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        RNAi 技術(shù)在寄生蜂中的應(yīng)用研究進(jìn)展

        2024-01-12 12:41:00張龍喜呂琳張歡歡周金成車午男董輝
        生物技術(shù)通報(bào) 2023年12期
        關(guān)鍵詞:注射法寄生蜂宿主

        張龍喜 呂琳 張歡歡 周金成 車午男 董輝

        (1. 沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)植物保護(hù)學(xué)院,沈陽 110866;2. 西藏自治區(qū)農(nóng)牧科學(xué)院蔬菜研究所,拉薩 850032)

        RNA 干擾現(xiàn)象最早由Napoli 等[1]于1990 年在矮牽牛(Petunia hyhridaVilm)上發(fā)現(xiàn)。Fire 等[2]在研究秀麗隱桿線蟲(Caenorhabditis elegans)RNA干擾過程中闡述了基因沉默現(xiàn)象的本質(zhì),并將RNA干擾(RNA interference, RNAi)定義為雙鏈RNA(double?strand RNA, dsRNA)降解同源基因mRNA的效應(yīng)。RNAi 不僅存在于植物和真菌,還廣泛存在于昆蟲中[3-6]。

        RNAi 技術(shù)現(xiàn)已成為研究生物基因功能主要生物技術(shù)方法[7],并且成功應(yīng)用于多種昆蟲的基因功能研究中[8]。膜翅目是僅次于鞘翅目和鱗翅目的第三大目,膜翅目中的寄生蜂類群包含12 個(gè)科,是膜翅目的重要組成部分,也是防治農(nóng)林害蟲的重要天敵昆蟲資源[9]。寄生蜂的生長(zhǎng)發(fā)育依賴于寄主,同時(shí)與寄主昆蟲產(chǎn)生相互作用。這些特殊的生物學(xué)特性為開展寄生蜂的基因功能研究,尤其是給RNAi 技術(shù)等反向遺傳學(xué)手段的實(shí)施帶來挑戰(zhàn)。

        本文綜述了RNAi 技術(shù)在膜翅目寄生蜂中的發(fā)展與應(yīng)用,包括RNAi 機(jī)制、影響RNAi 效率的因素等。研究將為RNAi 技術(shù)在寄生蜂基礎(chǔ)理論和害蟲防治應(yīng)用的相關(guān)研究提供方法參考和科學(xué)依據(jù)。

        1 RNAi 作用機(jī)制與dsRNA 遞送方法

        1.1 RNAi機(jī)制

        RNAi 是一種高度保守的細(xì)胞機(jī)制,目前已知?jiǎng)游镏械腞NAi 通路有3 種,包括Short/small interfer?ing RNA(siRNA)通路[10-11]、microRNA(miRNA)通路[12-13]和P?element induced wimpy tesis(Piwi)?in?teracting RNAs(PiRNAs)通路[14]。

        在昆蟲中,當(dāng)dsRNA 導(dǎo)入到細(xì)胞后,dsRNA 與R2D2 或內(nèi)源性siRNA 途徑中的Loquacious(Loqs)一起被III 型核糖核酸酶Dicer?2(Dcr2)識(shí)別并切割[15]。在這個(gè)過程中細(xì)胞質(zhì)中的dsRNA 被切割成19-21 nt 的siRNA 雙鏈,隨后siRNA 被裝載到Ago2 后,Ago2 和其他RNA 誘導(dǎo)沉默復(fù)合體(RNA induced silencing complex, RISC) 相關(guān)蛋白組裝RISC。RISC 中siRNA 的正義鏈被降解,反義鏈被保留,RISC 通過反義鏈引導(dǎo)RISC 中Ago2 識(shí)別并切割互補(bǔ)的靶mRNA[16]。RNAi 主要蛋白質(zhì)參與者是Agronaute(Ago)家族蛋白,Ago 家族蛋白具有靶RNA 切割活性,AGO 蛋白與小RNA 結(jié)合并通過小RNA 和目標(biāo)mRNA 之間的序列互補(bǔ),觸發(fā)靶RNA的降解[16-18]。siRNA 通路過程見圖1。

