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        利用噬菌體展示技術(shù)研究功能基因組和蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用——與酵母雙雜交方法比較

        2010-04-06 06:30:44張佳娣石屹峰
        中國醫(yī)藥生物技術(shù) 2010年3期
        關(guān)鍵詞:雙雜交噬菌體酵母

        張佳娣,石屹峰

        利用噬菌體展示技術(shù)研究功能基因組和蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用——與酵母雙雜交方法比較

        張佳娣,石屹峰

        近年來基因組測序工作已揭示了數(shù)以萬計(jì)的新基因,但是這些基因序列的價(jià)值只有當(dāng)這些數(shù)據(jù)被翻譯成蛋白質(zhì)功能的時(shí)候才能被了解。而蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)之間相互作用構(gòu)成了細(xì)胞生化反應(yīng)網(wǎng)絡(luò)的一個(gè)主要組成部分,不僅可以從分子水平揭示蛋白質(zhì)的功能,而且為我們更好地理解生命過程、疾病機(jī)制和新藥開發(fā)等提供了一個(gè)很好的基礎(chǔ)。當(dāng)前隨著人類基因組和眾多生物物種全基因組測序的完成,功能基因組學(xué)(functional genomics)成為研究的主流,它是對基因組中包含的全部基因及其所翻譯的蛋白質(zhì)的功能加以解讀和描述,尤其是大量未知基因的功能及其對應(yīng)的蛋白質(zhì)產(chǎn)物的功能。在研究功能基因組方面已有許多生物化學(xué)和生物物理方法,其中噬菌體展示(phage display technology,PDT)和酵母雙雜交(yeast two-hybrid system,Y2H)是比較成熟的生物技術(shù)。噬菌體展示技術(shù)誕生于 1985 年,在抗體庫展示方面取得了巨大的成功,也被用于研究蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用和未知基因克隆等多個(gè)分子生物學(xué)領(lǐng)域[1]。酵母雙雜交方法誕生于 1989 年,它被廣泛用于研究功能基因組和蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用,但是噬菌體展示技術(shù)在研究蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用方面具有一些獨(dú)特的優(yōu)勢[2]。本文綜述了噬菌體展示技術(shù)在克隆功能基因和研究蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用方面的最新進(jìn)展,同時(shí)將噬菌體展示技術(shù)與酵母雙雜交方法進(jìn)行了比較。

        1 噬菌體展示技術(shù)與酵母雙雜交方法的比較

        噬菌體展示技術(shù)是將外源蛋白或多肽的 DNA 序列插入到噬菌體外殼蛋白結(jié)構(gòu)基因的適當(dāng)位置,使外源基因隨外殼蛋白的表達(dá)而表達(dá),同時(shí),外源蛋白隨噬菌體的重新組裝而展示到噬菌體表面[3]。通過體外親和(綁定)靶分子篩選到的噬菌體克隆經(jīng)過下一輪擴(kuò)增而富集。該技術(shù)的主要特點(diǎn)是展示的多肽或蛋白質(zhì)與其包含在噬菌體內(nèi)部的基因相連接,具有基因型與表現(xiàn)型相一致的特征,因而可以快速準(zhǔn)確地對篩選出的結(jié)合肽或結(jié)合蛋白的基因序列進(jìn)行分析。由于噬菌體肽庫可以在大腸桿菌中進(jìn)行不斷擴(kuò)增,因此保證了淘選的連續(xù)性,為篩選出親和力和選擇性較高的肽或蛋白質(zhì)提供了極大的可能。

