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        綠色熒光蛋白的發(fā)現(xiàn)與發(fā)展

        2009-03-07 03:07:26
        化學教學 2009年1期
        關鍵詞:爾菲水母熒光

        朱 杰 吳 平

        文章編號:1005-6629(2009)01-0049-04中圖分類號:G633.8文獻標識碼:B

        生物發(fā)光是一個很普遍的生物學現(xiàn)象。早期的生物研究大多涉及分類、形成和生態(tài)方面,后來重點轉移到生態(tài)、生化的研究,目前已進入分子生物學的研究水平。從不同生物體內(nèi)提取的熒光蛋白的結構、性質(zhì)不盡相同。迄今,腔腸動物門多管水母屬的維多利亞多管水母(aequorea victoria)的發(fā)光蛋白系統(tǒng)研究得較為深入。

        多管水母體內(nèi)存在著兩種發(fā)光蛋白,即光蛋白——水母素(aequorin)和綠色熒光蛋白(GFP,green fluorescent protein)。光蛋白作為分子標記及Ca2+的生物學指示劑,已被成功地應用于哺乳動物、植物、酵母、大腸桿菌細胞,用于檢測很多重要的生理學和病理學反應。GFP作為良好的細胞、發(fā)育、分子生物學的活體標記,用于監(jiān)測各種體系中的基因表達、蛋白定位以及多種細胞活動。利用GFP進行示蹤的研究范圍相當廣泛,從細胞生物學的基礎研究如細胞骨架和細胞分化、細胞器動力學和囊泡跟蹤,到一些熱門的前沿和學科和技術領域,如器官移植、基因治療、神經(jīng)生物學等等。

        日本科學家下村修(Osamu Shimomura)、美國科學家馬丁·沙爾菲(Martin Chalfie)和美籍華裔科學家錢永?。≧oger Y. Tsien)因在發(fā)現(xiàn)和研究綠色熒光蛋白方面做出貢獻而分享了2008年的諾貝爾化學獎。他們的工作不但在科學上對化學、生物學、醫(yī)學等領域具有重要的意義,而且也與人們的日常生活密切相關,對于提高人類的生活品質(zhì)以及進一步改善人類的健康有十分重要的意義。

        1研究GFP的時間線索

        GFP從最初被發(fā)現(xiàn)到今天廣為應用,經(jīng)歷了半個多世紀的時間。首先簡單回顧一下這半個多世紀內(nèi)和GFP相關的主要事件。

        1955年人們首次注意到水母體內(nèi)的綠色熒光物質(zhì)。

        1962年下村修從維多利亞多管水母中提取并分離了GFP,證實了綠色熒光物質(zhì)是一種蛋白質(zhì)。它的溶液在日光下略呈綠色,在白熾燈下略顯黃色,而在紫外燈下則發(fā)出強烈的綠色熒光。

        1969年之前稱為綠色蛋白質(zhì)(green protein)得名“綠色熒光蛋白”。

        1974年研究發(fā)現(xiàn)光蛋白和GFP兩種分子之間會發(fā)生能量轉移(圖2)。

        1979年下村修找到了GFP中的生色基團(Chromophore)(圖3,圖5)。

        1985年普臘石(Douglas Prasher)根據(jù)蛋白質(zhì)的氨基酸順序拿到了光蛋白(水母素)的基因。

        1992年普臘石拿到了GFP的基因。

        1993年GFP中生色基團的結構被確認。

        1994年沙爾菲通過大腸桿菌和線蟲研究獲得了GFP的生色機理;是年,第一種藍色熒光蛋白被報道,并提到了它可用于熒光共振能量轉移(FRET)實驗中。

        1995年研制出了增強型綠色熒光蛋白(EGFP),它的轉錄速度比野生GFP快四倍。

        1996年得到了野生GFP和EGFP的晶體結構,錢永健在EGFP的基礎上,利用突變技術,設計并研制出黃色熒光蛋白。

        1997年光蛋白和GFP被用于Ca2+的敏感指示劑。

        1999年后各種各樣的熒光蛋白被發(fā)明、改造并用于科學研究。

        在研究GFP的50多年間,2008年諾貝爾化學獎的三位得主做出了至關重要的貢獻。

        2下村修與維多利亞水母

        在下村修以前就有人研究過生物發(fā)光現(xiàn)象,例如螢火蟲發(fā)出熒光,是由熒光酶(luciferase)作為酶催化氧化底物分子熒光素(luciferin)以后產(chǎn)生熒光。而蛋白質(zhì)本身發(fā)光,無需底物,起源是下村修的研究。

