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        比格犬SLAM基因的克隆與序列分析*

        2011-05-31 06:55:20蘇建青褚秀玲馬秀亮張吉清
        關(guān)鍵詞:比格海豹糖基化

        蘇建青,褚秀玲,江 成,馬秀亮,張吉清

        (聊城大學(xué)農(nóng)學(xué)院,山東聊城 252059)

        犬瘟熱是犬類(lèi)、毛皮動(dòng)物和部分海洋哺乳動(dòng)物的一種多發(fā)性、高度接觸性烈性傳染?。?]。病毒細(xì)胞受體是病毒宿主特異性和組織嗜性的一個(gè)決定因素,在病毒識(shí)別細(xì)胞受體進(jìn)而感染宿主過(guò)程中起重要作用[2]。Tatsuo H 等[3-4]證實(shí)了犬的信號(hào)淋巴細(xì)胞激活因子(signalling lymphocyte activation molecule,SLAM)是犬瘟熱病毒(Canine distemper rirus,CDV)的感染細(xì)胞受體。SLAM(也稱(chēng)為CD150,CDw150,PIO-3)是表達(dá)在未成熟的胸腺細(xì)胞、CD45RO+記憶性T細(xì)胞,激活的T和B淋巴細(xì)胞以及巨噬細(xì)胞和成熟樹(shù)突狀細(xì)胞表面上的糖蛋白,對(duì)調(diào)控機(jī)體淋巴細(xì)胞增殖、免疫球蛋白合成和分泌IFN-γ等細(xì)胞因子的共刺激因子等具有重要作用[5-6]。為了解比格犬犬瘟熱細(xì)胞受體SLAM的序列結(jié)構(gòu)特征以及相關(guān)物種間的差異,本研究擬對(duì)比格犬的細(xì)胞受體SLAM進(jìn)行克隆和序列分析,以掌握其序列的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)和其他物種間的差別,了解其功能結(jié)構(gòu)區(qū)域和作用位點(diǎn),為進(jìn)一步構(gòu)建表達(dá)犬SLAM受體的轉(zhuǎn)化細(xì)胞系奠定基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        1.1.1 試劑 犬淋巴細(xì)胞分離液(LTS-1079)為中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院生物工程醫(yī)學(xué)研究所產(chǎn)品;RPMI-1640培養(yǎng)基、Trizol、AMV反轉(zhuǎn)錄酶、RNase抑制劑、dNTP、刀豆球蛋白 A(concanavalin A,ConA)、OligodT(15)、r Taq DNA 聚合酶、pMD 18-T載體、感受態(tài)細(xì)菌JM109以及各種限制性?xún)?nèi)切酶為泰安聯(lián)星生物工程有限公司產(chǎn)品。

        1.1.2 試驗(yàn)用動(dòng)物 比格犬來(lái)自寵物醫(yī)院門(mén)診,雄性,2歲,體重16.5kg。

        1.2 方法

        1.2.1 犬外周血淋巴細(xì)胞分離和培養(yǎng) 用加有肝素抗凝劑的無(wú)菌注射器采集5mL比格犬的血液,按照犬淋巴細(xì)胞分離液說(shuō)明書(shū)進(jìn)行外周血淋巴細(xì)胞分離,將分離后的淋巴細(xì)胞用Hank′s液洗2次,用含100mL/L小牛血清的RPMI-1640培養(yǎng)基稀釋到適當(dāng)?shù)臐舛龋s106個(gè)細(xì)胞/mL),加入到6孔細(xì)胞培養(yǎng)板,置37℃、體積分?jǐn)?shù)為5% 的CO2培養(yǎng)箱中培養(yǎng)。如果細(xì)胞生長(zhǎng)良好,每孔加入濃度1mg/mL Con A(終濃度10μg/mL)繼續(xù)培養(yǎng)48h,收獲淋巴細(xì)胞,用PBS(pH 7.2)洗滌2次后,用于 mRNA的提取。

        1.2.2 引物 參考GenBank發(fā)表的犬SLAM基因序列(accession number:AF390108)設(shè)計(jì)擴(kuò)增犬SLAM基因編碼區(qū)引物。上游引物5′-GCCGATGGATTCCAGGGGCT-3′ ;下 游 引 物 5′-TCAGC TCTCTGGGAACGTCA-3′,由上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司合成。擴(kuò)增片段大小預(yù)期約1 033bp。

        1.2.3 RNA的提取與cDNA的合成 RNA的抽提使用Trizol試劑按照說(shuō)明操作。以10g/L的非變性瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)RNA的完整性,用分光光度法檢測(cè)RNA的含量和純度。參照Promega公司AMV反轉(zhuǎn)錄酶使用說(shuō)明進(jìn)行cDNA第一鏈合成。反應(yīng)體系如下:將適量DEPC水溶解的RNA于70℃溫育10min后,依次加入25pmol/μL OligodT(15)引物 1μL,2.5mmol/L dNTP 4μL,AMV RT 5×buffer 4μL,RNase inhibitor 0.5μL,AMV Reverse Transcriptase 0.5μL,最后加DEPC水至終體積20μL,42℃水浴1h,將樣品于95℃加熱5min,置-20℃保存。

