張紅陽(yáng),莫殿軍,陳穎,趙新宇
(1.赤峰學(xué)院,內(nèi)蒙古赤峰 024000;2.赤峰學(xué)院附屬醫(yī)院,內(nèi)蒙古赤峰 024005)
多囊卵巢綜合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)為女性常見的生殖內(nèi)分泌與代謝相關(guān)聯(lián)的疾病,影響著我國(guó)5.6%的育齡期女性[1]。PCOS 以高雄激素血癥(HA)、胰島素抵抗(insulin resistance,IR)、高胰島素血癥(HI)為主要特征,遠(yuǎn)期可并發(fā)2 型糖尿?。═2DM)、心血管疾病、子宮內(nèi)膜癌、阻塞性睡眠呼吸暫停綜合征、代謝相關(guān)脂肪性肝病等[2]。流行病學(xué)調(diào)查顯示,50%~ 70%的PCOS女性伴IR,IR不僅是PCOS的臨床特征,還被認(rèn)為是PCOS 發(fā)生發(fā)展的中心環(huán)節(jié)[3],是獨(dú)立于肥胖的在PCOS 發(fā)病機(jī)制中起主要作用的危險(xiǎn)因素[4],而且在PCOS 生殖和代謝異常的發(fā)生機(jī)理中也起著重要作用。
《女科切要》曰:“肥白婦人,經(jīng)閉而不通者,必是濕痰與脂膜壅塞之故也。”《丹溪心法》記載:“若是肥盛婦人,稟受甚厚,恣于酒食之人,經(jīng)水不調(diào),不能成胎,謂之軀脂滿溢,閉塞子宮,宜行濕燥痰?!爆F(xiàn)代中醫(yī)學(xué)認(rèn)為,PCOS 的發(fā)生以臟腑功能失常,痰瘀互結(jié),阻滯沖任、胞宮、脈道、肌膚而發(fā)為PCOS。由此可見,PCOS 與痰濕密切相關(guān)。PCOS-IR 的中醫(yī)體質(zhì)以痰濕質(zhì)多見[5],PCOS 痰濕證與IR 明顯相關(guān)[6],PCOS-IR 病機(jī)關(guān)鍵在于痰濕阻滯。啟宮丸出自《醫(yī)方集解》,書中注釋:“此足太陰厥陰藥也,橘半白術(shù),燥濕以除其痰,香附神曲,理氣以消其滯,川芎散郁以活其血,則壅者通,塞者啟矣,茯苓甘草,亦以去濕和中,助其生氣也,肥而不孕,多由痰盛,故以二陳為君,而加氣血藥也?!比焦沧嘣餄窕?、健脾理氣活血之功?,F(xiàn)代研究[7-8]顯示,啟宮丸可改善PCOS-IR 狀態(tài),但其作用機(jī)制不明確。本研究以臨床研究為基礎(chǔ),通過挖掘GEO 數(shù)據(jù)庫(kù),結(jié)合網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)與分子對(duì)接技術(shù),探討啟宮丸治療PCOS-IR 的藥效物質(zhì)基礎(chǔ)與分子機(jī)制,為臨床應(yīng)用提供依據(jù),并為進(jìn)一步研究提供基礎(chǔ)。
1.1 臨床研究
1.1.1 研究對(duì)象及分組 選取2020年1月至2022年8月就診于赤峰學(xué)院附屬醫(yī)院,明確診斷為PCOS-IR痰濕證的患者,共60 例。采用隨機(jī)數(shù)字表法將患者隨機(jī)分為對(duì)照組與觀察組,每組各30 例。本研究符合赫爾辛基宣言并通過赤峰學(xué)院附屬醫(yī)院倫理委員會(huì)的審核批準(zhǔn)(倫理審批號(hào):fsyy202147),且所有患者均簽署了知情同意書。
1.1.2 診斷標(biāo)準(zhǔn)(1)PCOS診斷標(biāo)準(zhǔn):參照2003年Rotterdam 診斷標(biāo)準(zhǔn)[9]:①稀發(fā)排卵和/或無(wú)排卵;②臨床和/或生化的高雄激素血癥;③超聲檢查結(jié)果提示:一側(cè)或雙側(cè)卵巢內(nèi)直徑在2~9 mm 的卵泡數(shù)≥12個(gè),和/或一側(cè)或雙側(cè)卵巢體積≥10 cm3。排除其他引起雄激素增高的疾病,如先天性腎上腺皮質(zhì)增生、釋放雄激素腫瘤和庫(kù)欣氏綜合征等,符合上述3條標(biāo)準(zhǔn)中的任意兩條即可診斷。(2)IR 診斷標(biāo)準(zhǔn):參照2018年中國(guó)PCOS診治內(nèi)分泌專家共識(shí)[10]:①穩(wěn)態(tài)模型評(píng)估的胰島素抵抗指數(shù)(HOMAIR)≥2.69[參照1994年全國(guó)糖尿病防治協(xié)作組調(diào)查庫(kù)中具有完整口服葡萄糖耐量試驗(yàn)(OGTT)資料的中國(guó)人]。(3)中醫(yī)痰濕證診斷標(biāo)準(zhǔn):參照國(guó)家中醫(yī)藥管理局《多囊卵巢綜合征中醫(yī)診療方案脾虛痰濕證證候診斷》[11]:主癥:婚久不孕,經(jīng)行后期、甚或閉經(jīng),形體肥胖。次癥:帶下量多,色白無(wú)味;身體倦怠乏力,沉困嗜睡;月經(jīng)量少,或經(jīng)色淡黯;胸腹痞滿。舌脈:舌淡胖或邊有齒痕,苔白或膩;脈滑或沉澀、沉緩。以上主癥具備1項(xiàng),次癥具備3 項(xiàng)或以上,即可診斷。
