韓浩園,李世凱,2,楊瑞巧,李曼曼,李 君,哈 斯,趙金艷,魏紅芳,權(quán) 凱*

(1.河南牧業(yè)經(jīng)濟(jì)學(xué)院動(dòng)物科技學(xué)院,鄭州 450046;2.華南農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科學(xué)學(xué)院,廣州 510642)

槐山羊是我國(guó)優(yōu)良的地方品種,核心產(chǎn)區(qū)位于周口市沈丘縣,群體分布覆蓋整個(gè)豫東地區(qū),是河南養(yǎng)羊業(yè)的第一名片,“槐山羊肉”、“槐山羊板皮(槐皮)”為沈丘縣國(guó)家地理標(biāo)志保護(hù)產(chǎn)品?；鄙窖蛞云べ|(zhì)好、肉質(zhì)鮮嫩、繁殖率高三大優(yōu)勢(shì)而聞名于世[1],槐山羊性成熟早,多胎多產(chǎn),繁殖性能優(yōu)異,能一年兩產(chǎn)或兩年三產(chǎn),經(jīng)產(chǎn)母羊產(chǎn)羔率平均為329.20%。2003年以來(lái)由于受到國(guó)際市場(chǎng)的沖擊,波爾山羊等品種引入后對(duì)槐山羊大面積雜化,造成槐山羊群體血統(tǒng)含量參差不齊,生產(chǎn)力方向和生產(chǎn)性能也發(fā)生了巨大的變化,目前槐山羊多胎性狀的功能基因和遺傳機(jī)制尚不明晰。

目前,國(guó)內(nèi)關(guān)于羊的高繁基因研究主要集中于綿羊[2-8],針對(duì)山羊品種的高繁殖力研究?jī)H限于少數(shù)幾個(gè)品種,前期基于DNA多態(tài)性研究,在隴東絨山羊、黔北麻羊、貴州黑山羊、遼寧絨山羊、陜北白絨山等品種中發(fā)現(xiàn)GJB6、DNAH1、NCOA1、FSHR等基因遺傳變異與山羊繁殖力相關(guān)[9-14]。隨著測(cè)序技術(shù)的革新,生命科學(xué)研究進(jìn)入了后基因組時(shí)代,誕生了各種組學(xué)研究方法,其中轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究是從轉(zhuǎn)錄水平上反映出基因的表達(dá)情況及其調(diào)控規(guī)律,是研究基因功能和篩選新基因的有效技術(shù)之一[15-16]。目前,在山羊中已陸續(xù)開展與繁殖性能相關(guān)的轉(zhuǎn)錄組研究,Ling等[17]對(duì)安徽白山羊卵泡期單、多羔的山羊卵巢進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,通過(guò)比較分析信使RNA(mRNAs)、微RNA(miRNAs)和長(zhǎng)非編碼RNA(lncRNAs)的差異表達(dá),發(fā)現(xiàn)在多羔組卵巢中miR-6404和miR-29c可能對(duì)山羊的繁殖性能有著重要調(diào)控作用。此外,大部分研究集中于卵泡不同發(fā)育階段的基因表達(dá)模式,基于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組,王俊杰[18]針對(duì)濟(jì)寧青山羊卵泡不同發(fā)育階段的卵母細(xì)胞和顆粒細(xì)胞,篩選出一部分與階段發(fā)育相關(guān)聯(lián)的功能性轉(zhuǎn)錄活動(dòng)。Xu等[19]通過(guò)獲取大足黑山羊不同發(fā)育階段的完整卵泡轉(zhuǎn)錄組,發(fā)現(xiàn)128個(gè)mRNA、4個(gè)lncRNAs、49個(gè)miRNAs和290個(gè)環(huán)狀RNA(circRNAs)在大、小濾泡中表達(dá)差異顯著,差異mRNA富集到與卵泡發(fā)育相關(guān)的信號(hào)通路中。Liu等[20]通過(guò)生物信息學(xué)分析確定安徽白山羊卵泡期和黃體期卵巢中差異表達(dá)mRNA的表達(dá)模式,鑒定出3 770個(gè)差異表達(dá)mRNA,功能富集分析表明,HSD17B7、3BHSD和SRD5A28基因可能與孕酮的合成有關(guān),RPL12、RPS13和RPL10基因可能與卵母細(xì)胞的生長(zhǎng)和成熟有關(guān)。

