王棟 郭爽 聶蕾 何玥 涂亮 蔣喻林 劉鵬飛 王安貴 祝云芳 郭向陽(yáng) 吳迅 陳澤輝
摘要:種質(zhì)資源表型和基因型鑒定評(píng)價(jià)是深入發(fā)掘優(yōu)勢(shì)基因資源、創(chuàng)制優(yōu)勢(shì)種質(zhì)材料的前提和基礎(chǔ),對(duì)于培育優(yōu)勢(shì)玉米雜交種具有十分重要的意義。以112份溫?zé)岣牧加衩鬃越幌禐楣┰嚥牧?,利用包?萬(wàn)個(gè)SNP標(biāo)記的Maize SNP 50芯片對(duì)其進(jìn)行基因型鑒定,并結(jié)合該群體在不同生態(tài)環(huán)境下的表型鑒定結(jié)果,對(duì)不同自交系的抗性、所屬雜種優(yōu)勢(shì)類群等進(jìn)行評(píng)價(jià)?;蛐头治鼋Y(jié)果發(fā)現(xiàn),112份自交系首先被劃分為Iodent種質(zhì)(Ⅰ類)、Suwan種質(zhì)(Ⅱ類)和溫?zé)岣牧挤N質(zhì)(Ⅲ類)3類,再次被劃分為分別以HCL645、T32、QR273、黃早四、PH4CV和B73為代表自交系的6個(gè)亞群;進(jìn)一步被劃分為以HCL645、T32、QB446、QR273、黃早四、PH4CV、鄭58、齊319和B73為代表自交系的9個(gè)亞群。結(jié)果顯示,112份自交系的散粉期、株高、穗位高、穗長(zhǎng)、穗粗、穗行數(shù)、行粒數(shù)、禿尖長(zhǎng)、莖腐病、南方銹病和白斑病等不同性狀之間呈現(xiàn)出一定的相關(guān)性。散粉期與株高、穗位高呈極顯著正相關(guān),與莖腐病、南方銹病和白斑病病級(jí)均呈極顯著負(fù)相關(guān),相關(guān)系數(shù)分別為0.19、0.32、-0.28、-0.32和-0.21。此外,Iodent種質(zhì)表現(xiàn)出生育期短、穗行數(shù)多等優(yōu)點(diǎn);Suwan種質(zhì)表現(xiàn)出生育期長(zhǎng)、植株高大和抗病性強(qiáng)的特點(diǎn);溫?zé)岣牧挤N質(zhì)表現(xiàn)出生育期較短的優(yōu)點(diǎn)。其中,Iodent種質(zhì)和Suwan種質(zhì)表現(xiàn)出優(yōu)勢(shì)互補(bǔ),具有豐富的育種利用價(jià)值。
關(guān)鍵詞:玉米自交系;遺傳多樣性;性狀評(píng)價(jià);SNP標(biāo)記
中圖分類號(hào):S513.03? 文獻(xiàn)標(biāo)志碼:A
文章編號(hào):1002-1302(2024)06-0077-07
收稿日期:2023-10-30
基金項(xiàng)目:貴州省科技支撐計(jì)劃(編號(hào):黔科合支撐[2022]重點(diǎn)029);貴州省山地農(nóng)業(yè)關(guān)鍵核心技術(shù)攻關(guān)項(xiàng)目(編號(hào):GZNYGJHX-2023012);國(guó)家自然科學(xué)基金(編號(hào):32171981、32060460、32160451);貴州省農(nóng)業(yè)科學(xué)院科技創(chuàng)新項(xiàng)目(編號(hào):[2022]03號(hào));貴州省育種科研基礎(chǔ)平臺(tái)創(chuàng)新能力建設(shè)項(xiàng)目(編號(hào):黔科合服企[2022]014);黔農(nóng)科院國(guó)基后補(bǔ)助項(xiàng)目(編號(hào):[2021]16號(hào)、[2022]02號(hào)、[2022]09號(hào));貴州省自然科學(xué)基金(編號(hào):黔科合基礎(chǔ)[2022]一般236);貴州喀斯特山區(qū)重要作物生物育種平臺(tái)建設(shè)項(xiàng)目(編號(hào):黔科合中引地[2023]033);貴州省十層次人才項(xiàng)目(編號(hào):[2018]5629)。
