金甲正,符亞原,黃大鵬,張虎
(黑龍江八一農(nóng)墾大學(xué)動物科技學(xué)院,大慶163319)
豬生長激素(porcine Growth hormone,pGH)是由豬腦垂體前葉嗜酸性細(xì)胞合成分泌的單鏈多肽類激素。Thomsen用原位雜交法和輻射雜種板將pGH基因座定位在12號染色體短臂1區(qū)1帶[1]。Yerle等人用高分辨率G帶染色體原位雜交將pGH基因定位于12 p1.2-p1.5區(qū)域上[2]。pGH基因的全基因序列首先由Vizer等人確定[3],該基因全長2 231 bp,由5個外顯子和4個內(nèi)含子組成。近年來,國內(nèi)外的科研工作者已經(jīng)對pGH基因的結(jié)構(gòu)做了大量的工作,但pGH基因研究的主要工作仍集中在多態(tài)位點(diǎn)的尋找,且研究的區(qū)域主要集中在5'端至外顯子3起始處[4-6],而且在三江白豬種群中的多態(tài)性研究尚未見報道。本試驗采用PCR-RFLP技術(shù)檢測三江白豬群體中pGH基因第2外顯子的多態(tài)性,為今后研究瘦肉型豬種的基因型特征與生長性能的關(guān)系提供理論依據(jù)。
樣品來源于黑龍江省大慶市三江白豬原種豬場,健康仔豬共121頭。取尾組織洗凈置于滅菌的EP管中,-70℃保存?zhèn)溆谩?/p>
1.2.1 基因組DNA提取
取1 g左右的組織剪碎放入1.5mL的EP管中,加入2.5mL裂解液和5μL蛋白酶K,置于50℃水浴消化過夜。12 000 rpm,離心10min,取上清液,用等體積的混合酚和氯仿各抽提一次,用等體積的異丙醇沉淀DNA,再用70%的乙醇洗脫2次,最后用核酸真空干燥器烘干,加入150μL TE(pH=8.0)溶解過夜,-20℃保存。
1.2.2 引物及PCR
參照 GenBank中公布的 pGH基因序列(EU 684 437),用Primer 5.0軟件設(shè)計PCR引物,由上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司合成。上游引物:5'-GGAAGGAGAAGGGACAGGG-3';下游引物:5'-TGGCAAATAGGCTGGACAA-3'。
PCR反應(yīng)體系:10×Buffer 3.00μL;dNTP 2.00μL;上游引物 0.50μL;下游引物0.50μL;模板DNA 1.00μL;DNA Taq酶0.25μL;加水至25.00μL。PCR反應(yīng)條件:94℃預(yù)變性5min;94℃變性30 s,56℃,退火30 s,72℃延伸30 s,共35個循環(huán);72℃延伸10 min。取2μL PCR產(chǎn)物進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳,并在60-250 CE型凝膠成像系統(tǒng)上觀察擴(kuò)增效果和照相。
1.2.3 酶切體系及反應(yīng)條件
酶切反應(yīng)體系:PCR產(chǎn)物1μL,buffer 2μL,BSA 0.2μL,DdeⅠ酶0.5μL,加水至20μL。酶切反應(yīng)條件:在SHP-250型恒溫生化培養(yǎng)箱中37℃反應(yīng)4 h。取5μL酶切產(chǎn)物采用2%的瓊脂糖凝膠,在200 V條件下進(jìn)行電泳檢測,并在60-250 CE型凝膠成像系統(tǒng)上觀察酶切效果、多態(tài)性和照相。
1.3.1 群體等位基因和基因型頻率
Pi為第i個等位基因的頻率;i純合復(fù)等位基因;j1、j2、……jn為與i共顯的第1個到第n個等位基因。
Pij=(ij)/N
Pij為基因型頻率;ij為基因型個體;N為群體總數(shù)。
1.3.2 群體基因平衡狀態(tài)的檢驗
基因平衡的檢測:根據(jù)基因平衡定律,即哈代-溫伯格定律檢測基因平衡。在一個無窮大的或者足夠大的,且完全隨機(jī)交配的群體內(nèi),如果沒有其他因素干擾時,則基因頻率和基因型頻率保持穩(wěn)定不變。遺傳平衡檢驗的卡方檢驗公式為:
Oi為實(shí)際觀察值;Ei為理論值;n為等位基因數(shù)。
1.3.3 三江白豬GH基因多態(tài)位點(diǎn)對生產(chǎn)性能的影響分析
利用SAS軟件包(Version 9.0)統(tǒng)計軟件中的GLM程序進(jìn)行單因素方差分析,分析突變位點(diǎn)基因型對初生重的影響。統(tǒng)計分析模型為:
式中,Yijk表示各性狀表型值,μ表示總體平均值,Gj為第j種基因型效應(yīng),bij為初生重的回歸系數(shù),X為初生重,Eijk為隨機(jī)誤差效應(yīng)。
擴(kuò)增產(chǎn)物用1%的瓊脂糖凝膠電泳,在凝膠成像系統(tǒng)上可觀察到電泳圖譜(如圖1)。結(jié)果顯示,與DL-2 000 DNA Marker比對,目的片段(183 bp)與擴(kuò)增片段大小一致且特異性良好。
圖1 pGH-PCR擴(kuò)增產(chǎn)物電泳圖譜Fig.1 Electrophoretic pattern of PCR products of pGH gene
