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        鹽生植物小花堿茅外整流K┼通道SKOR基因片段的克隆及序列分析

        2012-03-12 10:45:04王鎖民
        草業(yè)科學 2012年8期
        關(guān)鍵詞:鹽生木質(zhì)部擬南芥

        王 茜,王 沛,王鎖民

        (蘭州大學草地農(nóng)業(yè)科技學院 草地農(nóng)業(yè)系統(tǒng)國家重點實驗室,甘肅 蘭州 730020)

        Na+是廣泛存在于土壤以及土壤溶液中的元素。但是,不論甜土植物還是鹽生植物,其細胞質(zhì)酶都對Na+有高度的敏感性[1-3]。過量的Na+會對植物生長產(chǎn)生各種不利影響,甚至導致植物死亡[4]。鹽生植物在進化過程中,形成了特殊的耐鹽機制,對其耐鹽機理研究以及耐鹽相關(guān)功能基因的挖掘在農(nóng)作物和優(yōu)良牧草耐鹽性的遺傳改良方面有十分重要的應(yīng)用價值。

        小花堿茅(Puccinelliatenuiflora)為禾本科堿茅屬多年生牧草,耐鹽堿,能夠在高濃度的Na+環(huán)境下維持體內(nèi)很低的Na+水平[5-8]。Wang等[9]的研究發(fā)現(xiàn),小花堿茅具有極強的K+/Na+選擇性運輸能力,從而能夠在鹽脅迫下維持地上部穩(wěn)定的高K+含量,可見,限制Na+內(nèi)流,同時提高地上部K+的積累,進而維持植株體內(nèi)高的K+/Na+是增強植物耐鹽性的關(guān)鍵[10]。研究表明,K+在植物地上部的積累主要是通過將根部吸收的K+經(jīng)木質(zhì)部裝載,在蒸騰拉力作用下,隨木質(zhì)部流進入地上部完成的,外整流K+通道在此運輸過程中發(fā)揮重要作用[11]。

        外整流K+通道屬于Shaker通道家族,目前針對它的研究涉及甚少。Wegner和Raschke[12]通過膜片鉗技術(shù)在大麥(Hordeumvulgare)根離體的木質(zhì)部薄壁細胞的原生質(zhì)體中首次發(fā)現(xiàn)了外整流K+通道的活性,將其稱為KORC(K+-selective Outwardly Rectifying Conductance)。隨后,在玉米(Zeamays)根皮層及中柱細胞中也檢測到了外整流K+通道,并確定其介導K+從中柱細胞外排到木質(zhì)部汁液中[13-14],這一功能在大麥中也得到了驗證[13]。Gaymard等[11]從擬南芥(Arabidopsisthaliana)中首次克隆到編碼外整流K+通道的基因,并發(fā)現(xiàn)其在根中柱組織特異表達,且能被ABA抑制,將其命名為SKOR(Stelar K+Outward Rectifier),在突變體中的研究也證實了SKOR的上述功能。由此猜測,在小花堿茅體內(nèi),外整流K+通道SKOR可能在維持其體內(nèi)高的K+/Na+,進而在提高植株耐鹽性中發(fā)揮重要作用。本研究采用RT-PCR方法克隆拒鹽型鹽生植物小花堿茅SKOR基因片段并分析其序列特征,以期為小花堿茅SKOR基因全長的克隆、表達調(diào)控、RNAi等研究奠定基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1試驗材料 植物材料為4周齡小花堿茅幼苗,種子采自甘肅省張掖市臨澤縣。大腸桿菌DH5α菌株為草地農(nóng)業(yè)系統(tǒng)國家重點實驗室保存。

        1.2研究方法

        1.2.1材料培養(yǎng) 參照王生銀等[15]的方法。挑選籽粒飽滿的小花堿茅種子播種在鋪有吸水紙的篩網(wǎng)架上,然后置于白瓷盤中暗培養(yǎng),25 ℃,澆蒸餾水發(fā)芽,約7 d后澆灌Hoagland營養(yǎng)液(5 mmol·L-1KNO3,0.5 mmol·L-1NH4H2PO4,0.25 mmol·L-1MgSO4·7H2O,1.5 mmol·L-1Ca(NO3)2·4H2O,0.5 mmol·L-1Fe-citrate,92 μmol·L-1H3BO3,18 μmol·L-1MnCl2·4H2O,1.6 μmol·L-1ZnSO4·7H2O,0.6 μmol·L-1CuSO4·5H2O,0.7 μmol·L-1(NH4)6Mo7O24·4H2O )。營養(yǎng)液約5 d更換一次。培養(yǎng)室晝/夜溫度為(28±2) ℃/(23±2) ℃,光照16 h·d-1,光強約為600 μmol·m-2·s-1,空氣相對濕度為60%~80%。

