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        犬源賈第蟲EF1α基因的克隆及序列分析*

        2012-05-31 06:55:54王培園劉遠(yuǎn)佳郭建超孟祥龍李國清
        動物醫(yī)學(xué)進展 2012年1期
        關(guān)鍵詞:賈第人獸基因型

        李 結(jié),王培園,張 萍,劉遠(yuǎn)佳,郭建超,孟祥龍,李國清

        (華南農(nóng)業(yè)大學(xué)獸醫(yī)學(xué)院,廣東廣州 510642)

        賈第鞭毛蟲(Giardiasp.)簡稱賈第蟲,是一種呈全球性分布的重要人獸共患性寄生原蟲,能廣泛寄生于人、哺乳動物、鳥類、兩棲類及嚙齒類動物的腸道,導(dǎo)致腹瀉和消化不良等癥狀,諸多臨床病例和流行病學(xué)資料均已證明賈第蟲病是一種具有重要公共衛(wèi)生意義的原蟲?。?-3]。賈第蟲病是一種水源性傳播的疾病,常年流行但多見于夏季。飲用水被污染是造成該病流行和暴發(fā)的重要因素。本病已被列為全世界危害人類健康的10種主要寄生蟲病之一[4]。近年來研究顯示,賈第蟲合并人免疫缺陷病毒(HIV)感染,并在同性戀者中流行的報道不斷增多[5]。

        近年來,寵物犬賈第蟲感染也較普遍,且可流行和傳播人獸共患的賈第蟲基因型,對人類健康構(gòu)成潛在威脅。因此,對賈第蟲進行研究就顯得尤為重要。賈第蟲延長因子(elongation factor 1alpha,EF1α)基因是蛋白質(zhì)合成過程中肽鏈延伸所需的蛋白因子的基因,進化速率相對較慢,因此常被用于賈第蟲的基因型鑒定。本試驗以廣州犬糞便中發(fā)現(xiàn)的賈第蟲為研究對象,針對其EF1α基因設(shè)計引物,進行PCR擴增、克隆和測序,通過序列分析比對,對本次分離的犬源賈第蟲進行了分子鑒定,為賈第蟲的分子遺傳學(xué)和分子診斷學(xué)研究及賈第蟲病的防治研究奠定基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        1.1.1 糞便樣品 犬糞便樣品采自廣東廣州某寵物醫(yī)院。每個糞樣取10g~15g,加5倍自來水?dāng)噭颍?0目銅篩過濾,將濾液以2 500r/min離心10min,棄上清,按糞便量的5倍體積加入330g/L硫酸鋅漂浮液,然后用小鐵絲環(huán)蘸取漂浮液表層涂片鏡檢。將形態(tài)學(xué)鑒定為陽性的糞便樣品保存至4℃冰箱備用。

        1.1.2 主要試劑和儀器 DNA提取試劑盒(Stool DNA Kit)、WizardTM DNA Clean-Up System試劑盒、pGEM -T Easy Vector,均為Promega公司產(chǎn)品;dNTPs(2.5mmol/L)、ExTaqDNA 聚合酶、6×Loading buffer、DNA Marker DL 2 000、IPTG和X-gal均為寶生物工程(大連)有限公司產(chǎn)品;蛋白酶K為Merk公司產(chǎn)品;Biometra PCR儀器為德國Biometra公司產(chǎn)品;Bio-RAD電泳系統(tǒng)為美國Bio-RAD公司產(chǎn)品;凝膠圖像分析系統(tǒng)為英國Uvitec公司產(chǎn)品。

        1.2 方法

        1.2.1 DNA提取及引物設(shè)計 將純化后的包囊用Promega公司的糞便提取試劑盒(Stool DNA Kit)抽提賈第蟲全基因組DNA,并置于-20℃冰箱保存?zhèn)溆谩R镉缮虾SⅡE生物技術(shù)有限公司合成,上游引物 EF:5′-CTGGTCACCGCGACTTCA-3′,下游 引 物 ER:5′-ACTCCTCGGCCTTCTTCC-3′,預(yù)期擴增片段為288bp。

        1.2.2 PCR擴增目的片段 PCR擴增體系為25μL:EF/ER引物各0.25μL,10×buffer 2.5μL,dNTP 2μL,MgCl23μL,Ex-Taq酶0.25μL,無菌水15μL,DNA樣品2μL。PCR反應(yīng)條件為:94℃預(yù)變性3min;94℃30s,60℃30s,72℃30s,循環(huán)35次;最后72℃5min。同時設(shè)置陰性對照組,只加入與樣品DNA量相同的無菌雙蒸水。PCR產(chǎn)物在以0.5×TBE為電泳液的10g/L瓊脂糖凝膠中電泳,0.5mg/L溴化乙錠(EB)染色,紫外分析儀下觀察,凝膠成像系統(tǒng)攝像。

        1.2.3 PCR產(chǎn)物的克隆及篩選 用DNA膠回收試劑盒對擴增片段進行純化,純化產(chǎn)物連接到pGEM-T Easy載體上,將連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化至感受態(tài)細(xì)胞JM 109中,振蕩培養(yǎng)后涂布在含氨芐青霉素和

        圖1 犬源賈第蟲EF1α基因的PCR擴增結(jié)果Fig.1PCR amplification result of EF1αgene from Giardia lamblia