1.1.3 納入標(biāo)準(zhǔn) ①年齡為19~40周歲;②符合PCOS 和IR 診斷標(biāo)準(zhǔn);③符合中醫(yī)痰濕證診斷標(biāo)準(zhǔn);④體質(zhì)量指數(shù)(BMI)≥23 kg/m2;⑤自愿參加本研究并簽署知情同意書的患者。
1.1.4 排除標(biāo)準(zhǔn) ①具有臨床意義的消化系統(tǒng)、呼吸系統(tǒng)、血液系統(tǒng)、泌尿系統(tǒng)和神經(jīng)系統(tǒng)等嚴(yán)重疾病的患者;②精神病患者;③已明確診斷的糖尿病患者;④未控制的高血壓(≥160/100 mmHg)或低血壓(收縮壓<95 mmHg)患者;⑤肝腎功能異?;颊撸虎藿? 個(gè)月內(nèi)應(yīng)用激素類藥物或近1 個(gè)月內(nèi)服用可能會(huì)影響檢測(cè)結(jié)果的中藥、西藥或中成藥的患者。
1.1.5 治療方法 對(duì)照組給予鹽酸二甲雙胍片治療,用法:鹽酸二甲雙胍片(北京京豐制藥股份有限公司生產(chǎn),批準(zhǔn)文號(hào):國(guó)藥準(zhǔn)字H11 021518;規(guī)格:250 mg/片),飯中口服,第一周,每天2次,每次500 mg;第二周起,每天3次,每次500 mg。觀察組在對(duì)照組的基礎(chǔ)上聯(lián)合啟宮丸湯劑治療,用法:?jiǎn)m丸湯劑(由陳皮、半夏、茯苓、白術(shù)、香附、川芎、神曲、甘草8味中藥組成,由赤峰學(xué)院附屬醫(yī)院中藥房統(tǒng)一提供和煎制,每劑中藥煎取300 mL 并分裝為2袋,150 mL/袋),每日2袋,分2 次于早飯前和晚飯后半小時(shí)溫服。2 組療程均為12周。
1.1.6 觀察指標(biāo)(1)療效性評(píng)價(jià):觀察2組患者治療前后肥胖指標(biāo)[體質(zhì)量、BMI、腰圍(WC)、腰臀比(WHR)],性激素指標(biāo)[血清雌二醇(E2)、睪酮(T)、性激素結(jié)合球蛋白(SHBG)、游離雄激素指數(shù)(FAI)],糖脂代謝指標(biāo)[空腹葡萄糖(FPG)、空腹胰島素(FINS)、穩(wěn)態(tài)模型胰島抵抗指數(shù)(HOMA-IR)、總膽固醇(TC)、甘油三酯(TG)、高密度脂蛋白膽固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白膽固醇(LDL-C)]。其中,血清E2、T、SHBG 檢測(cè)試劑及配套儀器購(gòu)自羅氏診斷產(chǎn)品(上海)有限公司;FPG檢測(cè)試劑及配套儀器購(gòu)自四川邁克生物科技股份有限公司,F(xiàn)INS 檢測(cè)試劑及配套儀器購(gòu)自濰坊三維生物工程集團(tuán)有限公司;TC、TG、HDL-C、LDL-C 檢測(cè)試劑及配套儀器購(gòu)自日本和光純藥工業(yè)株式會(huì)社。BMI=體質(zhì)量(kg)/身高2(m2);WHR=WC(cm)/HC(cm);FAI=T(nmol·L-1)×100/SHBG(nmol·L-1);HOMA-IR=FPG(mmol·L-1)×FINS(μU·mL-1)/22.5。(2)安全性評(píng)價(jià):觀察2 組患者治療過程中腹痛、腹瀉、皮疹等不良反應(yīng)發(fā)生情況,以及肝功能、腎功能、血常規(guī)、尿常規(guī)等安全性指標(biāo)的變化情況。以上生化指標(biāo)均由赤峰學(xué)院附屬醫(yī)院檢驗(yàn)中心檢測(cè)。
1.1.7 統(tǒng)計(jì)方法 應(yīng)用SPSS 25.0統(tǒng)計(jì)軟件進(jìn)行臨床數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)分析。計(jì)量資料用均數(shù)± 標(biāo)準(zhǔn)差(x±s)表示,若數(shù)據(jù)符合正態(tài)分布,采用t檢驗(yàn)分析;若不符合正態(tài)分布則采用非參數(shù)秩和檢驗(yàn)分析。所有檢驗(yàn)采用雙側(cè)檢驗(yàn),以P<0.05 為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。
1.2 網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析
