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        基于加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析的動(dòng)脈粥樣硬化中鐵死亡核心基因及其與免疫浸潤(rùn)細(xì)胞的關(guān)系研究

        2024-03-11 03:33:20方柔柔楊啟帆韓若冰鄔東東孫娜李娟徐守竹趙晶
        實(shí)用心腦肺血管病雜志 2024年3期
        關(guān)鍵詞:水平分析

        方柔柔,楊啟帆,韓若冰,鄔東東,孫娜,李娟,徐守竹,趙晶

        作者單位:1.712046 陜西省咸陽(yáng)市,陜西中醫(yī)藥大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院 2.712046 陜西省咸陽(yáng)市,陜西中醫(yī)藥大學(xué)陜西省針?biāo)幗Y(jié)合重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室

        動(dòng)脈粥樣硬化(atherosclerosis,AS)是一種危害人類健康的慢性心血管疾病,每年約有2 000萬(wàn)人死于AS引起的疾病,且AS發(fā)病年齡呈年輕化趨勢(shì)[1]。AS的主要病變是動(dòng)脈壁存在脂質(zhì)沉積并伴隨平滑肌細(xì)胞增殖和纖維基質(zhì)增生,逐漸形成動(dòng)脈粥樣硬化斑塊[2],從而引起冠狀動(dòng)脈狹窄和易損斑塊形成,進(jìn)而導(dǎo)致心血管事件風(fēng)險(xiǎn)增加[3]。在AS的發(fā)生發(fā)展過(guò)程中存在各種形式的細(xì)胞死亡,其中鐵死亡與多種細(xì)胞病理過(guò)程相關(guān)[4]。鐵死亡是一種新型非凋亡形式的調(diào)控性細(xì)胞死亡,其主要機(jī)制是氧化應(yīng)激狀態(tài)下鐵代謝紊亂導(dǎo)致多種抗氧化系統(tǒng)異常,從而誘導(dǎo)脂質(zhì)過(guò)氧化物在細(xì)胞內(nèi)積聚[5]。研究顯示,鐵死亡在腫瘤、肝臟疾病、神經(jīng)退行性疾病、內(nèi)分泌系統(tǒng)疾病、心血管系統(tǒng)疾病中均是重要的治療靶點(diǎn)[6-10]。因此,在AS發(fā)病率不斷上升的背景下,研究AS中鐵死亡的機(jī)制,尋找新的治療靶點(diǎn)具有重要意義。

        加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(weighted gene coexpression network analysis,WGCNA)是一種將基因數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為共表達(dá)模塊,從而探索基因與給定特征之間相關(guān)性的生物信息學(xué)方法。近年來(lái),WGCNA已被廣泛應(yīng)用于鑒定各種疾病的生物標(biāo)志物,并展現(xiàn)出良好的潛力[11-12]。本研究基于WGCNA篩選AS中鐵死亡核心基因,并分析其與免疫浸潤(rùn)細(xì)胞的關(guān)系,以期為揭示AS與鐵死亡之間的關(guān)系提供數(shù)據(jù)支撐,為探索新的AS治療靶點(diǎn)提供依據(jù)。

        1 資料與方法

        1.1 數(shù)據(jù)來(lái)源

        從基因表達(dá)綜合(Gene Expression Omnibus,GEO)數(shù)據(jù)庫(kù)(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下載AS轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集GSE100927。該數(shù)據(jù)集是基于GPL17077平臺(tái)(Agilent-039494 SurePrint G3 Human GE v2 8x60K Microarray 039381)的轉(zhuǎn)錄測(cè)序數(shù)據(jù),共有104個(gè)樣本。篩選出頸動(dòng)脈樣本41個(gè),包含12個(gè)健康對(duì)照者的頸動(dòng)脈樣本(對(duì)照組)和29個(gè)AS患者的頸動(dòng)脈樣本(AS組)。從FerrDb數(shù)據(jù)庫(kù)(http://www.zhounan.org/ferrdb/legacy/index.html)下載鐵死亡相關(guān)基因(ferroptosis related genes,F(xiàn)RG),去除重復(fù)基因后,最終納入564個(gè)FRG。

        1.2 研究方法

        1.2.1 數(shù)據(jù)預(yù)處理

        利用R軟件(版本4.2.3)對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理,包括消除背景、標(biāo)準(zhǔn)化處理數(shù)據(jù)、構(gòu)建表達(dá)矩陣等,同時(shí)去除缺失、重復(fù)及低表達(dá)的基因探針。