        酵母雙雜交作為發(fā)現(xiàn)和研究活細(xì)胞體內(nèi)的蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)之間相互作用的方法是在真核模式生物酵母中進(jìn)行的,其原理是利用酵母轉(zhuǎn)錄因子 GAL4 蛋白結(jié)構(gòu)上組件式的性質(zhì),即 GAL4 由兩個(gè)結(jié)構(gòu)上可以分開、功能上相互獨(dú)立的結(jié)構(gòu)域(domain)構(gòu)成,其中有 DNA 結(jié)合功能域(DNA binding domain,DNA-BD)和轉(zhuǎn)錄激活結(jié)構(gòu)域(activation domain,AD)。這兩個(gè)結(jié)合域?qū)⑺鼈兎珠_時(shí)仍分別具有功能,但不能激活轉(zhuǎn)錄,只有當(dāng)被分開的兩者通過適當(dāng)?shù)耐緩皆诳臻g上較為接近時(shí),才能重新呈現(xiàn)完整的 GAL4 轉(zhuǎn)錄因子活性,并可激活上游激活序列(upstream activating sequence,UAS)的啟動(dòng)子,使下游基因得到轉(zhuǎn)錄。當(dāng)我們將已知蛋白作為誘餌(Bait),從 cDNA 基因文庫中篩選與誘餌蛋白相互作用的蛋白質(zhì)時(shí),將編碼已知蛋白(誘餌蛋白)的基因與BD 基因融合(BD-Bait),編碼未知蛋白(捕獲物,Prey)的基因與 AD 基因融合(AD-Prey),如果 BD-Bait 和AD-Prey 共表達(dá)于宿主細(xì)胞中能發(fā)生相互作用,會(huì)使 AD與 BD 形成一個(gè)完整的轉(zhuǎn)錄激活因子,并激活相應(yīng)的報(bào)告基因表達(dá)。通過對報(bào)告基因表型的測定,可以很容易地知道待測蛋白 Prey 是否與已知蛋白 Bait 發(fā)生了相互作用。如果將 Prey 換成基因文庫,即可直接從基因文庫中篩選到能與 Bait 相互作用蛋白的 DNA 序列。因此,酵母雙雜交技術(shù)也成為研究未知基因與已知基因之間功能相關(guān)的主要方法[4]。

        噬菌體展示技術(shù)與酵母雙雜交技術(shù)應(yīng)用于功能基因篩選和蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用研究時(shí)分別具有各自的特點(diǎn):①序列多樣性:噬菌體展示技術(shù)與酵母雙雜交技術(shù)相比展示的序列多樣性更大,噬菌體展示技術(shù)能在 109個(gè)克隆中篩選出一個(gè),而酵母只能在 106個(gè)克隆中篩選出一個(gè),因而篩選功能基因更敏感,在對蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的作圖方面更具有優(yōu)勢[2,5];②誘餌蛋白(靶分子):對于整個(gè)基因組的大規(guī)模蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的鑒別,酵母雙雜交方法比噬菌體展示技術(shù)更有效,這是因?yàn)榻湍鸽p雜交方法直接使用誘餌蛋白的基因而不涉及對它的純化,因而它的成本會(huì)比噬菌體展示技術(shù)低一些。由于噬菌體展示技術(shù)需要純化的蛋白質(zhì)作為靶分子蛋白,因此大規(guī)模蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的鑒別可能會(huì)有很高的成本[2,5];③“假陽性”結(jié)果:酵母雙雜交方法的一個(gè)重要的問題是“假陽性”。所謂“假陽性”,即通過雙雜交觀察到的蛋白質(zhì)之間的相互作用在真實(shí)情況下不一定發(fā)生。由于某些蛋白質(zhì)本身具有激活轉(zhuǎn)錄功能,使 DNA-BD 在無特異激活結(jié)構(gòu)域的情況下可激活轉(zhuǎn)錄;另外某些蛋白質(zhì)表面含有對多種蛋白質(zhì)的低親和力區(qū)域,能與其他蛋白質(zhì)形成穩(wěn)定的復(fù)合物,從而引起報(bào)告基因的表達(dá),產(chǎn)生“假陽性”結(jié)果[6]。對于噬菌體展示技術(shù),靶蛋白在包被篩選孔板的過程中可能發(fā)生構(gòu)象松弛,這也會(huì)導(dǎo)致捕獲多肽或蛋白質(zhì)的特異性降低;④趨同進(jìn)化:利用噬菌體展示的隨機(jī)肽庫可以篩選出與靶蛋白相互作用的一些肽段,這些肽段與天然(捕獲)蛋白質(zhì)的相互作用部位很相似,這種現(xiàn)象被稱作“趨同進(jìn)化”[7]。通過檢索全部基因組數(shù)據(jù)庫找到共有序列,再通過實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證其是否是所要選擇的相互作用蛋白(配體)[8]。以這種方式噬菌體展示隨機(jī)肽庫獲得的信息量較酵母雙雜交方法大很多,也可用于對蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用作圖;⑤體內(nèi)與體外篩選“場所”:酵母雙雜交方法在真核細(xì)胞內(nèi)進(jìn)行,有體內(nèi)翻譯后修飾,一定程度上代表細(xì)胞內(nèi)的真實(shí)情況,但是對研究大量非核內(nèi)蛋白質(zhì)有局限,不適用于膜受體、細(xì)胞外分泌蛋白質(zhì)等。噬菌體展示技術(shù)是體外篩選因而更具靈活性,在一些特殊的試驗(yàn)中,比如當(dāng)靶蛋白(誘餌蛋白)和結(jié)合蛋白(捕獲蛋白)屬于不同物種時(shí),比如對過敏原或者小分子結(jié)合蛋白質(zhì)的克隆,噬菌體展示技術(shù)對于結(jié)合蛋白的鑒別非常有效[9];⑥時(shí)間和費(fèi)用:噬菌體展示方法需要 1 ~ 2 周左右篩選數(shù)以十億計(jì)的克隆,費(fèi)用較低;而酵母雙雜交需要 1 ~ 4 個(gè)月篩選數(shù)以百萬計(jì)的克隆,費(fèi)用較高。噬菌體展示技術(shù)與酵母雙雜交方法的比較可見表 1。