1.2.1 啟宮丸藥物活性成分與靶點(diǎn)篩選 將啟宮丸8味藥物輸入到以下分析平臺(tái)中,符合任何一平臺(tái)的標(biāo)準(zhǔn)即可納入:(1)中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)與分析平臺(tái)數(shù)據(jù)庫(kù)(TCMSP,https://tcmspw.com/tcmsp.php)口服利用度(OB)≥30%,類藥性(DL)≥0.18;(2)中醫(yī)藥百科全書數(shù)據(jù)庫(kù)(ETCM,http://www.tcmip.cn/ETCM/)類藥性≥0.49;(3)中國(guó)知網(wǎng)、萬(wàn)方、PubMed 等文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)查閱到的活性成分。利用PubChem 數(shù)據(jù)庫(kù)(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)對(duì)活性成分進(jìn)行SMILE結(jié)構(gòu)與2D結(jié)構(gòu)查詢,將SMILE 結(jié)構(gòu)輸入FAFDrugs4 平臺(tái)(http://fafdrugs4.mti.univ-paris-diderot.fr)進(jìn)行藥代動(dòng)力學(xué)的吸收(A)、分布(D)、代謝(M)和轉(zhuǎn)化(E)信息查詢,以結(jié)果中“Accepted”為活性成分納入指標(biāo)。匯總活性成分,整理去重。在TCMSP 數(shù)據(jù)庫(kù)、中藥高通量實(shí)驗(yàn)和參考數(shù)據(jù)庫(kù)(HERB,http://herb.ac.cn/)中查找活性成分的ID。
在TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù)、ETCM數(shù)據(jù)庫(kù)、PubChem數(shù)據(jù)庫(kù)及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選活性成分的對(duì)應(yīng)靶點(diǎn)。將活性成分SMILE結(jié)構(gòu)輸入到STITCH數(shù)據(jù)庫(kù)(http://stitch.embl.de/),2D結(jié)構(gòu)輸入Swiss Target Prediction 平臺(tái)(http://swisstargetprediction.ch/),通過化學(xué)相似性進(jìn)行靶點(diǎn)預(yù)測(cè)。整理匯總所有靶點(diǎn),去重。利用Uniprot 數(shù)據(jù)庫(kù)(http://www.uniprot.org/)將所有靶點(diǎn)統(tǒng)一轉(zhuǎn)換為基因靶標(biāo)。
1.2.2 PCOS-IR 差異基因靶點(diǎn)篩選 在基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)(GEO,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)中以“polycystic ovary syndrome”或“PCOS”與“insulin resistance”或“IR”為檢索詞進(jìn)行相關(guān)基因芯片檢索。通過閱讀摘要獲得基因芯片,以|log2FC |>2,校正P<0.05 為標(biāo)準(zhǔn)篩選差異基因靶點(diǎn),繪制火山圖;以前20 個(gè)上調(diào)與下調(diào)基因繪制熱圖。
1.2.3 藥物疾病交集靶點(diǎn)及韋恩(Venn)圖 將啟宮丸靶點(diǎn)與PCOS-IR 靶點(diǎn)采用Venn 圖(http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/)取交集,初步獲得啟宮丸與PCOS-IR的交集靶點(diǎn)。
1.2.4 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及核心靶點(diǎn)篩選 將交集靶點(diǎn)導(dǎo)入STRING 數(shù)據(jù)庫(kù)(https://string-db.org/),選擇物種為“Homo sapiens”,最小相互作用閾值>0.40,獲得PPI 網(wǎng)絡(luò),并將其導(dǎo)入Cytoscape 3.7.2 軟件進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵傩苑治?,根?jù)度值(degree)、中介中心性(BC)、緊密中心性(CC),進(jìn)一步篩選核心靶點(diǎn);核心靶點(diǎn)根據(jù)基因表達(dá)量繪制箱狀圖。
1.2.5 藥物-活性成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建 將啟宮丸8 味藥物、對(duì)應(yīng)的活性成分、對(duì)應(yīng)的交集靶點(diǎn)整理于Excel 表格中,導(dǎo)入Cytoscape 3.7.2 軟件,構(gòu)建藥物-活性成分-靶點(diǎn)的可視化網(wǎng)絡(luò)圖,對(duì)活性成分進(jìn)行拓?fù)鋵傩苑治?,根?jù)degree,篩選前10 位活性成分。
