趙冉,夷崢,陳穎瑋,黃中強,儲呈祥,王雪亮,(上海市臨床檢驗中心.質(zhì)控品研發(fā)實驗室,.臨床細胞分子遺傳學(xué)研究室/分子病理研究室,上海 200126)
隨著分子生物學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展,核酸檢測已成為輔助診斷多種感染性疾病的有效手段,如新型冠狀病毒(新冠病毒)核酸檢測結(jié)果可作為疾病確診的依據(jù)[1]。核酸檢測包括樣本采集、運輸、保存、檢測和結(jié)果分析等多個環(huán)節(jié),其中任一環(huán)節(jié)均會影響檢測質(zhì)量。為保證檢測結(jié)果準(zhǔn)確可靠,使用室內(nèi)質(zhì)控品是實驗室質(zhì)量管理的重要措施之一[2-4]。歷次版本的《新型冠狀病毒肺炎防控方案》均明確要求實驗室使用弱陽性質(zhì)控品同批參與檢測過程。此外,質(zhì)控品還用于實驗室檢測系統(tǒng)性能驗證、儀器校準(zhǔn)、測量程序評估等[4-5],核酸檢測質(zhì)控品應(yīng)能夠監(jiān)測樣本核酸提取和擴增等檢驗全過程質(zhì)量。
目前可供選用的商品化新冠病毒核酸檢測質(zhì)控品種類多樣,不同類型質(zhì)控品性能及適用場景可能存在較大差異[3-5],選擇性能可靠且適用的質(zhì)控品是保證檢測質(zhì)量的前提。然而,目前尚無對第三方弱陽性質(zhì)控品性能比較評價的相關(guān)研究。為此,本研究選取多種常見的商品化新冠病毒核酸檢測弱陽性質(zhì)控品進行評價,以期為實驗室合理選用質(zhì)控品提供參考借鑒。
1.1 質(zhì)控品樣本 7 種商品化的新冠病毒核酸檢測弱陽性質(zhì)控品分別來自:鄭州標(biāo)源生物科技有限公司、廣州邦德盛生物科技有限公司、上海之江生物科技股份有限公司、睿豐康生物醫(yī)藥科技(浙江)有限公司、英維譜(浙江)生物科技有限公司、北京康徹思坦生物技術(shù)有限公司、廣東和信健康科技有限公司,隨機編號為品牌A(1×103copies/mL)、品牌B(1.12×103copies/mL)、品牌C(1.03×103copies/mL)、品牌D(1×103copies/mL)、品牌E(1.83×103copies/mL)、品牌F(1×103copies/mL)和品牌G(1×103copies/mL)。
1.2 核酸檢測方法 使用NP968-C 核酸提取儀(西安天隆科技有限公司)及配套試劑耗材(批號22081010T324),根據(jù)說明書及操作規(guī)程進行核酸提取。使用ABI 7500 實時熒光定量PCR 儀(美國賽默飛世爾公司)進行核酸擴增。為減少配制試劑等操作引入的誤差,除適用性評價外,均使用武漢明德生物科技股份有限公司生產(chǎn)的新冠病毒核酸檢測試劑盒(明德,批號220809)進行核酸擴增。
1.3 評價方法
1.3.1 適用性評價 各質(zhì)控品分別隨機選取5 管,提取核酸后使用20 種不同品牌的經(jīng)國家藥品監(jiān)督管理局(National Medical Products Administration,NMPA)批準(zhǔn)的新冠病毒核酸檢測試劑分別進行檢測,分析其靶基因擴增Ct 值是否符合陽性結(jié)果判斷要求。
