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        犬瘟熱病毒和犬腺病毒2型雙重PCR方法的建立及應(yīng)用

        2012-09-11 02:38:12耿慶華裴程程林書銘
        中國動(dòng)物檢疫 2012年5期
        關(guān)鍵詞:檢測方法

        耿慶華,林 穎,裴程程,胡 殊,林書銘

        (沈陽出入境檢驗(yàn)檢疫局,遼寧沈陽 110016)

        犬瘟熱(CD)是由犬瘟熱病毒(CDV)引起的一種急性、高度接觸性傳染病,經(jīng)常引起大批犬、貂、狐等動(dòng)物發(fā)病,經(jīng)濟(jì)損失嚴(yán)重。該病分布于全世界,我國也時(shí)有發(fā)生。該病的傳染性強(qiáng),不但可以感染犬科動(dòng)物,還能感染鼬科、浣熊科和貓科等多種動(dòng)物,發(fā)病率高,幾乎可以達(dá)到100%[1]。臨床初期多以感冒癥狀呈現(xiàn),發(fā)熱、流涕、有濃眼眵并伴有咳嗽等呼吸道癥狀,嚴(yán)重者有呼吸困難、抽搐等癥狀,多預(yù)后不良[2]。CAV-2感染多可見于4月齡以下的幼犬,潛伏期為5~6天。臨床特征表現(xiàn)為持續(xù)性高熱(體溫在39.5℃左右)、咳嗽、漿液性至黏液性鼻涕、扁桃體炎、喉氣管炎和肺炎,該病往往易和犬瘟熱混合感染[3]。由于這兩種疾病臨床癥狀相似,又易于混合感染,給臨床鑒別診斷帶來很多麻煩[4-5]??梢娊⒁环N可以同時(shí)檢測上述兩種病毒的方法具有很高的實(shí)用性和現(xiàn)實(shí)意義,本實(shí)驗(yàn)即是在傳統(tǒng)PCR方法之上建立了犬細(xì)小病毒和犬冠狀病毒的雙重PCR方法,可以一次同時(shí)檢測這兩種病毒。

        1 材料與方法

        1.1 毒株和臨床樣品

        美國富道四聯(lián)弱毒疫苗(含犬瘟熱病毒、犬細(xì)小病毒、犬腺病毒2型、犬副流感病毒),法國酶里埃六聯(lián)弱毒疫苗(犬瘟熱病毒、犬細(xì)小病毒、犬腺病毒2型、犬副流感病毒、犬鉤端螺旋體和犬黃膽出血群),國產(chǎn)吉林五星五聯(lián)弱毒疫苗含(狂犬病病毒、犬瘟熱病毒、犬細(xì)小病毒、犬腺病毒2型、犬副流感病毒)購自沈陽觀賞動(dòng)物醫(yī)院。臨床樣品為來自遼寧省和吉林省的15家動(dòng)物醫(yī)院采集的134份病犬的鼻液和眼眵。

        1.2 試劑

        DNA聚合酶、dNTP、RT-PCR反應(yīng)試劑盒、DNA Marker 100 bp Ladder、膠回收試劑盒等均購自大連寶生物公司;Ambian磁珠試劑盒購自北京吉泰生物技術(shù)有限公司。

        1.3 引物合成

        檢索GeneBank分別得到3株CAV-2和5株CDV的全基因序列,利用生物軟件CLUSTALX進(jìn)行序列比較分析。用Oligo 6設(shè)計(jì)CAV-2和CDV特異性引物,擴(kuò)增CAV-2引物A1和A2,可擴(kuò)增片段1 108 bp,擴(kuò)增CDV引物D1和D2,可擴(kuò)增560 bp。具體序列 為 A1:5'-TGCCTTTGAAGGGTTTGA-3',A2:5'-AGGACGCACTCTGGGAAT-3';D1:5'-CGGCTC TTGGGTTGCAT-3',D2:5'-CCATTCGGAGCTGTT GACATC-3'。

