“2812科技北京建設(shè)工程”的“兩個對接”是指通過對接國家科技重大專項和重大科技基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)，大幅度提高自主創(chuàng)新能力。

近年來，北京市科委高度重視做好與《國家中長期科學(xué)和技術(shù)發(fā)展規(guī)劃綱要(2006—2020年)》確定的一批國家科技重大專項的對接工作，全力做好重大專項北京落地服務(wù)協(xié)調(diào)工作，以此提升北京重大科技基礎(chǔ)設(shè)施科技資源對全國相關(guān)領(lǐng)域的支撐作用和對行業(yè)發(fā)展的促進(jìn)作用。

2008年3月26日，科技部召開國家科技重大專項“極大規(guī)模集成電路制造裝備及成套工藝”推進(jìn)會，這標(biāo)志著該專項進(jìn)入全面實施階段。此前，北京市科委組織推薦了多位專家進(jìn)入專家組，積極參加編制工作，聯(lián)合北京市工業(yè)促進(jìn)局(現(xiàn)為北京市經(jīng)濟(jì)和信息化委員會)牽頭組織相關(guān)企業(yè)與該專項對接的工作，并向?qū)＜医M提交了“北京市”十一五“集成電路裝備產(chǎn)業(yè)的發(fā)展建議”等相關(guān)規(guī)劃以及項目建議書等材料；配合國家科技計劃支持并完成了集成電路制造裝備重大研發(fā)項目，為北京實現(xiàn)集成電路裝備制造業(yè)的核心技術(shù)突破，對接國家重大專項奠定了基礎(chǔ)。該專項由北京市和上海市作為組織實施單位，目前，北京市經(jīng)濟(jì)和信息化委員會和北京市科委聯(lián)合其他部門積極做好該專項在北京的具體實施工作。

與此同時，北京市科委與牽頭部委溝通，了解“艾滋病和病毒性肝炎等重大傳染病防治專項”進(jìn)展，整臺北京資源，建立隊伍，搭建平臺，與國家專項對接。北京市科技重大項目“北京病毒性肝炎診斷治療”及相關(guān)科技成果對該重大專項的方案編制產(chǎn)生了積極的影響，為此北京被列為專項的第示范區(qū)。北京市科委還參與到了該重大專項的預(yù)算編制工作中。

2008年底，北京市科委積極組織北京市環(huán)保局、北京市水務(wù)局及相關(guān)科研院所，根據(jù)北京市“十一五”水資源規(guī)劃，研討并確定項目方案。經(jīng)過努力，北京市申報的“北運(yùn)河水系上游典型污染區(qū)污染控制技術(shù)研究與示范”，“北運(yùn)河水系中游重污染河段水質(zhì)改善技術(shù)研究與示范”、“北運(yùn)河水系中游生態(tài)修復(fù)關(guān)鍵技術(shù)研究與示范”、“北京城市再生水水質(zhì)提高關(guān)鍵技術(shù)研究與集成示范”、“北京再生水分質(zhì)利用及水環(huán)境整治技術(shù)集成與工程示范”，“城市水環(huán)境系統(tǒng)設(shè)施監(jiān)控和預(yù)警研究與示范”，“南水北調(diào)受水區(qū)飲用水安全保障共性技術(shù)研究與示范”、“華北地區(qū)地下水聯(lián)片供水與除氟適用技術(shù)研究與示范”8項課題已納入國家重大科技專項——“水體污染控制與治理科技重大專項”實施計劃，分別列入河流、城市，飲用水三大科技主題中。北京第一階段(2008—2010年)總投資概算23.3億元。其中，中央財政經(jīng)費1.4億元，地方科技財政經(jīng)費1.7億元，工程配套經(jīng)費20.6億元。

為了進(jìn)一步做好“水體污染控制與治理科技重大專項”的對接服務(wù)工作，北京市科委在2007年啟動了“北運(yùn)河通州區(qū)城市段水環(huán)境改善關(guān)鍵技術(shù)和工程示范”、“北京城市污水處理及再生水質(zhì)提高關(guān)鍵技術(shù)研究及工程示范”重大項目，先期支撐“水體污染控制與治理科技重大專項”中對應(yīng)研究內(nèi)容。在《北京市中長期科學(xué)和技術(shù)發(fā)展規(guī)劃綱要(2008～2020年)》中設(shè)置了“水資源可持續(xù)利用科技專項”，更好地保障國家水專項北京課題的順利實施。