作者簡(jiǎn)介:王棟(1997—),男,貴州劍河人,碩士研究生,研究方向?yàn)檫z傳育種。E-mail:wdong926400@163.com。
通信作者:陳澤輝,博士,研究員,主要從事玉米遺傳育種研究。E-mail:chenzh907@sina.com。
種質(zhì)資源是大自然長(zhǎng)期演變形成的產(chǎn)物,攜帶著大量的有益基因,是品種選育和遺傳改良的物質(zhì)基礎(chǔ)[1-3]。開展種質(zhì)資源研究對(duì)農(nóng)業(yè)發(fā)展、保護(hù)生物多樣性和生態(tài)環(huán)境具有重要意義,是研究和培育高產(chǎn)、優(yōu)質(zhì)、抗病蟲新品種的重要環(huán)節(jié),更是提升一個(gè)國(guó)家作物育種領(lǐng)域核心競(jìng)爭(zhēng)力的關(guān)鍵[4]。玉米種質(zhì)資源具有豐富的遺傳多樣性,在長(zhǎng)期的馴化、人工選擇過程中,形成了豐富的表型和多樣的基因型?;蜩b定和表型評(píng)價(jià)是種質(zhì)資源研究、認(rèn)知和改良利用的基礎(chǔ)[5]。Liu等利用Maize SNP 50芯片對(duì)240份玉米自交系進(jìn)行了基因鑒定,并將240份自交系劃分為5個(gè)類群[6]。Wu等利用高通量的SNP芯片,將367份自交系劃分為5個(gè)類群[7]。張亞菲等對(duì)黃淮海夏玉米區(qū)36個(gè)品系的農(nóng)藝性狀進(jìn)行了聚類分析,將其劃分為三大類6個(gè)亞類[8]。郭歡樂等對(duì)139份玉米地方種進(jìn)行表型性狀鑒定,將其劃分為3個(gè)類群[9]。王新濤等對(duì)572份玉米種質(zhì)資源進(jìn)行粗縮病抗性鑒定,篩選出22份抗病材料,并利用40對(duì)簡(jiǎn)單重復(fù)序列(SSR)標(biāo)記對(duì)22份抗病材料和6份測(cè)驗(yàn)種進(jìn)行遺傳多樣性分析,將28份材料劃分為7個(gè)類群,并揭示了來(lái)自美國(guó)雜交種78599的玉米自交系所組成亞群的粗縮病抗性較好[10]。王婷等基于69對(duì)SSR引物,將73份玉米種質(zhì)資源劃分為6個(gè)類群,并結(jié)合瘤黑粉病的抗性鑒定結(jié)果,揭示了高抗瘤黑粉病材料主要集中在旅大紅骨和PB種質(zhì)[11]。然而,種質(zhì)資源研究仍存在資源收集保護(hù)力度不夠、育種利用效率低、精準(zhǔn)鑒定不足等問題[12-13],尤其是針對(duì)溫?zé)岣牧疾牧系难芯啃枰M(jìn)一步深入。
因此,本研究以112份重要玉米自交系為供試材料,利用包含6萬(wàn)個(gè)單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism,SNP)標(biāo)記的Maize SNP 50芯片對(duì)其進(jìn)行基因型鑒定,結(jié)合該群體的散粉期、株高、穗位高、穗長(zhǎng)、穗粗、穗行數(shù)、行粒數(shù)、禿尖長(zhǎng),莖腐病、南方銹病和白斑病等表型鑒定結(jié)果,對(duì)不同自交系的抗性、所屬雜種優(yōu)勢(shì)類群等進(jìn)行評(píng)價(jià),揭示不同自交系間的遺傳差異,并剖析不同雜種優(yōu)勢(shì)類群間的表型性狀特點(diǎn),以期為后續(xù)優(yōu)異基因挖掘、種質(zhì)遺傳改良和強(qiáng)優(yōu)勢(shì)組合選育提供理論參考。