適用性評價試劑生產(chǎn)商包括:明德(批號220809)、鄭州安圖生物工程股份有限公司(安圖,批號20220516)、上海伯杰醫(yī)療科技股份有限公司(伯杰,批號20220516G)、廣州達安基因股份有限公司[達安(快速法),批號2022536 及達安(普通法),批號20220086],浙江東方基因生物制品有限公司(東方基因,批號AA220707)、復(fù)星診斷科技(上海)有限公司(復(fù)星,批號C20220430)、華大生物科技(武漢)有限公司(華大,批號60202010065)、上海捷諾生物科技有限公司(捷諾,批號COV20221006)、杭州迪安生物技術(shù)有限公司(金迪安,批號2208086)、卡尤迪生物科技宜興有限公司(卡尤迪,批號202209072)、潮州凱普生物化學(xué)有限公司(凱普,批號20220919A)、邁克生物股份有限公司(邁克,批號1020531)、北京納捷診斷試劑有限公司(納捷,批號DJ202201)、圣湘生物科技股份有限公司(圣湘,批號2022191-1)、江蘇碩世生物科技股份有限公司(碩世,批號20220705)、上海思路迪生物醫(yī)學(xué)科技有限公司(思路迪,批號QP07220724)、上海之江生物科技股份有限公司(之江,批號P20220140)、中元匯吉生物技術(shù)股份有限公司(中元,批號5207039)及北京卓誠惠生生物科技有限公司(卓誠惠生,批號C20220430)。
1.3.2 穩(wěn)定性評價 對品牌A~G 質(zhì)控品的短期穩(wěn)定性、長期穩(wěn)定性、反復(fù)凍融后穩(wěn)定性分別進行評價,步驟:(1)短期穩(wěn)定性:包括37 ℃儲存2 h、4 h,25 ℃儲存2 h、4 h、6 h、8 h、1 d,4 ℃儲存4 h、8 h、1 d、2 d、3 d,-20 ℃儲存2 d。(2)長期穩(wěn)定性:包括-20 ℃儲存2 周、1 個月、3 個月及6 個月。(3)反復(fù)凍融測試:將-80 ℃凍存的各品牌質(zhì)控品樣本取出后25 ℃靜置1 h 至完全融化,再置于-80 ℃凍存12 h 以上為1 次凍融,分別進行凍融1 次、2 次、3 次。經(jīng)相應(yīng)條件處理后的樣本分別提取核酸并進行檢測,與-80 ℃保存的樣本檢測Ct 值進行比較。
1.3.3 量值準(zhǔn)確性評價 使用新型冠狀病毒核糖核酸基因組標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)[中國計量科學(xué)研究院,編號GBW(E)091099]作為標(biāo)準(zhǔn)品分別進行10-1、10-2、10-3倍稀釋后檢測并繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線,對各品牌質(zhì)控品進行定量。根據(jù)Ct 值計算各質(zhì)控品中ORF1ab基因、N 基因濃度,與各質(zhì)控品產(chǎn)品說明書中所標(biāo)示濃度進行比較。
1.3.4 核酸殘留檢測 各品牌質(zhì)控品分別隨機選取3 管,以不提取核酸的樣本直接作為模板進行檢測,并與提取核酸后檢測結(jié)果進行比較。
1.4 統(tǒng)計學(xué)分析 除適用性評價外,其他每次試驗為3 個重復(fù)樣本,計算Ct 值的均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差()。采用GraphPad Prism 5 軟件對數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計分析。以P<0.05 為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。