        圖1 siRNA 介導(dǎo)的RNAi 通路示意圖Fig. 1 Model of siRNA-mediated RNAi pathway

        1.2 dsRNA導(dǎo)入方法

        目前dsRNA 的導(dǎo)入方法包括顯微注射法、飼喂法、浸泡法、組織培養(yǎng)法、電穿孔、病毒轉(zhuǎn)染以及轉(zhuǎn)基因等。寄生蜂主要發(fā)育時(shí)期都寄生于寄主昆蟲內(nèi)部,因此不同的dsRNA 導(dǎo)入方法受限于其寄生生活的特性。傳統(tǒng)的飼喂、浸泡等方式導(dǎo)入RNA 的方法可能難以起效。目前,寄生蜂RNA 干擾研究中的導(dǎo)入方法集中于注射,包括卵期注射、幼蟲注射、蛹期注射、成蟲注射以及寄主注射(表1)。

        表1 RNAi 在寄生蜂中的應(yīng)用Table 1 Application of RNAi in parasitoids

        1.2.1 顯微注射法 顯微注射法已報(bào)道于麗蠅蛹集金小蜂(Nasonia vitripennis)、中紅側(cè)溝繭蜂(Micr?oplitis mediator)、菜蛾盤絨繭蜂(Cotesia vestalis)、蝶蛹金小蜂(Pteromalus puparum)、斑痣懸繭蜂(Me?teorus pulchricornis)、甲腹繭蜂(Chelonus inanitus)、菜蛾盤絨繭蜂(Cotesia vestalis)、二化螟盤絨繭蜂(Cotesia chilonis)、蝶蛹金小蜂(Pteromalus pupar?um)、日本開臂反顎繭蜂(Asobara japonica)等寄生蜂的基因功能研究中。

        在金小蜂中,對(duì)毒液鈣網(wǎng)蛋白(venom calretic?ulin component,v?crc)的敲除效率高達(dá)90%[22];在針對(duì)Wolbachia密度抑制基因(Wolbachia density sup?pressor,Wds)的敲除中,沉默效率達(dá)到了71%[27]。在中紅側(cè)溝繭蜂(M. mediator)中,對(duì)Odorant Re?ceptor基因抑制效率超過90%[34]。在菜蛾盤絨繭蜂(C. vestalis) 中, 注射法RNAi 效率可達(dá)74%-98%[30]。注射法作用效果快,需要少量的dsRNA 就能對(duì)靶標(biāo)基因進(jìn)行干擾,但是注射操作對(duì)于微型昆蟲來說機(jī)械損傷仍然會(huì)造成較高的死亡率,同時(shí)對(duì)于操作環(huán)境和技術(shù)熟練度要求較高。

        1.2.2 浸泡法 浸泡法是將供試?yán)ハx直接浸泡在dsRNA 溶液中,dsRNA 分子直接通過昆蟲氣孔或表皮滲透至體內(nèi),干擾體內(nèi)靶基因表達(dá)。高鵬[35]通過混合dsRNA 和納米材料浸泡處理二化螟盤絨繭蜂(A. chilonis)成蟲,靶基因熱激蛋白基因Cchsp70?4在27℃和36℃下的沉默效率分別達(dá)到34.25%和63.36%。然而,何馥晶[36]分別運(yùn)用納米材料浸泡法與注射法處理二化螟盤絨繭蜂預(yù)蛹和蛹發(fā)現(xiàn),兩種方法對(duì)靶基因半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶基因Cccaspase?1的沉默效率無顯著差異。在松毛蟲赤眼蜂(Trichogramma dendrolimi)中,通過dsRNA 溶液注射寄主卵浸泡處理卵內(nèi)的子代蜂,靶基因沉默效率達(dá)70%[48]。相比于注射法,浸泡更方便更容易操作,對(duì)操作技術(shù)要求較低;相反,浸泡法所需要的dsRNA 量大,實(shí)驗(yàn)成本較高,且需要dsRNA 穩(wěn)定的浸泡環(huán)境。

        1.2.3 飼喂法 飼喂法是將dsRNA 加入昆蟲的食物或人工飼料,昆蟲通過取食進(jìn)入體內(nèi)對(duì)靶標(biāo)基因進(jìn)行干擾的方法。然而,寄生蜂幼期的生長(zhǎng)發(fā)育依賴于寄主,其幼期脫離寄主將難以存活。在保障寄生蜂正常發(fā)育的基礎(chǔ)上對(duì)寄生蜂飼喂dsRNA 具有一定難度。目前,應(yīng)用飼喂法在寄生蜂實(shí)施RNAi 的研究鮮有報(bào)道。

