吳 宇，王榮平，朱 偉，范新陽(yáng)，滕曉紅，苗永旺**

(1.云南農(nóng)業(yè)大學(xué) 動(dòng)物科學(xué)技術(shù)學(xué)院，云南 昆明 650201；2.云南農(nóng)業(yè)大學(xué) 動(dòng)物遺傳育種研究所，云南 昆明 650201；3.云南農(nóng)業(yè)職業(yè)技術(shù)學(xué)院 畜牧獸醫(yī)學(xué)院，云南 昆明 650212)

甲狀腺激素應(yīng)答(thyroid hormone responsive，THRSP)基因的編碼蛋白Spot14 (又稱S14)最初由SEELIG 等[1]鑒定自大鼠肝臟的體外翻譯產(chǎn)物，是Spot14 家族的重要成員之一。在該家族中，還有1 個(gè)與其序列高度同源的蛋白——Spot14 相關(guān)蛋白(Spot14-R，MIG12)[2]。Spot14 家族成員包含3個(gè)保守區(qū)域，即N 末端的疏水區(qū)、中間的疏水區(qū)和C 末端的亮氨酸拉鏈區(qū)[2-4]。Spot14 和Spot14-R 依賴亮氨酸拉鏈結(jié)構(gòu)形成同二聚體(Spot14/Spot14 和Spot14-R/Spot14-R)或異二聚體(Spot14/Spot14-R)參與基因的表達(dá)調(diào)控[4-6]。目前NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中已有普通牛、水牛、瘤牛、野牛、綿羊、山羊等主要?？苿?dòng)物及單峰駝、雙峰駝、馬、驢、人、小鼠、雞等非牛科動(dòng)物的THRSP基因序列信息，有研究表明該基因參與奶牛和山羊的乳脂合成過(guò)程，并與奶牛乳脂率和乳品質(zhì)有關(guān)[7-10]。

雖然已有一些關(guān)于牛科物種THRSP基因的研究，但對(duì)于牛科家畜THRSP 分子特征及功能的深入比較分析鮮有報(bào)道。本研究從NCBI 和Ensembl 數(shù)據(jù)庫(kù)下載了主要?？莆锓N和非牛科物種THRSP基因及對(duì)應(yīng)的編碼氨基酸序列，進(jìn)一步采用比較基因組學(xué)和生物信息學(xué)分析方法對(duì)?？莆锓N該基因轉(zhuǎn)錄區(qū)的結(jié)構(gòu)、編碼區(qū)(coding sequence，CDS)的核苷酸組成、密碼子使用偏好性 (codon usage bias，CUB)、編碼產(chǎn)物的氨基酸組成、理化特性、結(jié)構(gòu)特征、功能修飾位點(diǎn)、參與的生物學(xué)路徑、分子功能和系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系進(jìn)行全面預(yù)測(cè)和分析，旨在闡明牛科物種THRSP基因的分子特征及功能差異，為其表達(dá)調(diào)控研究提供參考。

1 材料與方法

1.1 序列及基因組注釋文件的下載

從NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)和Ensembl (https://asia.ensembl.org/index.html)數(shù)據(jù)庫(kù)中下載普通牛、水牛、牦牛、雜交牛、綿羊、山羊等?？莆锓N的THRSP基因及對(duì)應(yīng)的編碼氨基酸序列；利用NCBI 網(wǎng)站中的在線Blast 程序(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)進(jìn)行同源搜索，獲取與?？芓HRSP同源的非?？莆锓N序列；從NCBI網(wǎng)站的Genome 數(shù)據(jù)庫(kù)(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=)中下載各物種的基因組GTF格式數(shù)據(jù)用于分析。對(duì)所有序列進(jìn)行比對(duì)和核對(duì)，篩除不完整或可能存在錯(cuò)誤的序列，進(jìn)一步對(duì)剩余的可靠序列(表1)進(jìn)行分析。

