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        椰果內(nèi)生枯草芽孢桿菌YZ-21甘露聚糖酶基因的克隆、表達及酶學性質(zhì)研究

        2023-08-15 08:34:34和子涵穆廣亞賈一然張曉彤馮軍廠常緒路張建新
        飼料工業(yè) 2023年15期

        ■ 和子涵 穆廣亞 賈一然 張曉彤 馮軍廠 常緒路 張建新

        (河南師范大學水產(chǎn)學院,河南新鄉(xiāng) 453007)

        β-甘露聚糖酶(β-1,4-mannanase)作為一種內(nèi)切水解酶,在飼料、食品以及造紙等領域得到廣泛的應用。飼料中添加β-甘露聚糖酶,動物腸道內(nèi)能利用甘露聚糖作為底物進行水解,產(chǎn)生功能性糖類甘露寡糖,從而達到消除抗營養(yǎng)因子的功能,且在家禽飼料中添加β-甘露聚糖酶可以提高家禽體重和飼料利用率,改善家禽腸道環(huán)境,提高家禽免疫力[1-2]。在食品方面,β-甘露聚糖酶能夠水解果汁中半纖維素的甘露聚糖部分,降低其黏度并釋放其中的水分,可顯著提高不同果汁的澄清度和產(chǎn)量[3]。在造紙方面,β-甘露聚糖酶對軟木紙漿中的半乳甘露聚糖具有高度特異性,可以防止紙漿纖維進一步水解,同時也可以減少漂白過程中化學品的使用,具有成本效益和環(huán)境友好性[4-5]。

        近年來,國內(nèi)外研究人員為了增加β-甘露聚糖酶的酶活性及穩(wěn)定性,研究方向逐漸從篩選產(chǎn)酶菌株、物理化學誘變育種以及酶蛋白的純化,轉(zhuǎn)移到了對異源表達高效β-甘露聚糖酶基因工程菌的構建。唐嘉婕等[6]將甘露聚糖酶在大腸桿菌和枯草芽孢桿菌中進行異源表達,結(jié)果發(fā)現(xiàn)異源表達酶具有較高酶活性,且在堿性環(huán)境下表現(xiàn)出較高的穩(wěn)定性。田庚等[7]應用PCR 方法對地衣芽孢桿菌KD-1β-甘露聚糖酶基因ManBl進行基因克隆和定點突變,提高了酶活性及穩(wěn)定性。Summpunn 等[8]將重組β-甘露聚糖酶基因?qū)氪竽c桿菌BL21(DE3)(415.18 U/mL)和巨大芽孢桿菌UNcat(359 U/mL)中,均得到高效表達。

        枯草芽孢桿菌YZ-21 是從椰果中分離到的一株具有較高β-甘露聚糖酶活性的植物內(nèi)生菌,優(yōu)化后酶活性達126.45 U/mL。為了提高β-甘露聚糖酶的產(chǎn)酶活性及穩(wěn)定性,利用基因克隆技術從枯草芽孢桿菌YZ-21 基因組DNA 中克隆得到β-甘露聚糖酶基因,并對其序列結(jié)構以及酶學性質(zhì)進行分析。本研究通過對重組β-甘露聚糖酶分子結(jié)構以及酶學性質(zhì)進行分析,以期為重組β-甘露聚糖酶的進一步優(yōu)化改造提供理論依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        試驗菌株與載體:枯草芽孢桿菌YZ-21、大腸桿菌(JM109 和BL21)和表達載體pET-32a(+)為河南師范大學保存菌株,菌種活化與培養(yǎng)按照Zhang[9]中的方法進行。載體pMD19-T、限制性核酸內(nèi)切酶、蛋白Marker均購自TaKaRa生物科技有限公司。

        試劑:膠回收試劑盒購自生物工程股份有限公司;其余試劑均為市購的國產(chǎn)分析純。

        1.2 DNA的提取

        枯草芽孢桿菌YZ-21 基因組DNA 提取,參考姚斌等[10]的方法。

        1.3 β-甘露聚糖酶基因片段的克隆及序列分析

        根據(jù)NCBI 已報道的β-甘露聚糖酶基因序列,使用序列分析軟件DNAMAN 6.0 進行保守序列分析,并通過Primer 5.0 設計引物,上游引物為5′-ATGAACT‐GGCTTGCACAC-3′,下游引物為5′-ACTCAACGATT‐GGCGTTA-3′,以基因組DNA 為模板進行PCR 擴增,并通過瓊脂糖凝膠電泳進行檢測。將擴增的基因片段連接至T 載體,并轉(zhuǎn)化到JM109 感受態(tài)細胞中,菌落PCR 鑒定陽性克隆之后送至南京金斯瑞生物科技有限公司測序。將所測序列通過NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)進行序列比對,蛋白質(zhì)分子高級結(jié)構預測通過瑞士生物信息研究所SWISS-MODEL(https://swissmodel.expasy.org/)檢索并進行同源建模。