1.2.6 基因本體(GO)生物功能和京都基因與基因組百科全書(KEGG)通路富集分析 將交集靶點(diǎn)輸入DAVID 數(shù)據(jù)庫(kù)(https://david.ncifcrf.gov),以物種限定為“Homo sapiens”,作用靶點(diǎn)為“Gene List”,進(jìn)行GO 生物功能和KEGG 通路富集分析,并在Omicshare 平臺(tái)(http://www.omicshare.com/tools)可視化,繪制條形圖、圈圖與網(wǎng)狀圖。
1.2.7 分子對(duì)接驗(yàn)證 將前5 位靶點(diǎn)蛋白名稱輸入PDB 數(shù)據(jù)庫(kù)(http://www.rcsb.org/pdb/)中查找到相應(yīng)蛋白受體,下載“method”評(píng)分最低的PDB ID,保存為pdb 格式文件;將前5 位活性成分在PubChem 數(shù)據(jù)庫(kù)獲取2D 結(jié)構(gòu),保存為sdf 格式文件。用SailVina 軟件進(jìn)行分子對(duì)接,提取結(jié)合能,以結(jié)合能<-5.0 kJ·mol-1作為核心活性成分與核心靶點(diǎn)有效結(jié)合的篩選依據(jù)。OpenBabel 輸出分子對(duì)接結(jié)果。Pymol 軟件對(duì)分子對(duì)接結(jié)果進(jìn)行去除水和原配體處理,導(dǎo)出結(jié)合分子結(jié)構(gòu),在PLIP 網(wǎng)站(https://projects.biotee.tu-dresclen.de/plip-web/plip/index)確定結(jié)合位點(diǎn),保存為Pymol 格式,在Pymol軟件中進(jìn)行結(jié)合位點(diǎn)殘基可視化與標(biāo)記。
2.1 啟宮丸治療PCOS-IR的臨床研究結(jié)果
2.1.1 2 組患者治療前后相關(guān)療效性指標(biāo)比較表1 結(jié)果顯示:治療前,2 組患者的體質(zhì)量、BMI、WC、WHR 以及血清E2、T、SHBG、FAI、FPG、FINS、HOMA-IR、TC、TG、HDL-C、LDL-C 水平比較,差異均無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05),具有可比性。治療后,觀察組的體質(zhì)量、BMI、WC、E2、FAI、FINS、HOMA-IR 均較治療前下降,SHBG、HDL-C 均較治療前上升,差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05 或P<0.01),而對(duì)照組僅體質(zhì)量、FINS、HOMA-IR 較治療前下降(P<0.05);組間比較,觀察組的BMI、E2、FAI、FINS、HOMA-IR的下降幅度均明顯優(yōu)于對(duì)照組,差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)。
表1 2組多囊卵巢綜合征伴胰島素抵抗(PCOS-IR)患者治療前后相關(guān)療效性指標(biāo)比較Table 1 Comparison of efficacy relevant indicators between the two groups of patients with polycystic ovary syndrome accompanied by insulin resistance(PCOS-IR)before and after treatment ()
表1 2組多囊卵巢綜合征伴胰島素抵抗(PCOS-IR)患者治療前后相關(guān)療效性指標(biāo)比較Table 1 Comparison of efficacy relevant indicators between the two groups of patients with polycystic ovary syndrome accompanied by insulin resistance(PCOS-IR)before and after treatment ()
注:t1,P1為觀察組治療前后比較;t2,P2為對(duì)照組治療前后比較;t3,P3為治療后觀察組與治療組比較。①P<0.05,②P<0.01,與治療前比較;③P<0.05,與對(duì)照組治療后比較
2.1.2 不良反應(yīng)發(fā)生情況 研究過程中,2 組患者均未發(fā)現(xiàn)不良反應(yīng)。
2.2 啟宮丸治療PCOS-IR的作用機(jī)制預(yù)測(cè)