目前,對(duì)于槐山羊繁殖性能功能基因及其調(diào)控機(jī)制的研究極少,本試驗(yàn)以高繁殖力品種槐山羊?yàn)檠芯繉?duì)象,采樣個(gè)體均來(lái)自沈丘縣農(nóng)牧科技研發(fā)中心,飼養(yǎng)標(biāo)準(zhǔn)與管理水平一致,依據(jù)經(jīng)產(chǎn)母羊平均每胎產(chǎn)羔數(shù)分為單羔組和多羔組,利用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析篩選與多羔性狀相關(guān)的候選基因,可以為探討山羊產(chǎn)羔性狀的分子機(jī)理提供理論參考。

1 材料與方法

1.1 樣本采集及建庫(kù)測(cè)序

槐山羊卵巢組織采自沈丘縣農(nóng)牧科技研發(fā)中心,選取健康無(wú)病的3歲左右第3胎次母羊,試驗(yàn)個(gè)體體格大小相似,飼養(yǎng)標(biāo)準(zhǔn)一致,依據(jù)研發(fā)中心的槐山羊繁殖性能記錄,采集3只平均每胎產(chǎn)羔數(shù)為1只的母羊?yàn)閱胃峤M(S1～S3),采集3只平均每胎產(chǎn)羔數(shù)大于2只(分別為2.3、2.6和3.3只)的母羊?yàn)槎喔峤M(M1～M3),屠宰后采集其卵巢組織,立即置于液氮中保存。利用TRIzol法提取卵巢組織總RNA,取RIN值>7.0,完整性良好的RNA送至派森諾進(jìn)行建庫(kù)測(cè)序,利用Illumina平臺(tái)建庫(kù)測(cè)序,采用paired-end 2×150 bp測(cè)序模式。

1.2 數(shù)據(jù)處理

檢驗(yàn)合格樣品經(jīng)過(guò)上機(jī)測(cè)序,生成 FASTQ 的原始數(shù)據(jù)(raw data)。采用cutadapt去除3′端帶接頭的序列,去除平均質(zhì)量分?jǐn)?shù)低于Q20的reads,生成clean data。使用HISAT2(http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml )軟件BWT算法將過(guò)濾后的reads比對(duì)到山羊參考基因組(Capra_hircus.ARS1.dna.toplevel.fa)上。

1.3 差異表達(dá)基因及功能富集分析

采用DESeq對(duì)基因表達(dá)進(jìn)行差異分析,表達(dá)差異倍數(shù)|log2FoldChange|>1,顯著性P<0.05的基因?yàn)椴町惐磉_(dá)基因(differentially expressed genes,DEGs)。使用R語(yǔ)言pheatmap軟件包對(duì)差異基因的并集和樣品進(jìn)行雙向聚類分析,根據(jù)同一基因在不同樣品中的表達(dá)水平和同一樣品中不同基因的表達(dá)模式進(jìn)行聚類,采用euclidean方法計(jì)算距離,采用層次聚類最長(zhǎng)距離法(complete linkage)進(jìn)行聚類。本研究使用topGO進(jìn)行GO富集分析,使用KAAS(http://www.genome.jp/tools/kaas/)中bi-directional best hit(BBH)參數(shù)進(jìn)行KEGG功能注釋,P<0.05為顯著富集。

1.4 熒光定量PCR驗(yàn)證

通過(guò)實(shí)時(shí)熒光定量PCR(qRT-PCR)技術(shù),以GAPDH為內(nèi)參基因,挑選6個(gè)基因(ADCY8、FOS、PAK1、NR4A2、ADAMTS、NR4A1)進(jìn)行驗(yàn)證。熒光定量PCR反應(yīng)體系共10 μL,包括:2×SYBR qPCR master mix 5 μL,上、下游引物(表1)各0.2 μL,cDNA 0.1 μL,ddH2O 4.5 μL;反應(yīng)程序?yàn)?95 ℃預(yù)變性3 min;95 ℃ 10 s,60 ℃ 30 s,40個(gè)循環(huán)。利用2-ΔΔCt方法計(jì)算基因表達(dá)量,以RNA-Seq方法的基因表達(dá)log2(Fold Change)值為橫坐標(biāo),以實(shí)時(shí)熒光定量方法的log2(2-ΔΔCt)值為縱坐標(biāo),進(jìn)行相關(guān)分析,并計(jì)算皮爾遜相關(guān)系數(shù)。

