付文佛，肖 濤，張永洪*

(1.云南師范大學生命科學學院，云南 昆明 650500；2.個舊市第十三中學，云南 個舊 661011)

石蒜屬Lycoris隸屬于石蒜科Amaryllidaceae，在全世界有20 余種，其中我國分布有15 種(含1 變種)，12 種為我國特有，主要分布于長江流域至華東、華南、華中、西南等多個省(自治區(qū)、直轄市)[1—3]。近年來，石蒜屬有7 個新類群被發(fā)現(xiàn)和命名，包括春曉石蒜L.chunxiaoensis[4]、秀麗石蒜Lycoris×jinzheniae[5]、長葉石蒜L.longifolia[6]、海濱石蒜L.insularis[7]、武陵石蒜L.wulingensis[8]、秦嶺石蒜L.tsinlingensis[9]和湖北石蒜Lycoris×hubeiensis[10]。其中，秀麗石蒜在過去30年里一直被錯誤地命名為乳白石蒜Lycoris×albiflora[5]。另外，秦衛(wèi)華等[11]于2021年發(fā)表了石蒜科一新屬，即守標蒜屬Shoubiaonia， 僅有云南守標蒜Shoubiaonia yunnanensis一種，該屬具有的先花后葉、3 裂柱頭和較多小苞片等特征能夠與石蒜屬物種區(qū)別開來。石蒜屬植物極具觀賞價值和藥用價值。因其獨特的觀賞價值，被廣泛用作鮮切花、盆景觀賞以及地被植物[12]。目前，在石蒜屬植物內(nèi)發(fā)現(xiàn)80 余種生物堿成分，其中部分生物堿具有抗老年癡呆、抗腫瘤、抗病毒等生物活性，還能作用于心血管系統(tǒng)[13—17]。由于石蒜屬植物存在種間天然雜交和種內(nèi)形態(tài)具有較大變異等情況，使得石蒜屬的系統(tǒng)分類和物種鑒定存在一定的困難[18]。Traub 等[19]曾經(jīng)依據(jù)花型和雄蕊長度，將石蒜屬分為整齊花亞屬 subgen.Symmanthus和石蒜亞屬subgen.Lycoris。徐炳聲等[20]結合《中國植物志》和Traub & Moldenke(1949)分類體系，于1995年重新整理了分布于東南亞的石蒜屬植物，將其合并為20 個種，仍然劃分為整齊花亞屬和石蒜亞屬。然而，近年來對石蒜屬物種基于形態(tài)分支分類和分子系統(tǒng)學研究的結果不支持傳統(tǒng)的石蒜屬分亞屬的分類處理[21—25]。迄今為止，對于石蒜屬的一些系統(tǒng)分類、鑒定和部分天然雜交種的分類與起源仍存在較多爭議。

被子植物葉綠體基因組大多具有典型的四分體結構，即存在一對編碼相同基因但方向相反的重復區(qū)(Inverted Repeat，IR)，一般長6～76 kbp。它們之間有一個大單拷貝區(qū)(Large Single-copy Region，LSC)和一個小單拷貝區(qū)(Small Single-copy Region，SSC)[26]。植物葉綠體基因組序列具有以下優(yōu)點：(1)葉綠體基因組含有大量的遺傳信息，為比較研究提供了一個良好的數(shù)據(jù)基礎[27]；(2)葉綠體DNA 的核苷酸置換率較為適中，使其被廣泛應用；(3)由于葉綠體基因組的編碼區(qū)和非編碼區(qū)的分子進化速度差異巨大，故適用于不同階層的系統(tǒng)學研究[28]；(4)葉綠體基因組較小，全基因組序列更容易測得，且各植物類群葉綠體基因組之間具有良好的共線性，為比較分析提供了便利；(5)葉綠體基因組一般為單親遺傳，不存在基因重組等問題[29]。因此，近年來葉綠體基因組在分子進化及系統(tǒng)發(fā)育研究中被廣泛應用，并在分析科、族、屬乃至于屬下種間的系統(tǒng)關系方面發(fā)揮了重要作用。此外，通過葉綠體基因組結構比較能夠發(fā)現(xiàn)種間序列變異和識別高變異區(qū)與簡單重復和散在重復序列等分子標記位點，有助于物種的遺傳多樣性與系統(tǒng)發(fā)育分析[30—31]。