2.2.1 繪制Venn圖 基于《中華人民共和國(guó)藥典》,結(jié)合在多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中的篩選,最終獲得啟宮丸活性成分193個(gè),靶點(diǎn)759個(gè);通過GEO 數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘,獲得芯片GSE34526,包括PCOS-IR 7例,健康對(duì)照組3例,應(yīng)用GEO2R 進(jìn)行差異基因分析,共獲得差異基因靶點(diǎn)1 149個(gè),在線繪制Venn圖,獲得啟宮丸與PCOS-IR 的交集靶點(diǎn)76 個(gè)。結(jié)果見圖1。accompanied by insulin resistance(PCOS-IR)
圖1 啟宮丸與多囊卵巢綜合征伴胰島素抵抗(PCOS-IR)交集靶點(diǎn)Venn圖Figure 1 Venn diagram of the intersected targets of Qigong Pills and polycystic ovary syndrome
2.2.2 藥物-活性成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò) 應(yīng)用Cytoscape 3.7.2 軟件構(gòu)建藥物-活性成分-靶點(diǎn)的可視化網(wǎng)絡(luò)圖,其中,藍(lán)色三角表示啟宮丸與PCOS-IR 的交集靶點(diǎn),正三角表示上調(diào)基因靶點(diǎn),倒三角為下調(diào)基因靶點(diǎn);紫色方形為活性成分,結(jié)果見圖2。經(jīng)Cytoscape 3.7.2 中拓?fù)浞治?,得出?0 位的活性成分,結(jié)果見表2。
圖2 啟宮丸作用于多囊卵巢綜合征伴胰島素抵抗(PCOS-IR)的藥物-活性成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)Figure 2 Drugs-active components-target network of Qigong Pills acting on polycystic ovary syndrome accompanied by insulin resistance(PCOS-IR)
表2 啟宮丸作用于多囊卵巢綜合征伴胰島素抵抗(PCOS-IR)的前10位活性成分網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)參數(shù)Table 2 Network parameters of the top 10 active components of Qigong Pills acting on polycystic ovary syndrome accompanied by insulin resistance(PCOS-IR)
2.2.3 PPI 網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及核心靶點(diǎn)篩選 將交集靶點(diǎn)導(dǎo)入STRING 數(shù)據(jù)庫(kù)中,選擇物種為“Homo sapiens”,對(duì)交集靶點(diǎn)進(jìn)行PPI 分析,結(jié)果見圖3;將PPI 網(wǎng)絡(luò)導(dǎo)入Cytoscape 3.7.2 軟件進(jìn)行拓?fù)浞治?,篩選前10位的核心靶點(diǎn),結(jié)果見表3。
圖3 啟宮丸作用于多囊卵巢綜合征伴胰島素抵抗(PCOS-IR)的靶點(diǎn)PPI網(wǎng)絡(luò)圖Figure 3 PPI network of targets of Qigong Pills acting on polycystic ovary syndrome accompanied by insulin resistance(PCOS-IR)
表3 啟宮丸作用于多囊卵巢綜合征伴胰島素抵抗(PCOS-IR)的核心靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)參數(shù)Table 3 Network parameters of the core targets of Qigong Pills acting on polycystic ovary syndrome accompanied by insulin resistance(PCOS-IR)
2.2.4 GEO 數(shù)據(jù)庫(kù)差異基因分析 GEO 數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘共獲得差異基因1 149個(gè),其中上調(diào)958個(gè),下調(diào)191個(gè),結(jié)合GEO 數(shù)據(jù)庫(kù)差異基因表達(dá)與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)核心靶點(diǎn)分析,將前5位核心基因在火山圖中標(biāo)記,同時(shí)依據(jù)其表達(dá)量繪制箱狀圖,結(jié)果見圖4。分別將上調(diào)與下調(diào)的前20 個(gè)基因以熱圖表現(xiàn),結(jié)果見圖5。