        1.4 病毒核酸制備

        分別將美國富道四聯(lián)弱毒疫苗、法國酶里埃六聯(lián)弱毒疫苗、吉林長春五星五聯(lián)弱毒疫苗干粉加入1mL DEPC純水,充分溶解后用Ambion的磁珠核酸提取試劑盒提取病毒核酸。提取程序如下:往 KF 96孔板加樣:1A孔中加入RNA Binding Beads(RNA磁珠)10 μL、Lysis/Binding Enhancer 10 μL、Lysis/Binding Solution Concentrate 130 μL 和 50 μL 弱毒疫苗樣品;往B和C行孔中加入150 μL配制好的Wash Solution 1 Concentrate;往D和E行孔中加入150 μL配制的Wash Solution 2 Concentrate;往F行孔中加入50 μL Elution Buffer。然后將KF 96孔板放入核酸提取儀中。反應(yīng)完成后取F行孔中液體放入離心管中-80 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.5 CDV RT-PCR和CAV-2 PCR方法的建立

        1.5.1 CDV RT-PCR方法的建立

        采用 20 μL 的 RT 反應(yīng)體系,25mM MgCl22 μL,10×RT-PCR buffer 2 μL,10 mmoL/L 的 dNTP 2 μL,反轉(zhuǎn)錄酶抑制 0.5 μL,10 U/μL 的反轉(zhuǎn)錄酶 AMV 0.5 μL,CDV 下游引物 1 μL,瞬間離心后,于 42 ℃水浴中反應(yīng)30 min。以反轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物為模板PCR采用25 μL擴(kuò)增體系,并對各反應(yīng)條件進(jìn)行摸索,PCR反應(yīng)后,取5 μL PCR 產(chǎn)物進(jìn)行1.5%瓊脂糖凝膠電泳,以DNA Ladder作Marker,溴乙啶染色后進(jìn)行凝膠成像。

        1.5.2 CAV-2 PCR方法的建立

        以提取美國富道四聯(lián)弱毒疫苗、法國酶里埃六聯(lián)弱毒疫苗,吉林長春五星五聯(lián)弱毒疫苗的核酸為模板,PCR反應(yīng)采用25 μL反應(yīng)體系,并對各反應(yīng)條件進(jìn)行摸索,PCR反應(yīng)后,取5 μL PCR 產(chǎn)物進(jìn)行1.5%瓊脂糖凝膠電泳,以DNA Ladder作Marker,溴乙啶染色后進(jìn)行凝膠成像。

        1.5.3 PCR產(chǎn)物的鑒定

        CDV RT-PCR和CAV-2 PCR反應(yīng)產(chǎn)物用膠回收試劑盒回收后,送至大連寶生物公司進(jìn)行測序。

        1.6 CDV 和CAV-2雙重PCR方法的建立及產(chǎn)物鑒定

        本實(shí)驗(yàn)取法國酶里埃六聯(lián)弱毒疫苗,按照1.3方法提取核酸后進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄反應(yīng),20 μL的RT反應(yīng)體系25 mM MgCl22 μL,10×RT-PCR buffer 1 μL,10 mmoL/L 的 dNTP 1 μL,反轉(zhuǎn)錄酶抑制 0.5 μL,10 U/ μL 的反轉(zhuǎn)錄酶 AMV 0.5 μL,CDV 下游引物0.5 μL,瞬間離心后,于42 ℃水浴中反應(yīng)30 min。以反轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的cDNA和提取的總核酸為模板做雙重PCR,PCR采用25 μL擴(kuò)增體系,并對各反應(yīng)條件進(jìn)行摸索,PCR反應(yīng)后,取5 μL PCR 產(chǎn)物進(jìn)行1.5%瓊脂糖凝膠電泳,以DNA 100 bp Ladder作Marker,溴乙啶染色后進(jìn)行凝膠成像。并將擴(kuò)增結(jié)果,經(jīng)膠回收純化試劑盒純化后送至大連寶生物工程有限公司測序。

        1.7 特異性試驗(yàn)

