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        基于生物信息學和細胞實驗探討肝豆扶木湯調(diào)控鐵死亡治療肝豆狀核變性的作用

        2023-10-30 06:12:26郝文杰楊文明魏濤華唐露露錢南南楊玉龍
        中成藥 2023年10期
        關(guān)鍵詞:誘導劑凍干粉靶點

        郝文杰,楊文明,魏濤華,唐露露,楊 悅,錢南南,楊玉龍

        (1.安徽中醫(yī)藥大學第一附屬醫(yī)院,安徽 合肥 230031; 2.安徽中醫(yī)藥大學,安徽 合肥 230038; 3.新安醫(yī)學教育部重點實驗室,安徽 合肥 230038)

        肝豆狀核變性,又稱Wilson 病,是銅代謝障礙導致以大腦基底節(jié)變性和肝功能損害為主要表現(xiàn)的常染色體隱性遺傳性疾病,臨床上以進行性加重的肝損害、神經(jīng)系統(tǒng)癥狀等為主要特征[1]。研究發(fā)現(xiàn)該病不僅存在銅代謝障礙,其鐵代謝障礙在發(fā)病機制中也起著重要作用[2]。由于肝臟是金屬離子代謝的主要靶器官,肝損害為Wilson 病患者最常見的癥狀,暴發(fā)性肝衰竭是最常見的致死因素[3]。進行早期干預對保護患者肝損害具有重要的臨床意義。據(jù)相關(guān)研究報道,鐵死亡在Wilson 病肝損害中具有起到關(guān)鍵作用[4]。鐵死亡是一種被公認的以鐵依賴性脂質(zhì)過氧化為特征的細胞調(diào)控死亡形式[5]。

        肝豆扶木湯是楊文明教授根據(jù)新安醫(yī)學固本培元的理論,針對Wilson 病創(chuàng)制的專方,全方行滋補肝腎、豁痰化瘀之功。課題組前期研究發(fā)現(xiàn),肝豆扶木湯能有效改善Wilson 病患者和模型鼠的肝功能及肝纖維化程度,發(fā)揮肝保護作用[6],且其作用機制可能與調(diào)控轉(zhuǎn)化生長因子-β1(transforming growth factor-β,TGF-β1) /Smad[7]、活性氧(reactive oxygen species,ROS) /Jun 氨基末端激酶,Jun Nterminal kinase,JNK)[8]信號通路有關(guān),但與鐵死亡相關(guān)作用機制尚待深入研究。故本研究借助生物信息學系統(tǒng)預測肝豆扶木湯干預鐵死亡的活性成分、潛在靶點,并結(jié)合體外實驗進行初步驗證。

        1 材料

        1.1 細胞株 人肝癌細胞HepG2 (貨號CL-0103) 購自武漢普諾賽生命科技有限公司,用含10% 胎牛血清、100 IU/mL青霉素、100 μg/mL 鏈霉素的DMEM 培養(yǎng)基在37 ℃、5% CO2、飽和濕度條件下培養(yǎng),待細胞生長至70% ~80%時開始傳代,用于后續(xù)實驗。

        1.2 藥物 肝豆扶木湯由制何首烏4 g、枸杞子20 g、三七3 g、土茯苓12 g、白芍15 g、郁金12 g、柴胡12 g 組成,均購自安徽中醫(yī)藥大學第一附屬醫(yī)院,符合2020 年版《中國藥典》 標準,加10 倍量水浸泡30 min,武火煮沸后轉(zhuǎn)文火再煎30 min,濾過,再加8 倍量水重復以上步驟,將2次水煎液混勻,紗布過濾后于旋轉(zhuǎn)蒸發(fā)儀上濃縮至0.3 g/mL,冷凍干燥得凍干粉17.5 g,得率為22.4%,于-20 ℃冰箱中保存?zhèn)溆?。肝豆扶木湯凍干粉溶液用無菌PBS 制成1 g/L (1 g 凍干粉相當于4.46 g 生藥量) 母液,0.22 μm 微孔濾膜過濾除菌。

