亚洲免费av电影一区二区三区,日韩爱爱视频,51精品视频一区二区三区,91视频爱爱,日韩欧美在线播放视频,中文字幕少妇AV,亚洲电影中文字幕,久久久久亚洲av成人网址,久久综合视频网站,国产在线不卡免费播放

        ?

        北京地區(qū)貓泛白細胞減少癥病毒VP2基因的遺傳進化分析

        2023-10-18 01:43:18董悅欣張啟龍程敏姮王林栗云鵬傅彩霞張永紅崔德鳳張瑋
        畜牧與獸醫(yī) 2023年9期
        關鍵詞:毒株宿主位點

        董悅欣,張啟龍,程敏姮,王林,栗云鵬,傅彩霞,張永紅,崔德鳳*,張瑋*

        (1. 北京農(nóng)學院動物科學技術學院,北京 102206;2. 中國農(nóng)業(yè)大學動物醫(yī)學院,北京 100080;3. 北京市動物疫病預防控制中心,北京 102629)

        貓泛白細胞減少癥又稱貓傳染性腸炎、貓瘟熱,是由貓泛白細胞減少癥病毒(feline panleukopenia virus,F(xiàn)PV)引起的[1]。FPV是細小病毒科(Parvoviridae)細小病毒屬(Parvovirus)成員,為單股無囊膜線狀DNA病毒。細小病毒適于在增殖能力強并處于有絲分裂過程中的細胞內(nèi)增殖,故其主要侵害動物快速分化或分裂迅速的組織,如腸上皮細胞及骨髓等,會導致出現(xiàn)腸炎等相關疾病[2]。目前,貓泛白細胞減少癥在全球范圍廣泛流行,大多以雙相熱、嘔吐、脫水、白細胞顯著減少和出血性腸炎為主要臨床特征,給我國貓科動物的健康帶來巨大的影響[3-4]。妊娠早期的母貓在感染FPV后,有可能造成流產(chǎn)、死胎等癥狀[5]。該病毒還可以通過母體直接感染胎兒,并對胎兒的神經(jīng)發(fā)育造成影響,出現(xiàn)小腦發(fā)育不全、腦積水等癥狀。

        貓泛白細胞減少癥主要根據(jù)白細胞減少進行初步診斷,由于FPV具有血凝性,故可使用血清中和試驗、血凝和血凝抑制試驗進行鑒定,還可以通過采用ELISA、PCR等方法進行確診[6-7]。免疫接種是該病主要防控措施,目前用于預防FPV感染的疫苗有弱毒疫苗和滅活疫苗2種。FPV基因組全長為5 kb,在電子顯微鏡下觀察,能夠看到FPV粒子呈現(xiàn)為一個等軸對稱的二十面體,直徑大小為 20~24 nm。FPV二十面對稱結構的核衣殼蛋白的每一面,都是由VP1、VP2和VP3這3個結構蛋白按一定的方式進行裝配蛋白分子構成的,其中VP2蛋白理化性質(zhì)穩(wěn)定,抗原性較強,可以誘導產(chǎn)生高水平的抗體,為主要的結構蛋白,在決定病毒的宿主范圍和病毒抗原性方面起到了重要作用,是病毒主要的免疫保護性抗原蛋白[8]。FPV共擁有2種非結構蛋白,分別為NS1和NS2,主要作用是調(diào)控以及保護FPV基因的表達,這2種蛋白是在病毒早期的增殖過程中最優(yōu)先被合成的。NS1影響貓細小病毒的基因組以及核衣殼蛋白的組裝,也能剪切或者結合DNA片段,以此來調(diào)節(jié)FPV基因組的復制,不僅在FPV感染宿主體內(nèi)的時候發(fā)揮著重要的作用,同時也在FPV的體外感染中發(fā)揮不可或缺的功能;NS2蛋白在病毒復制增殖的過程中,影響病毒衣殼蛋白在靶細胞核內(nèi)的運輸和組裝[9-10]。

        如今,隨著病毒不斷地進化和宿主范圍的擴大,F(xiàn)PV出現(xiàn)了抗原變異,臨床上也出現(xiàn)了貓免疫失敗的現(xiàn)象。因此了解FPV的遺傳變異和流行情況對新型疫苗的研發(fā)和該疾病的防治具有重要作用[11-12]。本研究從北京寵物醫(yī)院患貓采集肛拭子,擴增VP2基因并對其序列進行分析,以期了解北京地區(qū)FPV的流行趨勢,豐富我國FPV的流行病學資料,為控制該病的傳播提供一定的理論依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 樣品來源