        2 噬菌體展示系統(tǒng)表達(dá)基因組 cDNA

        噬菌體展示技術(shù)已經(jīng)成功應(yīng)用于抗體庫(antibody library)技術(shù)和隨機(jī)肽庫(random peptide library)技術(shù),然而噬菌體展示 cDNA 基因文庫的應(yīng)用比較少而且是低效的。因?yàn)?cDNA 基因文庫存在無法預(yù)測的閱讀框和終止子,很高比例的噬菌體克隆不是完整開放閱讀框(open reading frame,ORF)編碼的蛋白質(zhì),故噬菌體展示技術(shù)最初沒有像酵母雙雜交方法那樣應(yīng)用到功能基因組的研究和闡明蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用。但是通過發(fā)展 C-端展示和 ORF cDNA 基因文庫等一些策略,可以很好地解決以上的問題。這些改進(jìn)的噬菌體展示技術(shù)繼承了其應(yīng)用于抗體庫展示的優(yōu)點(diǎn),而且能高效、靈敏和準(zhǔn)確地鑒定內(nèi)源性蛋白質(zhì)[5]。

        絲狀噬菌體包括 M13、f1、fd 等[9],其基因組均為一單鏈環(huán)狀 DNA,大小約 6.4 kb,主要展示蛋白融合在衣殼蛋白 pIII 上,盡管這一系統(tǒng)在一些工作中被用于 cDNA 展示,但是它并不是最佳的選擇。這是因?yàn)閺?gIII 基因 5’ 端插入 cDNA 的 3’ 端如果包含終止密碼子,將阻止融合gIII 基因的表達(dá)。因此,在設(shè)計(jì)表達(dá)系統(tǒng)時(shí)應(yīng)該避免 cDNA融合在 gIII 基因的 5’ 端。設(shè)計(jì) Jun 和 Fos 亮氨酸拉鏈系統(tǒng)(Jun and Fos leucine zippers)就能夠避免這一問題:Jun-pIII 蛋白在細(xì)胞質(zhì)中生成,并分泌到大腸桿菌的周質(zhì)中,與在周質(zhì)中積累的 Fos 融合蛋白聚合,F(xiàn)os 在其 C 末端與 cDNA 表達(dá)產(chǎn)物融合。位于亮氨酸拉鏈的 N 和 C 末端半胱氨酸使蛋白質(zhì)與噬菌體以二硫鍵共價(jià)連接,從而避免了噬菌體內(nèi)的蛋白質(zhì)交換。該 pIII 展示系統(tǒng)適合表達(dá)分子量在 100 kD 左右的大分子蛋白質(zhì)[10]。另一種策略是cDNA 首先與一個(gè) β 內(nèi)酰胺酶基因一起被亞克隆到一個(gè)載體上,通過氨芐西林抗性篩選來對 ORF 進(jìn)行篩選[11]。第二步該 cDNA 被亞克隆到噬菌粒(phagemid)內(nèi)表達(dá),使噬菌體表面表達(dá)富集 ORF 文庫,這一過程的效率能達(dá)到87%,而無氨芐西林抗性篩選效率只有 6%。之后進(jìn)行重組剪切掉抗性基因得到噬菌體文庫[12]。第三種策略,噬菌粒被剪斷 gIII 的輔助噬菌體活化。該方式中,噬菌粒需要提供一個(gè)完整 pIII 侵染大腸桿菌。如果噬菌粒中克隆的cDNA 不在閱讀框架內(nèi),那么這個(gè) pIII 融合子就不會(huì)成功表達(dá),直到發(fā)生適當(dāng)?shù)拈喿x框架移動(dòng)。另外,pVI 蛋白和pVIII 蛋白展示系統(tǒng)也適用于基因組 cDNA 的展示[13]。