        2.3序列測定及分析

        犬源賈第蟲EF1α基因PCR擴增序列長為288bp,其序列核苷酸組成(圖3)。將測序結(jié)果在NCBI中進行Blast比對,然后從GenBank中下載IPTG的LB平板上,過夜培養(yǎng)后挑選白色的單菌落,進行菌液PCR鑒定,篩選出陽性克隆。

        圖3 犬源賈第蟲EF1α基因的序列Fig.3 Sequence of the dog-derived Giardia EF1αgene

        1.2.4 序列測定與分析 挑選樣本中鑒定為陽性的菌液送上海英濰捷基貿(mào)易有限公司進行測序,Blast比對測序結(jié)果,然后從GenBank下載相關(guān)序列用DNA Star軟件進行序列分析與比較,并構(gòu)建分子系統(tǒng)進化樹。

        2 結(jié)果

        2.1 PCR擴增結(jié)果

        PCR擴增出的片段為288bp左右,與預(yù)期目的片段大小一致(圖1)。

        2.2克隆、轉(zhuǎn)化及菌液PCR

        用純化回收試劑盒回收樣品的PCR產(chǎn)物并將之克隆到pGEM-T Easy載體中,然后轉(zhuǎn)化至感受態(tài)細(xì)胞JM 109,然后進行菌液PCR鑒定,得到的片段為288bp左右,與預(yù)期目的條帶大小一致(圖2)。相關(guān)序列,采用DNA Star軟件建立系統(tǒng)進化樹(圖4)。結(jié)果表明本次分離的廣州犬源賈第蟲基因型為D型。

        圖2 重組質(zhì)粒的PCR鑒定Fig.2dentification of recombinant plasmids by PCR

        圖4 犬源賈第蟲EF1α基因的系統(tǒng)進化樹Fig.4 The phylogenetic tree on EF1αgene of the dog-derived Giardia

        3 討論

        藍(lán)氏賈第蟲(Giardialamblia)是一種呈世界性分布的人獸共感染的寄生性原蟲。據(jù)WHO估計,賈第蟲全世界人口的感染率約為30%,在我國,各地區(qū)感染率不同,約在1%~20%左右(平均約2.54%)[6]。在美國,每年大約有2.8×106人感染賈第蟲,因此賈第蟲被稱為“頭號腸道寄生蟲”[7]。近年來,寵物犬深受人們喜愛,但寵物犬能感染人獸共患賈第蟲基因型,這可能會通過多種途徑傳染給人,對人類健康構(gòu)成潛在威脅[8]。因此,對寵物犬源賈第蟲進行分子鑒定及準(zhǔn)確分型具有重要的公共衛(wèi)生意義。

        藍(lán)氏賈第蟲是一個復(fù)雜的集合體,至少可分為7個有效集聚體或基因型(A~G)。其中只有A和B型是人獸共患的基因型,可感染包括人在內(nèi)的大部分哺乳動物。A型主要有AⅠ和AⅡ,AⅠ為人獸共患型,AⅡ只感染動物;B型是人獸共患型且宿主范圍較廣;C和D型主要感染犬;E型可感染反芻動物;F和G型可分別感染貓和家鼠[9]。分子生物學(xué)技術(shù)是對賈第蟲進行分子鑒定及基因型鑒定的重要手段,目前,常用于賈第蟲基因型鑒定的分子標(biāo)記主要有小亞基核糖體RNA基因(SSU-rRNA)、磷酸丙糖異構(gòu)酶基因(tpi)、谷氨酸脫氫酶基因(gdh)、β-賈第素基因(bg)和α-延伸因子1基因(ef1-α)等[10]。肖淑敏等[11]針對16SrRNA基因和內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)ITS-rRNA基因序列設(shè)計引物,首次對我國分離的牛源賈第蟲進行了基因型鑒定,結(jié)果為E型。朱海波等[12]用16SrRNA基因和gdh基因作為分子標(biāo)記,對廣東首株犬源賈第蟲進行了基因型鑒定,16S-rRNA基因的序列分析結(jié)果顯示該犬源賈第蟲的基因型為A型,對gdh基因序列進一步分析顯示該基因型為AⅠ亞型,屬于人獸共患基因型。Minvielle M C等[13]利用tpi基因設(shè)計引物,對采自阿根廷的60份兒童糞樣進行基因型鑒定,結(jié)果顯示43份為陽性,其中3份為AⅡ型,40份為B型。Caccio S M等[14]用bg基因鑒定出人源賈第蟲的基因型為AⅠ、AⅡ、BⅠ和BⅡ和BⅢ。Lalle M等[15]針對bg基因設(shè)計引物對意大利的含有賈第蟲包囊的37份人糞樣和25份狗糞樣進行巢式PCR擴增,結(jié)果顯示,人糞樣中只檢測到A型和B型。狗糞樣中6份為A型,其余均為C型和D型,

        本研究根據(jù)GenBank中登錄的賈第蟲EF1α基因序列設(shè)計引物,首次對我國廣州犬糞中分離的賈第蟲EF1α基因進行了擴增、克隆和測序。結(jié)果表明,本次分離的犬源賈第蟲基因型為藍(lán)氏賈第蟲D型,且EF1α基因適合做分子標(biāo)記,可準(zhǔn)確地對賈第蟲進行基因分型。同時,本試驗所測得的賈第蟲EF1α序列系國內(nèi)首次報道,為賈第蟲的分子遺傳學(xué)及分子流行病學(xué)的進一步研究提供了有價值的科學(xué)資料。

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