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        侵染我國黃瓜病毒種類的研究進(jìn)展

        2024-10-31 00:00:00高樂劉渝胡尊瑞周博鄭志勇任俊達(dá)
        江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2024年17期

        摘要:黃瓜(Cucumis sativus L.)是一種重要的園藝蔬菜作物,具有重要的食用和經(jīng)濟(jì)價值,然而病毒病嚴(yán)重影響我國黃瓜的產(chǎn)量和品質(zhì)。近年來,我國科研人員對不同地區(qū)黃瓜病毒病的流行情況開展了廣泛深入的研究,本文梳理整合了前人的研究結(jié)果,發(fā)現(xiàn)在全國范圍內(nèi)采集的黃瓜樣品中檢出的病毒達(dá)到20種之多,涉及10個科、11個屬,其中以馬鈴薯Y病毒屬(Potyvirus)的病毒數(shù)量最多,達(dá)到了7種,并且除TYLCV為DNA病毒以外,其余均為RNA病毒,說明RNA病毒導(dǎo)致的黃瓜病毒病在我國占據(jù)絕對主導(dǎo)地位,其中又以Potyvirus病毒對我國黃瓜的侵染最為廣泛,是威脅黃瓜生產(chǎn)的最大病毒種群。進(jìn)一步,通過分析病毒種類的地理分布,說明在全國范圍內(nèi)須加強(qiáng)對CMV、CCYV、CGMMV以及Potyvirus中PRSV和WMV的防治工作和抗病育種研究;其中,黃淮海流域和長江流域應(yīng)重點(diǎn)針對CMV以及Potyvirus中的WMV和ZYMV;此外,江蘇、甘肅、重慶、海南的黃瓜病毒病較為嚴(yán)重,各地區(qū)應(yīng)予以重視。隨著科學(xué)技術(shù)的進(jìn)步,新興的小RNA深度測序技術(shù)已被廣泛應(yīng)用于病毒的鑒定當(dāng)中,打破了傳統(tǒng)方法只能檢測已知病毒的局限性,未來將會成為一種常規(guī)高效的病毒檢測手段,具有廣闊的應(yīng)用前景。

        關(guān)鍵詞:黃瓜;病毒;分布;檢測

        中圖分類號:S436.421.1 文獻(xiàn)標(biāo)志碼:A

        文章編號:1002-1302(2024)17-0020-07

        收稿日期:2023-09-20

        基金項目:北京市教育委員會科技計劃(編號:KM202212448003、KM202312448004);北京農(nóng)業(yè)職業(yè)學(xué)院院級項目(編號:XY-YF-22-02、XY-KJ-22-07);國家自然科學(xué)基金(編號:32001571)。

        作者簡介:高 樂(1987—),男,河北石家莊人,博士,副教授,從事植物抗病毒基因工程研究。E-mail:gaole@bvca.edu.cn。

        通信作者:鄭志勇,碩士,教授,主要從事園藝植物栽培研究,E-mail:zhengzhiyong@bvca.edu.cn;任俊達(dá),博士,副教授,主要從事植物病理學(xué)研究,E-mail:renjd@bua.edu.cn。

        黃瓜(Cucumis sativus)別稱胡瓜、青瓜,為葫蘆科(Cucurbitaceae)一年生蔓生或攀緣草本植物,是一種重要的園藝蔬菜作物[1]。黃瓜是我國主要的保護(hù)地栽培和大面積栽培的蔬菜種類,在各地區(qū)蔬菜供baa2462cf96d0e395f0c1757f63df1b8應(yīng)中起著關(guān)鍵作用,具有重要的食用和經(jīng)濟(jì)價值[2]。近年來,由于農(nóng)業(yè)生產(chǎn)環(huán)境的變化和耕作模式的改變,黃瓜病毒病呈現(xiàn)出多發(fā)的態(tài)勢,對黃瓜的產(chǎn)量和品質(zhì)造成嚴(yán)重影響,威脅著我國黃瓜產(chǎn)業(yè)的健康發(fā)展。黃瓜感染病毒以后,初期心葉出現(xiàn)明脈現(xiàn)象,之后逐漸產(chǎn)生花葉、重花葉、皺縮、卷曲等癥狀,最終導(dǎo)致果實(shí)凹凸不平、螺旋狀扭曲、果肉僵硬、苦澀等[3]。近年來,我國科研人員對不同地區(qū)黃瓜病毒病的流行情況開展了廣泛深入的研究,取得了大量的進(jìn)展。本文梳理整合了前人的研究結(jié)果,綜合概述了侵染我國黃瓜的病毒種類、地理分布、優(yōu)勢毒源及其檢測方法,以期為我國黃瓜病毒病的防治工作和抗病育種研究提供參考。

