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        基于高通量測(cè)序分析玉米浸泡液細(xì)菌菌群結(jié)構(gòu)及多樣性

        2023-09-13 06:19:32陳麗王敬敬賀明君黎銘軒劉陽(yáng)
        食品研究與開(kāi)發(fā) 2023年17期
        關(guān)鍵詞:浸泡液乳酸菌群落

        陳麗,王敬敬,賀明君,黎銘軒,劉陽(yáng),2*

        (1.佛山科學(xué)技術(shù)學(xué)院 食品科學(xué)與工程學(xué)院,廣東 佛山 528225;2.全國(guó)名特優(yōu)新農(nóng)產(chǎn)品全程質(zhì)量控制技術(shù)佛山中心,廣東 佛山 528000)

        玉米淀粉生產(chǎn)工藝包括濕法工藝和干法工藝,干法工藝中的脂肪和蛋白質(zhì)含量高,但淀粉純度較低,所以大部分工廠(chǎng)普遍采用濕法工藝制備玉米淀粉[1]。濕法工藝又分為靜止浸泡法和逆流浸泡法,靜止浸泡法操作簡(jiǎn)單,但隨著浸泡時(shí)間的延長(zhǎng),浸泡液中的滲透作用逐漸達(dá)到平衡,玉米粒中的可溶性物質(zhì)不再析出,導(dǎo)致玉米淀粉提取率較低,所以此方法不適用于工廠(chǎng)。逆流浸泡法又稱(chēng)擴(kuò)散法,由若干個(gè)浸泡罐、管道和泵組成,多個(gè)浸泡罐利用管道串聯(lián)在一起,形成浸泡罐裝置,通過(guò)裝置的連接作用,使浸泡液沿著裝玉米相反的方向流動(dòng)[2]。逆流浸泡法可以使新鮮的玉米籽粒中所包含的可溶性物質(zhì)與浸泡液溶液的濃度差始終保持在一個(gè)恒定的狀態(tài),充分提取玉米中的可溶性物質(zhì)[3],相比于靜止浸泡法,逆流浸泡法能提高玉米淀粉的提取率。因此,逆流浸泡法被大多數(shù)工廠(chǎng)采用[4]。

        玉米浸泡液是玉米粒在玉米淀粉生產(chǎn)過(guò)程中,通過(guò)濕法工藝得到的玉米加工副產(chǎn)物[5]。在浸泡過(guò)程中玉米浸泡液會(huì)產(chǎn)生大量微生物,特定的浸泡環(huán)境會(huì)使微生物大量繁殖,主要包括乳桿菌、短粗桿菌、芽孢桿菌、酵母菌等。其中乳酸菌在玉米淀粉提取階段起主要作用,乳酸菌產(chǎn)生的乳酸,在浸泡過(guò)程中也起著重要的作用。玉米顆粒中的蛋白質(zhì),在維持浸泡過(guò)程中的Ca 和Mg 金屬離子濃度的同時(shí),還能促進(jìn)乳酸引起的玉米粒的膨脹和轉(zhuǎn)換,減少不溶性物質(zhì)沉淀[6]。劉慶艾等[7]從玉米浸泡液篩選乳酸菌再加入到玉米浸泡液中,使得玉米淀粉提取率從59.22%提高到63.23%,浸泡周期從傳統(tǒng)的20 h 減少為10 h。叢澤峰等[8]的研究表明人為添加乳酸菌到玉米浸泡液中,既會(huì)提高玉米浸泡液的質(zhì)量,同時(shí)也會(huì)縮短浸泡周期??梢?jiàn)玉米浸泡液中的微生物多樣性和菌群結(jié)構(gòu)對(duì)于改善玉米淀粉提取工藝幫助較大。

        本研究利用Illumina MiSeq 高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)玉米浸泡副產(chǎn)物中的新、老酸玉米浸泡液進(jìn)行細(xì)菌16S rRNA V3~V4 測(cè)序,獲得玉米浸泡液新酸、老酸中細(xì)菌菌群結(jié)構(gòu)的組成及微生物多樣性,為玉米逆流浸泡階段的研究和提取玉米淀粉工藝改進(jìn)和優(yōu)化提供參考。

