中華皮蠅(Hypoderma sinense)、牛皮蠅(H. bovis)、紋皮蠅(H. lineatum)3種[1,2],其中又以中華皮蠅最為常見。有資料統(tǒng)計,在藏區(qū)患皮蠅蛆病的牦牛中,大約有90%是被中華皮蠅感染,剩余兩種皮蠅各占5%左右[4]。

        皮蠅種類的鑒定方法已經(jīng)有很多,最常見的是通過形態(tài)學特征與分子生物學特征鑒定。前者主要是用掃描電子顯微鏡觀察皮蠅3期幼蟲氣門板的形態(tài)以及體節(jié)腹面突棘的分布情況[1,2,5],后者則是根據(jù)線粒體細胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)[1,4-7]、核糖體28 S亞基[1]等基因的序列特征。雖然不同種類的皮蠅幼蟲形態(tài)有一些差異,但是形態(tài)學鑒定需要掃描電子顯微鏡等大型設備,操作不是很方便。本研究使用分子生物學方法,改良皮蠅幼蟲DNA的提取方法,進行RFLP及測序分析鑒定采集到的牦牛皮蠅幼蟲,以期建立一種快速、可靠的牦牛皮蠅幼蟲鑒定方法。

        1 材料與方法

        1.1 樣品的采集

        牦牛皮蠅幼蟲采自四川省九龍縣,在牦牛屠宰時采集4頭牦牛的皮下幼蟲(n=11),迅速冰凍,送至實驗室后保存于-80 ℃超低溫冰箱。

        1.2 主要儀器及試劑

        主要儀器:電動勻漿器(瑞士Polytron PT1200E)、Mastercycler EP梯度PCR儀(Eppendorf)、Power Pac 3000電泳儀(Bio-Rad)、Versa Doc 1000凝膠成像系統(tǒng)(Bio-Rad)。主要試劑:TaKaRa基因組DNA提取試劑盒(寶生物工程(大連)有限公司)、2×Taq Master Mix(天根生化科技(北京)有限公司)、Chelex-100(Bio-Rad)、BfaⅠ(Ferments)等,引物由上海英駿生物技術有限公司合成。

        1.3 皮蠅幼蟲DNA的提取

        牦牛皮蠅2期或3期幼蟲稱重后,加入10倍體積勻漿液(0.01 mol/L Tris-Cl,pH 8.0),用電動勻漿器在冰上勻漿,9 330 r/min 4 ℃離心20 min,上清液保存于-80 ℃?zhèn)溆谩?/p>

        采用兩種方法提取牦牛皮蠅幼蟲DNA。①取皮蠅幼蟲勻漿液250 μL,參照TaKaRa基因組DNA提取試劑盒從全血中提?。模危恋姆椒ㄟM行;②參照Amills等[8]的Chelex-100方法,取幼蟲勻漿液200 μL,用50 g/L的Chelex-100提?。模危?。提取的DNA用瓊脂糖凝膠電泳檢測,并用核酸蛋白檢測儀測定其濃度。

        1.4 皮蠅幼蟲的分子生物學鑒定

        使用Otranto等[7]設計的引物UEA7(5′-TACAG

        TTGGAATAGACGTTGATAC-3′)和UEA10(5′-TCC

        AATGCACTAATCTGCCATATTA-3′)擴增皮蠅幼蟲細胞色素氧化酶Ⅰ基因(COⅠ)中編碼第四外環(huán)到羧基端(E4-COOH)的片段。PCR體系包括:2×Taq Master Mix 12.5 μL,超純水8 μL,DNA模板2.5 μL,10 μmol/L UEA7和UEA10 各1 μL。PCR擴增程序為:94 ℃ 12 min;94 ℃ 1 min,60 ℃ 1 min,72 ℃ 1 min,38個循環(huán);72 ℃ 7 min;16 ℃保存[5]。擴增產(chǎn)物用1.5%的瓊脂糖凝膠電泳檢測,同時選?。眰€PCR產(chǎn)物直接進行雙向測序。

        PCR擴增產(chǎn)物用限制性內(nèi)切酶BfaⅠ酶切,反應體系包括PCR產(chǎn)物2.5 μL,超純水15 μL,Buffer 2 μL,BfaⅠ 0.5 μL。37 ℃酶切11 h后用2.0%的瓊脂糖凝膠電泳檢測。

        2 結果與分析

        2.1 皮蠅幼蟲COⅠ基因的PCR擴增結果

        皮蠅幼蟲COⅠ基因編碼E4-COOH片段的PCR擴增結果見圖1。其中1~3號DNA為試劑盒法提取,4~6號DNA由Chelex-100法提取,二者擴增效果相同,均獲得了單一的、長約700 bp的條帶。

        2.2 皮蠅幼蟲COⅠ基因PCR產(chǎn)物酶切

        皮蠅幼蟲COⅠ基因編碼E4-COOH片段的PCR產(chǎn)物經(jīng)BfaⅠ酶切、電泳檢測顯示,所有個體均獲得了2條大小分別約為420 bp和270 bp的條帶(圖2),表明采集的皮蠅幼蟲均屬于同一種。

        2.3 皮蠅幼蟲COⅠ基因PCR產(chǎn)物的測序及比對結果

        選取1只皮蠅幼蟲COⅠ基因編碼E4-COOH片段的PCR產(chǎn)物進行雙向測序,拼接后與GenBank中中華皮蠅、牛皮蠅、紋皮蠅COⅠ基因中編碼E4-COOH片段的序列(GenBank登錄號分別為:AY350769、AF497761、AF497762)進行比對(圖3)。結果發(fā)現(xiàn)該序列與中華皮蠅的相應序列只有3個堿基的差異,差異位點分別為63、339、544,兩者序列一致性達到了99.56%;而與牛皮蠅、紋皮蠅則分別有60個、47個堿基的差異,相應的序列一致性分別為91.28%、93.17%,表明本試驗所采集的牦牛皮蠅幼蟲均為中華皮蠅。

        3 討論

        有報道顯示,在青藏高原牧區(qū)患皮蠅蛆病的牦牛中,大約有90%是由于中華皮蠅的感染[4]。本研究根據(jù)皮蠅幼蟲COⅠ基因中編碼E4-COOH片段的RFLP分析以及序列比對結果,并參考Otranto等[1]的研究結果,證實所采集的牦牛皮蠅幼蟲均為中華皮蠅,與之前的報道相符[4,9]。用分子生物學方法鑒定牦牛皮蠅種類的相關研究已有不少報道[1,4-7,9],該法在其他動物的皮蠅幼蟲鑒定中也獲得了可靠的結果[10-12]。與形態(tài)學方法相比,分子生物學方法結果準確可靠,操作也較簡單,同時不需要大型儀器設備,應用前景廣闊。

        本研究在皮蠅幼蟲DNA的提取過程中采用Chelex-100方法,取得了很好的效果。該方法提取的DNA用作PCR模板時,與試劑盒提取DNA的效果相差不大,但該法操作簡單、成本低、污染小,尤其適合高通量的DNA提取。這為今后牦牛皮蠅幼蟲的大規(guī)模鑒定提供了可靠、有效的方法。

        參考文獻:

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