        1 侵染病毒的種類

        近年來的研究表明,在全國范圍內(nèi)采集的黃瓜樣品中檢出的病毒達(dá)到20種之多(表1)[4],包括馬鈴薯X病毒(PVX)、黃瓜花葉病毒(CMV)、甜瓜黃斑病毒(MYSV)、番茄斑萎病毒(TSWV)、瓜類褪綠黃化病毒(CCYV)、南瓜花葉病毒(SqMV)、蠶豆萎蔫病毒2號(BBWV2)、葫蘆內(nèi)源RNA病毒(LsEV)、番茄黃化曲葉病毒(TYLCV)、南瓜蚜傳黃化病毒(CABYV)、甜瓜蚜傳黃化病毒(MABYV)、番木瓜環(huán)斑病毒(PRSV)、花生條紋病毒(PStV)、馬鈴薯Y病毒(PVY)、蕪菁花葉病毒(TuMV)、西瓜花葉病毒(WMV)、西葫蘆虎紋花葉病毒(ZTMV)、小西葫蘆黃花葉病毒(ZYMV)、黃瓜綠斑駁花葉病毒(CGMMV)、煙草花葉病毒(TMV)。

        上述20種病毒歸屬為10個科、11個屬(表2和圖1):包括甲型線形病毒科(Alphaflexiviridae)馬鈴薯X病毒屬(Potexvirus)的PVX[5];雀麥花葉病毒科(Bromoviridae)黃瓜花葉病毒屬(Cucumovirus)的CMV[6];布尼亞病毒科(Bunyaviridae)番茄斑萎病毒屬(Tospovirus)的MYSV[7]和TSWV[8];長線形病毒科(Closteroviridae)毛形病毒屬(Crinivirus)的CCYV[9];豇豆花葉病毒科(Comoviridae)豇豆花葉病毒屬(Comovirus)的SqMV[10]和蠶豆病毒屬(Fabavirus)的BBWV2[11];內(nèi)源RNA病毒科(Endornaviridae)內(nèi)源RNA病毒屬(Endornavirus)的LsEV[12];雙生病毒科(Geminiviridae)菜豆金色花葉病毒屬(Begomovirus)的TYLCV[13];黃癥病毒科(Luteoviridae)馬鈴薯卷葉病毒屬(Polerovirus)的CABYV[14]和MABYV[15];馬鈴薯Y病毒科(Potyviridae)馬鈴薯Y病毒屬(Potyvirus)的PRSV、PStV、PVY、TuMV、WMV、ZTMV、ZYMV[16-22];帚狀病毒科(Virgaviridae)煙草花葉病毒屬(Tobamovirus)的CGMMV[23]和TMV[24]。由此可見,在檢出的20種病毒當(dāng)中,幾乎所有的科屬僅包含其中的1~2種,而Potyvirus病毒數(shù)量明顯高于其他科屬,達(dá)到了7種(表2和圖1)。此外,檢出的病毒幾乎均為RNA病毒,僅TYLCV為DNA病毒(表2)。