        從北京地區(qū)寵物醫(yī)院收集了不同品種、不同月齡、不同免疫狀況的疑似感染FPV的貓肛拭子16份(詳見表1),已對貓冠狀病毒、貓杯狀病毒及沙門菌等其他疑似致病原進行檢測,結果均為陰性。樣品于-20 ℃保存,備用。

        表1 樣本信息

        1.2 主要試劑與儀器

        PCR MasterMix購自普洛麥格(北京)生物技術有限公司;磁珠法核酸提取試劑購自天根生化科技(北京)有限公司;DNA的小量純化試劑盒、大腸桿菌感受態(tài)DH5α、質(zhì)粒連接試劑盒,均購自寶日醫(yī)生物技術(北京)有限公司。

        生物安全柜購自美國Nuaire公司,TGuide S32全自動核酸提取純化儀購自天根生化科技有限公司,PCR儀購自賽默飛世爾科技(中國)有限公司,電泳儀購自北京六一儀器廠,移液器購自德國Eppendorf公司。

        1.3 樣品的處理與核酸提取

        在樣品中分別加入500 μL生理鹽水,4 000 r/min離心10 min,取200 μL上清液至一新離心管中,按核酸提取試劑盒說明進行核酸的提取,得到DNA溶液于-80 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.4 VP2基因的PCR鑒定

        根據(jù)FPV VP2基因保守序列設計引物[13],上游引物序列為:ATGAGTGATGGAGCAGTT;下游引物序列為:TTAATATAATTTTCTAGG,擴增片段的大小為1 755 bp。引物由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。PCR反應體系:DNA模板3 μL[14],上、下游引物各1 μL,2×Buffer 25 μL,超純水20 μL,總反應體積50 μL。循環(huán)條件:94 ℃預變性5 min;94 ℃變性30 s,61 ℃退火30 s,72 ℃延伸2 min,共 35個循環(huán);72 ℃再延伸10 min。取出PCR產(chǎn)物20 μL在1%瓊脂糖凝膠電泳上電泳檢查結果。將擴增產(chǎn)物交由生物工程(上海)股份有限公司進行測序。

        1.5 12株FPV VP2基因的克隆與測序

        1.5.1 PCR產(chǎn)物的回收

        對1.4中PCR產(chǎn)物進行膠回收:在紫外分析儀下,切下帶有目的條帶的瓊脂塊。將其放入離心管中,計算凈重,用于確定DNA回收過程中溶膠試劑的用量[15]。參考DNA凝膠回收試劑盒對PCR產(chǎn)物進行回收,將回收樣品置于-20 ℃中保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.5.2 PCR產(chǎn)物的克隆

        按照PLB Vector連接體系:目的基因5 μL,載體1 μL,Buffer 1 μL,酶1 μL,超純水2 μL,總反應體積10 μL。在恒溫水浴鍋中進行目的片段和載體PUC57質(zhì)粒的連接[16]。參考文獻[6]的方法,將連接產(chǎn)物轉化DH5α感受態(tài)細胞,參考文獻[17]進行提取質(zhì)粒,將所提取的質(zhì)粒DNA送生工生物工程(上海)股份有限公司測序。

        1.6 12株FPV VP2基因遺傳進化分析

        將測序獲得的序列通過NCBI、MEGA 7.0等軟件進行分析。本研究中所使用的51個參考序列(表2)均從GenBank獲得。

        表2 VP2基因的參考序列

        2 結果

        2.1 VP2基因鑒定

        對動物醫(yī)院采集的疑似感染FPV的16份貓肛拭子進行VP2基因的PCR鑒定與擴增,經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳后結果顯示,從12份樣品中獲得與預期一致的目的基因片段(圖1)。

        2.2 目的片段測序

        將目的片段經(jīng)膠回收、純化、連接載體后測序,測序結果顯示12個基因片段大小均為1 755 bp,經(jīng)Blast與標準株(NCBI登錄號:M38246.1)序列比對,一致度為99.20%~99.54%,分析均為FPV VP2基因。對12條序列進行編號,分別命名為:FPV-2021-BJ01、FPV-2021-BJ02、FPV-2021-BJ03、FPV-2021-BJ04、FPV-2021-BJ05、FPV-2021-BJ06、FPV-2021-BJ07、FPV-2021-BJ08、FPV-2021-BJ09、FPV-2021-BJ10、FPV-2021-BJ11、FPV-2021-BJ12。