        1.4 基因工程菌的構建

        根據(jù)基因酶切位點預測和pET-32a(+)多克隆位點組成,選擇BamH Ⅰ和HindⅢ為酶切位點,設計引物為MAN-F2:5′-CGGGATCCATGAACTGGCTTGCA‐CAC-3′,MAN-R2:5′-CCAAGCTTACTCAACGATTG‐GCGTTA-3′(下畫線部分為酶切位點)。將表達載體pET-32a(+)與ManA片段進行雙酶切,酶切體系:重組質(zhì)粒5 μL,10× Buffer 2 μL,BamH I 2 μL,HindⅢ2 μL,ddH2O 9 μL。雙酶切后連接并轉(zhuǎn)化到BL21(DE3)感受態(tài)細胞中,篩選出陽性轉(zhuǎn)化子,連接體系:ManA10 μL,pET-32a(+) 2 μL,T4 連接酶2 μL,10×Buffer 2 μL,ddH2O 4 μL。

        1.5 ManA基因在大腸桿菌中的誘導表達

        將陽性克隆進行擴大培養(yǎng),當OD600吸光度值達到0.6 時,加入IPTG(24 mg/mL)誘導表達培養(yǎng)10~12 h,5 000 r/min 離心5 min 收集菌體,用pH 7.0 的磷酸鹽緩沖液(PBS)重懸菌體,超聲破碎儀65 Hz 下處理細胞,直至細胞完全破碎,12 000 r/min 離心5~10 min,上清液即為粗酶液,吸出保存。

        1.6 SDS-PAGE電泳分析

        重組β-甘露聚糖酶SDS-PAGE 電泳分析參考張建新等[11]的方法進行。

        1.7 重組β-甘露聚糖酶酶學性質(zhì)的測定

        1.7.1 溫度對重組酶活性和穩(wěn)定性的影響

        將制得酶液和底物加入試管,混合均勻后放入溫度分別為30、40、50、60、70、80 ℃的水浴鍋中,充分反應后將試管放入冰水中迅速冷卻,加DNS試劑沸水浴反應5 min,在540 nm波長處測定吸光度值并計算酶活性,確定最佳反應溫度。將酶液置于35、40、45、50、55、60 ℃恒溫水浴鍋中分別處理30、60、90、120 min后,與底物反應并測定活性,對照不做任何處理,確定重組酶的穩(wěn)定性。每個處理進行3個重復,每個重復進行3個平行。

        1.7.2 pH對重組酶活性和穩(wěn)定性的影響

        參照張建新等[12]的方法配制不同pH(pH 3.0~10.0,間隔1.0)的緩沖液,與酶液混合后加入底物,置于最適反應溫度下充分反應并測定酶活性。重組酶的穩(wěn)定性測定方法為取不同pH 的緩沖液與酶液混合,最適溫度下水浴30 min,充分反應后調(diào)整pH 為7.0,測定并計算酶相對活性。

        1.7.3 金屬離子及乙二胺四乙酸(EDTA)對重組酶活性的影響

        將金屬離子Cu2+、Fe2+、Zn2+、Mg2+、Ca2+、Co2+、Ba2+、Na2+、K2+及EDTA 與酶液按照1:1比例添加至1.5 mL離心管中,在最適溫度下充分反應,測定其活性,并計算相對活性。

        1.7.4 底物特異性

        底物分別由1%魔芋粉、刺槐豆膠和瓜豆膠配制,將粗酶液與不同底物混合后在最適溫度和pH 下充分反應,并使用DNS法測定酶活。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 β-甘露聚糖酶基因片段的克隆和序列分析