表1 本研究所用序列Tab.1 Sequences used in this study

1.2 核苷酸組成和轉(zhuǎn)錄區(qū)結(jié)構(gòu)分析

使用NCBI 數(shù)據(jù)庫(kù)中的ORF Finder 程序(ht-tps://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/)查找已下載的各物種THRSP基因開(kāi)放閱讀框(open reading frame，ORF)，以確定每條序列的完整CDS，使用Lasergene 軟件包(DNAStar Inc.，USA)中的Edit-Seq 程序分析各物種THRSP基因CDS 的堿基組成。在NCBI 數(shù)據(jù)庫(kù)中下載?？坪头桥？莆锓N的基因組數(shù)據(jù)，并提取THRSP基因的轉(zhuǎn)錄本信息；使用TBtools[11]軟件對(duì)各物種THRSP基因的轉(zhuǎn)錄本信息進(jìn)行完整化處理，進(jìn)一步使用在線軟件Gene Structure Display Server 2.0 (http://gsds.gaolab.org/)呈現(xiàn)各物種THRSP基因的轉(zhuǎn)錄區(qū)結(jié)構(gòu)，包括非翻譯區(qū)(untranslated region，UTR)、外顯子和內(nèi)含子。

1.3 THRSP 基因的 CUB 分析

使用Codon 程序(http://codonw.sourceforge.net/)進(jìn)行各物種THRSP基因的 CUB 分析，包括相對(duì)同義密碼子使用度(relative synonymous codon usage，RSCU)、有效密碼子數(shù) (effective number of codons，ENc 值)、GC 含量和密碼子第3 位的GC 含量(GC of silent 3rd codon position，GC3s)，其中，GC3s 為除了蛋氨酸、色氨酸和終止密碼子外，G 和C 出現(xiàn)在密碼子第3 個(gè)位置的頻率。

1.4 編碼蛋白的理化特性和結(jié)構(gòu)特征分析

利用1.1 節(jié)的編碼氨基酸序列，使用在線程序ProtParam (http://web.expasy.org/protparam/)預(yù)測(cè)不同物種THRSP 蛋白的分子質(zhì)量和理論等電點(diǎn)；使用SignalP5.0 (https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?SignalP-5.0)預(yù)測(cè)信號(hào)肽；使用TMHMM version 2.0 (http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/)預(yù)測(cè)跨膜結(jié)構(gòu)域；使用ProtScale (http://web.expasy.org/ protscale/)預(yù)測(cè)疏水性；使用PROSITE (https://prosite.expasy.org/prosite.html)預(yù)測(cè)功能修飾位點(diǎn)；使用ProtComp 9.0 (http://linux1.softberry.com/berry.phtml)分析各物種THRSP蛋白的亞細(xì)胞定位；分別使用SOPMA (https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_sopma.html)和SWISS-MODEL (https://beta.swissmodel.expasy.org/)分析?？莆锓NTHRSP 蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)和三維結(jié)構(gòu)，蛋白三維結(jié)構(gòu)基于同源建模法，以小鼠Spot 14 蛋白模板(3ont.1.A)為最佳模型構(gòu)建；使用STRING (https://cn.string-db.org/)分析蛋白相互作用關(guān)系；使用NCBI Batch Web CD-Serach Tool (https://www.ncbi.nlm/cdd/)預(yù)測(cè)各物種THRSP 的保守結(jié)構(gòu)域；使用在線軟件Meme Suite[12](https://meme-suite.org)分析各物種THRSP 保守基序；使用TBtools[11]軟件的Gene Structure View (Advance)工具整合上述分析結(jié)果。

1.5 序列一致性和系統(tǒng)發(fā)育分析

使用Lasergene 軟件包(DNAStar Inc.，USA)中的MegAlign 程序分析各物種THRSP基因CDS及編碼氨基酸的序列一致性；使用MEGA 7[13]軟件輸出序列間的差異位點(diǎn)，進(jìn)一步選用該軟件中的最大似然法，基于優(yōu)化出的T92+G 和GTT+G+F 模型分別構(gòu)建核苷酸序列和氨基酸序列的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，每個(gè)節(jié)點(diǎn)處的支持率采用Bootstrap 方法進(jìn)行評(píng)估(10 000 次重復(fù))。