        1.3 試劑 DMEM 培養(yǎng)基(武漢普諾賽生命科技有限公司,批號WH0022C021); Erastin 試劑(上海麥克林生化科技股份有限公司,批號C13632104); PrimeScriptTMRT reagent Kit with gDNA Eraser (日本TaKaRa 公司,批號AJ51485A); CCK8 檢測試劑盒、2 × SYBR Green qPCR Master Mix (High ROX) (武漢賽維爾生物科技有限公司,批號CR2112050、LT202201); 山羊抗小鼠IgG、山羊抗兔IgG (上海張沈生物醫(yī)藥科技有限公司,批號142637、139931); 溶質(zhì)載體家族7 成員11 (solute carrier family 7 member 11,SLC7A11) 抗體、谷胱甘肽過氧化酶 4(glutathione peroxidase 4,GPX4) 抗體、P53 抗體 (美國Affinity 公司,批號84a5792、78p5366、23y9837); RIPA 裂解液(強)(合肥白鯊生物科技有限公司,批號69128033);PAGE 膠促凝劑 (北京索萊寶科技有限公司,批號1020F024); PVDF 膜 ( 美國 Millipore 公司,批號R8KA7385); 胰酶、Western 一抗二抗去除液(上海碧云天生物技術(shù)有限公司,批號C0201、051418180626); ECL 超敏發(fā)光試劑盒(美國Thermo Fisher Scientific 公司,批號S1257444); 丙二醛 (malondialdehyde,MDA) 測定試劑盒、還原型谷胱甘肽(glutathione,GSH) 測定試劑盒(南京建成生物工程研究所,批號20220518、20220525); 活性氧(ROS) 檢測試劑盒(上海貝博生物科技有限公司,批號BB20081)。

        1.4 儀器 3111 型恒溫CO2培養(yǎng)箱(美國Thermo Fisher Scientific 公司); 超凈工作臺(上海力辰儀器科技有限公司); CKX53 型倒置顯微鏡(日本Olympus 公司); 熒光定量PCR 儀(美國ABI 公司); 電泳儀、轉(zhuǎn)膜儀(上海天能科技有限公司); 自動曝光儀(上海培清科技有限公司);酶標分析儀(深圳雷杜生命科學股份有限公司)。

        2 方法

        2.1 生物信息學

        2.1.1 活性成分篩選 利用BATMAN-TCM 數(shù)據(jù)庫(http: / /bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/) 檢索肝豆扶木湯方中何首烏、枸杞子、三七、柴胡、白芍、土茯苓、郁金7 味中藥的化學成分,以靶點預測的得分值(Score cutoff) ≥20、靶點分析P<0.05 為標準[9],篩選出具有較高活性的成分和潛在靶點。利用 PubChem 數(shù)據(jù)庫(https: / /pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) 下載對應的活性成分信息,以3D 結(jié)構(gòu)保存為SDF 格式,用于分子對接。

        2.1.2 鐵死亡靶點篩選 在GeneCards (https: / /www.genecards.org/)、OMIM (http: / /www.omim.org/)、TTD數(shù)據(jù)庫 (http: / /db.idrblab.net/ttd/) 中輸入檢索詞“Ferroptosis”,收集鐵死亡相關(guān)的非重復靶基因。將鐵死亡相關(guān)靶點的相關(guān)度值(Relevance score) 定義為≥3,與藥物活性成分作用潛在靶點進行匹配,最終獲得肝豆扶木湯干預鐵死亡的作用靶點,用于后續(xù)分析。

        2.1.3 分子對接 選取匹配后篩選得到的核心靶蛋白作為核心受體蛋白,在PDB 數(shù)據(jù)庫(https: / /www.rcsb.org)中輸入靶蛋白名稱,設置種屬為“Homosapiens”,選取分辨率高的靶蛋白三維結(jié)構(gòu)。使用CB-Docking 數(shù)據(jù)庫[10](http: / /clab.labshare.cn/cb-dock/php/index.php) 將篩選出來的受體與配體進行在線對接處理,比較對接后的Vina score 值,再進行對比分析。