1.5 遺傳變異分析

采用varscan程序獲取SNP和InDel位點(diǎn),過(guò)濾標(biāo)準(zhǔn)為:SNP位點(diǎn)堿基Q>20;覆蓋該位點(diǎn)的reads數(shù)目>8;支持突變位點(diǎn)的reads數(shù)目>2;SNP位點(diǎn)的P<0.01。

2 結(jié) 果

2.1 下機(jī)及過(guò)濾數(shù)據(jù)

對(duì)每個(gè)樣品的下機(jī)數(shù)據(jù)(raw data)分別進(jìn)行統(tǒng)計(jì),并對(duì)帶接頭、低質(zhì)量的reads進(jìn)行過(guò)濾,統(tǒng)計(jì)結(jié)果見表2。平均reads總數(shù)為41 163 239條,平均堿基總數(shù)為6 174 485 900 bp,平均clean reads數(shù)為37 908 182條,平均clean data堿基數(shù)為5 686 227 300 bp,clean data的reads和堿基占raw data的百分比為92.08%。

2.2 參考基因組數(shù)據(jù)比對(duì)

將過(guò)濾后的高質(zhì)量序列與參考基因組序列進(jìn)行比對(duì),平均95.60%的clean data比對(duì)到參考基因組,其中96.21%的序列為特異比對(duì),可用于后續(xù)分析,基本信息統(tǒng)計(jì)見表3。將比對(duì)到基因組上的reads分布情況進(jìn)行統(tǒng)計(jì),73.24%的reads定位到基因區(qū)域,26.76%的reads定位到基因間區(qū),84.56%的reads定位到外顯子區(qū)域,比對(duì)結(jié)果見表4。

表3 卵巢組織轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)與參考序列比對(duì)結(jié)果Table 3 The mapping results between transcriptome data from ovarian tissue and reference sequences

表4 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)位置比對(duì)Table 4 RNA-Seq mapped events

2.3 差異表達(dá)基因分析

本研究在多羔與單羔組間共發(fā)現(xiàn)121個(gè)差異表達(dá)基因(|log2(Fold Change)|>1,P<0.05),包括30個(gè)上調(diào)基因和91個(gè)下調(diào)基因,差異表達(dá)基因火山圖見圖1,藍(lán)色為多羔組相比于單羔組下調(diào)基因,紅色為多羔組相比于單羔組上調(diào)基因。下調(diào)基因中顯著性前5的基因?yàn)镽XFP1、DUSP1、THSD7B、CCN1和MRAP2,上調(diào)基因中顯著性前5的基因?yàn)镋NSCHIG00000021945、SLF1、ENSCHIG00000001740、ND2和BRINP3(表5)。

紅點(diǎn)表示多羔組上調(diào)基因,藍(lán)點(diǎn)表示多羔組下調(diào)基因Red dots represent up-regulated genes, blue dots represent down-regulated genes圖1 差異表達(dá)基因火山圖Fig.1 Volcano map of DEGs

表5 多羔組與單羔組間差異表達(dá)基因(前10)Table 5 The top 10 DEGs between multi-lamb group and single-lamb group

2.4 聚類分析

基于差異表達(dá)基因的表達(dá)量,雙向聚類分析結(jié)果表明單羔組(Single)S1～S3個(gè)體聚為一類,多羔組(Multiple)M1～M3個(gè)體聚為一類,由圖2可見,單羔組和多羔組間的差異表達(dá)基因的表達(dá)模式差異明顯,推測(cè)本研究篩選的差異基因表達(dá)量可能與槐山羊的產(chǎn)羔數(shù)相關(guān)。

紅色表示高表達(dá)基因,綠色表示低表達(dá)基因Red represents up-regulated genes, green represents down-regulated genes圖2 差異表達(dá)基因雙向聚類結(jié)果Fig.2 Two-way clustering results of DEGs