        1.2.4 SLAM 基因的擴(kuò)增 根據(jù)TaKaRa r Taq DNA聚合酶說(shuō)明書(shū),建立20μL PCR擴(kuò)增體系。PCR條件如下:首先94℃變性5min;94℃1min,53℃70s,72℃90s,35個(gè)循環(huán);最后72℃10 min。擴(kuò)增產(chǎn)物用10g/L瓊脂糖凝膠電泳,使用瓊脂糖凝膠回收試劑盒回收PCR產(chǎn)物,將回收產(chǎn)物按pMD18-T說(shuō)明書(shū)連接到PMD18-T克隆載體上,挑選陽(yáng)性克隆送上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司測(cè)序。

        1.2.5 序列分析 使用DNASTAR軟件中的Clustal W將克隆測(cè)序得到的比格犬SLAM與人、牛、海豹、羊和狐貍等的SLAM基因序列進(jìn)行比對(duì),構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)。采用ExPASy網(wǎng)站的ProtParam(http://expasy.org/tools/protparam.htmL)計(jì) 算蛋白質(zhì)的等電點(diǎn)及分子量;利用在線(xiàn)分析蛋白質(zhì)跨膜區(qū)程序 Tmpred(http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html)檢測(cè)潛在跨膜區(qū);利用信號(hào)肽在線(xiàn)預(yù)測(cè)工具SignalP(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)預(yù)測(cè)信號(hào)肽區(qū)域;利用在線(xiàn)N-糖基化位點(diǎn)預(yù)測(cè)工具NetNGlyc(http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/)預(yù)測(cè)跨膜區(qū)外的潛在N-糖基化位點(diǎn)[8]。

        2 結(jié)果

        2.1 比格犬SLAM基因的克隆

        通過(guò)RT-PCR從比格犬外周血淋巴細(xì)胞中成功擴(kuò)增到SLAM基因序列(圖1),擴(kuò)增片段約1.0 kb以上,與預(yù)期相符。測(cè)序結(jié)果顯示擴(kuò)增片段全長(zhǎng)1 033bp,其中開(kāi)放閱讀框(ORF)包括1 029個(gè)核苷酸,編碼342個(gè)氨基酸,和NCBI上公布的犬SLAM基因大小完全一致。

        圖1 SLAM cDNA RT-PCR產(chǎn)物電泳結(jié)果Fig.1 SLAM cDNA RT-PCR products electrophoresis result

        2.2 同源性分析和系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建

        用Clustal W軟件對(duì)6個(gè)物種的SLAM進(jìn)行核苷酸和推導(dǎo)氨基酸多序列比對(duì),人、牛、羊、狐貍和海豹的GenBank序列號(hào)分別是Human(AY040554), Cattle (AF329970), Sheep(NM001040288),F(xiàn)ox (EU678638) 和 Seal(AB428368)。比對(duì)結(jié)果見(jiàn)表1,右上角是6個(gè)物種的核苷酸序列比對(duì)結(jié)果,左下角是6個(gè)物種的推導(dǎo)氨基酸比對(duì)結(jié)果,和比格犬SLAM基因相似度最高的是狐貍,其次是海豹,這也和臨床犬瘟熱病毒可以感染這3種動(dòng)物一致。牛和羊的相似度較高,符合臨床牛瘟病毒可以同時(shí)感染牛和羊。說(shuō)明了細(xì)胞受體決定了病毒感染宿主種類(lèi)的關(guān)鍵作用。通過(guò)對(duì)各物種推導(dǎo)氨基酸的序列比對(duì)結(jié)果,發(fā)現(xiàn)目前已經(jīng)證實(shí)的幾個(gè)受體關(guān)鍵性氨基酸,如位點(diǎn)60、63、66、68、72、84、119、121和130具有較高的保守性,特別是犬、狐貍和海豹的完全相同。

        基于多序列比對(duì)的結(jié)果,使用DNA Star軟件中的 Neibor-joining算法構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù),比較不同物種SLAM基因的遺傳關(guān)系(圖2)。狗和狐貍的最近,其次是海豹,牛和羊在一個(gè)分支,人單獨(dú)形成一個(gè)分支。