        1.2.2 差異表達(dá)基因(differentially expressed genes,DEG)的篩選

        使用R軟件的limma包對(duì)GSE100927的41個(gè)頸動(dòng)脈樣本數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,主要篩選DEG,篩選標(biāo)準(zhǔn)為校正后P<0.05和|log2FC|>1。使用ggplot2包繪制火山圖。

        1.2.3 基因本體論(gene ontology,GO)功能富集分析和京都基因與基因組百科全書(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析

        使用R軟件clusterProfiler包和org Hs.eg.db包對(duì)篩選出的DEG進(jìn)行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,以P<0.05為截?cái)鄻?biāo)準(zhǔn)。

        1.2.4 WGCNA

        采用R包WGCNA對(duì)GSE100927的41個(gè)頸動(dòng)脈樣本的測(cè)序數(shù)據(jù)構(gòu)建共表達(dá)網(wǎng)絡(luò),以獲得與AS相關(guān)的基因模塊。使用網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浞治龃_定軟閾值,并依據(jù)軟閾值進(jìn)一步計(jì)算拓?fù)渲丿B矩陣(topological overlap matrix,TOM),識(shí)別不同基因模塊,計(jì)算每個(gè)基因模塊與AS的相關(guān)系數(shù)及P值,篩選出與AS相關(guān)性最高的基因模塊。取DEG、WGCNA中與AS相關(guān)性最高的基因模塊和FRG的交集基因,并繪制其韋恩圖。

        1.2.5 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)(protein-protein interaction networks,PPI)分析、核心基因的確定

        通過(guò)在線String數(shù)據(jù)庫(kù)(https://string-db.org/cgi/input.pl)構(gòu)建交集基因的PPI網(wǎng)絡(luò)圖,設(shè)置最低互動(dòng)分?jǐn)?shù)為0.15,去除沒(méi)有交互作用的基因后,通過(guò)Cytoscape軟件(3.8.2版本)對(duì)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行可視化分析,利用cytoHubba插件的Degree算法計(jì)算出該網(wǎng)絡(luò)中每個(gè)節(jié)點(diǎn)的Degree值,取Degree值排名前5的基因作為核心基因。

        1.2.6 核心基因表達(dá)水平及驗(yàn)證

        比較GSE100927中對(duì)照組和AS組核心基因表達(dá)水平。使用R軟件中g(shù)gplot2包分析數(shù)據(jù)集GSE20129〔包括79個(gè)健康對(duì)照者的外周血樣本(對(duì)照組)和56個(gè)AS患者的外周血樣本(AS組)〕和GSE226790〔包括3個(gè)健康對(duì)照者的動(dòng)脈樣本(對(duì)照組)和3個(gè)AS患者的血管樣本(AS組)〕中核心基因表達(dá)水平。

        1.2.7 單樣本基因集富集分析(single sample gene set enrichment analysis,ssGSEA)

        從分子特征數(shù)據(jù)庫(kù)(Molecular Signature Database,MSigDB)中下載“c2.cp.kegg.symbols.gmt”的注釋基因集,進(jìn)行ssGSEA,以進(jìn)一步探究核心基因在AS進(jìn)程中的調(diào)控作用。

        1.2.8 免疫浸潤(rùn)分析

        從CIBERSORT網(wǎng)站(http://cibersort.stanford.edu/)獲取LM22文件,采用CIBERSORT算法估計(jì)22種免疫浸潤(rùn)細(xì)胞(初始CD4T淋巴細(xì)胞、靜息CD4記憶T淋巴細(xì)胞、活化CD4記憶T淋巴細(xì)胞、靜息肥大細(xì)胞、活化肥大細(xì)胞、靜息樹突狀細(xì)胞、活化樹突狀細(xì)胞、靜息自然殺傷細(xì)胞、活化自然殺傷細(xì)胞、中性粒細(xì)胞、嗜酸粒細(xì)胞、單核細(xì)胞、漿細(xì)胞、CD8T淋巴細(xì)胞、調(diào)節(jié)性T淋巴細(xì)胞、濾泡輔助性T淋巴細(xì)胞、γ-δT細(xì)胞、初始B細(xì)胞、記憶B細(xì)胞、M0型巨噬細(xì)胞、M1型巨噬細(xì)胞、M2型巨噬細(xì)胞)表達(dá)水平。應(yīng)用ggcorrplot包分析核心基因表達(dá)水平與免疫浸潤(rùn)細(xì)胞表達(dá)水平的相關(guān)性。