1? 材料與方法
1.1? 供試材料
本研究所用材料為112份溫?zé)岣牧加衩鬃越幌?,詳?xì)信息見表1。
1.2? 田間試驗(yàn)設(shè)計(jì)
2021年11月,將112份供試材料種植于海南省三亞市,行長(zhǎng)3 m,行距6 cm,株距25 cm,雙行區(qū),自然散粉,田間管理參照當(dāng)?shù)厣a(chǎn)水平進(jìn)行。分別調(diào)查不同自交系的散粉期、株高、穗位高、穗長(zhǎng)、穗粗、穗行數(shù)、行粒數(shù)、禿尖長(zhǎng)、莖腐病和南方銹病發(fā)生情況等。
2022年6月,112份供試材料分別種于云南省的文山州、石林市和墨江市,進(jìn)行白斑病抗性鑒定。
1.3? 基因型鑒定
基因型鑒定工作已于2019年由筆者所在課題組完成[14]。于供試材料5葉期時(shí)取幼嫩葉片備用,采用改良十六烷基三甲基溴化銨(CTAB)法提取基因組DNA,并用瓊脂糖凝膠電泳和分光光度計(jì)檢驗(yàn)基因組DNA的完成性和濃度。檢測(cè)合格的DNA樣品送北京康普森生物技術(shù)有限公司進(jìn)行后續(xù)雜交和鑒定試驗(yàn)?;蛐丸b定采用包含6萬(wàn)個(gè)SNP標(biāo)記的MaizeSNP50芯片,相關(guān)工作由北京康普森生物技術(shù)有限公司完成,后續(xù)的SNP讀取、高質(zhì)量位點(diǎn)篩選等參照Wu等描述的方法[14]進(jìn)行。
1.4? 表型測(cè)定
散粉期、株高、穗位高、穗長(zhǎng)、穗粗、穗行數(shù)、行粒數(shù)和禿尖長(zhǎng)等性狀參考石云素的方法[15]進(jìn)行評(píng)價(jià)與描述。玉米莖腐病和南方銹病參考NY/T 1248.5—2006 《玉米抗病蟲性鑒定技術(shù)規(guī)范》進(jìn)行評(píng)價(jià)。玉米白斑病參考專利CN115058486A 《一種玉米白斑病的抗病性鑒定方法》進(jìn)行評(píng)價(jià),本研究白斑病病級(jí)取3個(gè)環(huán)境綜合病情值。
1.5? 群體結(jié)構(gòu)分析
基于基因型鑒定結(jié)果,篩選出3 758個(gè)高質(zhì)量SNPs,并利用Structure 2.3.4軟件對(duì)112份自交系進(jìn)行群體結(jié)構(gòu)分析,設(shè)置亞群數(shù)量(K)為1~10個(gè),迭代次數(shù)為3次,模擬參數(shù)迭代(length of bum-in period)和蒙特卡羅迭代(markov chain monte carlo,MCMC)均設(shè)置為5 000次;將計(jì)算所得結(jié)果輸入Structure Harvester(https://taylor0.biology.ucla.edu/struct_harvest/),計(jì)算2個(gè)連續(xù)后驗(yàn)概率值的變化速率(ΔK)和每個(gè)材料在1~10亞群的Q值,以 Q= 0.5為分界線,最終確定亞群數(shù)量和結(jié)構(gòu)。
2? 結(jié)果與分析
2.1? 群體結(jié)構(gòu)分析
根據(jù)Structure 2.3.4軟件對(duì)112份自交系進(jìn)行群體結(jié)構(gòu)分析結(jié)果(圖1),發(fā)現(xiàn)K值取3、6和9時(shí)均有峰值。因此,112份自交系首先被劃分為Iodent種質(zhì)(Ⅰ類)、Suwan種質(zhì)(Ⅱ類)和溫?zé)岣牧挤N質(zhì)(Ⅲ類)3類;再次被劃分為分別以HCL645、T32、QR273、黃早四、PH4CV和B73為代表自交系的6個(gè)亞群;進(jìn)一步被劃分為分別以HCL645、T32、QB446、QR273、黃早四、PH4CV、鄭58、齊319和B73為代表自交系的9個(gè)亞群。
