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        在stata軟件中實現(xiàn)Contour-enhanced meta-analysis funnel plots繪制*

        2012-03-11 14:01:34安徽醫(yī)科大學(xué)流行病與衛(wèi)生統(tǒng)計學(xué)系230032
        中國衛(wèi)生統(tǒng)計 2012年1期
        關(guān)鍵詞:輪廓線命令繪制

        安徽醫(yī)科大學(xué)流行病與衛(wèi)生統(tǒng)計學(xué)系(230032)

        張?zhí)扈?潘發(fā)明△ 葛 銳 梅 楊 沈蓓蓓 高 靜 段振華 曾 臻 王 笙 李桂興

        Contour-enhanced meta-analysis funnel plots產(chǎn)生的背景

        漏斗圖是做meta分析時常會用到的一種方法。我們可以很直觀的從圖上看出散點圖的分布是否對稱,來評估m(xù)eta分析結(jié)果的穩(wěn)定性和真實性。這種方法雖然直觀,簡便,但卻不能定量的評估出漏斗圖的偏倚。常用的定量評估漏斗圖對不對稱的方法有Begg and Mazumdar'S 等級相關(guān)檢驗〔1〕,Egger's回歸分析〔2〕,失安全系數(shù)的計算〔3〕和剪補(bǔ)法〔4〕。通常我們把漏斗圖不對稱的原因歸結(jié)到發(fā)表偏倚上,但事實上,引起漏斗圖不對稱的原因有很多,比如那些樣本量小,設(shè)計簡單的研究往往會影響到到漏斗圖頂部的那些樣本量大,設(shè)計嚴(yán)謹(jǐn)?shù)难芯啃?yīng),也會導(dǎo)致不對稱的漏斗圖出現(xiàn)〔5〕。J.L.Peters在 2008年提出了一種新的方法——Contour-enhanced meta-analysis funnel plots,用來幫助我們識別漏斗圖不對稱的原因〔6〕。

        Contour-enhanced meta-analysis funnel plots是對傳統(tǒng)漏斗圖的一種改良,與普通的漏斗圖的繪制方法一樣,它也是以效應(yīng)大小為橫軸,效應(yīng)量標(biāo)準(zhǔn)差為縱軸,繪制出的散點圖。但是相對于普通的漏斗圖,其最大的特點就是將檢驗水準(zhǔn)值(0.01,0.05,0.1)區(qū)域畫在了漏斗圖上,幫助我們識別那些漏斗圖上的點是否具有統(tǒng)計學(xué)意義從而幫助我們分析漏斗圖不對稱產(chǎn)生的原因是否是由于發(fā)表偏倚所引起的。

        Stata繪制的Contour-enhanced meta-analysis funnel plots命令及語法

        1.Contour-enhanced meta-analysis funnel plots命令包的下載及安裝的方法

        我們在stata命令窗口中輸入“findit confunnel”就會出現(xiàn)對話框,我們選擇gr033并按照提示進(jìn)行安裝。

        2.Confunnel命令的語法

        confunnel varname1 varname2 [if][in][,options]

        3.Confunnel常用的選項

        常用的選項有以下幾種,可以按照自己對漏斗圖繪制要求,來改變選項的值。

        contours(numlist) 定義漏斗圖上繪制統(tǒng)計學(xué)中P 值的輪廓線,默認(rèn)是 0.01,0.05,0.10。

        contcolor(colorstyle) 定義繪制的輪廓線的顏色。

        extraplot(plots) 指定一個或多個額外的點疊加在漏斗圖上。

        legendlabels(labels) 指定在漏斗圖上添加的標(biāo)簽圖例,格式是legendlabels(‘“8”new label""')。

        metric(se|invse|var|invvar) 定義y軸的意義,se表示y軸采用標(biāo)準(zhǔn)差,invse表示y軸采用標(biāo)準(zhǔn)差倒數(shù),var表示y軸采用方差,invar表示y軸采用方差的倒數(shù)。

        onesided(lower|upper) 指定漏斗圖繪制出單側(cè)檢驗的輪廓線。

        shadedcontours 指定輪廓線的色度。

        solidcontours 指定輪廓線為實線。

        實例介紹

        1.材料

        本文擬通過一個實例來具體介紹Contour-enhanced meta-analysis funnel plots的繪制方法。所用實例的數(shù)據(jù)庫是來源于 stata官網(wǎng),網(wǎng)址是 http://www.stata-press.com/data/mais/,數(shù)據(jù)庫名為“nicotinegum.dta”。