        1.3 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法

        利用R軟件(版本4.2.3)進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。計(jì)量資料符合正態(tài)分布以(±s)表示,兩組間比較采用獨(dú)立樣本t檢驗(yàn);計(jì)量資料不符合正態(tài)分布以M(P25,P75)表示,兩組間比較采用Mann-WhitneyU檢驗(yàn)。以P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

        2 結(jié)果

        2.1 DEG篩選結(jié)果

        共篩選出了508個(gè)DEG,其中上調(diào)DEG 308個(gè)、下調(diào)DEG 200個(gè),見(jiàn)圖1。

        圖1 DEG分析的火山圖Figure 1 Volcano map of DEG analysis

        2.2 GO功能富集分析和KEGG通路富集分析結(jié)果

        GO功能富集分析結(jié)果顯示,DEG主要涉及的生物過(guò)程為參與細(xì)胞因子產(chǎn)生的正調(diào)節(jié)、細(xì)胞活化的正調(diào)控、白細(xì)胞介導(dǎo)免疫、外部刺激反應(yīng)的正調(diào)節(jié)、骨髓白細(xì)胞活化、白細(xì)胞遷移、吞噬作用、參與免疫反應(yīng)的白細(xì)胞活化、參與免疫反應(yīng)的髓系細(xì)胞活化、吞噬作用的調(diào)節(jié),主要涉及的細(xì)胞組分為分泌顆粒膜、含膠原蛋白的細(xì)胞外間質(zhì)、內(nèi)吞囊泡、膜筏、膜微區(qū)、分泌顆粒腔、三級(jí)顆粒、特定顆粒、三級(jí)顆粒膜、特定顆粒膜,主要涉及的分子功能為磷脂結(jié)合、酰胺結(jié)合、肽結(jié)合、整合素結(jié)合、β-淀粉樣蛋白結(jié)合、細(xì)胞因子結(jié)合、貨物受體活性、磷脂酰肌醇-3,4,5-三磷酸結(jié)合、肌肉結(jié)構(gòu)成分、Toll樣受體結(jié)合。KEGG通路富集分析結(jié)果顯示,DEG主要涉及黑熱病、破骨細(xì)胞分化、吞噬體、肺結(jié)核、血脂與動(dòng)脈粥樣硬化、冠狀病毒、造血細(xì)胞系、細(xì)胞黏附分子、EB病毒感染、Rap1信號(hào)通路、金黃色葡萄球菌感染、肌動(dòng)蛋白細(xì)胞骨架的調(diào)節(jié)、類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎、白細(xì)胞跨內(nèi)皮遷移、B細(xì)胞受體信號(hào)通路、溶酶體、自然殺傷細(xì)胞介導(dǎo)的細(xì)胞毒性、Fc epsilon RI信號(hào)通路、百日咳、炎癥性腸病、抗原處理和提呈、補(bǔ)體和凝血級(jí)聯(lián)反應(yīng)、瘧疾、軍團(tuán)菌病、病毒性心肌炎、過(guò)氧化物酶體增殖物激活受體(peroxisome proliferatorsactivated receptors,PPAR)信號(hào)通路、膽固醇代謝、哮喘、移植物抗宿主疾病、1型糖尿病等信號(hào)通路。

        2.3 WGCNA結(jié)果

        網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浞治鼋Y(jié)果顯示,軟閾值為2,見(jiàn)圖2。共識(shí)別到5個(gè)基因模塊,其中綠松石色基因模塊與AS相關(guān)性最強(qiáng)(r=-0.96,P<0.001),見(jiàn)圖3,該基因模塊共包含15 087個(gè)基因。將綠松石色基因模塊中的基因、FRG、DEG取交集,共得到17個(gè)交集基因,分別為ZEB1、ABCC5、CAPG、LGMN、CTSB、YAP1、PTPN6、BID、PLIN4、FTL、CDKN2A、PLIN2、HMOX1、IL1B、HAMP、ALOX5、DPP4,見(jiàn)圖4。

        圖2 網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浞治鼋Y(jié)果Figure 2 Network topology analysis results