        1.2.2總RNA的提取 參照王生銀等[15]的方法。將4周齡小花堿茅幼苗經(jīng)25 mmol·L-1NaCl與10 mmol·L-1KCl處理48 h,取其根系,加入液氮研磨至粉末狀,按照UNIQ-10柱式Trizol總RNA抽提試劑盒的操作說明書提取根系總RNA。用1.0%甲醛變性凝膠電泳鑒定其完整性和質(zhì)量。

        1.2.3引物的設(shè)計與合成 參照王生銀等[15]的方法。通過對其他植物SKOR核苷酸序列進行同源性比較,找出高度保守的區(qū)段,根據(jù)同源性高和簡并性低的原則,利用DNAMAN和Primer 5.0軟件設(shè)計一對簡并性引物P1和P2,用于擴增小花堿茅SKOR基因片段,推測目的片段的長度為566 bp,引物由上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司合成。

        P1:5′-TACCTG(A/G)TCGG(C/G)AACATGACGGCG-3′;

        P2:5′-GATGCT(A/G)GTCA(A/G)GGA(C/T/U)TGCTTGTC-3′。

        1.2.4RT-PCR擴增 參照王生銀等[15]的方法。PCR擴增反應(yīng)體系:在200 μL PCR管中依次加入10×PCR Buffer 5 μL、25 mmol·L-1MgCl23 μL、2 mmol·L-1dNTP 5 μL、10 μmol·L-1P11 μL、10 μmol·L-1P21 μL、5 U·μL-1Taq DNA polymerase 0.5 μL、cDNA 4 μL,加純水至50 μL。反應(yīng)條件:94 ℃預變性2 min;94 ℃變性30 s、56 ℃退火50 s、72 ℃延伸60 s,30個循環(huán);最后72 ℃延伸10 min。PCR擴增產(chǎn)物用1.2%瓊脂糖凝膠檢測,目的片段的回收和純化按照UNIQ-10柱式DNA膠回收試劑盒操作說明進行。

        1.2.5陽性克隆的篩選與鑒定 參照王生銀等[15]的方法。將回收的PCR產(chǎn)物連接到pUCm-T載體,轉(zhuǎn)化感受態(tài)大腸桿菌DH5α,用含有50 μg·mL-1氨芐青霉素的LB固體培養(yǎng)基進行藍白斑篩選,轉(zhuǎn)化白斑菌株經(jīng)質(zhì)粒PCR鑒定確認陽性克隆后,送至北京華大基因科技股份有限公司測序。

        1.2.6序列分析 參照王生銀等[15]的方法。序列的比較、翻譯等在DNAMAN生物軟件上進行,Blast搜索在NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST)網(wǎng)站上進行。

        2 結(jié)果

        2.1RT-PCR擴增 以總RNA反轉(zhuǎn)錄所得到的第一鏈cDNA為模板,用SKOR基因的簡并性引物P1和P2進行PCR擴增(圖1)。擴增產(chǎn)物經(jīng)凝膠電泳檢測發(fā)現(xiàn)約在560 bp處有一條亮帶,且上下無雜帶,與目的片段的大小一致,推測可能是小花堿茅SKOR基因片段。

        圖1 RT-PCR產(chǎn)物凝膠電泳圖Fig.1 Agarose gel electrophoresis of RT-PCR products

        圖2 陽性克隆的PCR鑒定Fig.2 PCR identification of positive clones

        2.2陽性克隆的鑒定 將回收純化的目的片段連接到pUCm-T克隆載體上,轉(zhuǎn)化大腸桿菌DH5α。從轉(zhuǎn)化的平板上隨機挑取4個白色菌斑并提取質(zhì)粒,進行PCR擴增,得到的擴增片段大小約為560 bp(圖2),與RT-PCR結(jié)果一致,表明這些克隆為陽性克隆。

        2.3SKOR基因片段序列分析 測序結(jié)果顯示,該陽性克隆序列長度為555 bp,推測其編碼185個氨基酸(圖3)。Blast 比較結(jié)果表明,該片段與玉米(AY899 922.1)、擬南芥(NM_111 153.3)、葡萄(Vitisvinifera)(AJ490 336)、蓖麻(Ricinuscommunis)(XM_002 533 405)和胡楊(Populuseuph-ratica)(EU382 997.1)等植物外整流K+通道基因的核苷酸序列的同源性均在66%以上,與禾本科模式植物水稻(Oryzasativa)推測的外整流K+通道基因的(GQ355 585.1)核苷酸序列的同源性最高,達到82%。表明本研究克隆到的片段為外整流K+通道基因片段,將其命名為PtSKOR。