        1.2.4 其他RNAi 方法 細(xì)胞轉(zhuǎn)染法是利用轉(zhuǎn)染劑直接將dsRNA 遞送到細(xì)胞中的干擾方法。Beck等[32]利用細(xì)胞轉(zhuǎn)染法成功抑制中紅側(cè)溝繭蜂(M.mediator)glc1.8基因的表達(dá),并挽救High Five 細(xì)胞的黏附表型。此外,在昆蟲基因功能的研究中還有轉(zhuǎn)基因、組織培養(yǎng)法、電穿孔、病毒轉(zhuǎn)染等方法[32,49-51]。

        續(xù)表1 Table 1 continued

        2 RNAi 在寄生蜂中的應(yīng)用

        寄生蜂是一類營(yíng)寄生生活的膜翅目昆蟲,寄主大部分為鱗翅目害蟲。寄生蜂寄生行為依賴于對(duì)寄主的精準(zhǔn)定位以及攜帶的多種寄生因子,包括毒液、多分DNA 病毒(polydnavirus,PDV)、病毒樣顆粒(virus?like particles or MpVLPs)以及化感相關(guān)蛋白(OBPs、GRs、CSPs、ORs)等。同時(shí),寄生蜂與宿主昆蟲在生長(zhǎng)發(fā)育和免疫反應(yīng)的相互作用分子調(diào)控也得到關(guān)注。寄生蜂復(fù)雜的生物學(xué)特性給RNAi 技術(shù)的實(shí)施帶來諸多挑戰(zhàn)。

        2.1 寄生蜂生長(zhǎng)發(fā)育相關(guān)基因RNAi研究

        親本RNAi(parental RNAi, pRNAi)可以通過處理生物體的母代,而在后代觀察到基因沉默表型。Olesnicky 等[28]利用pRNAi 原理沉默麗蠅蛹集金小蜂(N. vitripennis)cad基因,研究表明高濃度的dsRNA 使得胚胎停止發(fā)育,而低濃度時(shí),雌性產(chǎn)出卵表現(xiàn)出表皮缺陷?;趐RNAi 的研究相對(duì)較多,在靶基因方面,tudor和Bicauda1?D、Nv?odd paired等與胚胎形成相關(guān)的基因都已相繼在金小蜂中被驗(yàn)證[24,29]。Geuverink 等[4,19-20,52]利用金小蜂pRNAi,揭示了金小蜂的性別決定級(jí)聯(lián)方式。

        生物體能夠通過生物鐘基因利用光周期協(xié)調(diào)其發(fā)育、繁殖。其中period(per)、cryptochrome?2(cry?2)、clock(clk) 和cycle(cyc) 等生物鐘基因扮演重要角色[53-54]。Mukai 等[23]對(duì)金小蜂per基因進(jìn)行沉默后,金小蜂不能在短時(shí)間內(nèi)產(chǎn)下滯育的卵。相同的是,Dalla 等[26]對(duì)金小蜂per基因進(jìn)行干擾,結(jié)果導(dǎo)致晝夜節(jié)律時(shí)鐘加快,改變了其他生物鐘基因的表達(dá),并推遲了滯育。姜卓[48]通過浸泡法成功將RNAi 技術(shù)運(yùn)用于卵寄生蜂,成功干擾松毛蟲赤眼蜂VgR基因。