2 結(jié)果與分析

2.1 THRSP 基因的核苷酸組成、轉(zhuǎn)錄區(qū)結(jié)構(gòu)及CUB 分析

2.1.1 CDS 核苷酸組成和轉(zhuǎn)錄區(qū)結(jié)構(gòu)

牛科與非?？撇溉閯?dòng)物間THRSP基因CDS的核苷酸組成相似，但與非哺乳動(dòng)物雞的THRSP基因CDS 核苷酸組成差異較大，且表現(xiàn)出屬內(nèi)相似性較高的特點(diǎn)；?？苿?dòng)物中牛屬和羊?qū)賱?dòng)物的屬內(nèi)核苷酸組成相似性更高，水牛與牛屬和羊?qū)賱?dòng)物之間存在較大差異(表2)。不同物種THRSP基因的轉(zhuǎn)錄區(qū)結(jié)構(gòu)存在差異，尤其是內(nèi)含子長(zhǎng)度和UTR 長(zhǎng)度的差異；除了駱駝科和馬科物種包含2 個(gè)可變剪接轉(zhuǎn)錄本外，其他物種都只包含1 個(gè)可變剪接轉(zhuǎn)錄本；驢THRSP基因包含3 個(gè)外顯子和2 個(gè)內(nèi)含子，只有外顯子2 編碼蛋白質(zhì)，而其他物種的THRSP基因都由2 個(gè)外顯子和1 個(gè)內(nèi)含子組成，且只有外顯子1 編碼蛋白質(zhì)(圖1)。

圖1 ?？莆锓N及非牛科物種THRSP 轉(zhuǎn)錄區(qū)的結(jié)構(gòu)Fig.1 Structure of THRSP gene in the species of Bovidae and non-Bovidae

2.1.2THRSP基因CDS 的CUB 分析

由表3 可知：水牛THRSP基因?qū)?0 種密碼子具有偏好性(RSCU＞1)，普通牛THRSP基因RSCU＞1 的密碼子有22 種，雜交牛有18 種，牦牛有20 種，綿羊和山羊分別有22 和21 種，人和雞都有23 種，小鼠有24 種。水牛與其他?？莆锓N共同偏好使用的密碼子有20 種，且對(duì)CUG、AGC、CCC、CGG、ACC、GUG、AUC等密碼子的偏好性較強(qiáng)，水牛與其他?？莆锓N的RSCU 值差異較大。?？莆锓N編碼蛋氨酸和色氨酸的密碼子RSCU 值都為1。由表4 可知：THRSP基因ENc 值呈現(xiàn)屬內(nèi)相似、屬間差異大的特點(diǎn)，且ENc 值總體偏小，范圍在33.95～44.22。?？莆锓NTHRSP基因ENc 值接近20，與其他非?？苿?dòng)物存在較大差異，表明THRSP基因在?？莆锓N中的CUB較強(qiáng)；THRSP基因GC3s 值范圍為0.741～0.832，均大于0.5，說(shuō)明THRSP基因中的密碼子比較偏好以G/C 結(jié)尾；GC 含量范圍為0.581～0.625，表明各物種THRSP基因CDS 序列中G+C 堿基的含量大于A+T 堿基的含量。

表3 ?？萍胺桥？莆锓NTHRSP 基因密碼子的RSCU 值Tab.3 RSCU values of THRSP gene codons in Bovidae and non-Bovidae

表4 THRSP 基因密碼子ENc、GC3s 頻率和GC 含量Tab.4 ENc,GC3s frequency and GC content of THRSP gene codons

2.2 THRSP 蛋白的理化特性和結(jié)構(gòu)

2.2.1 理化特性

?？莆锓NTHRSP 蛋白的理化特性較為相似，都為定位于細(xì)胞核的親水性蛋白質(zhì)，不含跨膜區(qū)和信號(hào)肽，水牛與其他?？莆锓N的極性氨基酸含量、脂肪族指數(shù)、親水性總平均值等指標(biāo)差異較大；?？莆锓NTHRSP 的理化特性與雞的差異最大，其次是人和小鼠(表5)。

表5 牛科物種及非?？莆锓NTHRSP 理化特性Tab.5 Physicochemical characteristics of THRSP in the species of Bovidae and non-Bovidae

2.2.2 THRSP 基序組成模式和保守結(jié)構(gòu)域

THRSP 具有4 種不同類(lèi)型的基序組成模式(圖2)：模式a 包含motif1～5，模式b 比模式a 缺少motif5 和motif3，模式c 包含motif1～4，模式d只包含motif1 和motif2。除普通牛和彎角劍羚外，其他?？莆锓NTHRSP 基序組成都為模式a類(lèi)型，與非?？撇溉閯?dòng)物THRSP 基序模式相似，但?？婆c雞差異較大。THRSP 蛋白包含2 種保守結(jié)構(gòu)域，?？莆锓N中普通牛、雜交牛和牦牛以及除了原麝和雞以外的其他非?？莆锓N的THRSP 保守結(jié)構(gòu)域?yàn)镾pot_14，水牛、山羊、綿羊、彎角劍羚、四川羚羊、原麝和雞的保守結(jié)構(gòu)域?yàn)镾pot_14 超家族，牛科物種及其他非?？苿?dòng)物保守結(jié)構(gòu)域的位置大致相同。