        使用特異性引物通過48、50、52、54、56 ℃五個退火溫度進行PCR 擴增,并進行瓊脂糖凝膠電泳,從菌株YZ-21 基因組DNA 中擴增出一條大小約1 000 bp的基因片段(見圖1),其中54 ℃條帶最亮,可以作為PCR 反應的退火溫度。測序結(jié)果顯示,基因片段長1 104 bp,編碼367 個氨基酸,理論分子質(zhì)量大小約41.57 ku,等電點pH 7.62。將測序結(jié)果通過BLAST分析,并使用Mega 7.0 構建系統(tǒng)發(fā)育樹(見圖2),其中Bacillus subtilisWL-8、Bacillus licheniformisHDYM-04 和Bacillus pumilusCCAM080065 與YZ-21 親 緣 關系相近,且都屬于糖苷水解酶26家族(GH26),說明本試驗ManA同屬于GH26。

        圖1 不同退火溫度PCR電泳分析

        圖2 不同來源β-甘露聚糖酶氨基酸序列聚類分析

        2.2 蛋白質(zhì)三維結(jié)構分析

        將蛋白質(zhì)序列使用SWISS-MODEL(https://swiss‐model.expasy.org/interactive)在線軟件進行檢索并同源建模,發(fā)現(xiàn)擴增得到的目的序列與枯草芽孢桿菌YdhT 蛋白A 鏈(PDB:3cbw.1.A)的氨基酸序列相似性為97.65%(見圖3)。如圖4 所示,構建好的三維結(jié)構模型包含14 個α螺旋、16 個β折疊股,其頂部可看出β-甘露聚糖酶的催化域采用一定的折疊方式形成TIM 桶狀結(jié)構(見圖4b),這與GH26 家族的β-甘露聚糖酶三維結(jié)構一致。

        圖3 β-甘露聚糖酶氨基酸序列比對

        圖3(續(xù))β-甘露聚糖酶氨基酸序列比對

        圖4 YZ-21 β-甘露聚糖酶三維結(jié)構模型

        2.3 原核表達載體的構建

        以YZ-21 基因組DNA 作為模板進行PCR 擴增,電泳結(jié)果顯示在1 000 bp處有單一條帶(見圖5)。將單一條帶進行切膠回收,并用T4 連接體系于PCR 儀中16 ℃連接12 h,用BamH Ⅰ和HindⅢ對連接產(chǎn)物和載體pET-32a(+)進行雙酶切,之后用T4 連接酶于PCR 儀中16 ℃連接12 h,構建重組表達質(zhì)粒pETManA。篩選陽性克隆并進行驗證,結(jié)果如圖6 所示,在1 000 bp 處有單一條帶,證明pET-ManA為陽性重組質(zhì)粒。

        圖5 ManA 基因片段PCR電泳圖譜

        圖6 重組表達質(zhì)粒pET-ManA的電泳圖譜

        2.4 重組蛋白誘導表達

        將篩選的陽性克隆擴大培養(yǎng)后進行超聲處理,并使用SDS-PAGE 檢測,結(jié)果如圖7 所示,泳道3 和4 相比泳道1(空載體)和泳道2(未誘導表達)有一條特異表達條帶,約在56.07 ku 的位置附近,表明基因成功表達,且酶活性可達到372.86 U/mL。

        圖7 重組β-甘露聚糖酶SDS-PAGE電泳圖譜

        2.5 重組β-甘露聚糖酶的酶學性質(zhì)

        2.5.1 溫度對重組β-甘露聚糖酶活性的影響

        在不同反應溫度下測定重組β-甘露聚糖酶酶學性質(zhì),結(jié)果如圖8 所示,重組酶在溫度低于50 ℃時具有較高活性,其中40 ℃時活性最高達436.75 U/mL,溫度高于50 ℃后活性迅速降低。不同溫度對重組酶穩(wěn)定性的影響見表1,當溫度為35~55 ℃時較為穩(wěn)定,當溫度達60 ℃時活性顯著下降,保溫120 min 相對活性僅為8.1%,因此重組酶性在溫度低于55 ℃時具有良好的穩(wěn)定性。

        表1 不同溫度對重組β-甘露聚糖酶穩(wěn)定性的影響

        圖8 溫度對重組β-甘露聚糖酶活性的影響

        2.5.2 pH對重組β-甘露聚糖酶活性的影響

        pH 對重組酶活性的影響如圖9(a)所示,在pH為6.0~8.0 范圍內(nèi)活性較高,其中最適pH 為7.0,在pH 3.0 及pH 10.0 的酸堿條件下,活性相對較低。重組酶在不同pH 下的穩(wěn)定性情況如圖9(b)所示,當pH 7.0 時酶活性最為穩(wěn)定,在pH 4.0~9.0 時,相對酶活性仍可達到60%以上,因此,重組酶具有較好的pH穩(wěn)定性。