目前，對于石蒜屬的研究主要集中于繁殖和栽培技術、化學成分和藥理性質(zhì)以及育種等方面，而對其系統(tǒng)學方面的研究，多是基于葉綠體基因片段，少有利用葉綠體全基因組進行系統(tǒng)發(fā)育研究?；诖?，本研究利用已公布的17 條石蒜屬植物葉綠體全基因組序列，分析其葉綠體基因組結構和進行比較基因組學分析，并結合石蒜科其他屬物種的葉綠體全基因組序列進行分子系統(tǒng)學分析，為石蒜屬的系統(tǒng)分類和種間親緣關系研究提供理論依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 材料

從NCBI 數(shù)據(jù)庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/organelle/)下載已公布的石蒜屬17 個物種葉綠體全基因組序列(表1)。

表1 石蒜屬17 個物種葉綠體基因組序列信息Table 1 Chloroplast genome information of 17 taxa of Lycoris

1.2 基因組基本信息分析

利用Geneious v2020.0.5 軟件對石蒜屬葉綠體基因組序列的基本信息[32]，包括序列長度、四個分區(qū)長度、GC 含量等情況進行統(tǒng)計。通過在線軟件OGDRAW 繪制石蒜屬植物的葉綠體基因組物理圖譜[33]。

1.3 簡單重復序列和散在重復序列分析

使用在線工具MISA-web(https://webblast.ipkgatersleben.de/misa/index.php)對17 種石蒜屬植物的葉綠體基因組序列中的簡單重復序列(Simple sequence repeat，SSR)進行識別和統(tǒng)計，其參數(shù)設置為：單核苷酸≥10 個重復單元，二核苷酸≥5 個重復單元，三核苷酸≥4 個重復單元，四、五、六核苷酸≥3 個重復單元[34]。借助線上軟件REPuter[35]統(tǒng)計散在重復序列(Interspersed repeat)。散在重復序列包括正向重復(Forward repeats)、反向重復(Reverser repeats)、回文重復(Palindromicp repeats)和互補重復(Complementc repeats)，其參數(shù)設置的最小長度(Minimal Repeat Size)為30 bp，最多堿基錯配(Hamming Distance)為3。

1.4 密碼子偏好性和IR 區(qū)邊界分析

利用軟件MEGA 7 對葉綠體基因組中蛋白編碼基因編碼的密碼子數(shù)量進行統(tǒng)計[36]，并計算相對同義密碼子使用度(RSCU)，再將分析好的數(shù)據(jù)利用TBtools 進行可視化[37]。使用在線分析軟件IRscope對IR 區(qū)邊界進行可視化分析[38]。

1.5 基因組比較及共線性分析

通過在線軟件mVISTA 并選用安徽石蒜L.anhuiensis的注釋文本為參考注釋[39]，選擇Shuffle-LAGAN 模式對全基因組序列進行比較分析。使用軟件MAFFT v7.450 對所有的序列在默認參數(shù)下進行比對[40]，比對完成后利用Mauve 軟件進行共線性分析[41]。

1.6 核苷酸多態(tài)性分析

將比對完成的序列通過DnaSPv5.10 進行核苷酸多態(tài)性(Pi)分析[42]。將其參數(shù)設置為步長(Step size)500 bp 和窗口大小(Window length)1000 bp。

1.7 系統(tǒng)發(fā)育分析

為了解石蒜屬植物在科內(nèi)的系統(tǒng)發(fā)育地位和屬內(nèi)的系統(tǒng)關系，選取石蒜屬17 個物種和石蒜科其他屬的物種(22 屬43 種)并以百合科滇百合Lilium bakerianum(NC_035592)、高山貝母Fritillariafusca(NC_060547)作為外類群基于葉綠體全基因組序列進行系統(tǒng)樹的構建。所有序列用MAFFT v7.450 軟件在默認參數(shù)下進行序列比對[40]。最佳核酸替代模型經(jīng)Modeltest v3.7 軟件基于Akaike Information Criterion(AIC)計算后均為General Time Reversible+Gamma distribution(GTR+G)模型[43]。選擇最大似然法(Maximumm likelihood，ML)和貝葉斯法(Bayesian inference，BI)進行建樹。最大似然法使用RAxML v8.2.11 軟件，循環(huán)次數(shù)設為 1000(bootstrap:1000)[44]。貝葉斯分析利用MrBayes 3.2.6 軟件，設置運行20 000 000 代[45]。