        1 材料與方法

        1.1 材料與試劑

        隨機(jī)采集市售的不同批次老酸玉米浸泡液和新酸玉米浸泡液,新酸的SO2含量為1 300~1 500 mg/L,固形物少,老酸中SO2含量為80~120 mg/L,固形物多,浸泡溫度均為49~52 ℃。X 代表老酸,L 代表新酸,每個(gè)樣品取3 個(gè)生物學(xué)重復(fù),樣品信息見(jiàn)表1。

        表1 樣品名稱(chēng)及分組信息Table 1 Sample names and group assignment

        E.Z.N.A.?Soil DNA Kit 試劑盒:美國(guó)Omega Bio-tek 公司;瓊脂糖:西班牙biowest 公司;AxyPrep DNA凝膠回收試劑盒:美國(guó)Axygen 公司;建庫(kù)試劑盒:美國(guó)Bioo Scientific 公司;MiSeq Reagent Kit 測(cè)序試劑盒:美國(guó)Illumina 公司。

        1.2 儀器與設(shè)備

        5430 R 小型離心機(jī)、5424R 高速臺(tái)式冷凍離心機(jī):德國(guó)Eppendorf 公司;NanoDrop2000 超微量分光光度計(jì):美國(guó)Thermo Fisher Scientific 公司;DYY-6C 電泳儀:北京市六一儀器廠(chǎng);BioTek ELx800 酶標(biāo)儀:美國(guó)Biotek 公司;ABI GeneAmp?9700 型聚合酶鏈反應(yīng)核酸擴(kuò)增儀:美國(guó)ABI 公司;Illumina Miseq 測(cè)序儀:美國(guó)Illumina 公司。

        1.3 試驗(yàn)方法

        1.3.1 樣品前處理

        將玉米浸泡液灌裝至500 mL 無(wú)菌藍(lán)蓋瓶中,低溫條件下運(yùn)送至實(shí)驗(yàn)室,于-80 ℃冰箱保存,備用。

        1.3.2 DNA 提取

        玉米浸泡液中微生物總DNA 的提取按照E.Z.N.A.?SoilDNAKit 試劑盒操作指導(dǎo)書(shū)進(jìn)行。吸取3μL DNA利用超微量分光光度計(jì)測(cè)定樣品OD 值,計(jì)算DNA純度,以電泳儀檢測(cè)核酸樣本的完整性,將檢測(cè)合格的DNA 提取物置于-20 ℃?zhèn)溆谩?/p>

        1.3.3 聚合酶鏈反應(yīng)核酸擴(kuò)增

        參考鄧高文等[9]的方法進(jìn)行樣品細(xì)菌16S rRNA聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)擴(kuò)增及高通量測(cè)序Illumina MiSeq,使用338F(5'-ACTCCTACGGGAGGCAGCAG-3')和806R(5'-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3')通用引物進(jìn)行聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(polymerase chain reaction,PCR)擴(kuò)增。將PCR 產(chǎn)物合格的樣品送至上海美吉生物技術(shù)有限公司進(jìn)行高通量測(cè)序。

        1.4 數(shù)據(jù)分析

        采用Illumina Miseq 的Miseq PE300 平臺(tái)測(cè)序,將測(cè)序得到的序列進(jìn)行拼接和過(guò)濾,按照97%的相似度進(jìn)行操作分類(lèi),使用OTU 分類(lèi)單位(operational taxonomic units,OTU)[10]。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 玉米浸泡液菌群α 多樣性分析

        玉米浸泡液細(xì)菌α 多樣性指數(shù)測(cè)定結(jié)果見(jiàn)表2。

        表2 玉米浸泡液細(xì)菌α 多樣性指數(shù)測(cè)定結(jié)果Table 2 Bacterial α-diversity indexes in corn soaking solution

        由表2 可知,在不同的玉米浸泡液樣本中進(jìn)行測(cè)序,得到的有效序列242 178 條,其中覆蓋率均達(dá)到了0.99,試驗(yàn)數(shù)據(jù)表明覆蓋率高,測(cè)序深度可靠,所測(cè)序結(jié)果能夠真實(shí)反映玉米浸泡液中新酸、老酸樣品的細(xì)菌群落組成。