        2.操作方法

        第一步,使用metan命令,進(jìn)行二分類資料的meta分析:

        metan effect0 noneffect0 effect1 noneffect1,random or

        第二步,生成效應(yīng)量及效應(yīng)量的標(biāo)準(zhǔn)誤變量log值:

        gen logOR=log(_ES)

        rename_selogESselogOR

        第三步,為了和普通漏斗圖能產(chǎn)生對比,我們先使用metafunnel命令制作出普通漏斗圖(圖1)

        Metafunnel logOR selogOR

        第四步,使用confunnel命令制作出我們需要的Contour-enhanced meta-analysis funnel plots(圖2):

        confunnel logOR selogOR

        圖1 普通的漏斗圖

        Confunnel命令還可以和metabias,metatrim聯(lián)合使用,下面按照J(rèn)onathan A.C.Sterne在《Meta-Analysis in Stata:An Updated Collection from the Stata Journal》〔7〕提供的命令來介紹 confunnel與 metatrim 結(jié)合使用,幫助我們進(jìn)行漏斗圖不對稱原因的分析。

        繼續(xù)上面的步驟,我們在stata的命令窗口中輸入以下的命令,結(jié)果如圖3所示。

        圖2 Contour-enhanced meta-analysis funnel plot

        local n=_N

        metan logOR selogOR,nograph

        local ES=r(ES)

        summarize selogOR,meanonly

        local semax=r(max)

        metatrim logOR selogOR,funnel save(metatrimdata,replace)

        use metatrimdata,clear

        local nfilled=_N-‘n'

        metan filled fillse,nograph

        local filledES=r(ES)

        confunnel filled fillse if_n > ‘nfilled',contours(5 10)contcolor(gs10)extraplot(scatter fillse filled if_n< = ‘nfilled',m(T)mc(gs8)||function‘ES',horizontal lc(black)range(0‘semax')||function‘filledES',horizontal lc(gs8)range(0‘semax'))legendlabels(‘"6"Filled"7"F.E."8"F.E.filled""‘)

        同時,為了方便比較,我們通過stata的metatrim命令繪制出了普通的剪補(bǔ)圖,見圖4。

        3.結(jié)果的解釋

        圖3 結(jié)合metatrim命令繪制出的Contour-enhanced meta-analysis funnel plot

        通過上面的操作,我們得出了4個圖。經(jīng)過Egger's回歸分析P=0.061。說明漏斗圖還是存在不對稱的。比較圖2和圖3,我們發(fā)現(xiàn)相對于普通的漏斗而言,Contour-enhanced meta-analysis funnel plots中多出了6根斜線,這6根斜線分別代表P值為0.01、0.05、0.1,不同的斜線之間的區(qū)域就表示了P值的區(qū)域。我們可以看到圖2中,本例納入的研究一小半都是存在統(tǒng)計學(xué)意義的,而且所有的研究基本上都是分布在右邊,而左邊可能有“缺失的研究”的區(qū)域幾乎沒有研究出現(xiàn)。從圖2我們可以直觀的觀察到每個研究是否具有統(tǒng)計學(xué)意義以及觀察出我們所納入meta分析中的研究文獻(xiàn)具體的分布情況。

        圖4 普通的剪補(bǔ)圖

        比較圖3和圖4,我們發(fā)現(xiàn)相對于普通的剪補(bǔ)圖,Contour-enhanced meta-analysis funnel plots中不僅僅畫出了統(tǒng)計學(xué)意義的區(qū)域,而且還畫出了非參數(shù)迭代后的合并效應(yīng)值。圖中F.E表示的是非參數(shù)迭代前的固定效應(yīng)模型得出logor值,而F.E.Filled表示的是的非參數(shù)迭代后的固定效應(yīng)模型的logor值。又如圖3所示,Contour-enhanced meta-analysis funnel plot補(bǔ)上的那些“缺失”的研究都是分布在P>0.05的區(qū)域,在檢驗水準(zhǔn)為0.05的情況下不存在統(tǒng)計學(xué)意義的,可能沒有被發(fā)表。進(jìn)一步為我們識別漏斗圖的不對稱是否是由于發(fā)表偏倚引起提供了證據(jù)。結(jié)合metatrim命令輸出的結(jié)果,就可以幫助我們判斷meta分析的結(jié)果是否穩(wěn)定,Contour-enhanced meta-analysis funnel plots(圖3)中非參數(shù)迭代前后的logOR值的變化也為我們判斷meta分析的結(jié)果穩(wěn)定程度提供了直觀證據(jù)。