        2.3 VP2基因遺傳進化分析

        對GenBank發(fā)布的所有FPV、犬細小病毒(CPV)VP2序列進行分析,由于有些來自同一國家或省市的流行毒株序列完全一致,最終篩選到51條VP2基因序列(包括6株CPV毒株、2株疫苗株和44株FPV毒株)[13],與試驗所得12份陽性樣品使用MEGA 7.0等軟件構建系統(tǒng)進化樹(圖2)。其中亞洲40株(中國32株,日本5株,韓國3株);歐洲17株(意大利10株,英國 3株、疫苗株2株,葡萄牙1株,法國1株);北美洲5株(美國5株);大洋洲1株(澳大利亞1株)。圖2的系統(tǒng)進化樹顯示,形成了FPV和CPV兩大分支,其中CPV單獨形成一個基因群(CPV-Group),F(xiàn)PV在不斷進化過程中形成3個基因群,即G1、G2和 G3[18]。G1型34株,包括亞洲32株和歐洲2株;G2型16株,包括亞洲5株、歐洲8株、大洋洲1株和北美洲2株;G3型7株,全部來自歐洲(意大利)。本次試驗所得的12份陽性樣品屬于G1型,與標準株M38246.1、疫苗株EU498680、EU498681之間親緣性較遠;與韓國2007年分離株KF002(EU252146.1)在同一基因群內(nèi),親緣性高;與意大利2003年分離株150 03(EU498685.1)分群不同,親緣性低。

        注:○代表本研究中測得的FPV的VP2序列。

        2.4 VP2基因同源性比對

        使用DNAStar等軟件將試驗獲得的12條VP2基因序列與全球代表性的11個來自不同國家和地區(qū)的毒株參考序列進行對比分析(圖3)。12條序列核苷酸同源性比對顯示,它們之間的同源性為 99.0%~100%;與FPV參考株M38246.1同源性為99.2%~99.5%;與2株疫苗株EU498680、EU498681進行比較,同源性為99.0%~99.4%;與意大利2003年分離株150 03 (EU498685.1)的同源性為98.9%~99.3%;與法國2009年分離株PLI-IV 166 (D88287.1)和英國2006年分離株97 06-10 (EU498713.1)同源性為99.0%~99.4%;與韓國2007年分離株KF002 (EU252146.1)同源性為99.7%~99.9%;與中國北京2018年分離株Beijing-L4(MK266796.1)和日本2000年分離株V208(AB054226.1)同源性為99.1%~99.4%。

        圖3 FPV VP2基因同源性分析

        2.5 VP2關鍵氨基酸位點的突變情況

        通過查閱文獻資料,F(xiàn)PV VP2蛋白的第80、87、93、101、103、297、300、305、323、426、555、564和568位氨基酸位點是決定分離株抗原性和宿主范圍的關鍵位點,這些關鍵位點的變化會影響其抗原特性和宿主范圍[19-20]。將本研究獲得的序列與國內(nèi)外部分FPV和CPV毒株的 VP2基因上關鍵氨基酸位點進行分析對比,結果見表3。試驗所得的12條序列的關鍵氨基酸位點均相同,未出現(xiàn)突變現(xiàn)象;與參考株CU-4相比,第101位出現(xiàn)了突變I-T,但對比其他毒株,除意大利的Purevax merial vaccine疫苗株外,其余毒株的101位氨基酸均為T;針對第323位氨基酸位點,僅有意大利2008年分離株V142(AB054226)出現(xiàn)突變D-N;與CPV VP2蛋白關鍵氨基酸位點比對,多個位點出現(xiàn)明顯差異:第80位(K-R)、第93位(K-N)、第103位(V-A)、第323位(D-N)、第564位(N-S)、第568位(A-G);與CPV2a、CPV2b、New CPV2a、New CPV2b毒株在個別關鍵位點顯示出差異性,如第87位(M-L)、第93位(K-N)、第300位(A-G)、第305位(Y-D)和第101位(T-I)等。

        表3 FPV、CPV的VP2基因上關鍵位點氨基酸突變情況

        3 討論

        FPV對貓科動物的危害較大,其核衣殼蛋白由60個VP1及VP2蛋白按照特定的排列方式相互交替結合而成,其中VP1蛋白約占FPV核衣殼蛋白的10%,而VP2蛋白約占90%[12],所以VP2蛋白對于FPV感染有重要影響,VP2基因在決定其抗原性和宿主范圍中起到了重要作用[16]。本研究通過收集疑似感染FPV的貓肛拭子擴增VP2基因,共獲得12條基因序列,對其進行遺傳進化分析、同源性比對和關鍵氨基酸位點突變情況分析。