圖2 ?？坪头桥？莆锓NTHRSP 的Motif 組成和保守結(jié)構(gòu)域Fig.2 Motif composition and conserved domains of THRSP in the species of Bovidae and Non-Bovidae

2.2.3 ?？莆锓NTHRSP 功能修飾位點(diǎn)

?？莆锓NTHRSP 蛋白功能修飾位點(diǎn)有2 種，即酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位點(diǎn)和蛋白激酶C 磷酸化位點(diǎn)；人和小鼠比?？莆锓N多了N-豆蔻?；稽c(diǎn)和N-糖基化位點(diǎn)，雞比?？莆锓N多了N-豆蔻酰化位點(diǎn)、亮氨酸拉鏈結(jié)構(gòu)以及cAMP 和cGMP 依賴性蛋白激酶磷酸化位點(diǎn)；?？莆锓N及其他非?？撇溉閯?dòng)物相同功能磷酸化位點(diǎn)所處的位置相似，與雞的差異較大(圖3)。

圖3 ?？莆锓NTHRSP 蛋白功能修飾位點(diǎn)Fig.3 Functional modification site of THRSP protein in the species of Bovidae

表2THRSP基因CDS 核苷酸組成
Tab.2 Nnucleotide composition ofTHRSPCDS %

注：物種及其基因序列號(hào)對(duì)應(yīng)的物種中文名見(jiàn)表1；下同。Note: The Chinese names of species and accession number of gene sequences are shown in Tab.1;the same as below.

2.2.4 二級(jí)結(jié)構(gòu)和三維結(jié)構(gòu)

?？莆锓N間THRSP 蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)元件的氨基酸比例相似，與其他非?？苿?dòng)物的差異較大(表6)。水牛、牦牛和四川羚羊的THRSP 蛋白三維結(jié)構(gòu)與模板3ont.1.A 的覆蓋率為96% (AA：7～156)，一致性為72.00%；雜交牛、綿羊和山羊的三維結(jié)構(gòu)與模板3ont.1.A 的一致性為73.33%，覆蓋率為96% (AA：1～156)；普通牛和彎角劍羚的三維結(jié)構(gòu)與模型模板3ont.1.A 的一致性和覆蓋率分別為73.33%和100% (AA：1～150)(圖4)。

圖4 牛科物種THRSP 蛋白的三維結(jié)構(gòu)Fig.4 Three-dimensional structures of THRSP protein in the species of Bovidae

表6 THRSP 蛋白4 種二級(jí)結(jié)構(gòu)的氨基酸占比Tab.6 Amino acid proportion of four secondary structures in THRSP protein %

2.2.5 蛋白互作、參與的生物學(xué)路徑和分子功能

各?？莆锓N與THRSP 相互作用的蛋白質(zhì)不盡相同，其中脂肪酸合成酶、甘油-3-磷酸?；D(zhuǎn)移酶、乙酰輔酶A 合成酶2 和RAS 癌基因家族成員是與THRSP 互作的蛋白質(zhì)(圖5)。這些蛋白分子主要與脂肪酸的合成和β-氧化、蛋白質(zhì)代謝和轉(zhuǎn)運(yùn)、跨細(xì)胞膜或細(xì)胞器的物質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)、溶酶體與吞噬體的融合、囊泡介導(dǎo)的物質(zhì)運(yùn)輸?shù)壬飳W(xué)過(guò)程有關(guān)。THRSP 蛋白主要參與脂類(lèi)的生物合成(GO：0046890)、脂肪酸代謝(GO：0006631)、乙酰輔酶A 代謝(GO：0006084)、?；o酶A 的生物合成(GO：0071616)等生物學(xué)過(guò)程，其分子功能主要與脂肪酸合酶活性(GO：0004312)和蛋白質(zhì)同源二聚化活性(GO：0042803)相關(guān)。

圖5 牛科物種THRSP 互作蛋白網(wǎng)絡(luò)Fig.5 Interaction protein network of THRSP in the species of Bovidae