        2 侵染病毒的地理分布

        2.1 松遼流域

        松遼流域地跨黑龍江、吉林、遼寧3省的全部,以及內(nèi)蒙古和河北省的一部分,該流域的遼寧省在黃瓜上檢出病毒1種[25],為CMV(表3、圖2至圖4)。

        2.2 黃淮海流域

        黃淮海流域地跨北京、天津、山東3?。ㄊ校┑娜?,河北和河南2省的大部分,以及江蘇和安徽2省的淮北地區(qū),是我國重要的蔬菜生產(chǎn)基地。該流域在黃瓜上共檢出病毒8種,包括CABYV、CCYV、CGMMV、CMV、PRSV、TMV、WMV、ZYMV[26-33](表3和圖2至圖4),其中北京市檢出病毒3種,分別為CMV、WMV、ZYMV;天津市檢出病毒3種,分別為CMV、TMV、WMV;山東省檢出病毒4種,分別為CMV、PRSV、WMV、ZYMV;江蘇省北部地區(qū)檢出病毒8種,分別為CABYV、CCYV、CGMMV、CMV、PRSV、TMV、WMV、ZYMV。進(jìn)一步可以看出,在北京、山東、江蘇北部均檢出了CMV、WMV、ZYMV(表3和圖4),由此可見,在黃淮海流域侵染黃瓜的優(yōu)勢毒源為CMV、WMV、ZYMV。

        2.3 長江流域

        長江流域地跨川、甘、鄂、青、藏、滇、渝、湘、贛、皖、蘇、滬等地,同時涵蓋部分云貴高原,包括渝東西、渝東北、鄂西、湘西、云南、貴州等地區(qū),是我國重要的蔬菜種植區(qū)[29]。該流域在黃瓜上共檢出病毒9種,包括CABYV、CCYV、CGMMV、CMV、PRSV、SqMV、TuMV、WMV、ZYMV(表3和圖2至圖4),其中甘肅省檢出病毒5種[30],分別為CMV、PRSV、SqMV、WMV、ZYMV;重慶市檢出病毒5種[31],分別為CMV、SqMV、TuMV、WMV、ZYMV; 湖北省檢出病毒1種[32],為CMV;江蘇省南部地區(qū)檢出病毒7種[28],分別為CABYV、CCYV、CGMMV、CMV、PRSV、WMV、ZYMV。進(jìn)一步可以看出,在甘肅、重慶、江蘇南部均檢出了CMV、WMV、ZYMV(表3和圖4),由此可見,在長江流域侵染黃瓜的優(yōu)勢毒源同黃淮海流域一致,為CMV、WMV、ZYMV。

        2.4 珠江流域

        珠江流域地跨滇、黔、桂、粵、湘、贛等地區(qū),該流域的廣東省在黃瓜上檢出病毒3種[26],分別為CMV、PRSV、WMV(表3和圖2至圖4)。

        2.5 其他

        黃瓜是海南省冬季種植的重要蔬菜作物,主要生產(chǎn)區(qū)域包括三亞、澄邁、萬寧等市(縣),共檢出病毒5種[33],分別為CCYV、CGMMV、CMV、MYSV、TMV(表3和圖2至圖4)。

        3 侵染病毒的檢測方法

        3.1 酶聯(lián)免疫吸附分析

        酶聯(lián)免疫吸附分析(ELISA)又稱為免疫學(xué)測定或血清學(xué)測定,具有簡便、快速、靈敏度高、特異性強(qiáng)等優(yōu)點(diǎn),廣泛應(yīng)用于植物病毒的檢測當(dāng)中[34]。該項技術(shù)的原理是借助化學(xué)方法使酶與抗體結(jié)合形成酶標(biāo)抗體,進(jìn)而與相應(yīng)的抗原底物特異性結(jié)合發(fā)生化學(xué)反應(yīng),在酶的催化作用下顯色,生成的有色化合物的量與病原物的含量成正比,反應(yīng)液在 405 nm 波長下有吸收峰值(D405 nm),可通過酶標(biāo)儀測定D405 nm,從而對病毒進(jìn)行定性和定量分析[35]。隨著科學(xué)技術(shù)的不斷進(jìn)步,ELISA也在不斷地向更快捷、更方便、更高效的方向優(yōu)化,但仍存在一些局限性[36]:(1)ELISA主要利用病毒外殼蛋白的抗原性來進(jìn)行檢測分析,因此無法檢測缺乏外殼蛋白的病毒;(2)陽性與陰性樣品的區(qū)分受到季節(jié)性不確定問題的影響;(3)檢測周期受到病毒在植株體內(nèi)分布不均勻以及病毒分離物多樣性的限制;(4)病毒的檢出率受到病毒間血清學(xué)關(guān)系遠(yuǎn)近的影響。