        將剪補(bǔ)圖和Contour-enhanced meta-analysis funnel plots結(jié)合在一起使用,能夠更好的顯示出那些缺失的研究分布情況,以及剪補(bǔ)前后logor值的改變,這將有利于我們直觀地進(jìn)行漏斗圖不對稱原因的分析及meta分析的敏感性分析。

        討 論

        Meta分析中的發(fā)表偏倚 (publication bias)是指由于研究者、審者及編輯在選擇論文發(fā)表時依賴研究結(jié)果的方向與強(qiáng)度所產(chǎn)生的偏差,即那些具有統(tǒng)計學(xué)意義的陽性結(jié)果的研究比沒有統(tǒng)計學(xué)意義的陰性結(jié)果的研究更容易或更快地獲得發(fā)表〔8〕。Meta分析畢竟是從發(fā)表過的文章中進(jìn)行的二次分析,所以meta分析很容易受到發(fā)表偏倚的影響,造成漏斗圖的不對稱。目前定量評估漏斗圖對稱性的方法有很多,但是這種漏斗圖不對稱卻不一定僅僅是由于發(fā)表偏倚所產(chǎn)生的,所以能夠?qū)l(fā)表偏倚從其他偏倚中區(qū)別出來顯得尤為重要〔9〕,本文所介紹的這種Contour-enhanced meta-analysis funnel plots方法能夠有效地幫助我們估計出造成漏斗圖不對稱的那些“缺失的研究”分布的情況,從而能夠幫助我們判斷出漏斗圖偏倚產(chǎn)生的原因是不是發(fā)表偏倚。另外Contour-enhanced meta-analysis funnel plots這種方法可以和其他的幾種meta分析的命令相結(jié)合使用,方便了我們在一張圖上綜合考慮meta分析的結(jié)果,使meta分析的結(jié)論更加穩(wěn)定和真實。尤其是與metatrim命令結(jié)合使用的時候,我們可以直觀清楚地看到,剪補(bǔ)前后效用值的變化,有利于我們進(jìn)行敏感性分析,評估m(xù)eta分析結(jié)論的穩(wěn)定程度。同時,我們也可以知道“缺失的研究”所分布的位置是否具有統(tǒng)計學(xué)意義,從而進(jìn)一步去分析偏倚所產(chǎn)生的原因。本文旨在介紹stata繪制Contour-enhanced meta-analysis funnel plots具體的操作方法,關(guān)于從Contour-enhanced meta-analysis funnel plots中具體的分析漏斗圖不對稱產(chǎn)生的原因,我們將另撰文介紹。

        1.Begg CB,Mazumdar M.Operating characteristics of a rank correlation test for publication bias.Biometrics,1994,50(4):1088-1101.

        2.Egger M,Davey Smith G,Schneider M,et al.Bias in meta-analysis detected by a simple,graphical test.BMJ,1997,315(7109):629-634.

        3.方積乾主編.衛(wèi)生統(tǒng)計學(xué).第五版.北京:人民衛(wèi)生出版社,2005,400-415.

        4.王珍,張永紅,徐巧巧.幾種發(fā)表性偏倚評估方法介紹.中國衛(wèi)生統(tǒng)計,2009,26(5):539-541.

        5.Schulz KF,Chalmers I,Hayes RJ,et al.Empirical evidence of bias:dimensions of methodological quality associated with estimates of treatment effects in controlled trials.JAMA,1995,273(5):408-412.

        6.Peters JL,Sutton AJ,Jones DR,et al.Contour-enhanced meta-analysis funnel plots help distinguish publication bias from other causes of asymmetry .J Clin Epidemiol,2008,61:991-996.

        7.Jonathan A.C.Sterne.Meta-Analysis in Stata:an updated collection from the Stata Journal.Texas,Stata Press,2009,251-253.

        8.Sutton AJ,Higgins JP .Recent developments in meta-analysis.Stat Med,2008,27(5):625-650.

        9.Lau J,Ioannidis JPA,Trrin N,et al.The case of the misleading funnel plot.BMJ,2006,333(7568):597-600.

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