2 結果與分析

2.1 石蒜屬葉綠體基因組基本結構特征

石蒜屬物種的葉綠體基因組表現(xiàn)為四分體環(huán)形結構，即由大單拷貝(LSC)區(qū)、小單拷貝(SSC)區(qū)以及兩個反向重復(IR)區(qū)組成(圖1)。石蒜屬物種葉綠體基因組長度差異不大，其基因組長度在158 335～158 761 bp 之間，其中最長的是血紅石蒜L.sanguinea，長度為158 761 bp，最短的是石蒜L.radiata，長度為158 335 bp，二者葉綠體基因組序列長度差異僅426 bp；總GC 含量為37.7%～37.8%；LSC 區(qū)長度86 431～86 613 bp，GC 含量35.8%～35.9%；SSC 區(qū)長度18 160～18 555 bp，GC 含量31.8%～32.0%；IR 區(qū)長度26 729～26 923 bp，GC含量42.9%～43.0%。石蒜屬17 個物種的基因數(shù)量存在差異。血紅石蒜、換錦花L.sprengeri、長筒石蒜L.longituba和中國石蒜L.chinensis四個物種的基因數(shù)量為137；其余13 個物種的基因數(shù)量為133，ycf15 和ycf68 基因丟失，而在上述4 個物種中，這兩基因有兩個拷貝。ycf15 和ycf68 基因為不編碼蛋白質(zhì)的假基因，因此17 種石蒜屬植物除了基因數(shù)目存在差異外，CDS、rRNA 基因、tRNA 基因數(shù)量相同，分別為87 個、38 個、8 個(表1)。17 種植物的葉綠體基因按照功能可分為四類：遺傳系統(tǒng)中用于自我復制的基因(76 個)、光合系統(tǒng)基因(45 個)、其他基因(6 個)、未知功能基因(6～10 個)。其中rrn4.5、rrn5、rrn16、rrn23、rps7、rps12、rps19、trnA-UGC、trnH-GUG、trnI-CAU、trnI-GAU、trnL-CAA、trnN-GUU、trnR- ACG、trnV-GAC、rpl2、rpl23、ndhB、ycf1、ycf2 等20 個基因有兩個拷貝，其余為單拷貝基因(表2)。

圖1 石蒜屬葉綠體基因組圖譜Fig.1 Genome map for the plastomes of Lycoris

表2 石蒜屬植物葉綠體基因組的基因功能分類組成Table 2 Functional genes composition of the chloroplast genome of Lycoris

2.2 散在重復序列和簡單重復序列分析

在石蒜屬17 個物種中檢測到的散在重復序列數(shù)量在41～57 個之間，共統(tǒng)計到810 個。其中，回文重復459 個、正向重復276 個、反向重復74 個、互補重復1 個(僅在中國石蒜)。散在重復序列主要位于LSC 區(qū)(39.38%)和IR 區(qū)(47.53%)，SSC 區(qū)最少(13.09%)(圖2A,B)。共統(tǒng)計出SSR 位點1191 個，在石蒜屬不同物種中數(shù)量差異不大(66～74 個)。其中單核苷酸772 個、二核苷酸207 個、三核苷酸20個、四核苷酸118 個、五核苷酸73 個、六核苷酸1個(僅在忽地笑L.aurea中)。單核苷酸數(shù)量最多，且A/T 重復最多，僅在9 個物種中檢測到少量C/G 重復。SSR 主要分布在LSC 區(qū)(73.63%)，SSC 區(qū)(17.80%)和IR 區(qū)(8.56%)較少；在IR 區(qū)的分布最為均勻，每個物種都為6 個，在LSC 區(qū)和SSC 區(qū)的分布無較大差異(圖2C,D)。

圖2 石蒜屬植物葉綠體基因組重復序列分析Fig.2 Repeat sequence analysis of the chloroplast genome of Lycoris

2.3 密碼子偏好性分析

石蒜屬17 個物種的密碼子數(shù)量在26448 個(忽地笑)～26740 個(中國石蒜和長筒石蒜)之間，17個石蒜屬物種之間無較大差異。色氨酸(Try)和甲硫氨酸(Met)只由一個密碼子編碼，其他氨基酸都由2～6 個同義密碼子編碼。相對同義密碼子使用度(RSCU)能說明密碼子使用是否偏好及偏好性強弱：RSCU>1 表明密碼子使用頻率較高；RSCU=1表明密碼子無使用偏好性；RSCU＜1 表明密碼子使用頻率較低[46]。共有31 個密碼子的RSCU 值大于1，說明其密碼子的使用頻率較高，而其中29個密碼子的第三位堿基為A 或U，只有編碼亮氨酸(Leu)的UUG 和編碼絲氨酸(Ser)的UCC 第三位堿基為C 或G，這表明17 個石蒜屬植物偏好A或U 結尾的密碼子；共有31 個密碼子的RSCU 值＜1，說明其密碼子使用頻率較低；甲硫氨酸(Met)和色氨酸(Trp)的RSCU 值為1，密碼子使用無偏好性(圖3)。