        提取美國富道四聯(lián)弱毒疫苗、法國酶里埃六聯(lián)弱毒疫苗、國產(chǎn)吉林五星五聯(lián)弱毒疫苗的核酸用CAV-2和CDV 特異性引物擴(kuò)增。

        1.8 敏感性試驗(yàn)

        提取吉林五星弱毒疫苗,提取后用分光光度計(jì)測定核酸濃度,取5 μL核酸加入到45 μL蒸餾水中,再從中取出5 μL進(jìn)行10倍梯度稀釋,依次為100、10-1、10-2、10-3、10-4、10-5、10-6。分別做 PCR 和 RTPCR。

        1.9 臨床樣品的檢測

        將來自遼寧省和吉林省的15家動(dòng)物醫(yī)院采集的134份病犬的鼻液和眼眵樣品,用商品化膠體金試紙條和本實(shí)驗(yàn)建立的方法同時(shí)進(jìn)行檢測。

        2 結(jié)果

        2.1 CDV RT-PCR和CAV-2 PCR擴(kuò)增結(jié)果

        經(jīng)對反轉(zhuǎn)錄及PCR反應(yīng)過程中的退火溫度、延伸時(shí)間、循環(huán)次數(shù)等條件的優(yōu)化,確定最佳反應(yīng)條件,確定反應(yīng)體系為25 μL:10×PCR buffer 2.5 μL、dNTP 2.5 μL、CDV 上下游引物各 0.5 μL、Taq 酶1 μL,模板 5 μL,去離子水補(bǔ)足到 25 μL。PCR 循環(huán)參數(shù)為:94 ℃ 預(yù)變性3 min;95 ℃ 30 s,55 ℃30 s,72 ℃ 30 s,35 個(gè)循環(huán)后;72 ℃延伸 10 min。CAV-2和CDV反應(yīng)產(chǎn)物分別擴(kuò)增出特異性條帶1 108 bp和560 bp,與預(yù)期結(jié)果相符合(見圖1)。

        2.2 PCR產(chǎn)物的鑒定

        CDV RT-PCR和CAV-2 PCR反應(yīng)產(chǎn)物用膠回收試劑盒回收后,送大連寶生物公司進(jìn)行測序。與GeneBank發(fā)表的基因序列同源性在99%以上。

        2.3 特異性檢測結(jié)果

        提取美國富道四聯(lián)弱毒疫苗、法國酶里埃六聯(lián)弱毒疫苗、國產(chǎn)吉林五星五聯(lián)弱毒疫苗的核酸,其中分別含有4~6種病毒核酸,用CAV-2和CDV 特異性引物進(jìn)行擴(kuò)增,結(jié)果表明均只擴(kuò)增出CAV-2和CDV特異性條帶,未出現(xiàn)其它條帶。

        2.4 CDV 和CAV-2雙重PCR 擴(kuò)增結(jié)果及鑒定

        經(jīng)對PCR反應(yīng)過程中的退火溫度、延伸時(shí)間、循環(huán)次數(shù)等條件的優(yōu)化,確定最佳反應(yīng)條件,確定反應(yīng)體系為25μL:10×PCR buffer 2.5 μL、dNTP2.5 μL、CDV 和 CAV-2 上下游引物各 0.25 μL、Taq 酶 0.5 μL、反轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的 cDNA 模板為 3.5 μL、提取的總核酸模板1.5 μL,去離子水補(bǔ)足到25 μL。PCR循環(huán)參數(shù)為:94 ℃ 預(yù)變性3 min,95 ℃ 30 s,55 ℃ 30 s,72 ℃ 30 s,35 個(gè)循環(huán)后,72 ℃延伸10 min。反應(yīng)產(chǎn)物電泳結(jié)果如圖2所示。將雙重PCR產(chǎn)物進(jìn)行電泳,經(jīng)膠回收純化試劑盒純化后送至大連寶生物工程有限公司測序,擴(kuò)增的2個(gè)條帶測序結(jié)果分別與GeneBank上CDV 和CAV-2同源性均在99%以上。