2.5 功能富集分析

對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行功能富集分析,GO分析共顯著富集到440個(gè)功能條目(P<0.05),極顯著富集到100個(gè)條目(P<0.01),圖3顯示了顯著性最高的前20個(gè)GO條目,其中較多的差異基因富集到發(fā)育過(guò)程(developmental process)、解剖結(jié)構(gòu)發(fā)育(anatomical structure development)、多細(xì)胞生物發(fā)育(multicellular organism development)和動(dòng)物器官發(fā)育(animal organ development)等功能條目中(表6),PTX3、MMP13、PAK1、ADAMTS1、COL1A2、CCN1和SLC4A10等基因在單羔與多羔組間表達(dá)差異顯著,且參與多條組織器官結(jié)構(gòu)發(fā)育功能條目,可能影響母羊繁殖系統(tǒng)的發(fā)育過(guò)程。本研究發(fā)現(xiàn),NR4A1和NR4A2基因富集到促腎上腺皮質(zhì)激素釋放激素應(yīng)答(response to corticotropin-releasing hormone)和促腎上腺皮質(zhì)激素釋放激素刺激的細(xì)胞應(yīng)答(cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus)2個(gè)功能條目中(表6),促腎上腺皮質(zhì)激素釋放激素在外周與生殖功能相關(guān),推測(cè)NR4A1和NR4A2基因可能通過(guò)參與促腎上腺皮質(zhì)激素釋放激素應(yīng)答,進(jìn)而調(diào)控槐山羊的產(chǎn)羔數(shù)。

圖3 GO富集分析氣泡圖Fig.3 The bubble diagram of GO enrichment analysis

表6 GO富集分析Table 6 GO enrichment analysis

GO有向無(wú)環(huán)圖結(jié)果表明(圖4),生物過(guò)程中的發(fā)育過(guò)程(developmental process)、多細(xì)胞生物發(fā)育(multicellular organismal process)和行為(behavior)條目顯著富集,且其下屬功能條目均被顯著富集,其中,發(fā)育過(guò)程(developmental process)、多細(xì)胞生物過(guò)程(multicellular organismal process)、解剖結(jié)構(gòu)發(fā)育(anatomical structure development)、多細(xì)胞生物發(fā)育(multicellular organism development)、系統(tǒng)發(fā)育(system development)功能條目均包括超過(guò)30個(gè)差異表達(dá)基因,本結(jié)果說(shuō)明槐山羊產(chǎn)羔數(shù)高低可能與其細(xì)胞生物過(guò)程、解剖結(jié)構(gòu)發(fā)育及系統(tǒng)發(fā)育有關(guān)。

圖4 生物過(guò)程中部分條目的GO有向無(wú)環(huán)圖Fig.4 The GO directed acyclic graph based on a part of terms in biology process

KEGG分析將差異表達(dá)基因共富集到15條通路中(圖5),其中6條信號(hào)通路與內(nèi)分泌系統(tǒng)有關(guān)(表7),包括甲狀旁腺激素的合成、分泌和作用(parathyroid hormone synthesis, secretion and action)、松弛素信號(hào)通路(relaxin signaling pathway)、醛固酮合成與分泌(aldosterone synthesis and secretion)、脂肪細(xì)胞中脂肪分解的調(diào)節(jié)(regulation of lipolysis in adipocytes)、皮質(zhì)醇的合成與分泌(cortisol synthesis and secretion)、催產(chǎn)素信號(hào)通路(oxytocin signaling pathway),在多羔組與單羔組比較中發(fā)現(xiàn)FOS、MMP13、NR4A1、NR4A2、ADCY8基因差異表達(dá),且富集在多條內(nèi)分泌相關(guān)的KEGG通路中(表7),本結(jié)果說(shuō)明槐山多羔性狀可能與激素分泌及上述5個(gè)基因的表達(dá)情況有關(guān)。

圖5 KEGG富集分析氣泡圖Fig.5 The bubble diagram of KEGG enrichment analysis

表7 KEGG功能富集分析Table 7 KEGG functional enrichment analysis

2.6 實(shí)時(shí)熒光定量驗(yàn)證

以GAPDH基因?yàn)閮?nèi)參基因,用實(shí)時(shí)熒光定量法檢測(cè)單羔組和多羔組槐山羊卵巢組織中的ADCY8、FOS、PAK1、NR4A2、ADAMTS、NR4A1基因表達(dá)量,結(jié)果顯示6個(gè)基因在槐山羊多羔組中顯著下調(diào),熒光定量PCR結(jié)果與RNA-Seq結(jié)果一致,分別以RNA-Seq及qRT-PCR的單羔、多羔組間的表達(dá)量差異倍數(shù)為橫、縱坐標(biāo),兩種方法得到的6個(gè)基因表達(dá)量的皮爾遜相關(guān)系數(shù)R2為0.971 7,顯著性P<0.01(圖6),證明RNA-Seq的結(jié)果準(zhǔn)確可靠。

圖6 實(shí)時(shí)熒光定量PCR驗(yàn)證結(jié)果Fig.6 The validation results of quantitative real-time PCR