        圖3 5個(gè)基因模塊與AS的相關(guān)性Figure 3 Correlation between 5 gene modules and AS

        圖4 交集基因的韋恩圖Figure 4 Venn diagram of intersecting genes

        2.4 PPI分析和核心基因的確定

        PPI分析結(jié)果顯示,構(gòu)建出1個(gè)含有17個(gè)節(jié)點(diǎn)、60條邊的PPI網(wǎng)絡(luò)圖,見(jiàn)圖5;核心基因分別為IL1B、CTSB、HMOX1、CDKN2A、ALOX5。

        圖5 交集基因的PPI網(wǎng)絡(luò)圖Figure 5 PPI network diagram of intersecting genes

        2.5 核心基因驗(yàn)證

        在GSE100927中,AS組IL1B、CTSB、HMOX1、CDKN2A、ALOX5表達(dá)水平高于對(duì)照組,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05);在GSE20129中,AS組IL1B、HMOX1表達(dá)水平高于對(duì)照組,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05);在GSE20129中,對(duì)照組與AS組CDKN2A、ALOX5表達(dá)水平比較,差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05);在GSE226790中,對(duì)照組與AS組CTSB表達(dá)水平比較,差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05),見(jiàn)表1。

        表1 不同數(shù)據(jù)集中對(duì)照組與AS組核心基因表達(dá)水平比較(±s)Table 1 Comparison of core genes expression levels between control group and AS group in different datasets

        表1 不同數(shù)據(jù)集中對(duì)照組與AS組核心基因表達(dá)水平比較(±s)Table 1 Comparison of core genes expression levels between control group and AS group in different datasets

        注:AS=動(dòng)脈粥樣硬化。

        組別GSE100927GSE20129GSE226790樣本量IL1BCTSBHMOX1CDKN2AALOX5樣本量IL1BHMOX1CDKN2AALOX5樣本量CTSB對(duì)照組126.10±0.98 8.83±0.67 8.43±1.00 6.17±0.51 7.77±1.02799.16±0.18 7.85±0.34 6.70±0.10 6.59±0.0935.87±1.03 AS組298.16±0.37 10.52±0.28 10.51±0.71 7.56±0.24 9.44±0.20569.50±0.29 8.30±0.19 6.73±0.10 6.64±0.0936.07±0.90 t值9.8711.467.5411.818.562.793.200.581.110.25 P值<0.001<0.001<0.001<0.001<0.0010.0150.0060.5740.2870.817

        2.6 ssGSEA結(jié)果

        ssGSEA結(jié)果顯示,IL1B、CTSB、HMOX1、CDKN2A、ALOX5主要涉及鐵死亡、脂肪消化吸收、核酸結(jié)合寡聚結(jié)構(gòu)域(nucleotide-binding oligomerization domain,NOD)樣受體信號(hào)通路、組氨酸代謝、卟啉代謝、Th1和Th2細(xì)胞分化、TGF-β信號(hào)通路、FC epsilon RI信號(hào)通路等機(jī)制。

        2.7 免疫浸潤(rùn)分析結(jié)果

        對(duì)照組和AS組初始CD4T淋巴細(xì)胞、靜息樹突狀細(xì)胞、活化自然殺傷細(xì)胞、嗜酸性粒細(xì)胞、初始B細(xì)胞表達(dá)水平均為0。AS組靜息肥大細(xì)胞、靜息自然殺傷細(xì)胞表達(dá)水平為0。AS組靜息CD4記憶T淋巴細(xì)胞、漿細(xì)胞表達(dá)水平低于對(duì)照組,活化肥大細(xì)胞、單核細(xì)胞、濾泡輔助性T淋巴細(xì)胞、記憶B細(xì)胞表達(dá)水平高于對(duì)照組,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05),見(jiàn)表2。

        表2 對(duì)照組和AS組22種免疫浸潤(rùn)細(xì)胞表達(dá)水平比較(±s)Table 2 Comparison of expression levels of 22 types of immune infiltrating cells between the control group and the AS group

        表2 對(duì)照組和AS組22種免疫浸潤(rùn)細(xì)胞表達(dá)水平比較(±s)Table 2 Comparison of expression levels of 22 types of immune infiltrating cells between the control group and the AS group