        1962年,下村修和約翰森等在《細胞和比較生理學雜志》上報道,他們分離純化了維多利亞多管水母中的發(fā)光蛋白—水母素。據(jù)說下村修用水母提取發(fā)光蛋白時,有天下班前,他將產(chǎn)物倒進水池里。臨出門前關燈,回望了一眼水池,見到水池閃閃發(fā)光。因為水池也排放有養(yǎng)魚缸的水,他懷疑是魚缸成分影響了光蛋白。然而不久之后,他便確定鈣離子能增強光蛋白發(fā)光。

        1963年,他和另一位研究者約翰森在《科學》雜志報道鈣和光蛋白發(fā)光的關系。其后Ridgway和Ashley提出可以用光蛋白來檢測鈣濃度,創(chuàng)造了檢測鈣的新方法。鈣離子是生物體內(nèi)的重要信號分子,光蛋白成為第一個有空間分辨能力的鈣檢測方法,是目前仍用的方法之一。

        其實早在1955年,Davenport和Nicol就發(fā)現(xiàn)水母可以發(fā)出綠光,但不知其因。在1962年下村修和約翰森在那篇純化光蛋白的文章中,有個注腳,說還發(fā)現(xiàn)了另一種蛋白,它在日光下略呈綠色,在白熾燈下略顯黃色,而在紫外燈下則發(fā)出強烈的綠色熒光。其后他們仔細研究了其發(fā)光特性。1974年,通過純化他們得到了這種蛋白,當時稱之為綠色蛋白,即現(xiàn)在所謂的稱綠色熒光蛋白。Morin和Hastings提出光蛋白和GFP之間可以發(fā)生能量轉移。光蛋白在鈣刺激下會發(fā)光,其能量可轉移到GFP,刺激GFP發(fā)光(圖2)。

        GFP是一種酸性球狀蛋白質(zhì),它的發(fā)射光譜在505 nm具有吸收峰;激發(fā)光譜則在395 nm和470 nm具有吸收高峰(圖4)。

        只有完整的GFP分子才會產(chǎn)生生物熒光,但與熒光的產(chǎn)生直接有關的是GFP分子中一小段被稱為生色基團的部位。在GFP的初級氨基酸序列上,第65個至第67個氨基酸(Ser-Tyr-Gly)形成環(huán)狀六肽三體,以共價鍵與GFP蛋白肽鍵骨架相連(圖5)。生色基團形成的機理目前尚不清楚,但在有分子氧存在的條件下,酪氨酸氧化成脫氫酪氨酸,并環(huán)化形成六肽,這可能是形成色基的必然過程。下村修最先推導了水母GFP色基結構,后來又進行了進一步驗證與修改。

        下村修本人對GFP的應用前景不感興趣,也沒有意識到應用的重要性。但他的研究卻切切實實地對之后的生物科學起到了革命性的作用。當他離開普林斯頓到Woods Hole海洋研究所后,他的同事普臘石(Douglas Prasher)對生物示蹤分子非常感興趣。1985年普臘石和日裔科學家Satoshi Inouye獨立根據(jù)蛋白質(zhì)順序拿到了光蛋白的基因(準確地說是cDNA)。1992年,普臘石拿到了GFP的基因。有了cDNA,一般生物學研究者就能很好地應用它,比使用蛋白質(zhì)更為方便。

        1996年,GFP的晶體結構也被研究得到,它是一個由11個β-折疊的蛋白質(zhì)以一個α-螺旋蛋白質(zhì)為中心軸所形成的籠狀圓柱體,生色基團是α-螺旋蛋白質(zhì)的重要組成部分,它的位置非常接近這個籠狀圓柱體的中心位置(圖6)。另一種平面的GFP表示方式如圖7,其中綠色的代表β-折疊,紅色的代表α-螺旋。

        3沙爾菲將GFP應用于生物示蹤

        將GFP表達到其他生物體這項工作,1994年由兩個實驗室獨立進行:美國哥倫比亞大學做線蟲的沙爾菲實驗室,和加州大學圣迭哥分校、Scripps海洋研究所的兩位日裔科學家Inouye和Tsuji。