圖4 差異基因分析火山圖與箱狀圖Figure 4 Volcano plot and box plot for differential gene analysis
圖5 差異基因表達(dá)熱圖Figure 5 Heat map of differential gene expression
2.2.5 GO 生物功能與KEGG 通路富集分析 GO生物功能富集分析主要從生物過程(BP)、分子功能(MF)以及細(xì)胞組成(CC)進(jìn)行基因注釋。GO 功能富集分析共得到1 550個(gè)條目,包括BP 1 226條、CC 139條、MF 185條,以各條目錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率(false discovery rate,F(xiàn)DR)較小的前10 條作GO 富集分析條形圖,其中條形的長(zhǎng)度代表P值,條形長(zhǎng)度越長(zhǎng),P值越??;圓點(diǎn)的大小代表該條目上的靶點(diǎn)數(shù),圓點(diǎn)越大,該條目上的靶點(diǎn)數(shù)越多。GO 富集分析條形圖提示:BP富集在炎癥反應(yīng)、防御應(yīng)答、對(duì)含氧化合物的反應(yīng)等;MF 富集在與信號(hào)受體結(jié)合、與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合、與血紅素結(jié)合等;CC 富集在三級(jí)顆粒、細(xì)胞膜上的膜筏、膜微域等。結(jié)果見圖6。
圖6 GO生物功能富集條形圖Figure 6 Bar chart of the results of GO biofunctional enrichment analysis
KEGG 通路富集分析共得到134 個(gè)條目,選取FDR 值較小的前20 條進(jìn)行可視化,對(duì)前10 條進(jìn)行KEGG 網(wǎng)絡(luò)分析,KEGG 通路圈圖提示信號(hào)通路富集在癌癥通路、癌蛋白多糖通路、糖基化終末產(chǎn)物與特異性受體(AGE-RAGE)信號(hào)通路等。KEGG富集網(wǎng)絡(luò)呈現(xiàn)通路與通路之間的關(guān)系,其中節(jié)點(diǎn)越大表示與相鄰?fù)返倪B接越多,節(jié)點(diǎn)顏色越深表示P值越小?;疑?jié)點(diǎn)表示從KEGG 數(shù)據(jù)庫(kù)中補(bǔ)充的相鄰?fù)罚瑢?shí)線表示通路與通路之間有關(guān)聯(lián),虛線表示通路與補(bǔ)充通路的有關(guān)聯(lián)。KEGG 富集網(wǎng)絡(luò)圖提示:磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3KAkt)信號(hào)通路在KEGG 網(wǎng)絡(luò)中具有重要的連接作用。結(jié)果見圖7、圖8。
圖7 KEGG通路富集圈圖Figure 7 Circle map of the results of KEGG pathway enrichment analysis
2.2.6 分子對(duì)接 分別取活性成分與核心靶點(diǎn)中的前5 位進(jìn)行分子對(duì)接,PDB ID 分別為PTGS2(3NT1)、ESR1(7ABB)、AR(4OHA)、PPARG(2POB)、HSP90AA1(5LRL),以結(jié)合能<-7 kJ·mol-1的分子對(duì)接結(jié)果進(jìn)行可視化并標(biāo)記結(jié)合位點(diǎn)殘基。結(jié)果見表4、圖9。
圖9 啟宮丸作用于多囊卵巢綜合征伴胰島素抵抗(PCOS-IR)的前5位核心活性成分與核心靶點(diǎn)分子對(duì)接可視化圖Figure 9 Visualized graph of docking of the top 5 core active components and core target molecules of Qigong Pills acting on polycystic ovary syndrome accompanied by insulin resistance(PCOS-IR)
表4 啟宮丸作用于多囊卵巢綜合征伴胰島素抵抗(PCOSIR)的前5位核心活性成分與核心靶點(diǎn)分子對(duì)接結(jié)合能力Table 4 Docking and binding ability of the top 5 core active components and core target molecules of Qigong Pills acting on polycystic ovary syndrome accompanied by insulin resistance(PCOS-IR)(kJ·mol-1)
