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        增加革蘭陰性菌外膜囊泡產(chǎn)量的研究進(jìn)展

        2024-04-17 06:48:24劉燦閆曉陽(yáng)曾焱歐祥龍廖永洪
        生物技術(shù)通報(bào) 2024年3期
        關(guān)鍵詞:產(chǎn)量

        劉燦 閆曉陽(yáng) 曾焱 歐祥龍 廖永洪,2

        (1.西南大學(xué)動(dòng)物醫(yī)學(xué)院,重慶 402460;2.國(guó)家生豬技術(shù)創(chuàng)新中心,重慶 402460)

        細(xì)菌外膜囊泡(outer membrane vesicles, OMVs)是大多數(shù)革蘭陰性菌在正常生理活動(dòng)下分泌的一種納米級(jí)雙層膜囊泡狀結(jié)構(gòu),其直徑約為20-250 nm[1],主要由細(xì)胞外膜的成分組成,包括豐富的外膜蛋白、脂多糖、肽聚糖以及一系列與宿主組織黏附和侵襲有關(guān)的毒力因子,同時(shí)也含有一些細(xì)胞內(nèi)成分,例如DNA、RNA 和酶等,其組成成分決定它會(huì)影響細(xì)菌多種生物過(guò)程,包括生物膜的形成、DNA 轉(zhuǎn)移、營(yíng)養(yǎng)攝取、抗菌防御和細(xì)胞物質(zhì)與毒力因子的運(yùn)輸?shù)龋?-3]。

        OMVs 由于其結(jié)構(gòu)穩(wěn)定、含有大量免疫原性良好的物質(zhì)以及不具有復(fù)制能力等特點(diǎn),使OMVs 成為疫苗研發(fā)環(huán)節(jié)中優(yōu)質(zhì)的候選抗原[3]。目前,已有以O(shè)MVs 作為主要抗原成分的疫苗上市,其中最著名的是針對(duì)B 群腦膜炎奈瑟球菌開(kāi)發(fā)的外膜囊泡疫苗[4-5]。此外,OMVs 還可以作為疫苗佐劑和載體平臺(tái)用于遞送抗原或藥物[6]。

        OMVs 具有廣闊應(yīng)用前景,但天然OMVs 產(chǎn)量低,因此增加其產(chǎn)量是產(chǎn)業(yè)化過(guò)程中必須解決的關(guān)鍵技術(shù)問(wèn)題。本文主要從細(xì)菌基因改造、生長(zhǎng)培養(yǎng)條件優(yōu)化和生產(chǎn)純化工藝優(yōu)化3 個(gè)方面對(duì)增加OMVs 產(chǎn)量研究的進(jìn)展進(jìn)行綜述,以期為OMVs 疫苗的相關(guān)研究提供參考。

        1 外膜囊泡的生物發(fā)生機(jī)制

        目前關(guān)于OMVs 的生物發(fā)生機(jī)制研究主要集中于3 個(gè)學(xué)說(shuō)(圖1)[7]。

        圖1 革蘭陰性菌外膜囊泡生物發(fā)生過(guò)程Fig.1 Biogenesis of outer membrane vesicles in gram-negative bacteria

        1.1 壓力聚集學(xué)說(shuō)

        革蘭陰性菌的細(xì)胞膜由外膜(outer membrane,OM)和內(nèi)膜(inner membrane, IM)組成,在OM 與IM 之間有一層肽聚糖(peptidoglycan, PG)連接OM和IM。Mcbroom 等[8]發(fā)現(xiàn)革蘭陰性菌OMVs 的產(chǎn)生是一種包膜應(yīng)激反應(yīng),當(dāng)細(xì)胞周質(zhì)中存在錯(cuò)誤折疊的有毒產(chǎn)物、高度過(guò)表達(dá)的蛋白質(zhì)、肽聚糖片段以及脂多糖(lipopolysaccharide, LPS)片段時(shí),異常組分在局部聚集引起了包膜應(yīng)激(圖1?a),最終外膜會(huì)包裹異常組分向外突出形成OMVs 并將其釋放。

        1.2 膜交聯(lián)學(xué)說(shuō)

        膜交聯(lián)學(xué)說(shuō)是最早提出的OMVs 生物發(fā)生機(jī)制,該學(xué)說(shuō)將OMVs 的生物發(fā)生與囊泡形成部位的外膜-肽聚糖-內(nèi)膜交聯(lián)的減少聯(lián)系起來(lái)(圖1?b),外膜和肽聚糖層通過(guò)交聯(lián)蛋白共價(jià)連接,并通過(guò)此連接與內(nèi)膜共價(jià)連接。當(dāng)去除連接外膜層與肽聚糖層的蛋白質(zhì)、參與肽聚糖平衡代謝進(jìn)而影響外膜層與肽聚糖層交聯(lián)的蛋白質(zhì)以及連接外膜層與內(nèi)膜層的蛋白質(zhì)時(shí),外膜的一部分會(huì)從肽聚糖層解離并向胞外凸起,夾斷后就形成了囊泡[9-11]。

        1.3 脂類(lèi)富集學(xué)說(shuō)

        在外膜中加入修飾過(guò)的曲率誘導(dǎo)分子,如LPS或磷脂等脂類(lèi),這些曲率誘導(dǎo)分子會(huì)改變外膜局部的膜磷脂組成成分、電荷或空間構(gòu)型等,進(jìn)而使外膜的曲率發(fā)生改變,導(dǎo)致OM 發(fā)生局部彎曲(圖1?c),OM?PG 連接被破壞,從而誘導(dǎo)OMVs 的形成和釋放[8,12-13]。