        2.2 寄生蜂免疫相關(guān)基因RNAi研究

        2014 年Colinet 等[45]首次報(bào)道了寄生蜂毒液蛋白基因的有效沉默,表明LbGAP 是大量存在于布拉迪小環(huán)腹癭蜂(Leptopilina boulardi)毒液中的毒力因子。毒液鈣網(wǎng)蛋白是金小蜂基因組里鑒定到的僅有毒液蛋白,毒液鈣網(wǎng)蛋白沉默后,抑制了宿主對(duì)金小蜂毒液的先天免疫反應(yīng),并減少宿主出血和黑化[22]。與之相反的是,在對(duì)日本開臂反顎繭蜂(A.japonica)中2 個(gè)已報(bào)道的與寄主黑化反應(yīng)相關(guān)的基因進(jìn)行RNAi 時(shí),結(jié)果顯示這2 個(gè)基因的RNA 干擾效率均在90%以上,但寄主黑化率、寄生蜂寄生率和出蜂率與對(duì)照組相比沒有顯著差異[46]。在中紅側(cè)溝繭蜂(M. mediator)中,干擾毒液蛋白基因MmRho1會(huì)導(dǎo)致雌蜂卵黃生成素和保幼激素、卵子生成和繭形成的下調(diào)。此外,通過酵母雜交實(shí)驗(yàn)表明MmRho1在中紅側(cè)溝繭蜂發(fā)育和抑制宿主細(xì)胞免疫反應(yīng)中發(fā)揮雙重作用[33]。

        寄生蜂多分DNA 病毒(PDV)參與調(diào)控了宿主寄生蜂的免疫及生長(zhǎng)發(fā)育過程。在中紅側(cè)溝繭蜂(M. mediator)中,MdBV 感染會(huì)阻斷High Five 細(xì)胞黏附培養(yǎng)板的能力,而通過RNAi 沉默glc1.8的表達(dá)可以挽救High Five 細(xì)胞黏附[32]。對(duì)甲腹繭蜂(C.inanitus)的宿主注射CiV基因的dsRNA 后,挽救了末齡幼蟲的發(fā)育停滯,相反,將相同的dsRNA 注射到寄生蜂卵中則阻止了寄生蜂的羽化,降低了寄生蜂的存活率。推測(cè)這些病毒基因可能參與誘導(dǎo)寄主發(fā)育停滯和軟化角質(zhì)層[37]。此外,BVs 可能參與核衣殼的形成[30]。

        除此之外,病毒樣顆粒也有助于削弱宿主免疫防御系統(tǒng)。在斑痣懸繭蜂(M. pulchricornis)中,MpVLP 在體外培養(yǎng)的早期階段抑制宿主黏附血細(xì)胞的附著和擴(kuò)散,這最終誘導(dǎo)宿主血細(xì)胞凋亡,從而保護(hù)宿主中產(chǎn)的受精卵[55]。Yokoi 等[40]通過單基因和聯(lián)合基因沉默兩種MpVLP 因子,導(dǎo)致對(duì)宿主幼蟲漿血細(xì)胞的抑制作用減弱,表明兩種MpVLP 因子參與了漿血細(xì)胞擴(kuò)散的抑制,但不參與顆粒細(xì)胞的抑制。

        2.3 其他基因RNAi研究

        近年來,隨著RNAi 技術(shù)的成熟,有關(guān)寄生蜂RNAi 的基因功能研究逐漸增多。在靶基因上,包括氣味結(jié)合蛋白基因(CvesOBP17/18/19)、色素合成相關(guān)基因ebony和cinnabar、細(xì)胞色素P450基因、熱激蛋白基因(Cchsp70?4)、幼蟲唾液蛋白基因(Pp16911)、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶(Cccaspase?1)、α- 淀粉酶基因(PpAmy1、PpAmy2、PpAmy3)、脂肪酸合成酶基因(Fatty Acid Synthases,FASs)、UDP 糖基轉(zhuǎn)移酶基因(UDP?gly?cosyltransferases,UGTs)等相關(guān)的基因功能研究都已報(bào)道[21,31,35-36,38-39,41-43,45,47]。

        3 RNAi 效率的影響因素

        3.1 靶基因的選擇

        在已報(bào)道的寄生蜂的RNAi 研究中,靶基因或靶序列可分為四類:(1)免疫相關(guān)基因,包括毒液蛋白基因[45-46]、病毒樣顆粒[40]、多分DNA 病毒(PDV)[30,32,40]、幼蟲唾液蛋白基因(Pp16911)[42]等。(2)生長(zhǎng)發(fā)育相關(guān)基因,包括DNA 甲基轉(zhuǎn)移酶基因(Dnmt)[24]、生物鐘基因(per)[23,26]、脂肪酸合成酶基因(FASs)[38]等。(3)生殖及性別決定相關(guān)基因,包括與雄性生殖能力和雌性卵子孵化有關(guān)的基因,如dsx[19-20]、tra和tra2[4]、VgR[48]等。(4)寄主識(shí)別和適應(yīng)相關(guān)基因,包括與嗅覺、味覺、視覺、聽覺和觸覺相關(guān)的基因,如氣味結(jié)合蛋白OBPs[31]、味覺受體GRs、化學(xué)感覺蛋白CSPs、嗅覺受體ORs[44]、熱激蛋白基因(hsp70?4)[35]、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶基因(Cccaspase?1)[36]等。