        2.2 細胞實驗

        2.2.1 Erastin 誘導劑最佳作用劑量和時間篩選 將HepG2細胞分為空白組、Erastin 誘導劑組,空白組只加DMEM 培養(yǎng)基,Erastin 誘導劑組分別加入含10、20、30、40 μmol/L Erastin 的DMEM 培養(yǎng)基,分別培養(yǎng)12、24、36、48 h 后棄培養(yǎng)液,每孔加入10 μL CCK8,繼續(xù)培養(yǎng)1 h,在酶聯(lián)免疫檢測儀上450 nm 波長處測量各孔吸光度。

        2.2.2 肝豆扶木湯凍干粉最佳作用劑量和時間篩選 將HepG2 細胞分為空白組、肝豆扶木湯凍干粉組,空白組只加DMEM 培養(yǎng)基,肝豆扶木湯凍干粉組分別加入含5、10、20、40、80、160、320、640 μg/mL 凍干粉和最佳作用濃度Erastin 的DMEM 培養(yǎng)基,在Erastin 最佳作用時間點換液3 次后棄培養(yǎng)液,每孔加10 μL CCK8,繼續(xù)培養(yǎng)1 h,在酶聯(lián)免疫檢測儀上450 nm 波長處測量各孔吸光度。

        2.2.3 分組及給藥 實驗分為空白組 (HepG2 細胞+PBS)、模型組(HepG2 細胞+Erastin 誘導劑) 和肝豆扶木湯低、中、高劑量組(HepG2 細胞+Erastin 誘導劑+160、320、640 μg/mL 肝豆扶木湯凍干粉)。取對數(shù)生長期HepG2 細胞,接種于平底培養(yǎng)板,每組設3 個復孔,置于37 ℃、5% CO2培養(yǎng)箱中培養(yǎng)12 h,模型組加入最佳濃度的Erastin 誘導劑,肝豆扶木湯組同時加入最佳濃度的Erastin 誘導劑和不同質(zhì)量濃度的凍干粉,空白組加入等量PBS 溶液,處理至Erastin 誘導劑最佳時間點時進行換液,繼續(xù)處理至凍干粉最佳作用時間后檢測相關(guān)指標。

        2.2.4 GSH、MDA 水平檢測 取對數(shù)生長期HepG2 細胞,接種于6 孔板,按“2.2.3” 項下方法處理,按照相關(guān)試劑盒說明書操作步驟檢測GSH、MDA 水平。

        2.2.5 ROS 水平檢測 取對數(shù)生長期HepG2 細胞,接種于6 孔板,按“2.2.3” 項下方法處理,加入10 μmol/L DCFH-DA,37 ℃避光孵育30 min,其間顛倒混勻4 ~5 次,使細胞與探針充分接觸,再用無血清培養(yǎng)基洗滌細胞3 次,除去多余的DCFH-DA,于倒置熒光顯微鏡下觀察熒光強度,NovoExpress 軟件分析并計算熒光強度值。

        2.2.6 Western blot 法檢測細胞P53、SLC7A11、GPX4 蛋白表達 按“2.2.3” 項下方法處理細胞,提取各組細胞總蛋白,經(jīng)電泳、轉(zhuǎn)膜、封閉后,分別加P53 (1 ∶500)、SLC7A11 (1 ∶500)、GPX4 (1 ∶500)、β-actin (1 ∶500)一抗,4 ℃孵育過夜,加相應二抗繼續(xù)孵育2 h,顯影,用Image J 軟件分析條帶灰度值。

        2.2.7 RT-qPCR 法檢測細胞P53、SLC7A11、GPX4 mRNA表達 按“2.2.3” 項下方法處理細胞,提取RNA,逆轉(zhuǎn)錄為cDNA,然后進行PCR 擴增,2-ΔΔCT法計算目的基因相對表達,引物序列見表1。

        表1 引物序列

        2.3 統(tǒng)計學分析 通過SPSS 22.0 軟件進行處理,數(shù)據(jù)以(±s) 表示,若滿足正態(tài)性和方差齊性,2 組間比較采用獨立樣本t檢驗,組間多重比較采用LSD 法; 反之,采用Kruskal-Wallis 檢驗。以P<0.05 為差異具有統(tǒng)計學意義。