        2 基于基因改造增加OMVs 產(chǎn)量的研究

        通過(guò)基因改造的方法增加OMVs 產(chǎn)量的研究已在國(guó)內(nèi)外有諸多報(bào)道,研究大多基于細(xì)菌自身OMVs 的生物發(fā)生機(jī)制進(jìn)行設(shè)計(jì),從而選擇相應(yīng)的基因進(jìn)行改造,以確認(rèn)通過(guò)某些基因的改造是否能達(dá)到增加OMVs 產(chǎn)量的效果。

        2.1 基于壓力聚集學(xué)說(shuō)的基因改造

        革蘭陰性菌OMVs 的產(chǎn)生是一種包膜應(yīng)激反應(yīng),當(dāng)革蘭陰性菌的周質(zhì)中存在錯(cuò)誤折疊的蛋白質(zhì)廢物、PG 片段和LPS 片段時(shí),這些廢物會(huì)被包裹在OMVs中并釋放[8]。因此在革蘭陰性菌中缺失參與修復(fù)和/或消除錯(cuò)誤折疊的周質(zhì)蛋白基因,基因缺失突變株都會(huì)表現(xiàn)出OMVs 產(chǎn)量增加。

        人工誘導(dǎo)蛋白質(zhì)廢物在周質(zhì)中積累主要是通過(guò)缺失蛋白酶基因或缺失參與σE包膜應(yīng)激反應(yīng)途徑的蛋白質(zhì)來(lái)實(shí)現(xiàn)。通常認(rèn)為DegP 蛋白在高溫下主要作為蛋白酶發(fā)揮水解蛋白質(zhì)的作用,以消除未折疊的外膜蛋白[13]。研究發(fā)現(xiàn),在大腸桿菌、鼠傷寒沙門(mén)氏菌、霍亂弧菌和銅綠假單胞菌中缺失DegP 蛋白后均表現(xiàn)出囊泡增加[8]。值得注意的是,這種情況下增加的囊泡并不依賴(lài)于OM?PG 交聯(lián)水平減少[14];degQ 基因編碼絲氨酸蛋白酶,其作用是斷裂大分子蛋白質(zhì)中的肽鍵,使之成為小分子蛋白質(zhì),對(duì)Shewanella oneidensis degQ 突變株進(jìn)行OMVs 定量評(píng)估表明,與野生型菌株相比,degQ 突變株的OMVs產(chǎn)量增加了5 倍[15-16]。在多數(shù)革蘭陰性菌中,σE包膜應(yīng)激反應(yīng)途徑由錯(cuò)誤折疊的外膜蛋白激活,導(dǎo)致σE轉(zhuǎn)錄因子的釋放以及消除錯(cuò)誤折疊的外膜蛋白的基因的轉(zhuǎn)錄活化[17]。degS 基因編碼屬于HtrA 家族的內(nèi)膜錨定的周質(zhì)內(nèi)肽酶,在存在未折疊蛋白(例如外膜蛋白)的情況下,DegS 參與釋放σE并激活參與修復(fù)和/或消除錯(cuò)誤折疊的周質(zhì)蛋白的基因的轉(zhuǎn)錄[17]。目前僅有鼠傷寒沙門(mén)氏菌和大腸桿菌中有degS 缺失的研究報(bào)道,其結(jié)果表明degS 缺失后,囊泡的產(chǎn)量明顯增加[18];此外,還有一種同樣參與σE包膜應(yīng)激反應(yīng)途徑的RseA 蛋白,目前僅在鼠疫桿菌中進(jìn)行了基因缺失,其突變株也表現(xiàn)出高囊泡性[19]。

        人工誘導(dǎo)PG 片段在周質(zhì)中積累主要通過(guò)抑制細(xì)菌的肽聚糖回收循環(huán)和β-內(nèi)酰胺酶誘導(dǎo)過(guò)程[20]。Schwechheimer 等[20]的研究發(fā)現(xiàn)在大腸桿菌ΔampGΔamiD 雙基因突變株(AmpG:IM 滲透酶,負(fù)責(zé)將多肽從周質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)到細(xì)胞質(zhì)以進(jìn)行肽聚糖循環(huán);AmiD:β-內(nèi)酰胺酶)中,存在PG 片段過(guò)大無(wú)法通過(guò)孔蛋白而在周質(zhì)中聚集的現(xiàn)象,與野生株相比,突變株OMVs 產(chǎn)量增加了約14 倍。此外,牙齦卟啉單胞菌自身溶血素的突變株(ami 突變)也表現(xiàn)出OMVs 產(chǎn)量增加。因?yàn)槿狈ψ陨砣苎鼗钚宰柚沽搜例l卟啉單胞菌降解周質(zhì)肽聚糖片段,周質(zhì)中不能被降解的肽聚糖則發(fā)生聚集并通過(guò)OMVs 排出[21]。

        最近研究結(jié)果表明,大腸桿菌ΔrfaC,ΔrfaG 和ΔrfaP 突變株改變了LPS 核心多糖結(jié)構(gòu),包膜中LPS合成過(guò)程被破壞從而導(dǎo)致細(xì)菌周質(zhì)出現(xiàn)LPS 積累,對(duì)上述3 株突變株OMVs 產(chǎn)量分析發(fā)現(xiàn)OMVs 產(chǎn)量均增加[20]。

        2.2 基于膜交聯(lián)學(xué)說(shuō)的基因改造

        膜交聯(lián)學(xué)說(shuō)涉及到的蛋白質(zhì)可以分為1.2 中所述的三類(lèi)蛋白,在大多數(shù)革蘭陰性菌中缺失相關(guān)的蛋白基因后,基因缺失突變株表現(xiàn)出OMVs 的產(chǎn)量增加。