        沙爾菲在之前的工作中一直和Caenorhabditis elegans(一種被廣泛用于生物研究的線蟲)打交道。C. elegans這種線蟲只有959個細胞的一個腦,并且其三分之一的基因和人類基因有關。更重要的是,C. elegans是透明的,研究人員可以很方便的應用顯微鏡對其進行觀察研究。

        1988年當沙爾菲得知GFP后,他意識到可以使用這一工具對C. elegans進行研究,它可以作為變化的綠色信號對線蟲不同細胞間的活動進行示蹤觀察。他將GFP基因與其他不同基因結合成可發(fā)出熒光的蛋白質(zhì)的想法付諸于實踐后,就能觀察到細胞中不同蛋白質(zhì)的形成。

        沙爾菲使用DNA技術,將GFP的基因作為一個片段注射到成熟的線蟲的性腺細胞核中(圖7A),由于線蟲是雌雄同體,它可以使自已受精。GFP基因就出現(xiàn)在它的卵中(圖7B),這些卵分裂后形成新的細胞核在紫外光照射下可發(fā)出熒光(圖7C和D),圖7E中顯示了兩個這樣的細胞核。

        光蛋白和GFP都有重要的應用,但光蛋白是熒光酶的一種,它需要熒光素才能發(fā)光,而GFP蛋白質(zhì)本身即能發(fā)光,在原理上有重大突破。在上世紀90年代,科學家一般認為熒光物質(zhì)在細胞中是通過許多步驟得到,每一步都需要蛋白質(zhì)來控制,并且此過程需要一些特殊的蛋白質(zhì)(熒光素)來產(chǎn)生GFP中的生色基團。但沙爾菲用實驗證實了這個假設是錯誤的。沙爾菲的研究向人們展示了綠色熒光蛋白作為發(fā)光的示蹤分子的作用。

        當時沙爾菲的論文引起了巨大轟動,很多生物學研究者紛紛將GFP引入自己的系統(tǒng)。在一個新系統(tǒng)表達GFP就能在《自然》、《科學》上發(fā)表文章,其實不過是跟風性質(zhì),沒有原創(chuàng)性。

        將GFP用作示蹤分子,具有以下優(yōu)點:①熒光穩(wěn)定;②檢測方便;③無種屬特異性,也沒有細胞種類和位置的限制;④GFP對受體細胞基本無毒害;⑤由于其他生物本身不含有GFP,因此不會出現(xiàn)假陽性結果;⑥不需任何反應底物和輔助因子;⑦可制成永久標本;⑧靈敏度高。

        盡管GFP作為報告基因或示蹤分子有許多優(yōu)點,但野生GFP發(fā)出的熒光較弱。其次,熒光反應不是酶反應,不能通過添加某些物質(zhì)來加強信號,且不易對熒光進行定量檢測。另一方面,GFP基因在植物細胞內(nèi)的表現(xiàn)頻率并不高,甚至在某些植物細胞中并不表現(xiàn)。所以有更多的科學家對GFP進行了改進。

        從1961年到1974年,下村修和約翰森的研究遙遙領先,而很少被人注意。在1974年以后,特別是八十年代后的后繼工作,很多研究生都能夠完成。其中例外的是錢永健所在實驗室所發(fā)現(xiàn)的變種出現(xiàn)新顏色,這一發(fā)現(xiàn)卻非顯而易見。

        4錢永健改造并發(fā)展了GFP的應用

        隨著生物信息學、定點突變,DNA-shuffling等一系列理論和技術的應用,綠色熒光蛋白的家族成員不斷擴大,出現(xiàn)熒光光譜、溫度敏感性等改變的多種變異型。具有不同光譜特性的GFP突變體的獲得拓寬了GFP的應用范圍,解決了許多單獨運用GFP不能解決的問題。GFP基因的改進目前主要通過以下幾個途徑得到突變體GFP:①更換GFP生色團氨基酸;②改變堿基組成;③除去GFP基因中隱蔽剪接位點;④插入植物內(nèi)含子;⑤更換強啟動子等突變體GFP;⑥增加熒光強度和熱穩(wěn)定性。