本研究發(fā)現(xiàn),啟宮丸聯(lián)合二甲雙胍治療后多囊卵巢綜合征伴胰島素抵抗(PCOS-IR)患者的療效性指標(biāo)有明顯的改善,其中體質(zhì)量、體質(zhì)量指數(shù)(BMI)、腰圍(WC)、雌二醇(E2)、游離雄激素指數(shù)(FAI)、空腹胰島素(FINS)、穩(wěn)態(tài)模型胰島抵抗指數(shù)(HOMA-IR)均較治療前下降,性激素結(jié)合球蛋白(SHBG)、高密度脂蛋白膽固醇(HDL-C)均較治療前上升,尤其BMI、E2、FAI、FINS、HOMA-IR水平均顯著低于單獨(dú)應(yīng)用二甲雙胍治療。既往研究[7,12]結(jié)果顯示,啟宮丸可抑制NF-κB 通路的過度活化,糾正Th17/Treg 失衡,降低腫瘤壞死因子α(TNF-α)、白細(xì)胞介素6(IL-6)、白細(xì)胞介素1β(IL-1β)等炎癥因子水平,減輕炎癥狀態(tài),從而改善PCOS-IR 病理狀態(tài)。陳宇等[8]通過觀察發(fā)現(xiàn),啟宮丸可以調(diào)整卵巢局部胰島素受體底物2(IRS-2)蛋白表達(dá),提高IRS-2 酪氨酸磷酸化程度,改善PCOS-IR 狀態(tài)。上述研究結(jié)果表明,啟宮丸治療PCOS-IR 的整體效果較好。因此,本研究通過GEO 基因芯片、網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)與分子對(duì)接技術(shù)進(jìn)一步分析其作用機(jī)制。
通過啟宮丸藥物-活性成分-靶點(diǎn)的拓?fù)浞治觯Y選出啟宮丸治療PCOS-IR的前5位藥效成分為槲皮素、山柰酚、阿魏酸、沒食子酸、金絲桃苷。槲皮素是最常食用的膳食類黃酮之一,亦稱為植物雌激素。研究表明,槲皮素具有抗糖尿病的特性。槲皮素可以直接促進(jìn)AMP 活化蛋白激酶(AMPK)、胰島素受體底物1(IRS-1)和160 kDa Akt 底物(AS160)磷酸化,增強(qiáng)胰島素級(jí)聯(lián)反應(yīng),激活胰島素信號(hào)通路,同時(shí)在胰島素刺激條件下增加糖原合酶激酶3(GSK3β)[13],而GSK3β 是參與糖原合成的關(guān)鍵酶,也是本研究中發(fā)現(xiàn)治療PCOS-IR 的核心靶點(diǎn)。此外,槲皮素通過調(diào)節(jié)STAT3/SOCS3/IRS1 信號(hào)通路改善肝臟IR[14]。槲皮素還可以間接改善IR,通過降低血清IL-6、TNF-α等炎癥因子的水平,減少對(duì)IR 的不良影響,以及抑制顆粒細(xì)胞Toll 樣受體(TLR)/NF-κB 信號(hào)通路,改善卵巢組織的炎癥微環(huán)境,改善PCOS 大鼠卵巢局部IR[15-16]。山柰酚是一種膳食黃烷醇,具有強(qiáng)大的抗炎特性,而炎癥被認(rèn)為是IR 的基礎(chǔ)。Luo C等[17]進(jìn)行體內(nèi)研究發(fā)現(xiàn),山柰酚抑制IkB 激酶的磷酸化和NF-κB 途徑激活與改善肝臟炎癥損傷有關(guān),從而有助于改善IR。山柰酚也可以調(diào)節(jié)葡萄糖代謝。Alkhalidy H 等[18]的研究發(fā)現(xiàn),以每日50 mg/kg山柰酚喂養(yǎng)肥胖小鼠,可以在未改變體質(zhì)量、未增加食物消耗的情況下有效控制血糖,這與肝葡萄糖生成減少和改善全身胰島素敏感性相關(guān)。另外,山柰酚是丙酮酸羧化酶(PC)的直接抑制劑,可以降低HepG2 細(xì)胞以及從肥胖小鼠肝臟分離的原代肝細(xì)胞的PC 活性并抑制糖異生。由此可見,山柰酚可能是一種天然的抗糖尿病化合物,通過抑制葡萄糖生成和改善胰島素敏感性而發(fā)揮治療作用。阿魏酸是一種廣泛存在于植物中的酚類物質(zhì),具有抗氧化、抗炎等作用。研究[19]顯示,阿魏酸可增加肥胖小鼠骨骼肌和大腦中IRS-1、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)的蛋白表達(dá),從而改善IR。沒食子酸是一種植物來源的多酚化合物,是植物界中最豐富的酚酸之一,在動(dòng)物模型中顯示具有抗糖尿病功能[20]。沒食子酸可誘導(dǎo)過氧化物酶體增殖物激活受體γ(PPARG),增強(qiáng)胰島素的敏感性,而PPARG 正是啟宮丸治療PCOSIR 的核心靶點(diǎn)。另外,沒食子酸還可以通過減少細(xì)胞凋亡,改善胰島素分泌[21]。金絲桃苷可以通過抑制活性氧(ROS)的過度產(chǎn)生和線粒體中半胱天冬氨酸蛋白酶的激活,從而促進(jìn)胰島素分泌并減少胰腺β 細(xì)胞的凋亡,預(yù)防糖尿病的發(fā)生;同時(shí),金絲桃苷具有緩解小鼠IR 的作用,可通過改善胰島功能、增加糖酵解和減少糖異生以預(yù)防糖尿病[22-23]。