        連接外膜層與肽聚糖層的蛋白有Pal、Lpp、NlpI 和OmpA 蛋白等脂蛋白或外膜蛋白[1]。Pal 定位于外膜的內(nèi)層,與肽聚糖層相互作用,促進(jìn)膜的穩(wěn)定性,Pal 蛋白的破壞會(huì)導(dǎo)致沙門(mén)氏桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌、霍亂弧菌等多種革蘭陰性菌的OMVs 釋放增加[12,22];Lpp 是革蘭陰性菌中的主要外膜脂蛋白,是唯一與肽聚糖層相連并在包膜結(jié)構(gòu)中起獨(dú)特作用的共價(jià)脂蛋白,Lpp 的N 端結(jié)構(gòu)域被?;⒉迦氲酵饽ぶ校鳦 端結(jié)構(gòu)域與肽聚糖層共價(jià)連接[22]。Lpp 的失活會(huì)導(dǎo)致銅綠假單胞菌、大腸桿菌和鼠傷寒沙門(mén)氏桿菌的OMVs 產(chǎn)量增加[18,23];OmpA 蛋白是革蘭陰性菌的主要外膜蛋白之一,它在外膜和底層肽聚糖層之間提供物理聯(lián)系,即連接作用[11]。缺失ompA 會(huì)導(dǎo)致大腸桿菌、沙門(mén)氏菌和霍亂弧菌的外膜囊泡增加[20]。

        NlpI 是一種脂蛋白,不僅部分決定(約40%)Lpp?PG 交聯(lián)的形成,還可以通過(guò)參與肽聚糖分解和合成的平衡,影響肽聚糖層結(jié)構(gòu),進(jìn)而影響外膜與肽聚糖層交聯(lián)。在沙門(mén)氏菌、銅綠假單胞菌、幽門(mén)螺旋桿菌和副豬嗜血桿菌中nlpI 基因缺失均導(dǎo)致OMVs 產(chǎn)量增加[13]。除nlpI 外,能影響肽聚糖的合成與重塑的基因還有mrcB 和yipP[18]。據(jù)報(bào)道,在大腸桿菌和傷寒沙門(mén)氏菌中缺失mrcB 會(huì)影響包膜穩(wěn)定性,促進(jìn)囊泡分泌[20]。yibP 基因(也稱(chēng)為envC)編碼一種與細(xì)胞分裂和肽聚糖水解相關(guān)的酶,缺失yibP 會(huì)導(dǎo)致細(xì)菌分裂缺陷,在大腸桿菌和沙門(mén)氏菌中會(huì)產(chǎn)生絲狀細(xì)菌,但是突變株的OMVs 產(chǎn)量會(huì)增加[18]。

        連接外膜層與內(nèi)膜層的蛋白質(zhì)主要包括TolA、TolB、TolQ 和TolR 等 蛋 白, 其 中TolA、TolQ 和TolR 在內(nèi)膜形成一個(gè)復(fù)合體,而TolB 是一個(gè)外膜蛋白,與Lpp、OmpA 和Pal 相互作用,這4 種蛋白與Pal 蛋白組成Tol?Pal 系統(tǒng),這些蛋白中任何一個(gè)發(fā)生突變都會(huì)導(dǎo)致外膜完整性出現(xiàn)缺陷(周質(zhì)內(nèi)容物泄漏、洗滌劑不耐受),但是也會(huì)出現(xiàn)OMVs 產(chǎn)量增加[1,18]。研究還發(fā)現(xiàn),Tol 蛋白或與Tol?Pal 系統(tǒng)相互作用的蛋白質(zhì)(例如絲狀噬菌體的次要外殼g3p 蛋白和大腸桿菌素的易位結(jié)構(gòu)域)過(guò)量表達(dá)導(dǎo)致特異性地破壞細(xì)胞包膜的穩(wěn)定性從而誘導(dǎo)囊泡大量產(chǎn)生[3]。上述蛋白基因中最令人感興趣的是tolR,該基因已被證明可使不同革蘭陰性菌(包括大腸桿菌、志賀氏菌和沙門(mén)氏菌)的囊泡增產(chǎn)至足以支持疫苗試驗(yàn)。盡管膜完整性受損,但缺失tolR 的細(xì)菌已成為OMVs 應(yīng)用的寶貴工具,因?yàn)槿笔е昴墚a(chǎn)生由外膜相關(guān)蛋白和周質(zhì)蛋白組成的均勻OMVs,同時(shí)OMVs 內(nèi)還不含有由于基因編輯而“泄漏”的內(nèi)膜相關(guān)蛋白和細(xì)胞質(zhì)蛋白[24]。此外,還可以進(jìn)一步進(jìn)行基因工程改造加工OMVs,例如設(shè)計(jì)抗原呈遞。迄今為止已測(cè)序的所有革蘭陰性菌的基因組中均發(fā)現(xiàn)有Tol?Pal 系統(tǒng)蛋白的同系物,因此Tol?Pal 編輯很可能是囊泡大量生產(chǎn)的通用策略。事實(shí)上,Tol?Pal 途徑的修飾已被證明可以增加非致病性大腸桿菌、腸外致病性大腸桿菌、福氏志賀氏菌、沙門(mén)氏菌和鼠傷寒沙門(mén)氏菌的OMVs 產(chǎn)量[1,12,20,25]。