        圖3 小花堿茅PtSKOR核苷酸序列及推測的氨基酸序列Fig.3 Nucleotide and deduced amino acid sequence of PtSKOR fragment from Puccinellia tenuiflora

        多重比較及系統(tǒng)進化分析表明,小花堿茅PtSKOR片段與禾本科植物水稻推測的外整流K+通道OsSKOR(ADF28 806.1)的進化關(guān)系非常近,氨基酸同源性高達83%;與其他單子葉植物如玉米ZKOR(AM746 987.1)的進化關(guān)系相對較遠,同源性為61%;與雙子葉植物如擬南芥AtSKOR(NP_186 934.1)、葡萄VvSOR(CAD35 400.1)、胡楊PeORK(ABY86 890.1)、蓖麻RcSKOR(XP_002 533 451.1)等同源性分別為61%、60%、55%和55%(圖4、圖5)。序列比對及疏水性分析表明,本研究得到的小花堿茅PtSKOR片段的氨基酸序列起始于最后一個跨膜區(qū)(S6)中段,與非跨膜區(qū)相比,該跨膜區(qū)在結(jié)構(gòu)上高度保守(圖3、圖4)。

        圖4 PtSKOR氨基酸序列與其他植物SKOR氨基酸序列的多重比較Fig.4 Amino acid sequence alignment of PtSKOR with those from other plants

        圖5 PtSKOR蛋白質(zhì)序列與其他植物外整流K+通道的系統(tǒng)進化樹Fig.5 Phylogenetic tree of PtSKOR and outward rectifier K+ channel from other plants

        3 討論

        長期以來,有關(guān)外整流K+通道蛋白的研究主要集中在模式植物擬南芥上??茖W家們在擬南芥中提出的假說認為,鹽脅迫下,隨著木質(zhì)部薄壁細胞中Na+不斷積累,引起薄壁細胞質(zhì)膜去極化,激活外整流K+通道蛋白(SKOR)或非選擇性離子外整流通道蛋白(NOR)活性,進而將K+裝載到木質(zhì)部向地上部運輸[14,16]。Gaymard等[11]從擬南芥中分離到K+外整流通道蛋白基因AtSKOR,通過非洲爪蟾卵母細胞(Xenopusoocytes)異源表達和突變體atskor試驗證明,AtSKOR介導K+從木質(zhì)部薄壁細胞向木質(zhì)部的裝載??梢姡琒KOR在植物地上部K+積累方面的作用不容忽視。Wang等[9]在拒鹽牧草小花堿茅中的研究證明,其地上部K+的含量不受外界鹽分濃度及處理時間的影響,并維持植株地上部高的K+/Na+。由此推測,小花堿茅PtSKOR作為外整流K+通道,對其耐鹽性發(fā)揮著重要作用。

        本研究得到的PtSKOR片段與擬南芥、葡萄、胡楊、蓖麻等雙子葉植物的外整流K+通道相比同源性較低,介于55%~61%;與單子葉植物水稻推測的外整流K+通道OsSKOR同源性達到83%,但與其內(nèi)整流K+通道AKT1同源性僅為33%(圖5),因此推測此通道為小花堿茅外整流K+通道。PtSKOR與玉米ZORK同源性卻僅有61%,這可能是由于玉米ZORK基因主要表達于根外皮層及保衛(wèi)細胞中[17],與已知的其他植物的外整流K+通道分屬不同類。

        植物外整流K+通道SKOR結(jié)構(gòu)與KAT1、AKT1等內(nèi)整流K+通道類似,具有6個疏水性跨膜區(qū)域(S1~S6)[11]。本試驗克隆獲得的PtSKOR片段起始于最后一個跨膜區(qū)(S6)中段。S6跨膜區(qū)及其細胞內(nèi)擴展區(qū)域具有高度的序列保守性(圖4),與通道阻斷劑的相互作用是K+通道電壓門控的重要機制[18]。此外,PtSKOR與已報道的AtSKOR一致,在近C端含有環(huán)核苷酸結(jié)合序列(Cyclin Nucleotide-Binding Site,CNBS),與環(huán)核苷酸的調(diào)控有關(guān)[19]。然而,各類K+通道在C端的結(jié)構(gòu)差異較大,如KAT1與SKOR在跨膜區(qū)具有很高的同源性,但C端比SKOR少約200個氨基酸及6個錨蛋白重復基序(Ankyrin Repeat Motif,AR)[20-21]。因此,KAT1對于細胞內(nèi)的K+沒有響應(yīng),而SKOR的C端非跨膜區(qū)對于其感受細胞內(nèi)K+信號起著關(guān)鍵作用??梢?,PtSKOR基因的研究為闡明鹽生植物小花堿茅K+、Na+選擇性運輸機制提供分子層面的依據(jù),對于改良作物耐鹽堿性奠定了理論基礎(chǔ)。

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