        α 多樣性通常用以下指數(shù)來(lái)評(píng)估[11],一是樣品物種的豐度(包括Chao 指數(shù)和ACE 指數(shù)),二是物種的多樣性(包括Shannon 指數(shù)和Simpson 指數(shù)),老酸中的Chao 指數(shù)比新酸更高,可能是因?yàn)殡S著浸泡時(shí)間的延長(zhǎng),浸泡液中的pH 值不斷升高,浸泡環(huán)境呈酸性,導(dǎo)致不耐受酸性的細(xì)菌逐漸消失,所以新酸樣品中細(xì)菌的群落豐度和多樣性降低。

        另外Shannon 指數(shù)和Simpson 指數(shù)反映了樣本物種的多樣性,Shannon 指數(shù)逐漸增大,代表樣本指數(shù)多樣性越高。由測(cè)序結(jié)果可見(jiàn),玉米浸泡液老酸中的Shannon 指數(shù)高于新酸,可見(jiàn)玉米浸泡液樣品老酸中的菌群多樣性大于新酸。

        2.2 菌群結(jié)構(gòu)分析

        2.2.1 基于門(mén)水平玉米浸泡液中群落結(jié)構(gòu)分析

        在門(mén)水平上,圖1 顯示了根據(jù)豐度水平排名前10的物種,其他物種均被合并為其他。

        圖1 基于門(mén)水平玉米浸泡液的細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)Fig.1 Bacterial community structure in corn soaking solution at the phylum level

        從圖1 可以看出,優(yōu)勢(shì)菌門(mén)有厚壁菌門(mén)(Firmicutes)、放線(xiàn)菌門(mén)(Actinobacteriota)、變形菌門(mén)(Proteobacteria)、擬桿菌門(mén)(Bacteroidota)。在樣品中均檢測(cè)出厚壁菌門(mén)(Firmicutes),相對(duì)豐度均大于50%,表明在玉米浸泡液的浸泡過(guò)程中,厚壁菌門(mén)占主導(dǎo)地位,這也是因?yàn)楹癖诰T(mén)的部分厭氧菌可以在低氧、酸性和高酒精的環(huán)境中可以生存[12],其中屬于厚壁菌門(mén)中的乳酸菌也可以在低氧、低酸的環(huán)境下生長(zhǎng),由此可見(jiàn),厚壁菌門(mén)在玉米浸泡的第一階段起著重要作用。

        2.2.2 基于目水平玉米浸泡液中群落結(jié)構(gòu)分析

        基于目水平玉米浸泡液的細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)見(jiàn)圖2。

        圖2 基于目水平玉米浸泡液的細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)Fig.2 Bacterial community structure in corn soaking solution at the order level

        如圖2 所示,在目水平上,根據(jù)物種注釋結(jié)果,采用最大值排序法,選取在目水平最大豐度排名前10 的物種,老酸中有乳酸桿菌目(Lactobacillales)、芽孢桿菌目(Bacillales)、棒狀桿菌目(Corynebacteriales)、伯克霍爾德菌目(Burkholderiales)、類(lèi)芽孢桿菌目(Paenibacillales)、梭菌目(Clostridiales)等,新酸中主要以乳酸桿菌目(Lactobacillales)為主。可見(jiàn)在玉米逆流浸泡的過(guò)程,新酸、老酸中主要以乳酸桿菌目為主。研究表明,在逆流浸泡階段,乳酸菌占主導(dǎo)地位,乳酸菌在生產(chǎn)過(guò)程中產(chǎn)乳酸,乳酸可以破壞玉米籽粒中的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu),使得可溶性物質(zhì)析出,從而提高玉米淀粉的產(chǎn)率[13]。在浸泡過(guò)程中,乳酸桿菌目這類(lèi)菌種與亞硫酸共同作用,能改善浸泡周期過(guò)長(zhǎng)的缺點(diǎn),促進(jìn)淀粉與蛋白質(zhì)分離,提高玉米淀粉產(chǎn)量。此外,也有研究證明,破壞蛋白質(zhì)與淀粉顆粒的結(jié)合,從而使蛋白能更好地溶出[14]。

        2.2.3 基于屬水平玉米浸泡液中群落結(jié)構(gòu)分析

        基于屬水平玉米浸泡液的細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)見(jiàn)圖3。

        圖3 基于屬水平玉米浸泡液的細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)Fig.3 Bacterial community structure in corn soaking solution at the genus level