        圖9 pH對重組β-甘露聚糖酶活性和穩(wěn)定性的影響

        2.5.3 金屬離子和EDTA 對重組β-甘露聚糖酶活性的影響

        添加不同的金屬離子對重組酶有不同的影響,結(jié)果如圖10所示,Ca2+、Co2+和Ba2+對重組β-甘露聚糖酶有顯著激活作用,其中Co2+可使相對酶活性提高54.6%;金屬離子Mg2+、K+、Na+對重組酶沒有明顯影響,但Cu2+、Fe2+、Zn2+、Mn2+以及EDTA 對重組酶表現(xiàn)出抑制作用,其中Zn2+的抑制能力最強,可使相對酶活性降低68.5%。

        圖10 常見離子及EDTA對重組β-甘露聚糖酶活性的影響

        2.5.4 底物特異性

        當以瓜豆膠作為底物時重組酶活性能夠達到392.54 U/mL,而以魔芋粉和槐豆膠作為底物時酶活相對較低(見圖11),因此重組酶的最佳底物為瓜豆膠(瓜豆膠屬于半乳甘露聚糖)。

        圖11 重組β-甘露聚糖酶底物特異性

        3 討論

        目前已有大量研究表明,β-甘露聚糖酶基因能夠在異源宿主中高效表達,并應用于工業(yè)及飼料行業(yè)[13]。細菌來源的β-甘露聚糖酶基因通常在大腸桿菌中被表達[14],但也能在其他宿主如枯草芽孢桿菌[15]和畢赤酵母菌[16]中被表達。本研究從枯草芽孢桿菌中克隆的β-甘露聚糖酶基因并在大腸桿菌中成功表達,其基因大小為1 104 bp,表達的蛋白質(zhì)為56.07 ku。有研究報道,枯草芽孢桿菌來源的β-甘露聚糖酶基因大小為1 086 bp,分子質(zhì)量大小為38 ku[17],另有研究在Bacillussp.N16-5 中克隆的β-甘露聚糖酶基因大小為1 479 bp,分子質(zhì)量為55 ku[18],與本研究結(jié)果相近。

        提高β-甘露聚糖酶的活性及穩(wěn)定性是體外表達目的之一。張丹陽等[19]從枯草芽孢桿菌G1 中克隆表達的β-甘露聚糖酶在溫度50~70 ℃間、pH 4.5~7.0 的范圍內(nèi)能保持較好的穩(wěn)定性。成莉鳳等[20]從枯草芽孢桿菌BE-91 菌株中克隆的β-甘露聚糖酶基因產(chǎn)胞外β-甘露聚糖酶的活性可達229.1 U/mL,穩(wěn)定溫度≤65 ℃,穩(wěn)定pH 為4.5~7.0。本研究表達的重組β-甘露聚糖酶活性能夠達到392.54 U/mL,并且溫度在55 ℃以及pH 5.0~9.0的條件下活性相對穩(wěn)定,表明重組β-甘露聚糖酶具有良好的穩(wěn)定性。

        據(jù)報道,產(chǎn)β-甘露聚糖酶的枯草芽孢桿菌YH12[21]和芽孢桿菌PN11[22]等菌株在進行酶學性質(zhì)相關研究時均表現(xiàn)出對刺槐豆膠有最高親和力,而本研究所用菌株YZ-21 在底物特異性試驗中發(fā)現(xiàn)對瓜豆膠的親和力較高。此外Ba2+、Ca2+、Co2+對重組酶有明顯的激活作用,Liu 等[23]研究發(fā)現(xiàn),Co2+,Mn2+,Zn2+,Ba2+和Ca2+能夠激發(fā)β-甘露聚糖酶活性,與本研究結(jié)果一致。

        4 結(jié)論

        本研究從椰果內(nèi)生枯草芽孢桿菌YZ-21 中克隆的β-甘露聚糖酶基因在大腸桿菌中能高效表達,對環(huán)境具有良好的穩(wěn)定性。對重組酶酶學性質(zhì)與底物特異性進行相關研究發(fā)現(xiàn),重組β-甘露聚糖酶對瓜豆膠的轉(zhuǎn)化性較高,且Ca2+、Co2+對酶活有明顯的增強作用,為重組β-甘露聚糖酶在工業(yè)中應用奠定了基礎。

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