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        養(yǎng)雞發(fā)酵床墊料中脫硫菌的分離及鑒定

        2023-11-02 09:46:42徐慶賢劉蕓阮傳清羅曉建
        農(nóng)業(yè)與技術 2023年20期

        徐慶賢劉蕓阮傳清羅曉建

        (1.福建省農(nóng)業(yè)科學院農(nóng)產(chǎn)品加工研究所,福建 福州 350003;2.福建省農(nóng)業(yè)科學院農(nóng)業(yè)生物資源研究所,福建 福州 350003)

        伴隨著養(yǎng)雞集約化產(chǎn)生的大量糞便造成環(huán)境污染,已經(jīng)成為制約養(yǎng)雞業(yè)可持續(xù)發(fā)展的制約性因素。雞糞由于其高蛋白質(zhì)導致的強烈惡臭,在各種畜禽糞便中,比牛糞、豬糞危害更大,也更難處理[1]。雞糞經(jīng)微生物分解后,會產(chǎn)生硫化氫(H2S)、氨氣(NH3)揮發(fā)性有機化合物(VOCs)等氣體的排放,對人畜健康產(chǎn)生不利影響[2],其中硫化氫是廢氣臭味的主要來源之一。在畜禽養(yǎng)殖過程中,提高糞污治理水平,可以大幅降低硫化氫、吲哚等惡臭氣體的產(chǎn)生和病菌傳播。微生物發(fā)酵床養(yǎng)殖技術是一種畜禽糞污治理模式,其將稻殼、鋸末、秸桿等作物廢棄物粉碎,做成墊料層鋪設于養(yǎng)殖舍地面,再將動物養(yǎng)殖于墊料層上[3]。雞糞便被墊料吸附、掩蓋,并在微生物的作用下消解,可以減少糞便污染環(huán)境。

        人工加入微生物可以調(diào)節(jié)菌群結(jié)構(gòu)、縮短發(fā)酵周期、提高發(fā)酵床運行質(zhì)量,降低有害氣體的產(chǎn)生[4],是發(fā)酵床運行良好的關鍵因素。采用發(fā)酵床法養(yǎng)雞,在養(yǎng)殖過程中不需要對雞糞進行人工清掃、貯存,也不用建沼氣池、污水池和糞場,運行良好時可大幅降低氨氣、硫化氫等惡臭氣體,已在雞的養(yǎng)殖中得到推廣應用[5,6]。

        此外,在我國南方地區(qū),夏季溫度高,雞發(fā)酵床墊料不宜鋪設太厚,這使得養(yǎng)殖過程中產(chǎn)生的硫化氫等惡臭氣體的控制更加困難。因此,有必要篩選更多的脫硫菌,為制備理想的發(fā)酵床復合菌劑,抑制雞舍硫化氫等惡臭氣體的產(chǎn)生提供菌種資源。由于發(fā)酵床墊料不僅是微生物分解雞糞的場所,同時也為這種分解提供碳源,本研究從養(yǎng)雞發(fā)酵床采集墊料,通過富集、分離和脫硫效果測定,獲得脫硫菌,為進一步研發(fā)發(fā)酵床復合菌劑奠定基礎。

        1 材料與方法

        1.1 供試材料

        1.1.1 墊料樣品

        2022年11月14日在福建省順昌縣某發(fā)酵床養(yǎng)雞場采集墊料樣品。養(yǎng)雞大棚面積1000m2,發(fā)酵床墊料厚度40cm,雞品種為“優(yōu)公”,26日齡。按5點采樣法,在發(fā)酵床表面采集墊料,混合均勻,裝入干凈的自封袋,標記,用實驗冰袋冷藏帶回實驗室,保存冰箱4℃冷藏備用。

        1.1.2 主要培養(yǎng)基及試劑

        1.1.2.1 脫硫菌富集培養(yǎng)基

        蛋白胨10g、牛肉膏2g、氯化鈉5g、硫化鈉2g,調(diào)節(jié)pH值至6.5~7.5,加入蒸餾水至1L,分裝至500mL三角瓶,121℃滅菌20min,備用。