        2.3 基于脂類(lèi)富集學(xué)說(shuō)的基因改造

        在外膜層中加入修飾過(guò)的磷脂或LPS 等曲率誘導(dǎo)分子,使OM 的曲率發(fā)生變化,OM?PG 連接被破壞,從而促進(jìn)產(chǎn)生OMVs[2,9,26-27]。

        通過(guò)膜磷脂的修飾改變細(xì)菌OM 曲率進(jìn)而增加OMVs 產(chǎn)量的方法主要涉及兩方面。第一方面是通過(guò)基因修飾改變膜磷脂的組成成分,膜磷脂成分的改變會(huì)導(dǎo)致外膜曲率發(fā)生改變,進(jìn)而會(huì)引起包膜應(yīng)激[3]。嗜冷的南極細(xì)菌Shewanella livingstonensis Ac10 的orf5 和plsC1 基因在其合成二十碳五烯酸(EPA)的過(guò)程中起著至關(guān)重要的作用,二十碳五烯酸是其膜磷脂的組成成分,作為磷脂的?;嬖谟诩?xì)胞膜中;另外該細(xì)菌的plsC1 和plsC4 基因編碼參與膜磷脂合成的?;D(zhuǎn)移酶。Yokoyama 等[15]分別構(gòu)建該細(xì)菌的orf5、plsC1 或plsC4 基因缺失突變株,發(fā)現(xiàn)突變株的膜磷脂的組成成分發(fā)生了改變,并對(duì)缺失株進(jìn)行囊泡產(chǎn)量進(jìn)行定量分析。結(jié)果表明,基因缺失株的OMVs 產(chǎn)量增加了約5 倍;第二方面是通過(guò)基因修飾影響磷脂由外膜向內(nèi)膜的逆行轉(zhuǎn)移過(guò)程,導(dǎo)致磷脂在外膜中積累,影響外膜的曲率。在革蘭陰性菌中,OmpC?Mla 系統(tǒng)負(fù)責(zé)將外膜外層中錯(cuò)位磷脂運(yùn)送到內(nèi)膜。MlaA 脂蛋白與嵌入外膜的OmpC 蛋白相互作用,并將外膜外層中的磷脂轉(zhuǎn)移到該系統(tǒng)的另一個(gè)組成成分MlaC 蛋白。隨后MlaC將這些磷脂送到位于內(nèi)膜的MlaFEDB 復(fù)合物,該復(fù)合物可以將磷脂重新整合到內(nèi)膜上。Sutterlin 等[28]構(gòu)建了大腸桿菌mlaA 缺失突變株,發(fā)現(xiàn)突變株囊泡產(chǎn)量增加,但是突變株會(huì)因?yàn)槟遗莸倪^(guò)度產(chǎn)生而降低外膜中的脂質(zhì)水平,降低的脂質(zhì)水平會(huì)被來(lái)自?xún)?nèi)膜的脂質(zhì)所補(bǔ)充,而內(nèi)膜脂質(zhì)的降低會(huì)導(dǎo)致細(xì)胞裂解。Roier 等[10]突變了流感嗜血桿菌的vacJ 和yrbE基因,它們分別與大腸桿菌的mlaA 和mlaE 基因同源,vacJ 和yrbE 突變株的囊泡產(chǎn)量分別增加了1.6倍和2.2 倍,同時(shí)在霍亂弧菌和空腸彎曲桿菌中構(gòu)建了vacJ 和yrbE 的突變株,也發(fā)現(xiàn)突變株外膜囊泡產(chǎn)量增加。

        通過(guò)LPS 的修飾改變細(xì)菌OM 曲率進(jìn)而增加OMVs 產(chǎn)量的方法主要分為兩方面。第一方面是改變LPS 攜帶的電荷。有研究指出,LPS 可以在OMVs 中富集,直接或間接影響OMVs 組成和外膜曲率,進(jìn)而影響OMVs 產(chǎn)量[29]。例如,銅綠假單胞菌產(chǎn)生兩種含有不同O 側(cè)鏈抗原的LPS:帶中性電荷的LPS 和帶負(fù)電荷的LPS,對(duì)OMVs 進(jìn)行檢測(cè)發(fā)現(xiàn)囊泡內(nèi)僅有帶負(fù)電荷的LPS,對(duì)這個(gè)現(xiàn)象的假設(shè)是OMVs 是在帶負(fù)電荷的LPS 更豐富的區(qū)域產(chǎn)生的,并且電荷排斥會(huì)導(dǎo)致外膜曲率發(fā)生改變進(jìn)而促進(jìn)外膜彎曲釋放OMVs,在僅產(chǎn)生帶負(fù)電荷的LPS 的菌株中發(fā)現(xiàn)OMVs 產(chǎn)量增加也證實(shí)了這種假設(shè)[30];鼠腸道病原體嚙齒枸櫞酸桿菌中的pmrC 和cptA 均負(fù)責(zé)LPS 修飾,PmrC 和CptA 起連接磷酸乙醇胺和核心多糖的作用。但是成功連接后細(xì)菌內(nèi)帶負(fù)電荷的LPS 的合成減少,所以在嚙齒枸櫞酸桿菌的ΔcptA 和ΔpmrC 突變株中,OMVs 的分泌量都高于野生株[31]。第二方面是改變LPS 的空間構(gòu)型。PagL 是一種通過(guò)去除酰基鏈來(lái)修飾脂質(zhì)A 的酶,在鼠傷寒沙門(mén)氏菌中,表達(dá)PagL 的菌株外膜顯示六?;|(zhì)A 占主導(dǎo)地位,而在OMVs 主要含有五?;|(zhì)A。上述差異現(xiàn)象是由于完全?;兔擋;闹|(zhì)A 其疏水部分橫截面的變化而具有不同的空間構(gòu)型導(dǎo)致的,六?;|(zhì)A 呈圓錐形,而脫?;|(zhì)A 呈圓柱形或倒錐形,具有圓柱形或倒錐形的脂質(zhì)會(huì)增大膜曲率,導(dǎo)致外膜突出并形成OMVs。所以當(dāng)PagL 在鼠傷寒沙門(mén)氏菌中過(guò)表達(dá)時(shí),產(chǎn)生的OMVs 幾乎是野生株的4 倍[20,30]。