        注:a表示U值;-表示無(wú)此項(xiàng)數(shù)據(jù)。

        細(xì)胞對(duì)照組(n=12)AS組(n=29)t(U)值P值靜息CD4記憶T淋巴細(xì)胞(images/BZ_14_2062_2150_2079_2187.png±s)0.148±0.0360.074±0.0305.197<0.001活化CD4記憶T淋巴細(xì)胞(images/BZ_14_2062_2150_2079_2187.png±s)0.073±0.0530.042±0.0301.9690.058靜息肥大細(xì)胞〔M(P25,P75)〕0.010(0,0.028)0——活化肥大細(xì)胞〔M(P25,P75)〕0.002(0,0.042)0.118(0.077,0.137)25.00a0.005活化樹突狀細(xì)胞〔M(P25,P75)〕0(0,0.078)0.011(0,0.030)82.00a0.828靜息自然殺傷細(xì)胞〔M(P25,P75)〕0.008(0.002,0.036)0——中性粒細(xì)胞(images/BZ_14_2062_2150_2079_2187.png±s)0.083±0.0500.067±0.0310.9920.328單核細(xì)胞〔M(P25,P75)〕0.007(0,0.022)0.091(0.028,0.102)23.50a0.003漿細(xì)胞(images/BZ_14_2062_2150_2079_2187.png±s)0.011±0.0020.004±0.0033.7200.001 CD8 T淋巴細(xì)胞〔M(P25,P75)〕0.003(0,0.041)0.009(0,0.023)77.00a0.667調(diào)節(jié)性T淋巴細(xì)胞〔M(P25,P75)〕0(0,0.003)0(0,0.009)70.50a0.431濾泡輔助性T淋巴細(xì)胞〔M(P25,P75)〕0.009(0,0.030)0.031(0.020,0.045)37.00a0.027 γ-δT細(xì)胞(images/BZ_14_2062_2150_2079_2187.png±s)0.076±0.0380.074±0.0250.1420.888記憶B細(xì)胞(images/BZ_14_2062_2150_2079_2187.png±s)0.020±0.0080.033±0.0132.5450.016 M0型巨噬細(xì)胞(images/BZ_14_2062_2150_2079_2187.png±s)0.273±0.0420.302±0.0750.9160.366 M1型巨噬細(xì)胞〔M(P25,P75)〕0.024(0,0.037)0.007(0,0.016)52.00a0.126 M2型巨噬細(xì)胞(images/BZ_14_2062_2150_2079_2187.png±s)0.173±0.0880.134±0.0341.8490.073

        相關(guān)性分析結(jié)果顯示,IL1B表達(dá)水平與活化肥大細(xì)胞、中性粒細(xì)胞表達(dá)水平呈正相關(guān),與濾泡輔助性T淋巴細(xì)胞、記憶B細(xì)胞、M0型巨噬細(xì)胞表達(dá)水平呈負(fù)相關(guān)(P<0.05);CTSB、HMOX1表達(dá)水平與22種免疫浸潤(rùn)細(xì)胞表達(dá)水平均無(wú)直線相關(guān)關(guān)系(P>0.05);CDKN2A表達(dá)水平與中性粒細(xì)胞表達(dá)水平呈負(fù)相關(guān)(P<0.05);ALOX5表達(dá)水平與活化CD4記憶T淋巴細(xì)胞、活化樹突狀細(xì)胞、M2型巨噬細(xì)胞表達(dá)水平呈負(fù)相關(guān),與活化肥大細(xì)胞、調(diào)節(jié)性T淋巴細(xì)胞、M1型巨噬細(xì)胞表達(dá)水平呈正相關(guān)(P<0.05),見(jiàn)表3。

        表3 核心基因表達(dá)水平與22種免疫浸潤(rùn)細(xì)胞表達(dá)水平的相關(guān)性(r值)Table 3 Correlation between the expression level of core genes and the expression levels of 22 types of immune infiltrating cells

        3 討論

        自從DIXON等[13]在2012年首次提出鐵死亡概念以來(lái),鐵死亡與各種疾病之間的關(guān)系被廣泛研究[14-15]。研究表明,鐵死亡在心血管疾病中起關(guān)鍵作用,包括AS[16]、心肌梗死[17]和心力衰竭[18]等。但哪些FRG與AS有關(guān),目前尚不清楚。本研究旨在基于WGCNA篩選AS中鐵死亡核心基因,并分析其與免疫浸潤(rùn)細(xì)胞的關(guān)系。