2.2.6 序列一致性和系統(tǒng)發(fā)育分析

?？莆锓NTHRSP基因包含2 種長(zhǎng)度的CDS(471 和453 bp)，其編碼產(chǎn)物相差6 個(gè)氨基酸。?？莆锓N間THRSP基因CDS 及編碼氨基酸序列的一致性高，其中核苷酸序列一致性為93.2%～96.9%，氨基酸序列一致性為91.3%～94.0%；?？莆锓N與非?？撇溉閯?dòng)物的序列一致性較低，核苷酸和氨基酸的序列一致性分別為78.6%～95.3%和72.0%～94.6%；牛科與雞的序列一致性最低，核苷酸和氨基酸的序列一致性分別為51.0%～52.8%和32.2%～35.5% (圖6)。序列差異位點(diǎn)分析表明：位點(diǎn)c.79C、c.162T、c.191A、c.226A、c.423G 和c.466G 是區(qū)分牛屬動(dòng)物與水牛、羊?qū)賱?dòng)物的核苷酸位點(diǎn)；位點(diǎn)c.91A、c.157A、c.180T、c.222A、c.253C、c.288C 和c.423T 是區(qū)分水牛與牛屬、羊?qū)賱?dòng)物的核苷酸位點(diǎn)；水牛特有的氨基酸位點(diǎn)為p.31S、p.59T、p.74I 和p.85Q；p.54H、p.64N、p.76M、p.96E 和p.156V 是區(qū)分牛屬動(dòng)物與水牛、羊?qū)賱?dòng)物的氨基酸位點(diǎn)；p.57T 和p.90L是區(qū)分羊?qū)賱?dòng)物與水牛、牛屬動(dòng)物的氨基酸位點(diǎn)(圖7)。

圖6 牛科和非?？莆锓NTHRSP 基因核苷酸(a)及編碼氨基酸(b)的序列一致性Fig.6 Consistency of THRSP nucleotides (a) and their encoded amino acid (b) sequences in the species of Bovidae and non-Bovidae

圖7 ?？坪头桥？莆锓NTHRSP 基因核苷酸(a)及編碼氨基酸(b)序列的差異位點(diǎn)Fig.7 Difference sites in THRSP nucleotides (a) and their encoded amino acid (b) sequences in the species of Bovidae and non-Bovidae

基于各物種THRSP基因核苷酸和編碼氨基酸序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)聚類(lèi)關(guān)系相似，?？莆锓N聚為一大支，其中水牛和牛屬動(dòng)物聚為一小支，羊?qū)賱?dòng)物聚為單獨(dú)的一小支；非?？撇溉閯?dòng)物聚為一支(圖8)。

圖8 基于核苷酸序列(a)和氨基酸序列(b)構(gòu)建的牛科和非?？莆锓NTHRSP 系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)Fig.8 Phylogenetic trees of THRSP between the species of Bovidae and non-Bovidae based on the sequences of nucleotide (a) and amino acid (b)

3 討論

牛科家畜能為人類(lèi)提供豐富的肉類(lèi)、乳制品等畜產(chǎn)品，同時(shí)具有役用價(jià)值，在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中具有重要地位。研究表明：THRSP基因與奶牛和山羊乳脂肪酸的從頭合成、雜交牛的肌內(nèi)脂肪和韓國(guó)牛的肌肉脂肪酸種類(lèi)及胴體性狀相關(guān)，是調(diào)節(jié)?？萍倚笾铣傻闹匾δ芑?，然而，目前關(guān)于該基因的研究主要涉及普通牛和山羊等少部分?？萍倚骩7-8,14-15]，對(duì)其他?？萍倚蟮难芯旷r有報(bào)道?；诖?，本研究采用比較基因組學(xué)和生物信息學(xué)分析方法對(duì)牛科家畜THRSP基因及其編碼產(chǎn)物的理化特性和結(jié)構(gòu)特征、蛋白互作以及參與的生物學(xué)路徑與功能等進(jìn)行了深入的比較分析，旨在闡明?？苿?dòng)物THRSP 在分子特征及功能上的差異。