        3 結(jié)果

        3.1 生物信息學

        3.1.1 活性成分及作用靶點 以Score cutoff≥20、P<0.05為條件進行檢索,得到肝豆扶木湯方中化學成分226 種,其中何首烏16 種,枸杞子46 種,白芍18 種,三七51 種,土茯苓13 種,柴胡63 種,郁金18 種。以OB ≥30%、DL≥0.18 為條件,篩選得到214 種化學成分。

        3.1.2 作用靶點篩選 共得到肝豆扶木湯活性成分潛在作用靶點10 463 個,其中何首烏298 個,枸杞子2 077 個,白芍300 個,三七3 964 個,土茯苓367 個,柴胡1 845個,郁金1 612 個,剔除重復部分,得到潛在作用靶點1 741個。利用GeneCards 數(shù)據(jù)庫獲得274 個與鐵死亡相關(guān)的靶基因,相關(guān)度值(Relevance score) 定義為≥3,最終獲得與鐵死亡相關(guān)的靶基因23 個。將藥物活性成分靶點與疾病靶點取交集,最終收集11 個共同作用靶點用于分子對接分析,見圖1。

        圖1 肝豆扶木湯活性成分靶點與鐵死亡靶點的韋恩圖

        3.1.3 分子對接 將11 個鐵死亡核心靶蛋白與對應的肝豆扶木湯活性成分進行分子對接,并根據(jù)Vina score 值繪制熱圖(圖2),其中Vina score<-7.0,表明靶蛋白與活性成分結(jié)合性好,而且Vina score 值越小,兩者結(jié)合能力越強[11]。由此可知,肝豆扶木湯的主要活性成分維生素B2、抗壞血酸、γ-氨基丁酸、尼克酸、維生素C、核黃素、芍藥二酮、鬼傘毒素、苯乙酮、3,4-二甲基苯甲酸、鄰苯二酸辛酯、白芷素、壬烯酸、亞麻酸、姜黃酮、莪術(shù)二酮、姜黃烯、香芹酮與鐵死亡核心靶點SLC7A11 蛋白均有很強的結(jié)合能力,再繪制對接模式圖(圖3)。此外,維生素B2、核黃素、芍藥二酮、白芷素、莪術(shù)二酮與TP53、ACSL4、ACSL4、VDAC2、VDAC3、ALOX15、PRKAA1、MDM2 靶蛋白均有良好的結(jié)合能力。

        圖2 肝豆扶木湯活性成分與鐵死亡核心靶蛋白分子對接熱圖

        圖3 肝豆扶木湯活性成分與SLC7A11 蛋白對接模式圖

        3.2 細胞實驗

        3.2.1 Erastin 誘導劑最佳作用劑量、時間篩選 與空白組比較,10 μmol/L Erastin 誘導劑作用12、24、36、48 h 時細胞活性均高于50%,20 μmol/L Erastin 誘導劑作用12、24 h時細胞活性均高于50%,30 μmol/L Erastin 誘導劑作用36、48 h 時細胞活性均低于50%,40 μmol/L Erastin 誘導劑作用12、24、36、48 h 時細胞活性均低于50%,故選擇30 μmol/L、24 h 分別作為Erastin 誘導劑最佳作用劑量、時間,見表2。

        表2 Erastin 誘導劑不同作用劑量、時間下細胞相對活性(±s,n=3)

        表2 Erastin 誘導劑不同作用劑量、時間下細胞相對活性(±s,n=3)

        注: 與空白組比較,*P<0.05。

        組別劑量/(μmol·L-1)12 h24 h36 h48 h空白組01.002±0.0111.003±0.0221.014±0.0161.001±0.021 Erastin 誘導劑組100.879±0.041*0.825±0.029*0.783±0.027*0.692±0.063*200.688±0.017*0.649±0.044*0.509±0.040*0.469±0.014*300.557±0.060*0.496±0.029*0.282±0.011*0.249±0.018*400.287±0.044*0.214±0.021*0.176±0.014*0.146±0.012*