        從圖3 可以看出,老酸樣品中相對(duì)豐度最高的屬為乳酸桿菌屬(Lactobacillus)、芽孢桿菌屬(Bacillus)、海洋芽孢桿菌屬(Oceanobacillus)。新酸中主要測(cè)到了乳酸桿菌屬(Lactobacillus),可見(jiàn)玉米浸泡液主要優(yōu)勢(shì)菌為乳酸桿菌屬。乳酸菌在玉米浸泡過(guò)程中發(fā)揮著重要作用,乳酸菌大多是厭氧菌或是部分厭氧的細(xì)菌[15],在浸泡期間可以在厭氧條件下生長(zhǎng)和繁殖,它在發(fā)酵過(guò)程中具有重要的生物結(jié)構(gòu)調(diào)節(jié)功能[16],隨著玉米浸泡發(fā)酵期延長(zhǎng),在發(fā)酵體系中乙醇的濃度和酸度不斷地上升,含氧量逐漸下降,幾乎所有無(wú)法承受高酸度、高乙醇濃度和厭氧條件的微生物均逐漸減少,乳酸菌成為絕對(duì)優(yōu)勢(shì)菌。優(yōu)勢(shì)乳酸菌從糖類(lèi)中產(chǎn)生乳酸和乙酸,造成浸泡液中的pH 值升高,高濃度的酸性環(huán)境會(huì)抑制其他細(xì)菌的生長(zhǎng)繁殖,同時(shí),乳酸菌可以產(chǎn)生細(xì)菌素等拮抗物質(zhì),通過(guò)與其他微生物競(jìng)爭(zhēng)底物來(lái)影響其他微生物的生長(zhǎng)[17-19],乳酸菌還能降解其中的蛋白質(zhì),使浸泡液中的不可溶性物質(zhì)轉(zhuǎn)變?yōu)榭扇芪镔|(zhì),更利于后續(xù)的清洗工作[20]。因此,乳酸菌在浸泡過(guò)程中占有絕對(duì)優(yōu)勢(shì)。

        3 結(jié)論

        本試驗(yàn)利用Illumina MiSeq 高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)玉米淀粉逆流浸泡階段中的新酸、老酸玉米浸泡液樣品中的微生物多樣性進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)乳酸菌(Lactobacillus)在兩種樣品中均存在,說(shuō)明在玉米浸泡這個(gè)重要階段乳酸菌(Lactobacillus)占據(jù)主導(dǎo)地位。研究表明,乳酸菌(Lactobacillus)影響玉米浸泡液的質(zhì)量從而影響玉米淀粉的提取質(zhì)量。本研究為玉米淀粉生產(chǎn)工藝優(yōu)化提供了參考,同時(shí)為篩選玉米浸泡液中的優(yōu)勢(shì)菌群奠定基礎(chǔ)。

        試驗(yàn)結(jié)果表明,老酸浸泡液的細(xì)菌含量比新酸更豐富。原因可能為老酸浸泡液中營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)豐富,細(xì)菌在此條件下不斷生長(zhǎng)繁殖;隨著浸泡時(shí)間的延長(zhǎng),浸泡環(huán)境逐漸呈酸性,酸性條件會(huì)抑制雜菌的生長(zhǎng),細(xì)菌豐度降低。因此,與老酸相比,新酸中的細(xì)菌群落降低。

        SO2濃度隨著浸泡時(shí)間的延長(zhǎng)而增加,亞硫酸濃度增加,首先通過(guò)胚芽作用于玉米皮,使胚芽變鈍,表皮由半滲透膜變?yōu)闈B透膜,便于谷物中可溶性物質(zhì)浸出到玉米浸泡液中。添加亞硫酸被用來(lái)作為減少玉米浸泡中的可溶性物質(zhì)的手段,其作用是將玉米粒中的一些不溶性蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)化為可溶性蛋白質(zhì),從而提高玉米淀粉的提取率。同時(shí)浸泡玉米的最佳溫度為50 ℃左右,一些細(xì)菌不能在高溫下生長(zhǎng),因此可以通過(guò)減少在50 ℃環(huán)境下不能生長(zhǎng)的致病和有害細(xì)菌,提高玉米淀粉的質(zhì)量。

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