通過PPI拓?fù)漕A(yù)測(cè)分析,前列腺素內(nèi)過氧化物合酶2(PTGS2)、雌激素受體1(ESR1)、雄激素受體(AR)、過氧化物酶體增殖物激活受體γ(PPARG)、熱休克蛋白90AA1(HSP90AA1)為啟宮丸治療PCOS-IR 的主要核心靶點(diǎn)。Ozbayer C 等[24]研究發(fā)現(xiàn),PTGS2 與IR 相關(guān),PTGS2 是一種重要的促炎介質(zhì)和啟動(dòng)炎癥反應(yīng)的關(guān)鍵酶,而炎癥能夠負(fù)性調(diào)節(jié)胰島素分泌,并降低胰島素敏感性[25]。雌激素被認(rèn)為是血糖穩(wěn)態(tài)的調(diào)節(jié)劑,與肥胖、IR和糖尿病的病理生理相關(guān)。本研究中,GEO 數(shù)據(jù)挖掘顯示,PCOS-IR 患者的ESR1 下調(diào),臨床研究顯示,鹽酸二甲雙胍片聯(lián)合啟宮丸治療后PCOS-IR患者的E2水平較治療前下降,并且E2水平明顯低于單獨(dú)應(yīng)用鹽酸二甲雙胍片治療。由此推斷,啟宮丸可能是通過上調(diào)ESR1,從而促進(jìn)E2 與ESR1結(jié)合,故血清中E2 水平下降。另外,ESR 在脂肪細(xì)胞中高表達(dá),脂肪細(xì)胞中的ESR 激活增加了特異性蛋白1(SP1)的核含量、SP1/ESR 相互作用及SP1 與Slc2a4 基因啟動(dòng)子的結(jié)合,導(dǎo)致Slc2a4/GLUT4 表達(dá)增加[26]。脂肪生成機(jī)制研究表明,AR敲除降低了胰島素樣生長(zhǎng)因子結(jié)合蛋白3(IGFBP3)的表達(dá),而IGFBP 可以調(diào)節(jié)胰島素樣生長(zhǎng)因子(IGF)的生物利用度[27]。本研究中,啟宮丸聯(lián)合二甲雙胍治療后FAI明顯下降。由此推測(cè),啟宮丸可能可通過降低雄激素水平而改善IR。PPARG 是調(diào)節(jié)胰島素敏感性的最重要轉(zhuǎn)錄因子之一。許多研究已經(jīng)證明IR 中PPARG 表達(dá)率降低。除此之外,Maladobra-Mazur M 等[28]基于體內(nèi)和體外研究發(fā)現(xiàn)PPARG 在IR 中的表觀遺傳變化,即組蛋白H3 乙酰化和甲基化程度降低,因此PPARG 及其表觀遺傳修飾可能是IR 的重要調(diào)節(jié)機(jī)制。HSP90AA1 是真核細(xì)胞中表達(dá)豐富的熱休克蛋白,具有介導(dǎo)炎癥反應(yīng)、穩(wěn)定和糾正錯(cuò)誤折疊的蛋白質(zhì)的作用,而炎癥被認(rèn)為是導(dǎo)致IR的重要因素[29]。將啟宮丸中前5位的核心成分與PCOS-IR的核心靶點(diǎn)進(jìn)行分子對(duì)接,其結(jié)合能均<-5 kJ·mol-1,即均具有較好的結(jié)合活性,證實(shí)啟宮丸治療PCOS-IR的靶向作用。
進(jìn)一步進(jìn)行GO 生物功能富集分析,提示啟宮丸主要參與炎癥反應(yīng)過程干預(yù)PCOS-IR。KEGG 結(jié)果表明,啟宮丸治療PCOS-IR 的信號(hào)通路主要涉及癌癥途徑、癌蛋白多糖通路、糖基化終末產(chǎn)物與特異性受體(AGE-RAGE)信號(hào)通路等。PCOS 子宮內(nèi)膜存在IR,而IR 正是子宮內(nèi)膜增生甚至癌變的風(fēng)險(xiǎn)因素[30]。PCOS 子宮內(nèi)膜間質(zhì)細(xì)胞經(jīng)胰島素刺激后,PI3K-Akt 通路中關(guān)鍵蛋白p-Akt 過度活化,因此IR 與PI3K-Akt 通路的過度激活可能是子宮內(nèi)膜增生和子宮內(nèi)膜癌發(fā)生的重要病理基礎(chǔ)。AGE-RAGE 信號(hào)通路與IR 密切相關(guān)。AGEs 與RAGE 結(jié)合后,通過炎性反應(yīng)、氧化應(yīng)激等導(dǎo)致IR。IR 發(fā)生后,高水平血糖會(huì)促進(jìn)體內(nèi)蛋白質(zhì)、脂質(zhì)和DNA 的非酶糖基化,從而形成過多的AGEs,因此,AGE-RAGE 信號(hào)通路與IR之間存在惡性循環(huán)[31]。KEGG 網(wǎng)絡(luò)圖將單個(gè)通路進(jìn)行連接,直觀地表現(xiàn)出通路與通路之間的聯(lián)系,展現(xiàn)生物體內(nèi)密不可分的復(fù)雜關(guān)系網(wǎng)絡(luò)。分析結(jié)果顯示,PI3K-Akt 與其他通路連接的緊密度最高,在啟宮丸治療PCOS-IR 的復(fù)雜通路網(wǎng)絡(luò)圖中具有重要的連接作用。
IR 是PCOS 生殖、代謝發(fā)生異常的核心部分。通過生物信息數(shù)據(jù)、網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)與分子對(duì)接分析發(fā)現(xiàn),啟宮丸通過多成分、多靶點(diǎn)、多通路治療PCOS-IR,為臨床治療提供了依據(jù),同時(shí)后續(xù)應(yīng)通過實(shí)驗(yàn)進(jìn)行更深入的研究與驗(yàn)證。