        3.2.2 肝豆扶木湯凍干粉最佳作用劑量、時間篩選 與空白組比較,5 μg/mL 凍干粉作用48、72 h 時,10、20、40、80 μg/mL 凍干粉作用24、48 h 時,以及160 μg/mL 凍干粉作用24 h 時細胞活性降低(P<0.05); 40、80、160 μg/mL凍干粉作用72 h 時,320 μg/mL 凍干粉作用48、72 h 時,以及640 μg/mL 凍干粉作用24、48、72 h 時細胞活性升高(P<0.05),故選擇160、320、640 μg/mL 分別作為低、中、高劑量,見表3。

        表3 肝豆扶木湯凍干粉不同作用劑量、時間下細胞相對活性(±s,n=3)

        表3 肝豆扶木湯凍干粉不同作用劑量、時間下細胞相對活性(±s,n=3)

        注: 與空白組比較,*P<0.05。

        組別劑量/(μg·mL-1)24 h48 h72 h空白組01.003±0.0221.001±0.0210.999±0.013肝豆扶木湯凍干粉組50.984±0.0140.824±0.033*0.914±0.072*100.935±0.010*0.846±0.068*0.991±0.048 200.867±0.013*0.853±0.078*1.037±0.049 400.822±0.008*0.917±0.034*1.084±0.061*800.787±0.018*0.950±0.066*1.129±0.042*1600.920±0.014*1.075±0.0341.174±0.01*3201.051±0.0221.286±0.027*1.305±0.009*6401.170±0.061*1.330±0.068*1.364±0.029*

        3.2.3 肝豆扶木湯對Erastin 誘導HepG2 細胞GSH、MDA、ROS 水平的影響 與空白組比較,模型組細胞GSH 水平降低(P<0.01),MDA 水平升高(P<0.01),ROS 熒光強度增強(P<0.01); 與模型組比較,肝豆扶木湯各劑量組細胞GSH 水平升高(P<0.01),MDA 水平降低(P<0.01),ROS 熒光強度減弱(P<0.01),并呈劑量依賴性,見圖4。結(jié)果表明,肝豆扶木湯能提高HepG2 細胞GSH 水平,降低MDA、ROS 水平,提高抗氧化能力,抑制HepG2 細胞的氧化應激損傷。

        圖4 肝豆扶木湯對HepG2 細胞GSH、MDA、ROS 水平的影響(±s,n=3)

        3.2.4 肝豆扶木湯對Erastin 誘導HepG2 細胞P53、SLC7A11、GPX4 蛋白表達的影響 與空白組比較,模型組細胞P53 蛋白表達升高(P<0.01),SLC7A11 和GPX4 蛋白表達降低(P<0.01); 與模型組比較,肝豆扶木湯中、高劑量組細胞P53 蛋白表達降低(P<0.01),肝豆扶木湯各劑量組細胞SLC7A11、GPX4 蛋白表達升高(P<0.01),并呈劑量依賴性,見圖5。結(jié)果表明,肝豆扶木湯抑制HepG2細胞鐵死亡的作用可能與其下調(diào)P53 蛋白表達,上調(diào)SLC7A11、GPX4 蛋白表達有關(guān)。

        圖5 肝豆扶木湯對HepG2 細胞P53、SLC7A11、GPX4 蛋白表達的影響(±s,n=3)

        3.2.5 肝豆扶木湯對Erastin 誘導HepG2 細胞P53、SLC7A11、GPX4 mRNA 表達的影響 與空白組比較,模型組細胞P53 mRNA 表達升高(P<0.01),SLC7A11、GPX4 mRNA 表達降低(P<0.01); 與模型組比較,肝豆扶木湯各劑量組細胞P53 mRNA 表達降低(P<0.01),SLC7A11、GPX4 mRNA 表達升高(P<0.01),并呈劑量依賴性,見圖6。結(jié)果表明,肝豆扶木湯抑制HepG2 細胞鐵死亡的作用與其下調(diào)P53 mRNA 表達,上調(diào)SLC7A11、GPX4 mRNA 表達有關(guān)。