        本研究通過(guò)cytoHubba插件的Degree算法篩選出了5個(gè)AS中鐵死亡核心基因,分別為IL1B、CTSB、HMOX1、CDKN2A、ALOX5。進(jìn)一步驗(yàn)證核心基因,結(jié)果顯示,在GSE100927中,AS組IL1B、CTSB、HMOX1、CDKN2A、ALOX5表達(dá)水平高于對(duì)照組;在GSE20129中,AS組IL1B、HMOX1表達(dá)水平高于對(duì)照組;在GSE20129中,對(duì)照組與AS組CDKN2A、ALOX5表達(dá)水平比較,差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義;在GSE226790中,對(duì)照組與AS組CTSB表達(dá)水平比較,差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義;分析原因,可能與所用的數(shù)據(jù)集樣本量較小、樣本來(lái)源不同以及樣本間存在差異等多種因素有關(guān)。本研究ssGSEA結(jié)果顯示,IL1B、CTSB、HMOX1、CDKN2A、ALOX5主要涉及鐵死亡、脂肪消化吸收等作用,說(shuō)明核心基因通過(guò)多因素、多機(jī)制共同參與AS的發(fā)生發(fā)展過(guò)程。研究顯示,白介素1β(interleukin-1β,IL-1β)由單核細(xì)胞、星形膠質(zhì)細(xì)胞和腦內(nèi)皮細(xì)胞釋放[19],其對(duì)內(nèi)皮細(xì)胞、單核細(xì)胞以及血管平滑肌細(xì)胞均有促進(jìn)作用,可促進(jìn)AS的發(fā)生。IL-1β還可通過(guò)刺激冠狀動(dòng)脈壁內(nèi)皮細(xì)胞而產(chǎn)生細(xì)胞間黏附分子和血管黏附分子,從而促進(jìn)單核細(xì)胞趨化蛋白的合成,進(jìn)而導(dǎo)致單核細(xì)胞的聚集,進(jìn)一步推動(dòng)AS的進(jìn)展[20]。而鐵死亡可通過(guò)抑制GPX4和SIRT1的表達(dá)來(lái)增加IL1B的表達(dá),進(jìn)而激活炎癥反應(yīng),產(chǎn)生大量活性氧,最終導(dǎo)致AS的發(fā)生[21]。CTSB是一種廣泛表達(dá)于溶酶體上的半胱氨酸肽鏈內(nèi)切酶,在自噬、抗原提呈、細(xì)胞應(yīng)激、新陳代謝和溶酶體依賴性細(xì)胞死亡等方面發(fā)揮著不可或缺的作用[22],其可通過(guò)加重炎癥反應(yīng)和降解含彈性蛋白的動(dòng)脈細(xì)胞外基質(zhì)而參與動(dòng)脈的變性、鈣化和硬化[23]。研究顯示,在冠狀動(dòng)脈病變組織中,與自噬相關(guān)的CTSB的表達(dá)明顯上調(diào)[24];CTSB在人頸動(dòng)脈斑塊中也呈高表達(dá),并與斑塊嚴(yán)重程度相關(guān)[25]。此外,血糖升高和肥胖是公認(rèn)的AS的危險(xiǎn)因素,而CTSB在肥胖、糖尿病、非酒精性脂肪性肝病和癌癥等腸道血管生成和膽固醇吸收中起關(guān)鍵作用[26]。HMOX1是血紅素降解過(guò)程的限速酶,可控制一氧化碳、Fe2+和膽綠素的生成,其與AS的發(fā)生發(fā)展關(guān)系密切,可抑制各種炎癥因子導(dǎo)致的內(nèi)皮細(xì)胞凋亡,從而抑制AS形成,并可促進(jìn)晚期斑塊的穩(wěn)定[27]。CDKN2A可參與細(xì)胞增殖、凋亡及調(diào)節(jié)細(xì)胞周期[28]。p16INK4a、p14ARF和p15INK4b為CDKN2A/B基因位點(diǎn)的蛋白質(zhì)產(chǎn)物,在AS病變中,CD68陽(yáng)性巨噬細(xì)胞和平滑肌細(xì)胞可分泌這些蛋白質(zhì)產(chǎn)物,而其均可參與AS的形成[29]。ALOX5是一種含鐵的非血紅素雙加氧酶,可激活炎癥反應(yīng)并觸發(fā)各種細(xì)胞死亡模式[30-31]。已有研究證實(shí),ALOX5是引發(fā)癌癥[32]或神經(jīng)元損傷[33]中鐵死亡的關(guān)鍵酶。但尚未見(jiàn)有直接證據(jù)表明ALOX5可介導(dǎo)AS斑塊中的鐵死亡,這仍需要進(jìn)一步研究證實(shí)。