酶切產(chǎn)物用2%的瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行多態(tài)性分析,結(jié)果顯示,DdeⅠ酶切后產(chǎn)生3種基因型(如圖2)。M泳道是DNA Marker-DL2 000;泳道1、2為AA型,片段大小為140 bp,43 bp;泳道3、4為BB型,片段大小為183 bp,43 bp;泳道5為AB型,片段大小為183 bp,140 bp,43 bp。
圖2 三江白豬GH基DdeⅠ酶切電泳圖譜Fig.2 The pattern of PCR-Dde I-RFLP of the second extron of pGH gene
2.3.1 pGH基因外顯子2 DdeⅠ多態(tài)位點(diǎn)的基因頻率和基因型頻率
根據(jù)上述的基因頻率和基因型頻率計算公式,計算結(jié)果見表1。
表1 pGH外顯子2 DdeⅠ多態(tài)位點(diǎn)的基因型頻率和等位基因頻率Table 1 Genotypes distribution and alleles frequency of PCR-DdeⅠ-RFLP
經(jīng)卡方檢驗表明,三江白豬GH基因外顯子2 DdeⅠ酶切多態(tài)位點(diǎn)的x2值為1.61,顯示此多態(tài)位點(diǎn)在三江白豬群體內(nèi)分布差異不顯著(P>0.05),處于哈代-溫伯格平衡狀態(tài)。
2.3.2 三江白豬GH基因DdeⅠ多態(tài)位點(diǎn)對初生重的影響
采用一般線性模型分析三江白豬GH基因外顯子2的DdeⅠ酶切多態(tài)位點(diǎn)對初生重的影響(見表2)。
表2 pGH外顯子2 DdeⅠ酶切多態(tài)位點(diǎn)對仔豬初生重的影響Table 2 The effectof PCR-DdeⅠ-RFLP polymorphism to the birth weight
由表2可知,AB基因型的仔豬初生重顯著高于AA、BB基因型的仔豬(P<0.05),而AA基因型和BB基因型的仔豬之間差異不顯著(P>0.05)。
生長激素的生物學(xué)功能主要是促進(jìn)肌肉的生長、核酸和蛋白質(zhì)的合成、脂肪的分解、提高機(jī)體免疫力等。有相關(guān)研究表明,生長激素可以直接刺激葡萄糖進(jìn)入肌肉細(xì)胞中,加速蛋白質(zhì)的合成,增加肌肉重量以及蛋白質(zhì)的沉積,使能量由脂肪組織向肌肉組織中轉(zhuǎn)移。Skarp Hedinesson等研究認(rèn)為,生長激素能夠使蛋白質(zhì)合成速度加快而不影響蛋白質(zhì)降解[7]。Matteri等證實(shí),生長激素能夠提高氨基酸合成蛋白質(zhì)的速度,并且能降低氨基酸的氧化分解的速度[8]。在生長激素作用下,蛋白質(zhì)周轉(zhuǎn)代謝總量減少,合成量大于降解量,從而提高了蛋白質(zhì)的沉積量。
試驗結(jié)果顯示,酶切后檢測到一處酶切突變位點(diǎn),產(chǎn)生等位基因A(183 bp,43 bp)和B(143 bp,43 bp),其中等位基因A的基因頻率為0.55,等位基因B的基因頻率為0.45,在三江白豬群體中,A表現(xiàn)為優(yōu)勢基因;產(chǎn)生三種基因型,基因型頻率的大小依次為AB型(0.44),AA型(0.33),BB型(0.23),其中優(yōu)勢基因型為AB。對于三江白豬GH基因外顯子2 DdeⅠ酶切多態(tài)位點(diǎn),AB型的仔豬初生重要略高于AA型和BB型的仔豬(P<0.05),而AA型和BB型的仔豬之間沒有顯著性的差異(P>0.05)。WANG Wen-Jun等[9]分析了南昌白豬和大約克夏豬pGH基因的不同基因型對仔豬初生重的影響,結(jié)果表明對仔豬初生重有一定的影響,但未達(dá)到顯著水平(P>0.05)。劉海鋒等[10]用PCR-RFLP技術(shù)分析了約克夏和長白豬pGH基因不同基因型與生長性狀的關(guān)系,得到各種基因型均對70日齡重、120日齡重、70~120日齡日增重、70~120日齡料肉比等9個生產(chǎn)性狀無顯著影響;這些與本研究的結(jié)果不盡一致,這可能與研究的豬群品種不同有關(guān),也可能與研究的多態(tài)位點(diǎn)不同有關(guān)。顏瑛等[11]對5個藏豬群體的ApaⅠ多態(tài)位點(diǎn)的檢測結(jié)果表明:除理塘藏豬,A等位基因在藏豬中表現(xiàn)為優(yōu)勢基因,其頻率大于0.6。黃大鵬等[12]對三江白豬H-FABP基因HaeⅢ酶切位點(diǎn)的多態(tài)性檢測表明:DD基因型同dd基因型和Dd基因型有顯著的差異。這些與本試驗的研究結(jié)果基本一致。
通過PCR-RFLP方法研究分析了三江白豬GH基因外顯子2 DdeⅠ酶切位點(diǎn)不同基因型對仔豬初生重的影響,AB型仔豬初生重略高于AA型和BB型的仔豬,這體現(xiàn)出了基因的雜合效應(yīng)。但仍需加大樣本量進(jìn)一步分析驗證試驗結(jié)果。
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