        此外,還有一種獨(dú)特的僅限于銅綠假單胞菌和產(chǎn)生喹諾酮信號(hào)(pseudomonas quinolone signal, PQS)的相關(guān)細(xì)菌的雙層耦合模型,銅綠假單胞菌分泌的PQS 會(huì)插入OM 中增大OM 曲率,使OM 迅速擴(kuò)增,最終導(dǎo)致囊泡形成[32]。在其他革蘭陰性菌中添加外源性PQS 也會(huì)刺激OMVs 的形成,在銅綠假單胞菌中缺失oprF 基因會(huì)上調(diào)PQS 來(lái)誘導(dǎo)OMVs 的分泌[9,25]。

        3 基于優(yōu)化生長(zhǎng)條件增產(chǎn)OMVs

        細(xì)菌OMVs 的產(chǎn)生是一種受環(huán)境控制的特定的分泌過(guò)程,在生產(chǎn)OMVs 的時(shí)候,對(duì)細(xì)菌進(jìn)行特定的一些處理。物理刺激如溫度、溶解氧含量和超聲處理等;生化刺激如洗滌劑樣分子、抗生素、抗菌肽和提取劑等;以及限制生長(zhǎng)所需的營(yíng)養(yǎng)元素如鐵、氨基酸和硫酸鹽等,均會(huì)對(duì)OMVs 的生成產(chǎn)生一定影響[33-38]。

        3.1 物理?xiàng)l件刺激增加OMVs產(chǎn)量

        研究表明,生長(zhǎng)溫度對(duì)絕大多數(shù)細(xì)菌的OMVs產(chǎn)生均有影響。37℃培養(yǎng)條件下大腸桿菌的囊泡產(chǎn)量約為30℃培養(yǎng)條件下的5 倍。這種現(xiàn)象在大腸桿菌degP 缺失突變株中顯著增強(qiáng),OMVs 產(chǎn)量增加超過(guò)150 倍[37-38]。推測(cè)其原因可能是由于degP 缺失突變株周質(zhì)中錯(cuò)誤折疊的蛋白質(zhì)水平升高,從而激活影響囊泡的應(yīng)激反應(yīng)途徑,且膜也變得更有流動(dòng)性,使OM 能夠凸起并釋放OMVs。另外,較高的生長(zhǎng)溫度也會(huì)增加細(xì)胞分裂的速度,同時(shí)增加細(xì)胞壁的生長(zhǎng)和周轉(zhuǎn)率,進(jìn)一步促進(jìn)OMVs 的釋放。百日咳桿菌和支氣管敗血波氏桿菌在55℃下孵育1 h可顯著增強(qiáng)OMVs 釋放,且不會(huì)影響蛋白質(zhì)的含量和構(gòu)象。并且熱休克蛋白GroEL 的含量在溫度變化后沒(méi)有增加,這可能是因?yàn)樵?6℃時(shí)細(xì)菌體內(nèi)蛋白質(zhì)的合成完全受到抑制[39-41]。

        在工業(yè)生產(chǎn)OMVs 的過(guò)程中,通過(guò)控制培養(yǎng)液中的溶解氧含量,可以在發(fā)酵罐中通過(guò)氧化應(yīng)激反應(yīng)刺激細(xì)菌產(chǎn)生更多的OMVs[42-43]。例如在腦膜炎奈瑟球菌中,將溶氧含量從30%增加到150%后,OMVs 的產(chǎn)量提高了4 倍[42-43],其作用機(jī)制可能是OMVs 的釋放可以減輕細(xì)菌承受的氧含量高的環(huán)境壓力。這種以釋放OMVs 的形式減輕環(huán)境應(yīng)激壓力的方式可能與細(xì)菌為消除錯(cuò)誤或未折疊蛋白質(zhì)而釋放OMVs 的形式相似。然而在銅綠假單胞菌中,將有氧培養(yǎng)改變?yōu)槿毖跖囵B(yǎng),OMVs 產(chǎn)量提高了6 倍,該現(xiàn)象的調(diào)節(jié)機(jī)制尚未得到進(jìn)一步研究[43]。

        在副豬嗜血桿菌中,可以通過(guò)超聲處理來(lái)誘導(dǎo)OMVs 的分泌[11]。但是這種方法是通過(guò)對(duì)細(xì)菌沉淀進(jìn)行超聲處理來(lái)制備,超聲使細(xì)菌的膜破碎并融合裂解形成OMVs,由于上述OMVs 不是從細(xì)菌上清液制備的,而細(xì)菌上清液是傳統(tǒng)天然OMVs 的聚集地,因此超聲誘導(dǎo)的OMVs 可能含有天然OMVs 中并不存在的物質(zhì)。所以,盡管通過(guò)細(xì)菌超聲處理獲得了高OMVs 產(chǎn)量,但由此產(chǎn)生的囊泡并不一定含有天然OMVs 的蛋白組成。因此,若想要將超聲處理誘導(dǎo)的OMVs 作為疫苗開(kāi)發(fā)還需要進(jìn)一步研究。