2.2? 表型分析
表型鑒定結(jié)果(表2)顯示,對(duì)于散粉期(即從播種到散粉所需天數(shù))性狀,Ⅰ類群、Ⅱ類群和Ⅲ類群的變化范圍分別為47.00~53.00、47.00~59.00、47.00~59.00 d,變異系數(shù)分別為3.90%、4.53%和5.05%。3個(gè)類群株高的變化范圍分別為142.67~203.00、148.33~260.67、120.33~257.00 cm,變異系數(shù)分別為12.58%、12.44%和15.19%;穗位高的變化范圍分別為50.67~67.33、49.00~118.33、38.33~99.00 cm,變異系數(shù)分別為7.43%、20.46%和21.00%;穗長(zhǎng)的變化范圍分別為10.17~14.50、9.17~15.67、8.00~16.63 cm,變異系數(shù)分別為13.22%、14.55%和15.47%;穗粗的變化范圍分別為3.17~4.40、2.50~5.10、3.00~5.00 cm,變異系數(shù)分別為9.34%、16.10%和11.84%;穗行數(shù)的變化范圍分別為14.70~21.00、12.00~19.00、10.00~19.30行,變異系數(shù)分別為14.18%、12.58%和12.11%;行粒數(shù)的變化范圍分別為20.30~27.50、14.00~35.00、11.30~30.30粒,變異系數(shù)分別為8.76%、21.58%和18.38%;禿尖長(zhǎng)的變化范圍分別為0.17~1.77、0.00~6.33、0.00~3.97 cm,變異系數(shù)分別為49.72%、94.19%和83.69%;莖腐病的病級(jí)變化范圍分別為1.00~9.00、1.00~7.00、1.00~7.00,變異系數(shù)分別為53.53%、50.18%和52.98%;南方銹病的病級(jí)變化范圍分別為3.00~7.00、1.00~7.00和1.00~9.00,變異系數(shù)分別為23.53%、55.14%和42.85%;Ⅰ類群、Ⅱ類群和Ⅲ類群的白斑病病級(jí)變化范圍均為1.00~9.00,變異系數(shù)分別為31.55%、53.48%和59.26%。
Pearson相關(guān)性分析結(jié)果(圖2)表明,散粉期與株高、穗位高呈顯著正相關(guān),與莖腐病、南方銹病和白斑病病級(jí)均呈顯著負(fù)相關(guān),相關(guān)系數(shù)分別為0.19、0.32、-0.28、-0.32和-0.21;白斑病病級(jí)與穗行數(shù)呈顯著正相關(guān),與株高和穗位高呈顯著負(fù)相關(guān),相關(guān)系數(shù)分別為0.38、-0.24和-0.20;株高與穗位高、穗長(zhǎng)和穗粗呈顯著正相關(guān),相關(guān)系數(shù)為0.73、0.23和0.26;穗長(zhǎng)與南方銹病病級(jí)呈顯著負(fù)相關(guān),與禿尖長(zhǎng)、穗粗和行粒數(shù)呈顯著正相關(guān),相關(guān)系數(shù)分別為-0.19、0.26、0.27和0.59;穗粗與穗行數(shù)呈顯著正相關(guān),相關(guān)系數(shù)為0.28;行粒數(shù)與禿尖長(zhǎng)呈顯著負(fù)相關(guān),相關(guān)系數(shù)為-0.26。
2.3? 不同類群間的性狀差異