        根據(jù)VP2基因遺傳進化分析,G1群多數(shù)由亞洲毒株組成;G2群由世界各地毒株聚集組成,但主要為歐洲、亞洲毒株,與G1群比較,起源較早且包括2株疫苗株;G3群多數(shù)由歐洲毒株組成。從世界范圍分布上分析,亞洲、歐洲流行株在G1、G2、G3群均有分布,北美洲、大洋洲流行株主要位于G2群內(nèi)。就我國而言,F(xiàn)PV毒株主要為G1群,且不同地區(qū)之間未發(fā)現(xiàn)有明顯的地理分離現(xiàn)象。到目前為止,世界范圍內(nèi)FPV的流行株是以G1和G2群為主,G3群也在部分國家流行。本次試驗所得的12條 VP2基因序列均屬于G1群,與中國、日本和韓國毒株之間親緣性更近,這說明,在不同國家之間FPV的演化存在地理分離的現(xiàn)象,與翟志安[14]報道一致。

        本試驗12條VP2基因序列與國內(nèi)外最近流行株的序列對比,關鍵的氨基酸位點鮮有突變,表明FPV VP2蛋白的抗原性和宿主范圍等在進化過程中較少發(fā)生改變,與洪馬林等[21]報道一致;與意大利的Purevax merial vaccine疫苗株相比,第101位氨基酸發(fā)生突變,可能是導致免疫失敗的原因之一[11]。FPV和CPV 毒株的VP2蛋白關鍵氨基酸位點存在一定的突變,表明VP2蛋白在不同宿主上可能表現(xiàn)出功能差異性。與CPV相比,F(xiàn)PV在VP2基因的遺傳進化上更為保守[19-20]。

        由于FPV不斷進化,對FPV抗原變異株的分子監(jiān)測尤為重要,不僅為FPV感染的防控提供一定的理論基礎和參考依據(jù),而且對研究細小病毒的生物學特性、新型疫苗的研發(fā)等具有重要意義。

        猜你喜歡
        毒株宿主位點
        法國發(fā)現(xiàn)新冠新變異毒株IHU
        科學大觀園(2022年2期)2022-01-23 11:05:15
        鎳基單晶高溫合金多組元置換的第一性原理研究
        上海金屬(2021年6期)2021-12-02 10:47:20
        CLOCK基因rs4580704多態(tài)性位點與2型糖尿病和睡眠質(zhì)量的相關性
        病原體與自然宿主和人的生態(tài)關系
        科學(2020年3期)2020-11-26 08:18:22
        龜鱉類不可能是新冠病毒的中間宿主
        二項式通項公式在遺傳學計算中的運用*
        生物學通報(2019年3期)2019-02-17 18:03:58
        表現(xiàn)為扁平苔蘚樣的慢性移植物抗宿主病一例
        廣西鴨圓環(huán)病毒流行毒株遺傳變異分析
        人乳頭瘤病毒感染與宿主免疫機制
        牛傳染性鼻氣管炎IBRV/JZ06-3基礎毒株毒力返強試驗
        日本饥渴人妻欲求不满| 日韩av中出在线免费播放网站| 元码人妻精品一区二区三区9| 一区二区高清免费日本| 国产精品无码素人福利不卡| 国产成人午夜精华液| 国产免费播放一区二区| 91亚洲精品久久久中文字幕| 精品人妻码一区二区三区剧情| 亚洲伊人色欲综合网| 国产精品无码片在线观看| 亚洲人妻av在线播放| 少妇性俱乐部纵欲狂欢少妇| 国产高潮刺激叫喊视频| 日韩欧美亚洲中字幕在线播放| 日本高清一区二区三区不卡| 国产精品久久久久久久久电影网| 日产国产精品亚洲系列| 久久精品爱国产免费久久| 精品国产女主播一区在线观看 | 青青草原亚洲在线视频| 人妻少妇精品视频一区二区三区l| 无码人妻丰满熟妇区五十路| 99精品视频在线观看| 五月激情狠狠开心五月| 日本国产精品久久一线| 性大毛片视频| 一级一级毛片无码免费视频| 国产午夜精品综合久久久| 在厨房被c到高潮a毛片奶水| 亚洲日韩国产精品第一页一区| 激,情四虎欧美视频图片| 在线天堂av一区二区| 中文字幕欧美人妻精品一区| 日韩高清无码中文字幕综合一二三区 | 色婷婷精品大在线视频| 私人vps一夜爽毛片免费| 中文字幕影片免费在线观看| 日本精品人妻在线观看| 精品国产精品久久一区免费式| 无码毛片视频一区二区本码|