        3.2 生化條件刺激增加OMVs產(chǎn)量

        洗滌劑提取OMVs 是傳統(tǒng)工業(yè)生產(chǎn)中使用最廣泛的方法,第一代腦膜炎奈瑟菌B 群OMVs 疫苗即是基于洗滌劑提取制備的[7]。洗滌劑樣分子例如脫氧膽酸鹽或十二烷基硫酸鈉處理細(xì)菌后,洗滌劑與細(xì)菌膜相互作用以增加外膜囊泡的形成,同時(shí)去除外膜中的LPS,由此產(chǎn)生的OMVs 缺乏LPS,缺乏LPS 的OMVs 減少了動(dòng)物機(jī)體對(duì)LPS 的炎癥反應(yīng)[44]。然而LPS 丟失的同時(shí)會(huì)導(dǎo)致許多抗原的丟失。此外,OMVs 的內(nèi)在佐劑活性在LPS 去除時(shí)同樣會(huì)喪失。所以這種制備方法的使用在現(xiàn)代生產(chǎn)中越來(lái)越少,科學(xué)家們一直致力于尋找新的方法來(lái)誘導(dǎo)OMVs 釋放并減少LPS 的毒性。

        現(xiàn)代生產(chǎn)中常用的誘導(dǎo)OMVs 的另一種方法是使用提取分子,如EDTA。這些提取分子旨在破壞細(xì)菌膜的穩(wěn)定性,從而達(dá)到增產(chǎn)OMVs 的目的[4,44]。其具體作用原理為EDTA 作為一種螯合劑,可以去除環(huán)境中的鈣離子,而細(xì)菌體內(nèi)鈣離子通過(guò)中和LPS 和其他陰離子脂質(zhì)的負(fù)電荷來(lái)穩(wěn)定細(xì)胞壁。鈣離子的去除會(huì)導(dǎo)致LPS 的負(fù)電荷相互排斥,從而破壞膜的穩(wěn)定性。但EDTA 的作用相對(duì)來(lái)說(shuō)比較溫和,因此會(huì)在OMVs 中保留LPS 和天然成分[4]。因此,使用EDTA 可以提高OMVs 的產(chǎn)量,并且這些OMVs 更適合用于疫苗開(kāi)發(fā),但由于LPS 仍然存在,且缺乏鈣離子,因此這些OMVs 可能尚不穩(wěn)定。

        目前增加OMVs 釋放的另一種方法是通過(guò)補(bǔ)充外部分子來(lái)誘導(dǎo)膜應(yīng)激,例如天然存在的抗菌肽(antimicrobial Peptides, AMPs)[37,43]。AMPs 是 先 天免疫系統(tǒng)的一部分,可由不同的細(xì)胞類(lèi)型表達(dá)。其通常對(duì)細(xì)菌膜具有高親和力,能破壞膜的完整性,使細(xì)胞內(nèi)外屏障喪失,從而殺死細(xì)菌,因此AMPs增加OMVs 的產(chǎn)生可能是細(xì)菌免受誘導(dǎo)應(yīng)激的一種手段[45]。此外還有多肽類(lèi)抗生素,如多黏菌素B 和多黏菌素E 等,這些分子也被證明可以誘導(dǎo)OMVs釋放。它們誘導(dǎo)OMVs 的機(jī)制可能與AMPs 機(jī)制相似,即基于膜的破壞導(dǎo)致細(xì)菌應(yīng)激并釋放OMVs[37,43]。

        靶向細(xì)菌胞內(nèi)發(fā)揮作用的抗生素也被證明可以誘導(dǎo)OMVs 釋放,例如環(huán)丙沙星、慶大霉素、氨芐西林和亞胺培南等。Maredia 等[46]證實(shí),與未處理的細(xì)菌相比,用環(huán)丙沙星處理的銅綠假單胞菌OMVs 的產(chǎn)量增加了100 倍;同樣是在銅綠假單胞菌中,有研究表明抗生素會(huì)誘導(dǎo)PQS 分泌,而PQS 又被證明誘導(dǎo)OMVs 形成,因此在這個(gè)過(guò)程中OMVs 的形成可能與細(xì)菌對(duì)抗生素的反應(yīng)有關(guān)[47-48];有學(xué)者對(duì)通過(guò)慶大霉素誘導(dǎo)腸外致病性大腸桿菌產(chǎn)生的OMVs 進(jìn)行表征和質(zhì)譜法分析,發(fā)現(xiàn)誘導(dǎo)得到的OMVs 直徑?jīng)]有改變。相對(duì)于天然OMVs,抗生素誘導(dǎo)得到的大多數(shù)OMVs 內(nèi)存在大量細(xì)胞質(zhì)和周質(zhì)蛋白,這些蛋白可能是慶大霉素干擾核糖體機(jī)制后形成的錯(cuò)誤折疊蛋白質(zhì)[49];另外由氨芐西林誘導(dǎo)的大腸桿菌OMVs 也被證明含有過(guò)量的Pal 蛋白,進(jìn)一步證明抗生素可以改變OMVs 內(nèi)物質(zhì)[33,49];在另一項(xiàng)研究中,將鮑曼不動(dòng)桿菌用四環(huán)素和亞胺培南刺激,并且對(duì)所得的OMVs 進(jìn)行了定量分析。四環(huán)素沒(méi)有誘導(dǎo)OMVs 釋放,但與未經(jīng)處理的對(duì)照組相比,OMVs 產(chǎn)量在暴露于亞胺培南后增加了2.2 倍,并且外膜蛋白和蛋白酶含量均相對(duì)增加。此外埃伐環(huán)素誘導(dǎo)鮑曼不動(dòng)桿菌產(chǎn)生的OMVs 同樣不僅含有相對(duì)更多的外膜蛋白,還含有抗性相關(guān)蛋白,如ATP 結(jié)合盒式蛋白(ABC 轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白)和其他轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白[34,50]。結(jié)果表明這種誘導(dǎo)方法的可能風(fēng)險(xiǎn),即亞致死濃度的抗生素可能導(dǎo)致細(xì)菌對(duì)抗生素耐藥性的產(chǎn)生。