本研究表明：?？莆锓N間THRSP基因CDS的長(zhǎng)度存在差異，但堿基組成和CUB 一致性高，其編碼蛋白的理化特性、二級(jí)結(jié)構(gòu)、3-D 結(jié)構(gòu)、基序組成模式、保守結(jié)構(gòu)域、功能位點(diǎn)等高度相似，但呈現(xiàn)屬間差異，與其他非?？莆锓N也具有一定的相似性；系統(tǒng)發(fā)育分析表明：?？芓HRSP 蛋白序列聚為一大支，表明?？圃摰鞍椎墓δ芨鼮橄嗨啤？梢?jiàn)，THRSP基因在牛科及非?？撇溉閯?dòng)物中功能保守，但?？萍倚箝g的功能更為相似。已有研究發(fā)現(xiàn)：THRSP基因主要表達(dá)于肝臟、乳腺、皮下脂肪等組織，它能調(diào)節(jié)脂肪酸合成基因的轉(zhuǎn)錄，參與這些組織中脂肪酸的從頭合成過(guò)程[2-3,8,16-17]。敲低Spot14 小鼠的乳腺中三酰甘油(triacylglycerol，TAG)含量顯著降低，表明Spot14 是泌乳期小鼠乳腺脂肪酸從頭合成所必需[2]；Spot14 還與泌乳期小鼠乳腺中中鏈脂肪酸(medium chain fatty acids，MCFA)的合成以及脂肪從頭合成關(guān)鍵酶(fatty acid synthase,FASN)基因的表達(dá)相關(guān)[18]；Spot14 對(duì)人乳腺癌細(xì)胞的增殖和乳脂合成具有促進(jìn)作用，敲低Spot14 還會(huì)誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡[19]。THRSP基因的表達(dá)還與牛肌肉[15]、脂肪[14]以及奶牛乳品質(zhì)有關(guān)[7,9-10]。如：韓國(guó)牛THRSP基因的多態(tài)性位點(diǎn)與肌肉大理石紋評(píng)分、脂肪酸組成及胴體性狀相關(guān)聯(lián)[15]；夏洛萊?！梁伤固古＜?nèi)脂肪酸含量與THRSP基因的表達(dá)量正相關(guān)[14]；與低乳脂率奶牛相比，高乳脂率奶牛乳腺THRSP的mRNA和蛋白的相對(duì)表達(dá)量顯著升高，且過(guò)表達(dá)牛乳腺上皮細(xì)胞中的THRSP基因，TAG含量顯著增加，并上調(diào)FASN、過(guò)氧化物酶體增殖物激活受體γ (peroxisome proliferator-activated receptor γ，PPARγ)和固醇調(diào)節(jié)元件結(jié)合蛋白1(sterol regulatory element binding protein 1，SREBP1)等重要脂肪生成酶基因的表達(dá)，提示THR-SP基因能通過(guò)調(diào)節(jié)脂代謝基因的表達(dá)進(jìn)而調(diào)節(jié)乳脂合成過(guò)程，其在乳腺中的表達(dá)量可能是奶牛乳脂率的標(biāo)志[7]；THRSP基因在山羊皮下脂肪組織的表達(dá)量最高，在乳腺的相對(duì)表達(dá)水平極低，但泌乳高峰期的表達(dá)量顯著高于干奶期，對(duì)調(diào)節(jié)山羊乳腺上皮細(xì)胞的脂肪酸從頭合成和去飽和過(guò)程具有重要作用[8]。

本研究還表明：?？莆锓NTHRSP 定位于細(xì)胞核，無(wú)跨膜區(qū)和信號(hào)肽序列，包含1 個(gè)Spot_14或Spot_14 超家族保守結(jié)構(gòu)域，參與的生物學(xué)過(guò)程主要與脂類(lèi)的生物合成、脂肪酸代謝、乙酰輔酶A 代謝、?；o酶A 的生物合成等相關(guān)，分子功能主要與脂肪酸合酶活性及蛋白質(zhì)同源二聚化活性相關(guān)；與之互作的蛋白質(zhì)分子主要與脂肪酸的合成和β-氧化、蛋白質(zhì)代謝和轉(zhuǎn)運(yùn)、跨細(xì)胞膜或細(xì)胞器的物質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)、溶酶體與吞噬體的融合、囊泡介導(dǎo)的物質(zhì)運(yùn)輸?shù)壬飳W(xué)過(guò)程有關(guān)。因此，推測(cè)THRSP基因可能與牛科物種脂肪酸的合成過(guò)程相關(guān)，特別是參與了乳脂合成過(guò)程的調(diào)節(jié)。

4 結(jié)論

?？莆锓NTHRSP基因轉(zhuǎn)錄區(qū)的結(jié)構(gòu)、CDS長(zhǎng)度、堿基組成及其編碼產(chǎn)物的理化特性和結(jié)構(gòu)有一定差異，但具有較高的一致性。?？芓HRSP 蛋白均是定位于細(xì)胞核的親水蛋白質(zhì)，含有1 個(gè)Spot_14 或Spot_14 超家族保守結(jié)構(gòu)域，參與的生物學(xué)過(guò)程主要與脂類(lèi)的生物合成有關(guān)，分子功能主要與脂肪酸合酶活性及蛋白質(zhì)同源二聚化活性相關(guān)。推測(cè)THRSP 蛋白參與了牛科物種脂合成(包括乳脂合成)的調(diào)節(jié)。