對(duì)3個(gè)類群的散粉期、株高、穗位高、穗長(zhǎng)、穗粗、穗行數(shù)、行粒數(shù)、禿尖長(zhǎng)、莖腐病、南方銹病和白斑病等性狀進(jìn)行Scheffe比較,結(jié)果(表3)顯示,3個(gè)類群間的多個(gè)性狀存在顯著差異。Iodent(Ⅰ)和Suwan(Ⅱ)間的散粉期、株高、穗位高、穗行數(shù)、莖腐病、南方銹病和白斑病等性狀存在著顯著或極顯著差異;Iodent(Ⅰ)與Suwan(Ⅱ)相比較,Iodent(Ⅰ)的散粉期較短,株高、穗位高較低,穗行數(shù)較多,但對(duì)莖腐病、南方銹病和白斑病的抗性較差。Iodent(Ⅰ)和溫?zé)岣牧枷担á螅╅g的散粉期、株高、穗行數(shù)、莖腐病和白斑病等性狀存在著顯著或極顯著差異;Iodent(Ⅰ)與溫?zé)岣牧枷担á螅┫啾容^,Iodent(Ⅰ)的散粉期較短,株高較低,穗行數(shù)較多,但對(duì)莖腐病和白斑病的抗性較差,溫?zé)岣牧枷担á螅﹦t相反。Suwan(Ⅱ)和溫?zé)岣牧枷担á螅╅g的散粉期、穗位高和南方銹病等性狀存在著顯著或極顯著差異;Suwan(Ⅱ)和溫?zé)岣牧枷担á螅┫啾容^,Suwan(Ⅱ)的散粉期較長(zhǎng),穗位高較高,南方銹病抗性較強(qiáng)。
綜上,Iodent(Ⅰ)生育期短,株型清秀,穗行數(shù)多,抗病性差;Suwan(Ⅱ)生育期長(zhǎng),植株高大,抗病性強(qiáng);溫?zé)岣牧枷担á螅┥谳^短,抗性一般。
3? 討論與結(jié)論
3.1? 溫?zé)嵊衩追N質(zhì)改良形成新的雜種優(yōu)勢(shì)類群
近年來(lái),研究者們利用SSR、SNP和InDel等類型的標(biāo)記,對(duì)大量玉米種質(zhì)資源進(jìn)行系統(tǒng)性的評(píng)價(jià)與分析,剖析其遺傳多樣性與群體結(jié)構(gòu),便于后續(xù)的種質(zhì)改良與創(chuàng)新。趙小敏等利用41對(duì)SSR引物對(duì)56份自交系進(jìn)行遺傳多樣性分析,將其劃分為7類[16]。劉志齋等利用40個(gè)覆蓋玉米全基因組的核心SSR標(biāo)記進(jìn)行分子鑒定,將820份自交系劃分為塘四平頭、Reid、Lancaster、旅大紅骨與P群等5個(gè)類群[17]。師亞琴等利用SNP標(biāo)記將79份玉米自交系劃分為兩大類7個(gè)亞群(Reid、黃改類、P群、Lancaster、Iodent、迪卡選系和先鋒改良群)[18]。本研究基于6萬(wàn)個(gè)SNP的基因型鑒定結(jié)果,利用Structure 2.3.4軟件對(duì)112份溫?zé)嶙越幌颠M(jìn)行群體結(jié)構(gòu)分析,首先將供試群體分為3個(gè)亞群,其結(jié)果與系譜來(lái)源大致相同。其中,Ⅰ類群主要包括Iodent種質(zhì);Ⅱ類群主要包括Suwan等熱帶種質(zhì);Ⅲ類群以溫?zé)岣牧枷禐橹?。此外?12份材料可進(jìn)一步劃分為6類,分別以HCL645、T32、QR273、黃早四、PH4CV和B73為代表;甚至可劃分為9類,分別以HCL645、T32、QB446、QR273、黃早四、PH4CV、鄭58、齊319和B73為代表,說(shuō)明玉米在自然或人工馴化過程中不斷形成新的種質(zhì)[19]。即當(dāng)一個(gè)雜種優(yōu)勢(shì)群體融入其他的遺傳成分,其背景產(chǎn)生差異化,新的類群增加。
3.2? 溫?zé)岣牧加衩追N質(zhì)促進(jìn)優(yōu)勢(shì)性狀融合