        表 1 噬菌體展示與酵母雙雜交的比較

        展示在 T7 噬菌體表面的多肽或蛋白質(zhì)不需要通過細(xì)胞膜分泌出來,因而其表面展示多肽和蛋白的范圍廣[14-15]。M13 噬菌體是非裂解性噬菌體,它在周質(zhì)中組裝,必須經(jīng)細(xì)胞膜分泌;而 T7 是裂解性噬菌體,在細(xì)胞質(zhì)中完成組裝后直接從細(xì)胞裂解出來。另外 T7 噬菌體展示系統(tǒng)是通過 C 端融合表達(dá)蛋白,插入片段被克隆到 T7 噬菌體載體基因 g10 的 C 端。因而即使插入片段內(nèi)含有終止密碼子,也同樣可以被其表達(dá)和展示,而這是在 N 端克隆的 M13無法進(jìn)行的。

        λ 噬菌體是最早使用的克隆載體,其兩端為不閉合的線形雙鏈 DNA,末端為長 12 個(gè)核苷酸的互補(bǔ)單鏈。噬菌體展示系統(tǒng)是通過將外源序列插入噬菌體頭部組裝必需的蛋白質(zhì) D 的 N 端或 C 端,或主要尾部蛋白質(zhì) V 的 C 端,實(shí)現(xiàn)外源蛋白質(zhì)的表面展示。λ 噬菌體也是裂解性噬菌體,它在宿主細(xì)胞內(nèi)完成裝配,無需將外源肽或蛋白質(zhì)分泌到細(xì)菌胞膜外,可展示有活性的大分子蛋白質(zhì)(100 kD 以上)及對宿主細(xì)胞有毒性的蛋白,適用范圍極廣,目前已被成功地用于 cDNA 基因文庫和基因組文庫[16]。該系統(tǒng)同樣適用ORF cDNA 基因文庫表達(dá)策略,在開放閱讀框 cDNA 上增加一個(gè)含有 13 個(gè)氨基酸的生物素標(biāo)簽,這一肽段被引入到D 蛋白的 C 末端用于 λ 噬菌體展示,如果插入的 cDNA是位于 ORF,則生物素標(biāo)簽被正確表達(dá)并且被大腸桿菌BirA 酶有效生物素化,然后標(biāo)記了生物素的 ORF 噬菌體被固定的鏈霉親和素所富集。有近 79% 的噬菌體能夠展示正確的 ORF cDNA[17]。

        3 利用噬菌體展示技術(shù)研究蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用

        隨著噬菌體展示系統(tǒng)的不斷改進(jìn),它在功能基因組學(xué)和蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的研究中成為方便、靈活和有效的工具,近年來在研究疾病發(fā)生和治療如宿主-病原體、免疫原蛋白包括腫瘤抗原和過敏原、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)配體、小分子結(jié)合蛋白和酶等方面有廣泛應(yīng)用。

        3.1 宿主-病原體相互作用

        為了利用噬菌體展示技術(shù)來鑒定宿主-病原體的相互作用,Jacobsson 和 Frykberg[18]利用超聲波處理金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)染色體,將染色體 DNA 片段亞克隆到噬菌粒載體上。對 IgG 和纖維連接蛋白(fibronectin)進(jìn)行親和篩選,能從絲狀噬菌體展示 107個(gè)克隆庫中獲得已知序列和新序列。這種方法能夠分離與哺乳動(dòng)物靶蛋白結(jié)合的細(xì)菌蛋白,并已經(jīng)應(yīng)用于從不同物種中篩選 DNA 文庫,如 Jonsson 等[19]從螺桿菌中、Jacobsson[20]從鏈球菌中和 Mullen 等[21]從巴斯德菌中分別篩選出DNA 文庫。