2.1 適用性驗證 7 種品牌弱陽性質(zhì)控品適用性評估結(jié)果見表1。在不考慮內(nèi)參基因的情況下,僅品牌A 質(zhì)控品使用邁克試劑不能有效檢出ORF1ab基因,其余各質(zhì)控品均適用于各檢測試劑。因此,7種品牌質(zhì)控品均可滿足多種檢測試劑對陽性質(zhì)控品的需求。
表1 品牌A~G 質(zhì)控品對不同檢測試劑的適用性
2.2 穩(wěn)定性評價 不同保存條件(-20 ℃,2~8 ℃或室溫)下的各質(zhì)控品穩(wěn)定性結(jié)果以O(shè)RF1ab 基因為例進行分析,結(jié)果見圖1。與-80 ℃相比,7 種質(zhì)控品在37 ℃保存4 h、25 ℃保存1 d、4 ℃保存3 d、-20 ℃保存6 個月時其Ct 值均無明顯變化。N 基因檢測結(jié)果與ORF1ab 基因檢測結(jié)果類似。表明7種質(zhì)控品穩(wěn)定性良好,臨床實驗室在實際應(yīng)用中將質(zhì)控品暫存于2~8 ℃或室溫條件下不會顯著影響其檢測效果。
圖1 品牌A~G 質(zhì)控品ORF1ab 基因在不同條件下的穩(wěn)定性
此外,7 種質(zhì)控品反復(fù)凍融后與凍融前(0 次)檢測結(jié)果進行比較,顯示ORF1ab 和N 基因檢測Ct值差異均無統(tǒng)計學(xué)意義(圖2),表明反復(fù)凍融3 次后不影響其穩(wěn)定性,在實際使用中質(zhì)控品開瓶后多次使用不影響其檢測效果。
圖2 品牌A~G 質(zhì)控品反復(fù)凍融不同次數(shù)后檢測Ct 值比較
2.3 量值準(zhǔn)確性評價 7 種不同品牌質(zhì)控品定量結(jié)果及其與產(chǎn)品說明書中的標(biāo)示濃度比較結(jié)果見表2。除1 種弱陽性質(zhì)控品定量結(jié)果與其標(biāo)示濃度值接近以外,其余6 種弱陽性質(zhì)控品的實際定量結(jié)果與標(biāo)示濃度值均存在較大差距,個別品牌的濃度差異高達220 倍,明顯不符合相關(guān)法規(guī)文件中對新冠病毒弱陽性質(zhì)控品濃度要求。
表2 品牌A~G 質(zhì)控品使用標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)定量結(jié)果
2.4 核酸殘留檢測 7 種品牌質(zhì)控品進行核酸提取后檢測或不提取直接檢測Ct 值結(jié)果見表3。部分質(zhì)控品核酸殘留處理較好,在不提取核酸情況下完全無核酸擴增反應(yīng),如品牌B、E 和F。但部分品牌質(zhì)控品仍存在殘留核酸,不提取核酸直接擴增即可產(chǎn)生陽性結(jié)果。如品牌A 質(zhì)控品僅對ORF1ab基因靶標(biāo)進行了處理,其N 基因在提取核酸后擴增Ct 值與未提取核酸直接擴增Ct 值僅相差1 左右;品牌C 質(zhì)控品不提取核酸與提取核酸后檢測其檢測靶基因Ct 值僅相差2 左右,證明該產(chǎn)品中仍有大量的核酸殘留。而品牌G 和品牌D 質(zhì)控品雖然在未提取核酸情況下也有部分擴增,但與提取后擴增的Ct 值差異較大,說明該質(zhì)控品雖然進行了處理,但仍有少量核酸殘留。
表3 不同品牌質(zhì)控品核酸殘留檢測結(jié)果
合理設(shè)置質(zhì)控品是保障核酸檢測結(jié)果準(zhǔn)確可靠的重要手段[4]。目前新冠病毒核酸檢測可供選擇的質(zhì)控品有多種類型,例如假病毒顆粒和滅活病毒等,其在生物安全風(fēng)險、保存運輸條件等方面特性不同[4-7]。選擇合適的質(zhì)控品是保障檢驗項目質(zhì)量的前提,但目前缺少對相應(yīng)質(zhì)控品性能的比較評價研究。為此,本實驗對7 種品牌質(zhì)控品進行性能評估,以期為臨床實驗室合理選用質(zhì)控品提供參考。