        2.3 理化性質(zhì)分析

        ProtParam分析顯示,SLAM蛋白的理論分子質(zhì)量為38.16ku,等電點(diǎn)為8.02。潛在跨膜區(qū)進(jìn)行分析顯示,SLAM中239aa~263aa區(qū)間的得分高達(dá)3 036,屬于SLAM的跨膜區(qū)。信號(hào)肽進(jìn)行分析顯示,SLAM中1aa~26aa的平均得分高達(dá)0.838,可能的剪切位點(diǎn)在26aa和27aa之間。NetNGlyc預(yù)測(cè)SLAM膜外區(qū)的N-糖基化結(jié)果顯示,從N端第57、102、125、150、157位均存在可能性大于50%的N-糖基化位點(diǎn),共5個(gè)。在SLAM的胞漿區(qū)序列中同樣也包含3段高度保守的富含酪氨酸的基序(TxYxxV/I/A),被認(rèn)為和SLAM的活化高度相關(guān)。以上分析顯示,SLAM符合Ⅰ型跨膜糖蛋白的特征,N端具有26aa的信號(hào)肽區(qū)域,中間具有24aa的跨膜區(qū)域,胞外區(qū)具有5個(gè)潛在的N-糖基化位點(diǎn)(NX-S/T),胞內(nèi)區(qū)具有3個(gè)保守的酪氨酸基序,和已經(jīng)報(bào)道的其他CD2家族成員的結(jié)構(gòu)相似。

        表1 不同物種間SLAM核苷酸和氨基酸序列比對(duì)結(jié)果Table 1 Comparison of nucleotide and deduced amino acid sequence identifies of SLAM gene among different species

        圖2 SLAM的系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)Fig.2 Phylogenetic tree of SLAM gene sequences

        3 討論

        近年來(lái)越來(lái)越多的證據(jù)表明CDV比以前設(shè)想的具有更廣的宿主范圍,如CDV可以感染海豹、獅子、老虎、恒河猴、大熊貓和豹子等[7]。細(xì)胞表面受體為病毒的組織嗜性和感染宿主范圍的決定因素,CDV的跨種間傳播現(xiàn)象與其感染宿主的細(xì)胞受體的表達(dá)有著密切關(guān)系。犬信號(hào)淋巴細(xì)胞激活因子被證明是犬瘟熱病毒感染宿主并引起免疫抑制的一個(gè)重要受體。SLAM是包含有胞質(zhì)內(nèi)尾部和特征信號(hào)序列的一類(lèi)雙功能受體,屬于免疫球蛋白CD2超家族成員之一。SLAM對(duì)調(diào)控機(jī)體淋巴細(xì)胞增殖、免疫球蛋白合成和分泌IFN-γ等細(xì)胞因子的共刺激因子等具有重要作用。

        因?yàn)榧?xì)胞SLAM作為大部分副黏病毒的受體,目前已經(jīng)確認(rèn)的有人的麻疹病毒、牛的牛瘟病毒、羊的小反芻獸疫病毒和鯨、海豹等動(dòng)物的瘟熱病毒等。為了進(jìn)一步研究犬瘟熱病毒的跨種族傳播和宿主范圍的擴(kuò)大,我們對(duì)常見(jiàn)的幾種副黏病毒感染人、牛、羊、狐貍和海豹的SLAM受體進(jìn)行序列分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)它們的核苷酸序列和氨基酸序列同源性分別高達(dá)73.6%~98.4%和63.0%~98.8%,為CDV 的跨種族傳播奠定了基礎(chǔ)。特別是已經(jīng)發(fā)現(xiàn)和報(bào)道[9-10]的幾個(gè)關(guān)鍵氨基酸位點(diǎn)高度保守一致,如位點(diǎn)60(Ile)和61(His)在5種動(dòng)物中都一致,位點(diǎn)63、66、68、72、84、119、121和130在犬、狐貍和海豹中都一致,在牛和羊中都一致,即使是不一致的氨基酸如位點(diǎn)63(中性),119(中性),121(羥基類(lèi)中性)和130(堿性)的氨基酸極性或類(lèi)型高度一致。SLAM屬于CD2家族的成員之一,其相類(lèi)似蛋白的三維結(jié)構(gòu)已經(jīng)被測(cè)定,位于胞外的部分形成一個(gè)遠(yuǎn)膜的V結(jié)構(gòu)域和一個(gè)近膜的C2結(jié)構(gòu)域,隨后是跨膜區(qū)和胞漿區(qū)[11-12]。胞外區(qū)具有 N-連接糖基化位點(diǎn),胞內(nèi)區(qū)具有3個(gè)保守的酪氨酸基序[13]。本試驗(yàn)序列分析結(jié)果也證實(shí)比格犬SLAM具有信號(hào)肽區(qū)、跨膜區(qū)、糖基化位點(diǎn)和3個(gè)保守的酪氨酸基序,和報(bào)道的受體類(lèi)型相似。

        CDV主要是通過(guò)病毒的血凝素蛋白H和宿主細(xì)胞受體的SLAM相互作用,而侵入感染細(xì)胞內(nèi)部[14]。因?yàn)镾LAM主要分布于淋巴細(xì)胞表面,所以感染經(jīng)常造成患病動(dòng)物的淋巴組織或器官損害,最終導(dǎo)致患病動(dòng)物免疫抑制和繼發(fā)感染[15]。通過(guò)對(duì)犬瘟熱病毒細(xì)胞受體的序列結(jié)構(gòu)特征分析,為進(jìn)一步構(gòu)建體外表達(dá)犬SLAM的轉(zhuǎn)化細(xì)胞系奠定基礎(chǔ)。

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