        3.3 限制生長(zhǎng)所需的營(yíng)養(yǎng)元素增加OMVs產(chǎn)量

        在試驗(yàn)或者生產(chǎn)中,通過(guò)補(bǔ)充鐵螯合物質(zhì)如去鐵氧胺、乙二胺二羥基苯乙酸和雙嘧啶來(lái)實(shí)現(xiàn)對(duì)培養(yǎng)基進(jìn)行鐵限制。幽門(mén)螺桿菌中在鐵限制培養(yǎng)條件下會(huì)導(dǎo)致OMVs 產(chǎn)量顯著增加,但OMVs 中相關(guān)毒力因子VacA 的表達(dá)降低,鐵鹽環(huán)境能夠恢復(fù)其表達(dá)水平[43]。同樣,對(duì)流感嗜血桿菌、大腸桿菌和霍亂弧菌產(chǎn)生的OMVs 的研究發(fā)現(xiàn),鐵限制條件有利于OMVs 產(chǎn)量的增加[35,39]。對(duì)腦膜炎奈瑟菌的研究表明,半胱氨酸的耗竭可以引發(fā)細(xì)菌生長(zhǎng)停滯,并釋放出足夠數(shù)量的OMVs 以用于疫苗生產(chǎn),這些囊泡是自發(fā)釋放的,且與人類(lèi)疫苗生產(chǎn)系統(tǒng)所需的囊泡高度相似。通過(guò)轉(zhuǎn)錄組分析表明,在該研究中半胱氨酸消耗會(huì)損害鐵硫蛋白組裝引起氧化應(yīng)激作為囊泡增加的細(xì)胞內(nèi)信號(hào)[51]。

        由于半胱氨酸消耗時(shí)增強(qiáng)的OMVs 釋放與氧化應(yīng)激和氧化還原反應(yīng)有關(guān),因此該團(tuán)隊(duì)進(jìn)一步研究了更多氧化硫源對(duì)OMVs 釋放的影響。結(jié)果表明,腦膜炎奈瑟菌在硫酸鹽(氧化硫源)上的生長(zhǎng)過(guò)程相似,OMVs 釋放通常由硫消耗引發(fā)。硫酸鹽耗竭導(dǎo)致OMVs 釋放增加超過(guò)半胱氨酸耗竭。蛋白質(zhì)組學(xué)表明,硫消耗還會(huì)導(dǎo)致氧化應(yīng)激反應(yīng)并上調(diào)磷脂和LPS 生物合成。此外,硫消耗產(chǎn)生的OMVs 中磷脂富集[51]。因此對(duì)該現(xiàn)象推測(cè)為硫消耗引起磷脂過(guò)度產(chǎn)生,進(jìn)而導(dǎo)致外膜膨脹增加并隨后釋放OMVs。

        4 基于優(yōu)化生產(chǎn)工藝提升OMVs 產(chǎn)量

        實(shí)驗(yàn)室及工業(yè)生產(chǎn)中,OMVs 典型的工藝流程包括以下步驟:(1)在液體培養(yǎng)基中培養(yǎng);(2)去除完整的細(xì)菌:低速離心法去除大部分細(xì)菌,其余細(xì)菌通過(guò)無(wú)菌過(guò)濾進(jìn)一步消除;(3)濃縮培養(yǎng)物濾液:可以直接對(duì)培養(yǎng)物濾液進(jìn)行超速離心,由于通常取得的OMVs 濃度較低,在離心之前,可以使用沉淀或超濾來(lái)預(yù)濃縮濾液;(4)純化:根據(jù)生產(chǎn)的OMVs 制劑所需的純度,選擇一種合適的純化方法以除去其他細(xì)胞外物質(zhì)如鞭毛、纖毛、毛狀體和大蛋白質(zhì)復(fù)合物或聚集體等,常用的純化方法有密度梯度離心和凝膠過(guò)濾[39,52]。

        在生產(chǎn)中對(duì)這套工藝流程進(jìn)行優(yōu)化,使用新的技術(shù)代替原有步驟是一個(gè)很好的切入點(diǎn)。例如OMVs 傳統(tǒng)上是通過(guò)超速離心、梯度離心、超濾或尺寸排阻色譜法分離[53],但這些技術(shù)或者具有相對(duì)較高的操作成本,或者缺乏大規(guī)模生產(chǎn)所需的可靠性、產(chǎn)量和可重復(fù)性。相反有一種新的靜水過(guò)濾透析(HFD)分離方法,作為通過(guò)選擇性富集尿液樣本快速識(shí)別細(xì)菌性尿路感染的一種方法[54]?,F(xiàn)已有實(shí)驗(yàn)成功地將其用于從革蘭陰性病原體肺炎放線(xiàn)芽孢桿菌和厭食桿菌中大規(guī)模分離OMVs[52]。HFD已被證明是一種經(jīng)濟(jì)高效且簡(jiǎn)單可靠的OMVs 分離方法,特別是在需要大量OMVs 的情況下,例如體內(nèi)免疫試驗(yàn)。HFD 的另一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是,它提供了相當(dāng)一致的批次再現(xiàn)性,這一特征對(duì)于疫苗開(kāi)發(fā)至關(guān)重要[52]。由于HFD 最近才被開(kāi)發(fā)為OMVs 分離技術(shù),因此目前使用HFD 進(jìn)行OMVs 分離的研究較少,無(wú)法與其他OMVs 分離方法進(jìn)行適當(dāng)?shù)谋容^。盡管如此,HFD 仍然是大規(guī)模生產(chǎn)OMVs 疫苗最有前途的技術(shù)之一。