        值得注意的是,使用致死作為表型結(jié)果時(shí),應(yīng)當(dāng)考慮假陽性結(jié)果的風(fēng)險(xiǎn)??梢岳镁哂刑囟ū硇偷幕騺斫⒉?yōu)化RNAi 技術(shù)體系,并作為RNAi效率的指示基因。例如與昆蟲色素沉著相關(guān)的基因,包括laccase[56-57]、ebony[47,58]等。

        3.2 脫靶效應(yīng)

        與其他昆蟲不同,許多寄生蜂幼期生活于寄主昆蟲體內(nèi)。dsRNA 的靶向性易受宿主昆蟲影響。于昆蟲的脫靶效應(yīng)而言,目前已有參數(shù)來預(yù)測(cè)脫靶:與靶基因序列一致性達(dá)80%的dsRNA 可有效觸發(fā)RNAi;具有完全匹配序列片段≥16 bp 或幾乎完全匹配序列片段>26 bp,其中一個(gè)或兩個(gè)錯(cuò)配很少分布的dsRNA(單個(gè)錯(cuò)配插入≥5 bp 的匹配片段之間或插入≥8 bp 匹配片段之間)也能夠觸發(fā)RNAi[59]。例如,在對(duì)赤擬谷盜(Tribolium castaneum)篩選防控基因時(shí),dsTcCht10對(duì)麗蠅蛹集金小蜂(N.vitripennis)Cht10基因轉(zhuǎn)錄水平有顯著影響,且赤擬谷盜dsTcCht10與麗蠅蛹集金小蜂同源基因的相似性為66.75%,存在連續(xù)19-23 nt 核苷酸的匹配個(gè)數(shù)[60]。因此為了更好地將RNAi 技術(shù)應(yīng)用于寄生蜂研究,應(yīng)該加強(qiáng)dsRNA 特異性檢測(cè)。

        3.3 降解dsRNA的核酸酶

        已有的研究表明,昆蟲血淋巴或者中腸中的核酸酶(DNases 和RNases)是降解dsRNA 關(guān)鍵因素。在寄生蜂-宿主昆蟲系統(tǒng)中,宿主昆蟲和寄生蜂產(chǎn)生的相關(guān)核酸酶均可能對(duì)dsRNA 產(chǎn)生降解作用。在昆蟲血淋巴濃度初始劑量相同時(shí),分別以1.0、2.3、11.5、33.0 μg 劑量的幾丁質(zhì)合成酶同源基因dsRNA 向美洲大蠊(Periplaneta americana)、大麥蟲(Zophobas atratus)、飛蝗(Locusta migratoria)、斜紋夜蛾(Spodoptera litura)注射,分別導(dǎo)致了82%、78%、76%和20%的損耗[61]。進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn),沉默核酸酶基因可顯著提高RNAi 效率,共同沉默多個(gè)核酸酶基因也可顯著提高干擾效率[62]。深入研究表明,不同昆蟲降解dsRNA 的核酸酶所需要的生理?xiàng)l件不同[63-64]。在東亞飛蝗(Locusta migratoria)中,LmdsRNase1可以在最適pH 5 下快速降解dsRNA,而中腸的生理pH 6.8 是LmdsRNase2活性的理想值[65]。綜上所述,昆蟲血淋巴和腸道中的核酸酶對(duì)RNAi 效率有嚴(yán)重影響,鑒定不同昆蟲降解dsRNA 的關(guān)鍵基因,對(duì)于研究RNAi 機(jī)制具有重要意義。