        免疫浸潤(rùn)細(xì)胞在AS中持續(xù)活化和分化,這對(duì)細(xì)胞間抗原免疫提呈和細(xì)胞信號(hào)通路的激活具有重要作用[34],因而了解免疫微環(huán)境特征有利于認(rèn)識(shí)AS斑塊生物學(xué)過(guò)程。本研究免疫浸潤(rùn)分析結(jié)果顯示,AS組靜息CD4記憶T淋巴細(xì)胞、漿細(xì)胞表達(dá)水平低于對(duì)照組,活化肥大細(xì)胞、單核細(xì)胞、濾泡輔助性T淋巴細(xì)胞、記憶B細(xì)胞表達(dá)水平高于對(duì)照組,提示AS患者免疫微環(huán)境發(fā)生了改變。研究表明,IL1B可導(dǎo)致AS患者體內(nèi)中性粒細(xì)胞明顯增加[35],并促進(jìn)濾泡輔助性T淋巴細(xì)胞的分化[36];CDKN2A可阻止中性粒細(xì)胞胞外誘捕網(wǎng)(neutrophil extracellular traps,NETs)的產(chǎn)生,從而減緩AS的發(fā)生發(fā)展[37-38];ALOX5可通過(guò)促進(jìn)M1型巨噬細(xì)胞的產(chǎn)生而參與AS斑塊的形成[39-40],還可通過(guò)抑制M2型巨噬細(xì)胞的生成而發(fā)揮抗炎作用,從而減緩AS的病程進(jìn)展[40-41]。本研究相關(guān)性分析結(jié)果顯示,IL1B表達(dá)水平與活化肥大細(xì)胞、中性粒細(xì)胞表達(dá)水平呈正相關(guān),與濾泡輔助性T淋巴細(xì)胞、記憶B細(xì)胞、M0型巨噬細(xì)胞表達(dá)水平呈負(fù)相關(guān);CTSB、HMOX1表達(dá)水平與22種免疫浸潤(rùn)細(xì)胞表達(dá)水平均無(wú)直線相關(guān)關(guān)系;CDKN2A表達(dá)水平與中性粒細(xì)胞表達(dá)水平呈負(fù)相關(guān);ALOX5表達(dá)水平與活化CD4記憶T淋巴細(xì)胞、活化樹突狀細(xì)胞、M2型巨噬細(xì)胞表達(dá)水平呈負(fù)相關(guān),與活化肥大細(xì)胞、調(diào)節(jié)性T淋巴細(xì)胞、M1型巨噬細(xì)胞表達(dá)水平呈正相關(guān);與既往研究結(jié)果[42-43]存在差異,可能與樣本量較小有關(guān),后續(xù)仍需進(jìn)行更全面的數(shù)據(jù)分析及驗(yàn)證。

        4 結(jié)論

        綜上所述,本研究基于WGCNA共篩選出5個(gè)AS中鐵死亡相關(guān)核心基因,分別為IL1B、CTSB、HMOX1、CDKN2A、ALOX5,其中IL1B、CDKN2A、ALOX5表達(dá)水平與部分免疫浸潤(rùn)細(xì)胞表達(dá)水平有直線相關(guān)關(guān)系,而CTSB、HMOX1表達(dá)水平與22種免疫浸潤(rùn)細(xì)胞表達(dá)水平均無(wú)直線相關(guān)關(guān)系。但本研究未能納入AS患者的一些臨床特點(diǎn)進(jìn)行綜合分析,如年齡、性別和飲食習(xí)慣等,且未通過(guò)蛋白表達(dá)的檢測(cè)來(lái)驗(yàn)證核心基因的翻譯水平。

        作者貢獻(xiàn):方柔柔、趙晶提出主要研究目標(biāo),負(fù)責(zé)研究的構(gòu)思與設(shè)計(jì);方柔柔進(jìn)行研究的實(shí)施,撰寫及修訂論文;方柔柔、楊啟帆、韓若冰、孫娜進(jìn)行數(shù)據(jù)的收集與整理,統(tǒng)計(jì)學(xué)處理,圖、表的繪制與展示;方柔柔、鄔東東、李娟、徐守竹進(jìn)行結(jié)果的分析與解釋;趙晶負(fù)責(zé)文章的質(zhì)量控制與審查,對(duì)文章整體負(fù)責(zé)、監(jiān)督管理。

        本文無(wú)利益沖突。

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