        1.1.2.2 脫硫菌分離平板

        在脫硫菌富集培養(yǎng)基配方的基礎上,按17g·L-1濃度加入瓊脂,121℃滅菌20min,冷卻至50℃倒平板備用。

        1.1.2.3 主要試劑

        Biospin細菌基因組DNA提取試劑盒(上海捷瑞生物工程有限公司);PCR擴增試劑(上海生工生物工程服務有限公司);16S rDNA擴增引物(正向引物:5′-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3′,反向引物:5′-GGTTACCTTGTTACGACTT-3′,上海生物工程有限公司)。

        1.2 試驗方法

        1.2.1 菌株富集、分離、純化

        取墊料樣品10g,加入裝有90mL滅菌水的三角瓶(滅菌前瓶中裝入玻璃珠),渦漩混合,再將三角瓶置于25℃,150r·min-1震蕩30min,取出靜置20min,移取上清液5mL至裝有100mL富集培養(yǎng)基的三角瓶中,放置于37℃,150r·min-1搖床培養(yǎng)2d。從培養(yǎng)液吸取5mL,轉(zhuǎn)移到新鮮富集培養(yǎng)基繼續(xù)培養(yǎng)48h,如此連續(xù)轉(zhuǎn)移培養(yǎng)5代。處理設3個重復。

        吸取最后1次培養(yǎng)液1mL,用無菌水稀釋10-4、10-5、10-6、10-7倍后,取0.1mL涂布于分離平板上,在30℃培養(yǎng)箱中培養(yǎng)48h。取出平板,觀察菌落大小、形狀、顏色,挑取不同特征的菌落,標記菌株號,采用三線法在新鮮的分離平板上純化。將獲得的純化菌株分別采用斜面法和甘油法保存。

        1.2.2 菌株的16s DNA序列分析

        1.2.2.1 16s DNA序列的PCR擴增

        取純化菌株的培養(yǎng)物,采用Biospin細菌基因組DNA提取試劑盒提取細菌基因組DNA,作為PCR擴增的模板,利用16S rDNA引物進行PCR擴增。PCR反應體系(25μL):ddH2O 18.7μL、10×Taq Reaction Buffer 2.5μL、10mmol·L-1/each dNTP 0.5μL、引物各1μL、Taq DNA Polymerase 0.3μL、Temple 1μL。PCR擴增程序:94℃預變性5min,94℃變性30s,55℃退火45s,72℃延伸90s,35個循環(huán),最后72℃延伸10min。用1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測PCR擴增結(jié)果,用凝膠圖像分析系統(tǒng)觀察并保存。

        1.2.2.2 PCR產(chǎn)物測序及序列對比分析

        將擴增成功的PCR產(chǎn)物送交福州鉑尚生物技術有限公司測序。將測序結(jié)果通過網(wǎng)站GenBank(http://www.ncbi.nlm.nih.gov)進行序列比對分析,選擇相關的參考菌株序列,再經(jīng)Clustal X[7]對齊后,用軟件Mega 5.0[8]進行聚類分析(方法為Neighbor-Joining,Nucleotide:Jukes-Cantor),構(gòu)建聚類樹[8-10]。

        1.2.3 菌株脫硫效果比較

        將獲得的脫硫菌菌株在分離平板上純化培養(yǎng)48h,將純化好的菌株接種到脫硫菌富集培養(yǎng)基中,并以添加無菌水的培養(yǎng)基為對照,30℃、180r·min-1搖床培養(yǎng)48h。然后將培養(yǎng)的菌液取5%重新接入新的脫硫菌富集培養(yǎng)基中,對照組也取5%重新接入新培養(yǎng)基中,繼續(xù)做空白對照,30℃、180r·min-1搖床培養(yǎng)。在培養(yǎng)的過程中依據(jù)《水質(zhì)硫化物的測定 亞甲基藍分光光度法》(HJ 1226-2021),檢測并記錄0h、24h、48h、72h、96h的液體培養(yǎng)基的硫化物含量,并與空白對照組的硫化物含量進行對比,計算出硫化物降解率。

        1.2.4 數(shù)據(jù)分析

        在DPS數(shù)據(jù)處理系統(tǒng)中[11],采用Tukey多重比較方差分析方法對不同處理的活菌數(shù)、pH和酸度進行比較。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 菌株分離的結(jié)果分析