        圖6 肝豆扶木湯對HepG2 細胞P53、SLC7A11、GPX4 mRNA 表達的影響(±s,n=3)

        4 討論

        肝損害幾乎是每一個Wilson 病患者都存在的癥狀,如不能及時有效地進行干預,易出現(xiàn)暴發(fā)性肝衰竭,甚至導致死亡[3]。如能早期有效干預,則能顯著延緩肝損害的病理進程[12]。近年來,國內(nèi)外學者對Wilson 病肝損害的分子機制研究取得了一定的進展[13-14]。Wilson 病患者存在鐵代謝障礙,鐵離子的沉積在疾病的進展中起到重要作用[15-16]。分子對接技術(shù)是通過計算機模擬化合物與蛋白質(zhì)受體匹配的模式和親和力,是現(xiàn)代藥物探索和新藥發(fā)現(xiàn)的重要工具[17]。故本研究將肝豆扶木湯的活性成分與鐵死亡相關(guān)蛋白進行分子對接,結(jié)果顯示鐵死亡關(guān)鍵蛋白SLC7A11 與肝豆扶木湯的活性成分具有良好的結(jié)合能力。

        肝豆扶木湯是針對Wilson 病肝損害的病機特點創(chuàng)立而成[18],由枸杞子、白芍、制何首烏、三七粉、土茯苓、柴胡、郁金組成,課題組前期臨床和基礎實驗研究證實該方對Wilson 病肝損害具有保護作用[19]?,F(xiàn)代藥理表明,肝豆扶木湯的活性成分具有抗氧化等作用[20-21]。本研究采用Erastin 誘導HepG2 細胞構(gòu)建鐵死亡模型,以肝豆扶木湯干預,發(fā)現(xiàn)肝豆扶木湯能提高HepG2 細胞的抗氧化能力,對細胞具有保護作用。細胞內(nèi)ROS、MDA 升高及GSH 消耗是氧化應激的標志,也是鐵死亡發(fā)生的標志之一。本研究結(jié)果顯示,HepG2 細胞經(jīng)Erastin 誘導后,其ROS 和MDA 水平升高,GSH 水平降低,說明Erastin 誘導HepG2 細胞發(fā)生氧化應激; 而肝豆扶木湯干預降低了ROS 和MDA 水平,提高了GSH 水平,說明肝豆扶木湯具有抗氧化的作用。

        SLC7A11 可促進細胞對胱氨酸的攝取和GSH 合成,提高抗氧化能力,保護細胞免受鐵死亡[22]。P53 可以抑制SLC7A11 表達,導致GSH 合成受損并增加消耗,促進鐵死亡[23]。GPX4 是一種抗氧化酶,能降低ROS 水平來抑制鐵死亡的發(fā)生,而GSH 缺失可使GPX4 失活[24]。抑制GPX4活性可導致脂質(zhì)過氧化物積累發(fā)生鐵死亡[25]。當SLC7A11表達被抑制,胱氨酸吸收減少,GSH 合成被影響,導致GPX 活性降低,抗氧化能力下降,ROS 積聚,最終導致鐵死亡[26]。本研究采用Erastin 誘導處理HepG2 細胞后,其P53 蛋白和mRNA 表達升高,SLC7A11、GPX4 蛋白和mRNA 表達降低,說明Erastin 處理后的HepG2 細胞發(fā)生了鐵死亡; 而肝豆扶木湯干預后下調(diào)了P53 蛋白和mRNA 表達,上調(diào)了SLC7A11、GPX4 蛋白和mRNA 表達,說明肝豆扶木湯能夠抑制鐵死亡,且可能通過SLC7A11/GPX4 軸對細胞產(chǎn)生保護作用。

        綜上所述,肝豆扶木湯能通過降低ROS 和MDA 水平,提高GSH 水平,下調(diào)P53 表達,上調(diào)SLC7A11 和GPX4 表達來減輕HepG2 細胞的鐵死亡,其作用可能是通過調(diào)控SLC7A11/GPX4 軸實現(xiàn)的。本研究為臨床運用肝豆扶木湯治療Wilson 病患者肝損害提供科學證據(jù)。

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