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        馬鈴薯遺傳多樣性的ISSR分析

        2010-06-19 08:59:00田大翠朱宏波郭建夫黃建堂
        中國(guó)馬鈴薯 2010年1期
        關(guān)鍵詞:克新條帶種質(zhì)

        田大翠,朱宏波,郭建夫,黃建堂

        (廣東海洋大學(xué)農(nóng)學(xué)院,廣東 湛江 524088)

        馬鈴薯是世界第4大糧食作物,也是我國(guó)重要的糧食及大宗蔬菜作物,隨著世界人口的急劇增加、耕地面積的減少、大宗糧食作物種植效益的不斷下降以及水資源短缺和膳食結(jié)構(gòu)的改善,馬鈴薯的重要性和馬鈴薯育種的緊迫性也日益顯現(xiàn)。馬鈴薯屬同源四倍體作物,以無(wú)性繁殖為主,遺傳復(fù)雜[1]。馬鈴薯育種目前仍以品種間雜交育種和芽變育種為主[2]。對(duì)馬鈴薯種質(zhì)資源的正確評(píng)價(jià)是育種的關(guān)鍵。

        中國(guó)馬鈴薯種質(zhì)資源的研究還很落后,且主要應(yīng)用的手段是形態(tài)比較、細(xì)胞學(xué)觀察等[1],而分子水平的鑒定研究工作進(jìn)行的較少。邸宏等[3]利用RAPD和AFLP標(biāo)記分析了中國(guó)主要馬鈴薯的遺傳多樣性,認(rèn)為中國(guó)馬鈴薯主栽品種從遺傳組成上差異小,遺傳多樣性差,親本來(lái)源單一,遺傳基礎(chǔ)較為狹窄。李鳳云等[4]利用RAPD和AFLP分子標(biāo)記技術(shù)對(duì)19份克新系列馬鈴薯品種進(jìn)行遺傳分析,認(rèn)為克新系列馬鈴薯品種遺傳基礎(chǔ)有所拓寬。何鳳發(fā)等[5]利用SRAP分子標(biāo)記對(duì)44份馬鈴薯的遺傳多樣性進(jìn)行了分析,將所選品種在血統(tǒng)上分為了四大類(lèi)群。姚國(guó)勝等[6]利用SSR分子標(biāo)記對(duì)來(lái)自河北和黑龍江兩個(gè)省份的58個(gè)馬鈴薯晚疫病菌株基因組DNA進(jìn)行SSR基因型鑒定,分別將兩省的菌株分為4個(gè)和2個(gè)SSR基因型。利用分子標(biāo)記手段對(duì)種質(zhì)資源進(jìn)行準(zhǔn)確、科學(xué)的鑒定和評(píng)價(jià),明晰材料的遺傳基礎(chǔ),可為育種工作提供分子依據(jù),對(duì)馬鈴薯種質(zhì)資源的收集、保存和利用都具有重要的意義。

        本研究利用ISSR分子標(biāo)記技術(shù),對(duì)中國(guó)各地馬鈴薯品種和部分國(guó)外品種進(jìn)行遺傳多樣性分析,從分子水平分析中國(guó)各地馬鈴薯品種間遺傳關(guān)系及遺傳基礎(chǔ),為馬鈴薯品種的進(jìn)一步開(kāi)發(fā)和利用以及種質(zhì)鑒定提供分子依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 試驗(yàn)材料

        試驗(yàn)材料品種和來(lái)源見(jiàn)表1。

        1.2 試驗(yàn)方法

        1.2.1 基因組DNA制備

        采用SDS法提取馬鈴薯基因組DNA[7]。

        1.2.2 PCR反應(yīng)與電泳

        引物和dNTPs由上海生工合成,Taq DNA聚合酶為實(shí)驗(yàn)室自產(chǎn)。采用20 μL的反應(yīng)體系進(jìn)行PCR擴(kuò)增,反應(yīng)體系:Taq 酶 0.3 μL(1U),2 μL 的10 ×PCR Buffer(含Mg2+),模板DNA 1 μL(1 ug),10 mM dNTP 0.15 μL,引物 1 μL,加水補(bǔ)齊至 20 μL。擴(kuò)增參數(shù)為:94℃預(yù)變性5 min,然后進(jìn)行40個(gè)循環(huán):94℃變性45 s,52℃退火45 s,72℃延伸2 min,最后72℃延伸5 min,20℃終止反應(yīng)。PCR產(chǎn)物在5%非變性聚丙烯酰胺凝膠上電泳分離、銀染、讀帶。

        1.2.3 數(shù)據(jù)分析

        電泳結(jié)果的每條DNA譜帶為1個(gè)單位,同一ISSR位點(diǎn)上有帶的賦值為1,無(wú)帶的賦值為0,統(tǒng)計(jì)結(jié)果以1、0矩陣輸入計(jì)算機(jī),建立數(shù)據(jù)庫(kù),用NTSYS-ps軟件處理數(shù)據(jù),并對(duì)材料進(jìn)行聚類(lèi)分析。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 多態(tài)性分析

        從60條ISSR引物中篩選出10條能夠在馬鈴薯基因組DNA中擴(kuò)增出清晰條帶的引物(表2)。10條引物共計(jì)擴(kuò)增出57條DNA條帶,其中多態(tài)性條帶48條,多態(tài)率為84.21%,不同引物擴(kuò)增的多態(tài)比率分布在50%~100%,引物的PIC值平均為0.2055。每個(gè)引物擴(kuò)增的DNA條帶數(shù)在2~13之間,平均5.7條。擴(kuò)增條帶數(shù)最多的引物為UBC 850,達(dá)13條,擴(kuò)增條帶數(shù)最少的引物為UBC 807和UBC 812,擴(kuò)增條帶為2條(圖1)。