        3.2 腫瘤抗原

        使用分離腫瘤特異性抗原細(xì)胞的方法篩選抗原并不非常有效,而使用血清抗原分子篩選方法可以找到結(jié)腸癌體液免疫(colorectal cancer,CRC)的腫瘤抗原。Somers 等[22]首先構(gòu)建與絲狀噬菌體外殼蛋白 pVI 融合的 CRC 細(xì)胞系HT-2的cDNA 文庫,其中 CRC 血清來自經(jīng)歷了自身腫瘤主動(dòng)特異性免疫(active specific immunization,ASI)的患者。通過該 cDNA 基因文庫在 CRC 血清中富集,確定了19 個(gè)克隆具有反應(yīng)性,其中 17 個(gè)與腫瘤反應(yīng)。應(yīng)用該文庫篩選出 13 種抗原可以用作腫瘤疫苗或者作為預(yù)后的標(biāo)記。

        3.3 過敏原

        通過親和人血清 IgE 抗體可以篩選噬菌體表達(dá)的過敏原 cDNA 基因文庫。Crameri 和 Walter[23]利用絲狀噬菌體展示約含有 108個(gè)克隆煙曲霉(Aspergillus fumigatus)cDNA的表達(dá)產(chǎn)物,以過敏反應(yīng)者血清中的 IgE 抗體作靶分子親和篩選,經(jīng)過六輪篩選后,一些不同的 cDNA 表達(dá)產(chǎn)物被分離出來,其中一些過敏原能夠用于診斷過敏性支氣管肺曲霉?。╝llergic bronchopulmonary aspergillosis),它的癥狀在醫(yī)療上不易診斷。

        3.4 信號轉(zhuǎn)導(dǎo)配體

        真核細(xì)胞信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑涉及一些保守的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域,例如 Src 同源家族 SH2、SH3 和 PH 家族。SH2 結(jié)構(gòu)域能夠識(shí)別含磷酸化酪氨酸的多肽,而 SH3 結(jié)構(gòu)域結(jié)合富含脯氨酸和疏水殘基的蛋白質(zhì)。為了鑒別能夠結(jié)合 SH2結(jié)構(gòu)域的胞質(zhì)酪氨酸蛋白磷酸酶(cytoplasmic tyrosine phosphatase)SHP-2,構(gòu)建了與絲狀噬菌體 gIII 基因融合的白細(xì)胞 cDNA 基因文庫(108個(gè)),它包含 200 ~ 500 bp 片段。為了降低非特異性結(jié)合蛋白質(zhì)的比例,Videlock 等[24]首先將(磷酸化之前的)cDNA 克隆與固相的 SH2 共同孵育,而噬菌體展示的 cDNA 表達(dá)產(chǎn)物在篩選之前被一個(gè)蛋白激酶磷酸化。經(jīng)過篩選發(fā)現(xiàn) SHP-2 能結(jié)合磷酸化的血小板內(nèi)皮細(xì)胞黏附分子 PECAM-1 多肽。

        3.5 腦疾病蛋白

        β-淀粉樣蛋白(β-amyloid peptide)在微摩爾濃度上會(huì)引起神經(jīng)元細(xì)胞的凋亡。Nelson 和 Alkon[25]利用絲狀噬菌體展示技術(shù)檢測兔腦中 β-淀粉樣蛋白的蛋白質(zhì)相互作用,以鑒定出 β-淀粉樣蛋白的受體作用部位。在 8 個(gè)能識(shí)別β-淀粉樣蛋白的合成肽中,有 3 個(gè)是 β-淀粉樣蛋白引起神經(jīng)元細(xì)胞產(chǎn)生毒害作用的有效阻斷劑。這些多肽能夠結(jié)合β-淀粉狀蛋白的疏水區(qū)或蛋白激酶 C 磷酸化位點(diǎn)附近,說明了這些區(qū)域可能是 β-淀粉樣蛋白起效應(yīng)的關(guān)鍵區(qū)域。這些多肽或通過競爭性抑制 β-淀粉樣蛋白與它的效應(yīng)蛋白結(jié)合來防止其毒害效應(yīng)。