新冠病毒核酸檢測質(zhì)控品通常存放于-20 ℃,使用時于2~8 ℃或室溫解凍,且常需要開瓶后多次使用。本研究結(jié)果顯示7 種質(zhì)控品在不同保存條件下或反復(fù)凍融后穩(wěn)定性良好,均能滿足實驗室日常使用要求。適用性評價結(jié)果表明絕大多數(shù)質(zhì)控品均可滿足不同檢測試劑需求,但仍有少數(shù)質(zhì)控品未能覆蓋個別檢測試劑靶基因。因部分檢測試劑為外源性內(nèi)標(biāo),此次評價中未考慮質(zhì)控品中內(nèi)參基因檢出情況。但筆者也發(fā)現(xiàn)部分質(zhì)控品用于個別檢測試劑時確實存在不能有效檢出內(nèi)參基因的問題。因此,如何確保核酸檢測質(zhì)控品覆蓋所有檢測試劑靶基因,且能包括各類內(nèi)參基因,是未來質(zhì)控品進一步優(yōu)化提升的方向。
為降低檢測假陰性結(jié)果風(fēng)險[8],新冠病毒核酸檢測建議使用弱陽性質(zhì)控品。然而,多數(shù)實驗室在使用弱陽性質(zhì)控品時僅關(guān)注其擴增曲線,未對質(zhì)控品實際濃度進行有效驗證。本研究發(fā)現(xiàn)大多數(shù)品牌弱陽性質(zhì)控品實際濃度遠高于產(chǎn)品說明書中的標(biāo)示濃度值,這并不符合弱陽性質(zhì)控品的濃度要求,可能會無法有效監(jiān)測實驗室檢測假陰性結(jié)果。此外,高濃度陽性質(zhì)控品在使用過程中還存在引發(fā)實驗室污染的風(fēng)險[9]。因此,建議臨床實驗室在選用弱陽性質(zhì)控品時除關(guān)注擴增曲線外,還需關(guān)注所用質(zhì)控品的實際濃度。
此外,為更好地監(jiān)測RNA 病毒核酸提取及反轉(zhuǎn)錄效率,質(zhì)控品應(yīng)完全去除生產(chǎn)過程中的核酸殘留。目前商品化質(zhì)控品制備較多采用RNA 體外轉(zhuǎn)錄、噬菌體病毒樣顆粒、慢病毒顆粒等技術(shù),其生產(chǎn)過程均涉及質(zhì)粒DNA 的使用,易導(dǎo)致質(zhì)粒DNA 殘留[9]。本研究結(jié)果表明部分質(zhì)控品不提取核酸完全不能進行擴增,說明其質(zhì)控品核酸殘留處理較好。當(dāng)然,也不能排除部分產(chǎn)品有添加核酸擴增抑制劑的情況。殘留的質(zhì)粒DNA 會導(dǎo)致其無法有效模擬真實病毒的核酸提取和逆轉(zhuǎn)錄過程。此外,本研究還發(fā)現(xiàn)部分質(zhì)控品未能完全去除核酸殘留,這說明其生產(chǎn)工藝尚存在問題,不能有效監(jiān)控檢測全過程質(zhì)量。因此,臨床實驗室在選用核酸檢測質(zhì)控品時應(yīng)評價其產(chǎn)品中的核酸殘留情況,以確保能夠監(jiān)測檢驗全過程質(zhì)量。
綜上所述,本研究所評價的7 種質(zhì)控品基本能滿足各檢測試劑的適用性需求,且穩(wěn)定性良好。但部分質(zhì)控品量值準(zhǔn)確性和核酸殘留方面尚存在一定問題。雖然目前新冠病毒核酸檢測已大大減少,但類似問題也很可能出現(xiàn)在其他RNA 病毒核酸檢測質(zhì)控品中,如多重呼吸道病毒檢測。因此,質(zhì)控品生產(chǎn)商應(yīng)持續(xù)優(yōu)化提升相關(guān)產(chǎn)品質(zhì)量,實驗室也應(yīng)合理選用并規(guī)范設(shè)置質(zhì)控品,以有效保證相關(guān)病原體檢測結(jié)果的準(zhǔn)確可靠,從而更好地服務(wù)于臨床。