        2.5 敏感性試驗(yàn)

        提取吉林五星弱毒疫苗總核酸,用分光光度計(jì)測定提取的質(zhì)量濃度為9 260 ng/μL,取5 μL核酸加入到45 μL蒸餾水中,再從中取出5 μL進(jìn)行10倍梯度稀釋,依次為 100、10-1、10-2、10-3、10-4、10-5、10-6,做雙重PCR。結(jié)果兩種方法的敏感性均可達(dá)檢測10-4的稀釋度,相當(dāng)于4.63 ng總核酸量,電泳結(jié)果如圖3所示。

        2.6 臨床樣品的檢測結(jié)果

        同時(shí)用商品化膠體金試紙條及本實(shí)驗(yàn)室建立的單項(xiàng)和雙重PCR方法對采集的134份樣品檢測,檢測結(jié)果如表1所示。結(jié)果表明本實(shí)驗(yàn)室建立的PCR方法的敏感性明顯高于商品化膠體金試紙條。將雙重PCR方法和單項(xiàng)PCR方法檢測結(jié)果相比,二者有較高的符合率,陽性符合率在98%以上,表明本實(shí)驗(yàn)建立的雙重PCR方法有較好的特異性和敏感性。

        表1 臨床樣品商品化膠體金試紙條、單項(xiàng)和雙重PCR方法檢測對比試驗(yàn)結(jié)果

        3 討論與結(jié)論

        多重PCR技術(shù)是在同一PCR體系中加入多對引物,對多個(gè)目的基因同時(shí)進(jìn)行擴(kuò)增的分子生物學(xué)診斷方法,可同時(shí)檢測多種病原體或多個(gè)基因型,達(dá)到對多種疾病的同步診斷,縮短檢測時(shí)間的目的[6-8]。本實(shí)驗(yàn)在優(yōu)化單項(xiàng)PCR檢測方法基礎(chǔ)上,初步建立了雙重PCR方法,即一次實(shí)驗(yàn)可同時(shí)快速鑒別診斷CAV 和CDV兩種病毒感染的檢測技術(shù),為預(yù)防和控制這兩種疾病提供快速診斷方法。

        由于雙重PCR反應(yīng)涉及到兩種模板和兩對引物,因而容易出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增或不能擴(kuò)增,所以我們在設(shè)計(jì)引物的時(shí)候,注重退火溫度,GC含量及基因片段長度的選擇。本實(shí)驗(yàn)在進(jìn)行CDV 和CAV單項(xiàng)PCR的基礎(chǔ)上,通過對病毒引物、dNTP、模板量及反應(yīng)溫度的篩選,建立了CDV 和CAV雙重PCR的快速特異的鑒別診斷方法,通過臨床樣品的檢測,結(jié)果顯示該雙重PCR方法的敏感性明顯高于商品化膠體金試紙條的檢測結(jié)果,并檢測出兩種病毒混合感染樣品為10例,與單項(xiàng)PCR檢測結(jié)果的符合率在98%以上,表明該方法有很好的實(shí)用性,可以在臨床中應(yīng)用推廣。

        犬瘟熱毒病和犬腺病毒病2型是犬的兩種急性的傳染病,發(fā)病時(shí)均能引起發(fā)熱、咳嗽、流鼻涕,有濃眼眵等癥狀。在臨床上兩者很難鑒別診斷,本實(shí)驗(yàn)即是從該角度出發(fā),建立了CDV和CAV-2雙重PCR方法,可以在一個(gè)PCR反應(yīng)體系中同時(shí)檢測兩種病毒,提高了檢測的效率,同時(shí)又可將兩者相互鑒別,具有很好的臨床應(yīng)用價(jià)值。同時(shí)該試驗(yàn)引入了磁珠法應(yīng)用全自動(dòng)核酸提取系統(tǒng)提取核酸,避免了以往病毒核酸的DNA和RNA分開提取的繁瑣程序,更加適合大量臨床樣品的檢測。

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