2.7 遺傳變異篩選

SNP/Indel篩選結(jié)果表明6個(gè)個(gè)體的SNP數(shù)為82 358～106 639個(gè),Indel數(shù)為8 856～10 844個(gè)(表8)。在上述結(jié)果中發(fā)現(xiàn)的與槐山羊產(chǎn)羔數(shù)相關(guān)的11個(gè)基因(PTX3、MMP13、PAK1、ADAMTS1、COL1A2、CCN1、SLC4A10、FOS、NR4A1、NR4A2、ADCY8)中共發(fā)現(xiàn)236個(gè)SNPs,其中39個(gè)SNPs位于外顯子區(qū)域,7個(gè)SNPs為錯(cuò)義突變,4個(gè)位于ADAMTS1基因,1個(gè)位于PTX3基因,2個(gè)位于CCN1基因(表9)。

表8 SNP/Indel篩選結(jié)果Table 8 The screen results of SNP/Indel

表9 與槐山羊產(chǎn)羔數(shù)相關(guān)基因的非同義突變Table 9 The nonsynonymous mutations related to lambing numbers of Huai goats

3 討 論

繁殖性能包括生育力、生產(chǎn)力和繁殖力3個(gè)方面,它們分別指的是母畜每年的妊娠率、每胎的產(chǎn)羔數(shù)和每年的產(chǎn)羔數(shù),排卵率和窩產(chǎn)羔數(shù)是繁殖性能的直接體現(xiàn)。國(guó)內(nèi)外關(guān)于山羊的研究報(bào)道相對(duì)匱乏,相關(guān)重視程度和技術(shù)發(fā)展遠(yuǎn)遠(yuǎn)比不上綿羊,與產(chǎn)羔數(shù)相關(guān)的研究主要集中于黔北麻羊、濟(jì)寧青山羊和絨山羊等品種中,對(duì)于槐山羊尚無(wú)相關(guān)報(bào)道。基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù),本研究構(gòu)建了6個(gè)單、多羔槐山羊卵巢組織mRNA文庫(kù),共發(fā)現(xiàn)了121個(gè)差異表達(dá)基因,其中多羔組上調(diào)基因30個(gè),下調(diào)基因91個(gè),富集到多條組織器官結(jié)構(gòu)發(fā)育功能條目及多條內(nèi)分泌系統(tǒng)相關(guān)激素分泌信號(hào)通路。在單、雙羔燕山絨山羊卵巢組織轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中發(fā)現(xiàn)的差異表達(dá)基因富集于繁殖過(guò)程相關(guān)通路中,包括松弛素信號(hào)通路、cAMP 信號(hào)通路、TGF-beta信號(hào)通路、MAPK信號(hào)通路和雌激素信號(hào)通路等[21]。在濟(jì)寧青山羊的轉(zhuǎn)錄組分析中也發(fā)現(xiàn)類固醇代謝和胰島素通路可能參與了產(chǎn)羔數(shù)性狀的進(jìn)化選擇[18],證明這些信號(hào)通路與山羊的產(chǎn)羔數(shù)相關(guān)。本研究篩選出PTX3、MMP13、PAK1、ADAMTS1、COL1A2、CCN1、SLC4A10、ADCY8、NR4A1和NR4A2等主要候選基因,而燕山絨山羊中篩選的基因包括ADAMTS16、GABRA1、TIMP3、TRPC1、SOS2、WNT2、SLC6A3、PRLHR和SERPINB11等,說(shuō)明不同品種間控制產(chǎn)羔數(shù)的調(diào)控基因可能存在差異。在Pelibuey羊的卵巢組織研究中同樣篩選出NR4A1基因可能與羊繁殖相關(guān)[22],與本研究結(jié)果一致。