        此外,目前的OMVs 生產(chǎn)工藝大多是批量工藝,批量工藝生產(chǎn)OMVs 的特點(diǎn)是產(chǎn)量相對(duì)較低,成本較高。而將OMVs 生產(chǎn)過(guò)程從批量處理過(guò)渡到連續(xù)處理可以提高體積生產(chǎn)率,提高設(shè)備利用率,縮短周期時(shí)間和減少設(shè)施占地面積,從而降低生產(chǎn)和投資成本,并產(chǎn)生更高質(zhì)量的產(chǎn)品[55]。批量處理即原材料在工藝開(kāi)始時(shí)被裝入系統(tǒng),產(chǎn)品被一次性排出,并且在原料充填和產(chǎn)品排出之間,沒(méi)有任何成分會(huì)排出系統(tǒng);而連續(xù)處理則是在整個(gè)工藝過(guò)程中,原料和產(chǎn)品分別不斷地被注入和排出系統(tǒng)。Gerritzen 等[56]研究了腦膜炎奈瑟菌OMVs 的持續(xù)生產(chǎn)工藝,當(dāng)連續(xù)培養(yǎng)腦膜炎奈瑟菌達(dá)到穩(wěn)定狀態(tài)時(shí),其OMVs 濃度與周質(zhì)在批量工藝中達(dá)到的濃度相似,并且連續(xù)培養(yǎng)時(shí)穩(wěn)態(tài)是可重復(fù)的,可以保持至少600 d。當(dāng)稀釋速率達(dá)到L/d 時(shí),連續(xù)培養(yǎng)的體積生產(chǎn)率可達(dá)到4.0×1014OMVs/(L·d)(稀釋速率等于培養(yǎng)液在發(fā)酵罐中平均停留時(shí)間的倒數(shù)),通過(guò)提高稀釋率來(lái)優(yōu)化體積生產(chǎn)率,可以進(jìn)一步強(qiáng)化該過(guò)程。當(dāng)以3.6/d 的稀釋速率連續(xù)生產(chǎn)OMVs 時(shí),與批量OMVs 生產(chǎn)相比,OMVs 產(chǎn)量增加了9 倍。在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中,OMVs 的測(cè)試特性沒(méi)有變化,表明連續(xù)生產(chǎn)工藝對(duì)于任何應(yīng)用的OMVs 生產(chǎn)都是可行的。

        5 展望

        革蘭陰性菌OMVs 的納米尺寸、脂質(zhì)膜結(jié)構(gòu)以及遠(yuǎn)距離遞送活性分子等特點(diǎn),使其成為具有廣泛應(yīng)用前景的疫苗開(kāi)發(fā)平臺(tái)[6,57]。但天然OMVs 的產(chǎn)量較低,因此在實(shí)驗(yàn)室和工業(yè)生產(chǎn)中提高OMVs 產(chǎn)量是未來(lái)OMVs 疫苗研究和開(kāi)發(fā)的關(guān)鍵環(huán)節(jié),本文綜述了通過(guò)遺傳基因改造、物理?xiàng)l件刺激、生化條件刺激、限制生長(zhǎng)所需的營(yíng)養(yǎng)元素和優(yōu)化生產(chǎn)工藝等方式增加OMVs 產(chǎn)量的研究進(jìn)展。目前已有的絕大部分增產(chǎn)方法僅在實(shí)驗(yàn)室里應(yīng)用,具體應(yīng)用到實(shí)際生產(chǎn)中還有待進(jìn)一步研究。此外還需要不斷的尋找新的低成本、簡(jiǎn)易的增產(chǎn)方法以滿(mǎn)足生產(chǎn)所需。在研究增產(chǎn)的同時(shí)還應(yīng)該考慮到,這些干預(yù)措施中的任何一種方法都可能會(huì)引起OMVs 成分的變化,這在疫苗開(kāi)發(fā)中可能是有利的,因?yàn)镺MVs 本身可以被認(rèn)為是免疫調(diào)節(jié)蛋白的“載體”,通過(guò)結(jié)合遺傳操作、培養(yǎng)條件以及分離和純化方案,可以設(shè)計(jì)囊泡內(nèi)容物以滿(mǎn)足疫苗開(kāi)發(fā)的需求。此外,由于人工干預(yù)的囊泡與細(xì)菌生理釋放的天然囊泡大不相同,因此在研究OMVs 的生理和環(huán)境作用時(shí),應(yīng)避免對(duì)囊泡釋放過(guò)程的影響。最后,基于OMVs 的疫苗開(kāi)發(fā)還有一個(gè)挑戰(zhàn),就是由于LPS 的存在而導(dǎo)致的體內(nèi)毒性效應(yīng),雖然現(xiàn)在已經(jīng)研究了許多方案,例如通過(guò)遺傳修飾和洗滌劑處理等以降低毒性,但要在增產(chǎn)和減毒之間達(dá)到理想平衡,還有很長(zhǎng)的路要走。

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