        3.2 聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)

        聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)是通過檢測病毒的特異性核苷酸序列來確定病毒的種類,由于該項技術(shù)是在DNA/RNA水平上對病毒進(jìn)行鑒定,因此靈敏度極高,病毒滴度可以低至pg級甚至fg級,也是純化病毒基因片段的必備手段[36]。該項技術(shù)的原理是根據(jù)病毒的核苷酸序列信息設(shè)計特異性引物,提取病毒基因組之后進(jìn)行PCR擴(kuò)增反應(yīng),通過瓊脂糖凝膠電泳對目標(biāo)基因條帶進(jìn)行純化回收,將純化的基因片段連接至克隆載體并轉(zhuǎn)化至大腸桿菌感受態(tài)DH5α進(jìn)行擴(kuò)繁培養(yǎng),最后通過測序及序列比對分析鑒定病毒的種類。對于DNA病毒而言,可以直接通過PCR技術(shù)進(jìn)行快速體外擴(kuò)增;對于RNA病毒而言,可以通過反轉(zhuǎn)錄PCR(RT-PCR)的方法進(jìn)行病毒檢測,即先將病毒的RNA反轉(zhuǎn)錄成cDNA,再進(jìn)行PCR擴(kuò)增反應(yīng)[36]。PCR技術(shù)兼具成本低廉、重復(fù)性好、精確度高等優(yōu)點(diǎn),但試驗結(jié)果容易被近緣病毒干擾。

        3.3 小RNA深度測序

        小RNA深度測序61aafa59f47244a23c665e500232e979(SRDS)是一種新興的病毒檢測技術(shù),可以不依賴于病毒的核苷酸序列信息,具有靈敏度高、效率高、數(shù)據(jù)處理簡便、能夠探索未知病毒等優(yōu)點(diǎn)[37-39]。該項技術(shù)基于寄主對病毒的RNA干擾原理,即病毒在植物體內(nèi)復(fù)制的過程中,會產(chǎn)生小的雙鏈RNA(dsRNA),寄主通過Dicer-like酶識別dsRNA并加工生成許多小的干擾RNA(siRNA),siRNA能夠識別、結(jié)合與其序列互補(bǔ)的病毒并對其進(jìn)行切割,從而導(dǎo)致病毒的降解[38]。因此,提取發(fā)病植株樣本的總RNA并構(gòu)建RNA文庫,利用SRDS技術(shù)進(jìn)行測序,對測序數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控分析,能夠檢出與侵染病毒序列高度一致的小RNA片段,并完成病毒RNA序列的組裝、比對、分析等,從而最終確定侵染的病毒種類[37-38]。

        4 展望

        黃瓜是我國廣泛栽培種植的重要園藝蔬菜作物,病毒病給黃瓜的產(chǎn)量和品質(zhì)帶來嚴(yán)重危害,明確黃瓜病毒病的流行情況,鑒定侵染的病毒種類、地理分布以及優(yōu)勢毒源,對我國黃瓜病毒病的防治工作和抗病育種研究具有重要意義。前人的研究表明,在全國范圍內(nèi)采集的黃瓜樣品中檢出的病毒達(dá)到20種之多(表1),涉及10個科、11個屬(表2和圖1),包括Begomovirus(TYLCV)、Comovirus(SqMV)、Crinivirus(CCYV)、Cucumovirus(CMV)、Endornavirus(LsEV)、Fabavirus(BBWV2)、Polerovirus(CABYV和MABYV)、Potexvirus(PVX)、Potyvirus(PRSV、PStV、PVY、TuMV、WMV、ZTMV、ZYMV)、Tobamovirus(CGMMV和TMV)、Tospovirus(MYSV和TSWV)。進(jìn)一步可以看出,在檢出的所有病毒當(dāng)中,除TYLCV為DNA病毒以外,其余均為RNA病毒,并且以Potyvirus病毒數(shù)量最多,達(dá)到了7種,明顯高于其他科屬(表2和圖1),說明RNA病毒引致的黃瓜病毒病在我國占據(jù)絕對主導(dǎo)地位,其中又以Potyvirus病毒對我國黃瓜的侵染最為廣泛,是威脅黃瓜生產(chǎn)的最大病毒種群。因此,我國黃瓜病毒病的防治工作和抗病育種研究應(yīng)重點(diǎn)面向RNA病毒類型,尤其要針對其中的Potyvirus病毒。