        目前已有的具不同光譜的突變型有EBFP(增強型藍色熒光蛋白)、ECFP(增強型青色熒光蛋白)、EGFP(增強型綠色熒光蛋白)和EVFP(增強型黃色熒光蛋白),分別呈現(xiàn)藍、青、綠、黃四種顏色。至今所獲得突變型的最大發(fā)射波長為529nm,為黃綠色熒光。

        錢永健是和下村修研究相關的一位重要科學家。從八十年代一開始,他的工作就非常引人矚目。同時他十分肯定下村修的工作,較早公開介紹下村修的發(fā)現(xiàn)。在他的研究工作中,有兩項重要工作都與下村修有一定聯(lián)系。

        一項是研究鈣染料。1980年錢永健發(fā)明檢測Ca2+濃度的染料分子,1981年改進了將染料引入細胞的方法,以后發(fā)明了更多、更好的染料,被廣泛地應用。檢測鈣的方法有三種:選擇性電極、光蛋白、鈣染料。在錢永健研制的鈣染料沒有出現(xiàn)以前,具有空間檢測能力的只有光蛋白,但當時光蛋白需要注射到細胞內(nèi),應用不方便。錢永健的鈣染料可以通透到細胞里面去。

        錢永健的第二項工作是研究GFP。1994年起,錢永健開始研究并改造GFP,并獲得了多項發(fā)現(xiàn)。世界上用的大多數(shù)是錢永健實驗室改造后的變種。改造后的GFP促進了生色基團的折疊,改善了其熒光特性,甚至可以得到紅色、黃綠色、藍色等多種顏色的熒光蛋白,有的可激活、可變色,大大拓寬了GFP研究的領域。他被公認為這方面的先驅(qū)。

        錢永健對人們理解GFP及GFP族的化學熒光特性做出了重要的貢獻,他使不同的GFP產(chǎn)生的熒光顏色覆蓋了整個可見光譜,同時他改善了生色基團,增強了GFP的熒光效應,也使熒光的穩(wěn)定性增強。他發(fā)展了GFP,使之成為極有效的研究動態(tài)生命過程的基因標記工具。

        5結束語

        科學上一個偶然的發(fā)現(xiàn)往往會引起巨大的科學革命,新工具的出現(xiàn)會使研究取得意想不到的新成果。當年下村修研究了GFP,但他并沒有意識到GFP重要的應用前景。沙爾菲恰恰在自己的實驗研究過程中采用了最新的GFP研究成果,并發(fā)展了GFP的應用領域。而當今世界上用的GFP大多數(shù)是錢永健實驗室改造后的變種。

        獲得2008年諾貝爾化學獎的三位科學家在發(fā)現(xiàn)和研究GFP的過程中各有貢獻,而且可以看出他們的研究是一脈相承的。隨著分子生物學理論與技術的發(fā)展,對GFP研究的進一步深入,GFP在分子生物學領域的應用進一步加強。GFP工程,包括GFP蛋白工程和GFP基因工程,尤其GFP基因作為新型報告基因越來越受到關注。當然在應用GFP作為研究工具時,也遇到了一些問題。例如將GFP作為選擇標記基因成功構建多種表達外源基因的重組質(zhì)粒時發(fā)現(xiàn)一些因素影響著GFP的檢測。此外,在細胞生物學的研究過程中發(fā)現(xiàn)新生GFP通過折疊和加工成為具有活性的形式過程十分緩慢。但隨著生物技術的發(fā)展,對GFP的基礎理論研究的進一步深入和新型突變體的不斷出現(xiàn),有理由相信這些問題終將會得到解決,從而使GFP更好地為科學研究服務。

        參考文獻:

        [1]Baird G. S,Zachatias D. A,Tsien R. Y.Circular permutation and receptor insertion within green fluorescent proteins[J].Proc Natl Acad Sci USA,1999(20):11241~11246.

        [2]Heim R,Cubitt A. B,Tsien R. Y.Improved green fluorescence[J].Nature,1995(373):663~664.

        [3]王曉麗,邵衛(wèi)星.綠色熒光蛋白研究進展[J].動物醫(yī)學進展,2008,29(1):56~59.

        [4]http://nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/2008/[EB/OL].2008-10-08.

        [5]http://www.conncoll.edu/ccacad/zimmer/GFP-ww/GFP-1.htm[EB/OL].2008-10-10.

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