圖3 石蒜屬物種的密碼子偏好性分析Fig.3 The relative synonymous codon usage analysis of Lycoris species

2.4 葉綠體基因組比較及共線性分析

利用mVISTA 軟件對石蒜屬植物進行葉綠體基因組比對，結果顯示其葉綠體基因組不存在重排和倒置，具有很高的保守性(圖4)。非編碼區(qū)的變異頻率高于編碼區(qū)；LSC 和SSC 區(qū)變異較大，IR 區(qū)變異較小，IR 區(qū)相對更為保守；rRNA 基因基本沒有發(fā)生變異，其保守度更高。共線性分析沒有檢測到基因重排和倒置現(xiàn)象，也表明石蒜屬17 個物種的葉綠體基因組相對保守(圖5)。

圖4 利用mVISTA 對石蒜屬17 個物種葉綠體基因組的可視化分析(Shuffle-LAGAN 模式)Fig.4 Visual comparison of chloroplast genomes of 17 Lycoris species by mVISTA(the comparisonresult in Shuffle-LAGAN mode)

2.5 IR 邊界分析

對石蒜屬植物17 個葉綠體基因組的LSC/IRb(JLB)、IRb/SSC(JSB)、SSC/IRa(JSA)、IRa/LSC(JLA)邊界進行分析，結果如圖6所示。17 個葉綠體基因組的邊界分布的基因類型相同，只在基因的位置和大小上有所區(qū)別。在JLB 邊界分布的基因為rpl22 和rps19，只有忽地笑的rpl22 基因跨過JLB 邊界，其余物種的rpl22 基因全部位于LSC區(qū)；石蒜和香石蒜L.incarnata的rps19 基因跨過JLB 邊界，其余物種的rps19 基因全部位于IRb 區(qū)。在JSB 邊界分布的基因為ycf1 和ndhF，ycf1 基因均跨過JSB 邊界；14 個物種的ndhF 基因跨過JSB邊界，只有忽地笑、換錦花和玫瑰石蒜的ndhF 基因完全位于SSC 區(qū)。在JSA 邊界處分布的基因為ycf1 和trnN，ycf1 基因橫跨JSA 邊界，trnN 基因全部位于IRa 區(qū)。JLA 邊界位于rps19 基因和psbA基因之間。

圖6 石蒜屬植物葉綠體基因組LSC、SSC 和IR 區(qū)邊界的比較Fig.6 Comparison of LSC,SSC and IR region boundaries in the chloroplast genome of Lycoris

2.6 核苷酸多態(tài)性分析

利用 DnaSP(DNA Sequences Polymorphism v5.10.01)軟件對17 個石蒜屬植物葉綠體基因組的核苷酸多態(tài)性進行分析。Pi 值的范圍為0～0.009。核苷酸多態(tài)性Pi 值大于0.006 的基因被認為是高變基因和基因間隔區(qū)，折線圖中幾個峰值所對應數(shù)值高的基因和基因間隔區(qū)為：trnG-UCC(0.00641)、atpF-atpH(0.00659)、psbC-trnS-UGA-psbZ(0.00957)、trnG-GCC-psbZ(0.00718)、rpl32(0.00807)、trnLUAG-rpl32-ccsA(0.00819)、rps15-ycf1(0.00641)、ycf1(0.00634，0.00621)等(圖7)。