        3.6 多酶體系

        一些遺傳疾病與過氧化物酶(peroxidase)的異常有關(guān),表明過氧化物酶體(peroxisomes)中包含了細(xì)胞代謝的重要部分。為了進(jìn)一步研究未知的過氧化物酶的代謝功能,F(xiàn)ransen 等[26]利用 M13 噬菌體展示鼠肝臟 cDNA 基因文庫,從中篩選能結(jié)合抗過氧化物酶體抗體的表達(dá)產(chǎn)物,得到了 4 個(gè) cDNA 克隆。在這4 個(gè)克隆中有 2 個(gè)是以前熟知的酶,另外 2 個(gè)是新酶,根據(jù)這 2 個(gè)新酶的 C 末端 3 個(gè)氨基酸殘基作為過氧化物酶體基質(zhì)的定位信號,通過免疫熒光觀察證明了它們是過氧化物酶體的一部分。目前已經(jīng)發(fā)現(xiàn)50 多種代謝酶存在于哺乳動(dòng)物的過氧化物酶體中。對于過氧化物酶分子水平上基因的鑒定,使我們更好地了解了由過氧化物酶紊亂而導(dǎo)致的某一類疾病。

        3.7 小分子藥物結(jié)合蛋白

        FK506(他克莫司)是一種大環(huán)內(nèi)酯聚酮類免疫抑制劑,通過抑制相關(guān)多細(xì)胞因子的產(chǎn)生和表達(dá)來抑制 T 細(xì)胞的活化,主要用于器官和組織移植前后治療機(jī)體的排斥反應(yīng)。它可與 T 細(xì)胞胞質(zhì)的 FK-506 結(jié)合蛋白(FK binding protein)結(jié)合形成 FK506/FKBP 復(fù)合物從而影響信號轉(zhuǎn)導(dǎo),產(chǎn)生免疫抑制作用。為了分離能夠與免疫抑制劑 FK506 結(jié)合蛋白,Sche 等[27-28]將人腦 cDNA 文庫中的克隆在 T7 噬菌體上表達(dá),然后與修飾后的 FK506 進(jìn)行親和篩選。FK506經(jīng)生物素化修飾包被于固相進(jìn)行篩選,McKenzie 等[29]最終篩選出了三種同源性的 FK506 結(jié)合蛋白。

        4 結(jié)語

        隨著 DNA 測序技術(shù)的飛速發(fā)展,目前 NCBI 數(shù)據(jù)庫已經(jīng)包括 5799 種物種的基因組數(shù)據(jù),研究的焦點(diǎn)也正在從表達(dá)基因組轉(zhuǎn)向功能基因組,或者說從基因組學(xué)轉(zhuǎn)向蛋白質(zhì)組學(xué)。假如說蛋白質(zhì)可調(diào)節(jié)和控制細(xì)胞幾乎所有活動(dòng)和功能,那么找到蛋白質(zhì)之間的物理聯(lián)系也就是研究蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì)的相互作用是揭示基因組功能的主要研究策略。作為研究蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的重要工具酵母雙雜交方法和噬菌體展示技術(shù)在生物學(xué)研究系統(tǒng)中都有一定的局限性,但是由于它們的局限性不同,在很多情況下,它們可以互為補(bǔ)充[30]。比如對酵母 SH3 的蛋白質(zhì)相互作用作圖時(shí),先用噬菌體展示肽庫進(jìn)行親和篩選,再從酵母基因組數(shù)據(jù)庫中找到共同序列,最后使用酵母雙雜交實(shí)驗(yàn)來驗(yàn)證,噬菌體展示和酵母雙雜交的結(jié)合使“假陽性”結(jié)果的比例大大降低[31]。對于非體內(nèi)分子的識(shí)別,例如藥物基因組學(xué),噬菌體展示技術(shù)更加適用;ORF 噬菌體展示 cDNA 技術(shù)的進(jìn)展也提高了噬菌體展示技術(shù)在功能基因組研究的有效性、靈敏性和準(zhǔn)確性,目前噬菌體展示技術(shù)正步入發(fā)展成熟階段,并顯示出非常好的實(shí)用性,已逐漸成為疾病診斷和治療方面研究的重要手段[32-33]。

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        基金項(xiàng)目:遼寧省教育廳重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室資助項(xiàng)目(2008S015)

        作者單位:116034 大連工業(yè)大學(xué)生物與食品工程學(xué)院

        通訊作者:石屹峰,Email:shiyf@dlpu.edu.cn

        收稿日期:2010-02-03

        DOI:10.3969/cmba.j.issn.1673-713X.2010.03.010

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