        經(jīng)16s DNA測序和GenBank(http://www.ncbi. nlm.nih.gov)序列比對分析,并以軟件NJ法(Neighbor-Joining,Nucleotide:Jukes-Cantor),結(jié)合Bootstrap method檢驗(檢驗次數(shù)為1000次),構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,如圖1所示。從系統(tǒng)發(fā)育樹可以看出,菌株Td51和Td-53處于同一最小分枝,緊鄰的上一節(jié)點與Td52 Bootstrap值達91%,再上一節(jié)點與硬細胞芽孢桿菌Cytobacillus firmus strain NBRC 15306(NR_112635)相同,且Bootstrap method檢驗值為100%。菌株Td-54與枯草芽孢桿菌Bacillus stercoris strain D7XPN1(NR_181952)同處于最小分枝,且Bootstrap值達100%。菌株Td-55與硝化還原菌Nitratireductor aestuarii strain LMG 29090(NR 156984)最相似,Bootstrap值達99%。綜合系統(tǒng)發(fā)育樹分析結(jié)果,所獲得的菌株主要是芽孢桿菌屬(Bacillus),如表1所示。

        圖1 分離菌株基于16S rDNA序列構(gòu)建的分子系統(tǒng)發(fā)育樹

        表1 菌株樣品序列比對結(jié)果

        2.2 菌株脫硫活性測定結(jié)果

        由表2可以看出,在菌株剛接入時各培養(yǎng)液的硫化物起始濃度為1.00mg·L-1,相互間無顯著差異;24h后,接菌處理組的硫化物含量略低于對照組;48h后,接菌處理組的硫化物含量顯著低于對照組。試驗測得對照組硫化物殘留24h后為0.93mg·L-1,96h后為0.92mg·L-1,基本沒有變化。5株分離菌對硫化物96h后的降解率為34%~78%,因此,考慮菌株對硫化物去除率,菌株Td54、Td55去除率較好,可以作為下一步的研究對象。

        表2 不同菌株培養(yǎng)液硫化物殘留及降解率

        3 結(jié)論與討論

        養(yǎng)雞發(fā)酵床墊料中存在大量的微生物,雖然大部分微生物因為分解雞糞產(chǎn)生惡臭氣體,但也有部分微生物可以降解這些惡臭氣體,因此可以將這類微生物作為篩選除臭微生物的潛在菌種。

        本試驗通過富集、分離純化和16s DNA序列分析,從養(yǎng)雞發(fā)酵床墊料分離獲得5株具有脫硫功能的菌株,其中芽孢桿菌屬(Bacillus)4株。目前已知的脫硫微生物有芽孢桿菌屬、短桿菌屬、硫桿菌屬等10多個種屬[12]。本文研究結(jié)果大部分屬于芽孢桿菌屬,與已報道脫硫微生物相似。劉雪純等[12]從規(guī)?;i場中分離篩選了2株能夠高效降解硫的菌株,分別為地衣芽孢桿菌和糞產(chǎn)堿桿菌。李玥等[1]從雞糞堆肥中分離到5株具有較好除臭效果的菌株均屬于芽孢桿菌屬,分別為Bacillus sp.、貝萊斯芽孢桿菌(Bacillus velezensis)、耐寒短桿菌(Brevibacterium frigoritolerans)、木糖葡萄球菌(Staphylococcus xylosus)、變異棒桿菌(Corynebacterium variabile)。李珊珊等[13]篩選出1株解淀粉芽孢桿菌(Bacillus amyloliquefaciens)。吳翔等[14]篩選1株原磷谷氨酸桿菌(Glutamicibacter protophormiae)。

        通過水質(zhì)硫化物的檢測方法檢測液體培養(yǎng)基中硫化物含量變化,結(jié)果表明,5株脫硫菌對硫化物的去除率在34%~78%。李珊珊等[13]報道的菌株對硫化氫的去除率為52%,吳翔等[14]報道的菌株對硫化氫的降解率為62.80%,本文分離的菌株中Nitratireductor aestuarii Td-55脫硫效果最強,去除率為78%。

        在實際生產(chǎn)中,不同的微生物菌群可能起相互協(xié)同作用,選擇不同菌株混合發(fā)酵極有可能進一步提高脫硫降解率。周東興等[15]自蚯蚓糞中分離獲得了芽孢桿菌、黃單胞菌和假單胞菌各1株,經(jīng)組合后可使硫化氫降解率提高71.53%。因此,有必要下一步研究脫硫效果最強的Td-54和Td-55菌株,與其他互補拮抗脫硫微生物進行菌種復配,有望進一步提高菌株脫硫效果,提高在發(fā)酵床上的應用潛力。

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