2.7 系統(tǒng)發(fā)育分析

利用葉綠體全基因組序列基于最大似然法(ML)和貝葉斯法(BI)構建的進化樹整體拓撲結構大體一致，只有少數(shù)分支支持率和后驗概率存在差異且絕大多數(shù)的分支都獲得很高的支持率(圖8)。從葉綠體全基因組序列的系統(tǒng)樹來看，石蒜科形成單系類群，這與部分前期研究結果一致。石蒜屬與水仙屬Narcissus、全能花屬Pancratium、雪片蓮屬Leucojum、秋雪片蓮屬Acis和箭藥蓮屬Lapiedra等形成的分支構成姐妹分支。在石蒜屬17 個物種中，處于最基部的物種是淡黃石蒜L.flavescens、血紅石蒜、換錦花和玫瑰石蒜。石蒜屬形成一個單系分支(BS=100，PP=1)，并分為六個小的分支，其中安徽石蒜、長筒石蒜、江蘇石蒜Lycoris×houdyshelii、稻草石蒜L.straminea為第一個分支(Clade Ⅰ)，安徽石蒜和江蘇石蒜親緣關系最近(BS=94，PP=0.97)；朝鮮石蒜L.sanguineavar.koreana和濟州石蒜Lycoris×chejuensis以較高的支持率(BS=100，PP=1)聚為姐妹分支形成Clade Ⅱ；第三個分支(Clade Ⅲ)包括鹿蔥L.squamigera、猥島石蒜L.uydoensis和陜西石蒜L.shaanxiensis，其中鹿蔥和猥島石蒜形成姐妹分支，但支持率相對較低(BS=54)；中國石蒜和石蒜形成姐妹分支并獲得強烈支持(BS=100，PP=1)，與香石蒜共同形成第四個分支(Clade Ⅳ)；忽地笑單獨形成第五個分支(Clade Ⅴ)；淡黃石蒜和血紅石蒜以及換錦花和玫瑰石蒜均以較高的支持率形成姐妹分支(BS=100，PP=1)，共同組成Clade Ⅵ。

圖8 基于最大似然法(ML)和貝葉斯法(BI)的石蒜屬葉綠體基因組系統(tǒng)發(fā)育樹Fig.8 Phylogenetic tree of the chloroplast genomes of Lycoris based on maximum-likelihood(ML)and bayesian inference(BI)

3 討論

石蒜屬物種間的葉綠體基因組全長最大差僅為426 bp，LSC 區(qū)、SSC 區(qū)、IR 區(qū)序列長度差分別為182 bp、395 bp、194 bp。由此可見，石蒜屬植物葉綠體基因組結構相對保守。SSR 分子標記有著多態(tài)性豐富、通用性強、分率高、重復性高等優(yōu)點[51—52]，本研究共統(tǒng)計出SSR 位點1191 個，在整個基因組中都有分布，可應用于石蒜屬植物種質(zhì)資源鑒定、分子育種和群體遺傳等方面的研究。植物葉綠體基因組中普遍存在IR 區(qū)邊界的收縮和擴張[53—54]。石蒜屬屬內(nèi)物種序列總長度和IR 區(qū)長度都相差不大，可見其IR 區(qū)擴張或收縮幅度微小，對其葉綠體基因組長度的影響較小。序列比對和共線性分析顯示不存在重排和倒置，表明石蒜屬葉綠體全基因組具有很高的保守性。根據(jù)石蒜屬葉綠體基因組的核苷酸多態(tài)性(Pi)篩選出以下高變基因和基因間隔區(qū)：trnG-UCC、atpF-atpH、psbC-trnS-UGA-psbZ、trnGGCC-psbZ、rpl32、trnL-UAG-rpl32-ccsA、rps15-ycf1。這些高變位點可為石蒜屬植物的系統(tǒng)發(fā)育分析和群體遺傳研究提供可參考的基礎數(shù)據(jù)。

Traub 等[19]基于花形和雄蕊長度將石蒜屬分為兩個亞屬，然而基于葉綠體全基因組的系統(tǒng)發(fā)育結果并不支持該處理。例如，整齊花亞屬的換錦花和血紅石蒜與石蒜亞屬的淡黃石蒜和玫瑰石蒜聚為一支，類似的情況在每個分支里都有出現(xiàn)。傳統(tǒng)的亞屬間區(qū)別形態(tài)特征在每個分支里都存在交叉，部分形態(tài)特征極為相似的物種也未聚類在一起，如香石蒜和陜西石蒜、稻草石蒜和江蘇石蒜等，這與Zhang等[55—56]的結論相似。此外，鄧傳良等[25]和袁菊紅[57]認為雄蕊與花被片的位置關系可將石蒜屬劃分為兩個大類群，但在本研究中，雄蕊明顯伸出花被外的玫瑰石蒜、石蒜、稻草石蒜、江蘇石蒜與雄蕊不伸出或略伸出于花被外的換錦花、香石蒜、陜西石蒜、長筒石蒜等均未形成單系類群。因此，基于雄蕊與花被片的位置關系對石蒜屬植物屬下物種進行分類仍值得商榷。