        3.4 dsRNA設(shè)計(jì)及其他因素

        除了上述影響因素外,dsRNA 的長(zhǎng)度、結(jié)構(gòu)、反應(yīng)時(shí)間、操作環(huán)境、劑量均會(huì)影響RNAi 的研究。List 等[66]總結(jié)了不同目昆蟲RNAi 研究中所用的dsRNA 分子的有效性:(1)在構(gòu)建dsRNA 分子大小有效性范圍時(shí),移除死亡率低于67%的結(jié)果后,結(jié)果顯示有125-628 bp 的有效范圍。在寄生蜂中,dsRNA 分子大小集中在300-600 bp。這些結(jié)果與Huvenne 等[67]的結(jié)果相近。(2)RNAi 反應(yīng)持續(xù)時(shí)間可能對(duì)死亡率產(chǎn)生影響。在煙粉虱(Bemisia tabaci)中,飼喂ATP 酶dsRNA 在48 h 時(shí),煙粉虱死亡率達(dá)70%。對(duì)溫帶臭蟲(Cimex lectularius)連續(xù)飼喂28 d 后,死亡率才能達(dá)到80%-85%。(3)dsRNA 劑量也是影響RNAi 效果的重要因素。這與dsRNA 的導(dǎo)入方法以及昆蟲的取食方式密切相關(guān)。在RNAi 研究中,穩(wěn)定的操作環(huán)境、昆蟲的處理方式以及實(shí)驗(yàn)器材的處理可能也需要考慮。包括注射或飼喂前對(duì)實(shí)驗(yàn)器材的滅菌處理,注射過程對(duì)成蟲的麻醉方式,注射或飼喂后的培養(yǎng)環(huán)境,dsRNA 儲(chǔ)存方式的影響等[68-69]。尤其是在設(shè)計(jì)靶標(biāo)基因dsRNA 引物時(shí),也應(yīng)該考慮昆蟲對(duì)dsRNA 堿基偏好性。

        4 展望

        RNAi 具有高效、特異性強(qiáng)等優(yōu)點(diǎn),現(xiàn)階段已成為研究昆蟲基因功能的常規(guī)技術(shù)。脂質(zhì)體(liposo?mes)修飾和納米材料包被認(rèn)為是提升干擾效率的潛在有效方法。但是,由于寄生蜂特殊的生活方式,RNAi 技術(shù)在寄生蜂的應(yīng)用上仍然存在著多種挑戰(zhàn)。在寄生蜂中,傳統(tǒng)的飼喂法RNAi 研究鮮有報(bào)道,對(duì)于dsRNA 在其體內(nèi)的遞送機(jī)制也尚未揭示。在遞送方式中,飼喂法操作簡(jiǎn)便,但目前仍然缺乏大量生產(chǎn)dsRNA 的成本效益高的方法。顯微注射法在寄生蜂RNAi 研究中應(yīng)用最多,但該方法多數(shù)只能在寄生蜂蛹期和成蟲期操作,難以應(yīng)用于其他發(fā)育時(shí)期,尤其是寄生蜂的早期胚胎階段。dsRNA 的脫靶和非脫靶效應(yīng)、作用位點(diǎn)的預(yù)測(cè)以及潛在的抗性發(fā)展問題也是RNAi 技術(shù)應(yīng)用于寄生蜂的重要大挑戰(zhàn)。目前迫切需要建立基于寄生蜂生物學(xué)特點(diǎn)的RNAi方法,重點(diǎn)聚焦提高dsRNA 的遞送效率。相關(guān)方法的建立將有助于掃清寄生蜂分子調(diào)控理論研究和害蟲生物防治應(yīng)用的技術(shù)瓶頸。另外,通過分離昆蟲的腸道共生菌,通過遺傳改造特定共生菌,使其作為在昆蟲體內(nèi)穩(wěn)定表達(dá)dsRNA 的媒介。以微生物為媒介的RNAi 方法可作為提高寄生蜂RNAi 效率的重要思路。

        此外,隨著RNAi 農(nóng)藥等新型殺蟲劑的研發(fā)與應(yīng)用,相關(guān)RNAi 殺蟲劑對(duì)寄生蜂等天敵昆蟲的脫靶效應(yīng)和安全性也值得深入研究。因此,建立寄生蜂類群的RNAi 方法對(duì)寄生蜂的分子機(jī)理、生理調(diào)控、生物防治應(yīng)用、RNAi 農(nóng)藥安全性評(píng)價(jià)等諸多方面均具有重要意義。

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