Pearson相關(guān)性分析結(jié)果(圖2)表明,不同性狀之間呈現(xiàn)出一定的相關(guān)性。散粉期與株高、穗位高呈顯著正相關(guān),與莖腐病、南方銹病和白斑病病級(jí)呈顯著負(fù)相關(guān);白斑病病級(jí)與穗行數(shù)呈顯著正相關(guān),與株高、穗位高呈顯著負(fù)相關(guān);株高與穗位高、穗長(zhǎng)和穗粗呈顯著正相關(guān);穗長(zhǎng)與南方銹病病級(jí)呈顯著負(fù)相關(guān),與禿尖長(zhǎng)、穗粗和行粒數(shù)呈顯著正相關(guān);穗粗與穗行數(shù)呈顯著正相關(guān);行粒數(shù)與禿尖長(zhǎng)呈顯著負(fù)相關(guān)。Iodent種質(zhì)與Suwan種質(zhì)相比較,Iodent的散粉期較短,株高、穗位高較低,穗行數(shù)較多,但對(duì)莖腐病、南方銹病和白斑病的抗性較差。Iodent散粉期和株型等性狀均優(yōu)于Suwan,但其抗病性較差;相反,Suwan散粉期和株型等性狀較差,但抗病性較強(qiáng);兩者遺傳背景差異大,優(yōu)勢(shì)互補(bǔ)。因此,可將Suwan導(dǎo)入Iodent改善其抗性差的問題;同樣,可將Iodent導(dǎo)入Suwan改善熱帶種質(zhì)生育期晚、植株繁茂等問題。郭向陽(yáng)等利用Iodent種質(zhì)和Suwan種質(zhì)構(gòu)建基礎(chǔ)群體,進(jìn)行溫?zé)崛诤?,成功?chuàng)制出配合力高、株型清秀、無(wú)感光性且抗性強(qiáng)的QB5725、QB5746和QB5775等SI(Suwan-Iodent)種質(zhì),很好地將Iodent與Suwan的特點(diǎn)聚集在一起,且SI種質(zhì)所配雜交種已大面積生產(chǎn),如康農(nóng)玉8009、YD819等[20]。報(bào)道顯示,溫帶種質(zhì)生育期短、株型清秀、豐產(chǎn)性好,但抗病性差;熱帶種質(zhì)抗病性強(qiáng)、品質(zhì)好,但生育期長(zhǎng)、植株高大[21-22],本研究結(jié)果與之一致。即熱帶種質(zhì)與溫帶種質(zhì)的遺傳背景差異大,性狀優(yōu)勢(shì)互補(bǔ),選擇潛力和利用價(jià)值豐富;將兩者的有利基因聚集,改變?cè)械倪m應(yīng)性和農(nóng)藝性狀,提高溫帶資源的抗性,改善熱帶種質(zhì)的株型與生育期,擴(kuò)大玉米資源的遺傳基礎(chǔ),與前人的報(bào)道[23-24]基本一致。然而,因光周期敏感等問題熱帶種質(zhì)在溫帶地區(qū)缺乏適應(yīng)性,在進(jìn)行溫?zé)峄ト跁r(shí),難以選出符合目標(biāo)性狀的理想株系[25-26]。前人研究表明,通過與早熟或適應(yīng)性資源進(jìn)行雜交或回交,是解決熱帶種質(zhì)光周期問題的重要途徑之一[27-28]。Iodent作為早熟資源,用于熱帶種質(zhì)改良可有效解決熱帶種質(zhì)光周期等問題,郭向陽(yáng)等利用Suwan種質(zhì)與不同溫帶玉米種質(zhì)組配,對(duì)不同類型雜交種的生育期、株高、穗位高等性狀進(jìn)行評(píng)價(jià),發(fā)現(xiàn)Suwan-Iodent模式的雜交種優(yōu)于Suwan與其他類型的雜交組合,且光周期不敏感,可正常開花結(jié)實(shí);Suwan與其他類型的雜交組合在溫帶地區(qū)則存在著由光周期反應(yīng)引起的一系列問題[29]?,F(xiàn)階段,雖已有許多成功的案例將熱帶種質(zhì)與溫帶種質(zhì)融合,但溫?zé)岱N質(zhì)融合受生態(tài)環(huán)境和基因連鎖影響較大,仍需要大量的田間實(shí)踐與研究。
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