基于葉綠體全基因組的系統(tǒng)發(fā)育分析表明，17個石蒜屬物種所在分支可分為六個小的分支類群。安徽石蒜、江蘇石蒜、長筒石蒜和稻草石蒜組成Clade Ⅰ，其中安徽石蒜和長筒石蒜形態(tài)極為相似，染色體數(shù)目均為2n＝16，核型均為2n＝16＝6 m＋10 t[58]，且系統(tǒng)發(fā)育樹顯示二者的親緣關系很近。因此，本研究支持安徽石蒜作為長筒石蒜的變種或是以長筒石蒜為母本的雜交種的觀點[21]。江蘇石蒜、稻草石蒜也與長筒石蒜聚在Clade Ⅰ中，表明這三個物種具有較近的親緣關系，這在一定程度上驗證了江蘇石蒜和稻草石蒜可能是雜交起源的觀點[47]。

朝鮮石蒜和濟州石蒜以100%的支持率組成Clade Ⅱ，二者主要分布于朝鮮和韓國，因此它們親緣關系較近可能與其分布有關。朝鮮石蒜是血紅石蒜的變種，但二者并未形成姊妹群關系，其系統(tǒng)學關系有待進一步研究。

鹿蔥、猥島石蒜和陜西石蒜組成Clade Ⅲ，并得到100%的支持率，說明三個物種的親緣關系很近。有研究認為石蒜屬中2n=27(如鹿蔥)是由2n=16的未減數(shù)配子和2n=22 的正常配子雜交得到的[48]。但在本研究中，鹿蔥并未與染色體數(shù)為16 或22 的物種聚在一起，不支持鹿蔥起源于長筒石蒜(2n=16)和換錦花(2n=22)的雜交的觀點[47]。猥島石蒜在1996年被作為淡黃石蒜的變種發(fā)表，即L.flavescensvar.uydoensisM.Kim[49]，但在葉綠體基因組系統(tǒng)發(fā)育樹中，兩者親緣關系較遠，未形成姊妹群關系，其系統(tǒng)關系有待深入研究。張鵬翀等[50]通過核型分析認為，陜西石蒜也是雜交種，可能是中國石蒜與未減數(shù)分裂或四倍體石蒜的雜交后代，但本研究中陜西石蒜并未與中國石蒜或石蒜聚在一起。目前，關于陜西石蒜的資料較少，未來需要更多資料以明確該種的起源和系統(tǒng)位置。

中國石蒜、石蒜和香石蒜以100%的支持率組成Clade Ⅳ，表明石蒜和香石蒜的親緣關系很近，這與部分學者的研究結果相似[21—22,59]，但中國石蒜的系統(tǒng)位置不一樣。香石蒜核型較為復雜，盡管其與石蒜的親緣關系較近，但二者的染色體數(shù)目和核型都不相同。因此，香石蒜是否起源于石蒜或二者有較為相近的共同祖先還不能確定。

忽地笑未與其他石蒜屬物種顯示較近的親緣關系，而是單獨聚為一支(Clade Ⅴ)，與利用RAPD 分析得到的結論一致[24]，這可能與忽地笑分布范圍較廣、染色體數(shù)目和核型多樣，且具有特有的染色體基數(shù)有關。

淡黃石蒜、血紅石蒜、換錦花和玫瑰石蒜組成Clade Ⅵ，并獲得100%的支持率。徐炳聲等[20]認為淡黃石蒜可能是朝鮮石蒜和中國石蒜的雜種，玫瑰石蒜是二倍體石蒜和換錦花的雜種。在本研究中，換錦花和玫瑰石蒜也以100%支持率形成姐妹分支，支持玫瑰石蒜是換錦花與二倍體石蒜雜種的觀點，且換錦花可能是玫瑰石蒜的母本。

綜上所述，基于葉綠體全基因組序列構建的分子系統(tǒng)樹不支持石蒜屬基于花冠是否整齊劃分亞屬的傳統(tǒng)處理，基于雄蕊與花被片的位置關系對石蒜屬進行亞屬劃分的處理也值得商榷。建議取消對石蒜屬屬下亞屬的劃分，或者未來利用更多的形態(tài)學特征(如花粉粒、葉微形態(tài)等)并結合分子系統(tǒng)學資料再對石蒜屬物種進行屬下分類處理。雜交起源是石蒜屬物種形成和分化的一個重要途徑，本研究支持安徽石蒜、江蘇石蒜、稻草石蒜、玫瑰石蒜等物種雜交起源的觀點，并揭示其可能的母本。對石蒜屬葉綠體全基因組的系統(tǒng)學研究，不僅有助于更深入地認識石蒜屬物種的系統(tǒng)演化與雜交起源，同時，也為雜交品種的培育和選擇提供參考。