        表1 試驗(yàn)材料來(lái)源與編號(hào)Table1 The origin and code number of materials

        表2 ISSR分析所用引物序列和擴(kuò)增結(jié)果Table2 The primers alignment and amplified results of ISSR analysis

        圖1 引物UBC 850在不同馬鈴薯材料中的ISSR圖譜Figure1 Electrophoresis diagram of different potatoes by ISSR primer UBC850

        圖2 20份馬鈴薯材料基于ISSR分析的UPGMA聚類(lèi)圖Figure2 Dendrogram of 20 potatoes varieties based on ISSR markers

        2.2 聚類(lèi)分析

        聚類(lèi)分析結(jié)果如表3,20份馬鈴薯材料的遺傳相似系數(shù)在0.5263~0.9825之間,平均相似系數(shù)為0.7220,其中克新13號(hào)和克新21號(hào)之間遺傳相似系數(shù)最大,為0.9825,其次是241和克新13號(hào),為0.9474,說(shuō)明它們的親緣關(guān)系非常近。遺傳相似系數(shù)最小的是克新20號(hào)和富金,為0.5263,其次是富金和DD419,為0.5439。富金和中薯1號(hào),黑美人和YN-1,中薯1號(hào)和克新16號(hào)之間也比較小,為 0.5965,表明它們之間遺傳差異較大??傮w上來(lái)說(shuō),所選擇的馬鈴薯材料間的親源關(guān)系比較遠(yuǎn),反映出中國(guó)馬鈴薯品種的遺傳關(guān)系比較遠(yuǎn),在育種上可以利用的空間比較大。

        通過(guò)聚類(lèi)分析可知(圖2),在相似系數(shù)為0.73附近,20份馬鈴薯材料分為五大類(lèi),富金單獨(dú)是一類(lèi),第二類(lèi)有2個(gè)品種,即克新17號(hào)和黑美人,大西洋和YN-1為第三大類(lèi),克新20號(hào)和中薯1號(hào)為第四類(lèi),其余歸到第五大類(lèi)。第五大類(lèi)又可以分為三個(gè)亞類(lèi)??骨?-1與來(lái)自荷蘭的品種費(fèi)烏瑞它親緣關(guān)系較近,克新系列相對(duì)較集中,且多和Mira、Epoka有親緣關(guān)系,但克新17號(hào)和黑美人有血緣關(guān)系,克新20號(hào)有了Fortuna的血緣,說(shuō)明克新系列也在不斷的拓展其親本來(lái)源。而作為富金的父本,尤金并沒(méi)有和富金聚在一起,這可能是因?yàn)槠涠啾扼w的特點(diǎn)使得尤金在作父本時(shí)所產(chǎn)生的配子具有了遺傳差異。

        3 討論

        3.1 ISSR分子標(biāo)記用于馬鈴薯遺傳多樣性的分析

        ISSR標(biāo)記作為以PCR為基礎(chǔ)的分子標(biāo)記,除了具有操作簡(jiǎn)單的優(yōu)點(diǎn)外,還具有穩(wěn)定和多態(tài)條帶豐富的優(yōu)點(diǎn),近年來(lái)在遺傳多樣性分析領(lǐng)域被廣泛應(yīng)用[8-11]。本試驗(yàn)利用10條ISSR引物將20份馬鈴薯材料完全區(qū)分開(kāi)來(lái),試驗(yàn)結(jié)果與前人基本一致,說(shuō)明ISSR分子標(biāo)記適用于馬鈴薯種質(zhì)資源遺傳多樣性的分析。另外,我們?cè)谧x帶的時(shí)候只讀取了完全清晰可辨的條帶,雖然這在一定程度上會(huì)降低條帶的豐富性,但卻保證了結(jié)果的準(zhǔn)確性。

        3.2 國(guó)內(nèi)馬鈴薯品種的遺傳多樣性研究

        已有研究表明,我國(guó)馬鈴薯主栽品種整體上遺傳基礎(chǔ)較為狹窄,遺傳組成上差異小,遺傳多樣性差,且存在地域差異小的特點(diǎn),不同地方品種間的交流比較小。本研究表明,我國(guó)既有品種中有許多和現(xiàn)在的主栽品種之間遺傳差異還是很大,馬鈴薯育種工作中應(yīng)該加強(qiáng)對(duì)這些品種和一些野生資源的利用,盡量拓寬親本的來(lái)源[12-13]。隨著馬鈴薯育種研究的不斷發(fā)展,地方品種間的交流將更加密切,野生種和來(lái)自國(guó)外的優(yōu)良品種在中國(guó)馬鈴薯育種中將發(fā)揮巨大作用。

        [1]劉福翠,譚學(xué)林,郭華春.云南省馬鈴薯品種資源的RAPD分析[J].西南農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào),2004,17:200-204.

        [2]戴朝曦.用生物技術(shù)改革馬鈴薯育種方法[C].甘肅省遺傳學(xué)會(huì)論文集,1993:6-12.

        [3]邸宏,陳伊里,金黎平,等.RAPD和AFLP標(biāo)記分析中國(guó)馬鈴薯主要品種的遺傳多樣性[J].作物學(xué)報(bào),2006,32(6):899-904.

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