        就病毒分布而言,CMV分布最為廣泛,存在于所有5個流域,其次為CCYV、CGMMV、PRSV、WMV,均分布于3個流域(表3和圖3),可見危害我國黃瓜生產(chǎn)的優(yōu)勢毒源為CMV、CCYV、CGMMV、PRSV、WMV;就流域而言,黃淮海流域和長江流域檢出的病毒種類最多、多樣性最高,分別達(dá)到了8種和9種(表3和圖2),并且在這2個流域中的絕大部分地區(qū)均檢出了CMV、WMV、ZYMV(表3和圖4),說明該2個流域的優(yōu)勢毒源均為CMV、WMV、ZYMV;就具體地區(qū)而言,江蘇檢出的病毒種類最多,達(dá)到了8種,其次為甘肅、重慶、海南,均為5種(表3和圖4)。綜上所述,通過分析侵染我國黃瓜病毒種類的地理分布可知,在我國范圍內(nèi)須加強(qiáng)對CMV、CCYV、CGMMV以及Potyvirus中PRSV和WMV的防治工作和抗病育種研究;其中,黃淮海流域和長江流域應(yīng)重點(diǎn)針對CMV以及Potyvirus中的WMV和ZYMV加強(qiáng)病毒病的防控;此外,我國江蘇、甘肅、重慶、海南的黃瓜病毒病較為嚴(yán)重,各地區(qū)應(yīng)予以重視。需要注意的是,我國大部分地區(qū)的黃瓜都存在2種或2種以上病毒復(fù)合侵染的現(xiàn)象,甚至存在7種病毒同時侵染的現(xiàn)象[40]。病毒復(fù)合侵染不僅能加重對寄主的危害,還可能發(fā)生病毒重組導(dǎo)致新病毒株系的出現(xiàn),從而給黃瓜生產(chǎn)帶來更大的威脅[41]。此外,種植區(qū)域內(nèi)的雜草也可能成為病毒的中間寄主,促進(jìn)病毒的擴(kuò)散傳播[31]。因此,在黃瓜病毒病的防治工作和抗病育種研究中,要兼顧多種重要的病毒種類,并且及時清理潛在的中間寄主。

        隨著科學(xué)技術(shù)的進(jìn)步,病毒的檢測方法日益豐富,包括ELISA、PCR、SRDS等,其中新興的SRDS技術(shù)已被廣泛應(yīng)用于病毒的鑒定當(dāng)中[42]。相較于ELISA和PCR等傳統(tǒng)的病毒檢測手段,SRDS不需要富集病毒,不依賴于已知病毒的基因組序列信息,具有更高的靈敏度,數(shù)據(jù)處理更加便捷,能夠在發(fā)病植株的混合樣品中對已知和未知病毒的RNA序列進(jìn)行全面掃描,尤其是適合于發(fā)現(xiàn)新病毒,打破了傳統(tǒng)方法只能檢測已知病毒的局限性。然而,該項技術(shù)在一定程度上會受到病毒含量以及小RNA長度的影響,從而導(dǎo)致誤判,因此運(yùn)用ELISA和PCR進(jìn)行相互驗證,將此3種檢測技術(shù)進(jìn)行有機(jī)結(jié)合,可以彌補(bǔ)各自的不足,從而最大限度地保證試驗的準(zhǔn)確性和全面性。隨著測序技術(shù)的不斷發(fā)展、成本不斷降低,SRDS將會成為一種常規(guī)高效的病毒檢測手段,具有廣闊的應(yīng)用前景。

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