本研究在單羔與多羔組間發(fā)現(xiàn)的差異表達(dá)基因包括PTX3、MMP13、PAK1、ADAMTS1、COL1A2、CCN1、SLC4A10、ADCY8、NR4A1和NR4A2等。已有研究表明其中PAK1、PTX3、MMP13、ADAMTS1、ADCY8、NR4A1和NR4A2基因均在卵巢組織中表達(dá),且與卵泡發(fā)育、排卵及類固醇激素合成相關(guān)。如在對(duì)濟(jì)寧青山羊研究中發(fā)現(xiàn)PAK1基因與山羊產(chǎn)羔數(shù)相關(guān)[18],與本研究結(jié)果一致。PTX3基因可通過(guò)抑制PI3K/AKT/mTOR和Erk1/2信號(hào)通路,從而調(diào)控奶山羊卵巢顆粒細(xì)胞的增殖、凋亡,并調(diào)控類固醇合成關(guān)鍵酶CYP19A1和CYP11A1的表達(dá),進(jìn)而作用于顆粒細(xì)胞類固醇激素的生成[23]。MMP13膠原酶則參與了卵泡壁的降解,在卵泡形成和排卵中具有重要功能[24-26]。ADAMTS1基因mRNA和蛋白在優(yōu)勢(shì)卵泡周圍富集,參與子宮和卵巢的形態(tài)發(fā)生、子宮內(nèi)膜蛻膜化、卵子的發(fā)生和排卵過(guò)程,促進(jìn)卵泡的發(fā)育和成熟[27-28]。也有研究發(fā)現(xiàn),ADCY8基因參與卵巢類固醇生成、G蛋白和雌激素信號(hào)通路,與卵母細(xì)胞減數(shù)分裂、孕激素介導(dǎo)的卵母細(xì)胞成熟有關(guān)[29]。

此外,本研究發(fā)現(xiàn)NR4A1和NR4A2基因參與促腎上腺皮質(zhì)激素釋放激素應(yīng)答,促腎上腺皮質(zhì)激素釋放激素在外周與生殖功能相關(guān),推測(cè)NR4A1和NR4A2基因可能通過(guò)促腎上腺皮質(zhì)激素釋放激素應(yīng)答,進(jìn)而調(diào)控槐山羊的產(chǎn)羔數(shù)。前人研究發(fā)現(xiàn)NR4A1基因作為一個(gè)孤核受體的轉(zhuǎn)錄因子,編碼類固醇-甲狀腺激素超家族,同樣調(diào)節(jié)關(guān)鍵類固醇激素合成酶基因的轉(zhuǎn)錄[30-31],而孤兒核受體NR4A2與細(xì)胞生長(zhǎng)或凋亡密切相關(guān),可能參與卵巢上皮性癌的發(fā)生與發(fā)展[32]。結(jié)合本研究結(jié)果,推測(cè)PAK1、PTX3、MMP13、ADAMTS1、ADCY8、NR4A1和NR4A2基因表達(dá)于山羊卵巢組織,且調(diào)控山羊卵泡發(fā)育及產(chǎn)羔數(shù)。

本研究在與槐山羊產(chǎn)羔數(shù)相關(guān)的11個(gè)基因(PTX3、MMP13、PAK1、ADAMTS1、COL1A2、CCN1、SLC4A10、FOS、NR4A1、NR4A2、ADCY8)中共發(fā)現(xiàn)236個(gè)SNPs,其中編碼蛋白發(fā)生改變的SNPs為7個(gè),位于ADAMTS1、PTX3和CCN1基因中,本研究所發(fā)現(xiàn)的遺傳變異位點(diǎn)與產(chǎn)羔數(shù)的關(guān)系需要進(jìn)一步驗(yàn)證。目前尚無(wú)這些基因的SNP與山羊產(chǎn)羔數(shù)關(guān)系的研究。已發(fā)現(xiàn)的與中國(guó)本地山羊高繁性能有關(guān)的SNPs研究主要集中在FSHR、NCOA1、RBP4和DNAH1等基因[9]。在長(zhǎng)白豬群體的NR4A1基因第5內(nèi)含子發(fā)現(xiàn)了A/G突變,多態(tài)性分型結(jié)果表明胎次產(chǎn)仔數(shù)呈現(xiàn)GG>AG>AA的趨勢(shì)[33],該基因SNP在山羊產(chǎn)羔數(shù)中的作用有待進(jìn)一步研究及驗(yàn)證。

4 結(jié) 論

本研究構(gòu)建了多羔及單羔共6個(gè)個(gè)體的mRNA文庫(kù),發(fā)現(xiàn)PTX3、MMP13、PAK1、ADAMTS1、COL1A2、CCN1、SLC4A10、FOS、NR4A1、NR4A2、ADCY8等11個(gè)基因顯著差異表達(dá),且參與到組織器官的結(jié)構(gòu)發(fā)育及內(nèi)分泌系統(tǒng)相關(guān)激素分泌,可能通過(guò)調(diào)控山羊卵泡發(fā)育、排卵及類固醇激素分泌,進(jìn)而影響山羊產(chǎn)羔數(shù)。本研究為解析山羊多羔性狀遺傳機(jī)制提供了理論依據(jù)。