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        柯薩奇病毒B組5型非結(jié)構(gòu)蛋白抑制NF-κB信號通路的作用機制研究*

        2023-06-20 04:42:12張佳玉滕培英呂維民
        生物化學與生物物理進展 2023年6期
        關(guān)鍵詞:真核試劑盒蛋白質(zhì)

        張佳玉 滕培英 呂維民 楊 帆 陳 偉

        (昆明理工大學醫(yī)學院,昆明 650500)

        手足口?。╤and-foot-mouth disease,HFMD)是由多種腸道病毒感染引起的兒童急性傳染病。HFMD 的病原體為小核糖核酸病毒科,有20 多種(型),主要包括腸道病毒71 型(enterovirus type 71,EV71)、柯薩奇病毒(coxsackievirus,CV)A群和B 群以及??刹《荆╡nteric cytopathic human orphan virus,ECHO)等[1]。近年來,越來越多證據(jù)表明,柯薩奇病毒B 組5 型(coxsackievirus B5,CVB5)逐漸成為手足口病的重要病原體之一[2-3]?;颊吒腥綜VB5 后,出現(xiàn)發(fā)熱、皮疹或皰疹等癥狀,重癥者還會出現(xiàn)以病毒性腦炎和無菌性腦膜炎為主要特征的神經(jīng)系統(tǒng)疾病,甚至死亡,對嬰幼兒健康造成嚴重威脅[4]。

        CVB5 為無包膜的單股正鏈RNA(+ssRNA)病毒,基因組全長約7 400 bp,由1 個開放閱讀框及2 個非翻譯區(qū)構(gòu)成,可編碼2 194 個氨基酸的多聚蛋白前體,并進一步水解為3 個前體蛋白(P1、P2、P3)。P1 前體蛋白基因編碼4 種結(jié)構(gòu)蛋白(VP1、VP2、VP3 和VP4),主要負責病毒核衣殼的組裝,其中VP1 基因具有主要的中和抗原決定簇,是腸道病毒血清學分型的重要依據(jù)。P2 和P3基因區(qū)編碼的7 種非結(jié)構(gòu)蛋白(nonstructural protein,NSP)(2A、2B、2C、3A、3B、3C 和3D)在病毒復制、細胞自噬和逃逸天然免疫中發(fā)揮了重要作用[5](圖1)。

        核因子κB(nuclear factor-κB,NF-κB)是宿主天然免疫反應(yīng)中的重要蛋白質(zhì),由5個家族成員組成(p65/RelA、RelB、cREL、p50 和p52),在宿主的炎癥反應(yīng)中發(fā)揮重要作用。在靜止狀態(tài)下,NF-κB/Rel 轉(zhuǎn) 錄 因 子 與 核 因 子κB 抑 制 蛋 白(inhibitor of NF-κB,IκB)形成復合物,以非活性狀態(tài)存在于細胞質(zhì)中。當RNA 病毒感染細胞后,細胞表面特異性受體識別和激活,活化下游接頭蛋白,激活NF-κB介導的信號通路。IκBα在Ser32和Ser36 位點發(fā)生磷酸化,進而被蛋白酶體降解,從而活化NF-κB釋放[6]。激活的轉(zhuǎn)錄因子 NF-κB進入細胞核,從而促進下游炎性細胞因子(TNF-α、IL-1β 和IL-6 等) 的 表 達,進 而 發(fā) 揮 抗 病 毒效應(yīng)[7-8]。

        本研究將探索CVB5感染人惡性胚胎橫紋肌瘤細 胞(human rhabdomyoma cells, RD) 后 對NF-κB信號通路的影響,并進一步闡明CVB5 NSP在通路中的調(diào)控作用,同時揭示與CVB5 3CD互作蛋白的初步功能。本研究不僅有助于探索CVB5對宿主天然免疫應(yīng)答的調(diào)控作用,也為CVB5治療性藥物的研究奠定基礎(chǔ)。

        Fig. 1 CVB5 structure pattern and genome structure

        Fig. 2 CVB5 negatively regulates NF-κB signaling pathway

        Fig. 3 Digestion validation of eukaryotic expression vector plasmid pcDNA3.1-2B/2C/3AB/3C/3D

        Fig. 4 Effects of CVB5 NSP on NF-κB pathway

        Fig. 5 Effect of PCBP1 on virus replication

        1 材料與方法

        1.1 試劑

        RNAiso Plus (Takara 公 司);Hifair?II 1st Strand cDNA Synthesis SuperMix for qPCR、Hieff?qPCR SYBR Green Master Mix(翌圣生物科技上海股份有限公司);雙螢光素酶報告基因檢測試劑盒、BCA 蛋白濃度測定試劑盒(上海碧云天生物技術(shù)有限公司);人白介素-6(IL-6)ELISA 試劑盒、人腫瘤壞死因子-α(TNF-α)ELISA 試劑盒、人白介素-1β(IL-1β)ELISA 試劑盒(江蘇酶免);質(zhì)粒提取試劑盒(Sigma);GAPDH 抗體、α-tubulin抗體、Flag 抗體以及鼠/兔二抗(愛博泰克生物科技有限公司);NF-κB 通路主要蛋白質(zhì)抗體(p65、IκBα、 p-p65、 p-IκBα、 p52、 p100) (Cell Signaling Technology)。

        1.2 細胞培養(yǎng)及病毒感染

        RD 細 胞(American Type Culture Collection,CCL-136) 在 含 有10% 胎 牛 血 清(fetal bovine serum,F(xiàn)BS)、1%抗生素的DMEM 培養(yǎng)基中,于37℃、5% CO2的條件下培養(yǎng)。

        利用增殖狀況良好的RD細胞接種不同稀釋度的CVB5, 在3~7 d 后觀察細胞病變效應(yīng)(cytopathic effect,CPE),根據(jù)Reed Mench法測定CVB5 滴度[9]。隨后CVB5 感染RD 細胞9 h,感染復數(shù)(multiplicity of infection,MOI)為5,分別收取細胞上清及沉淀。

        1.3 真核表達載體的構(gòu)建及轉(zhuǎn)染

        利用Trizol 法提取CVB5 基因組RNA,根據(jù)CVB5 NSP特異性引物(表1),通過RT-PCR方法、酶切、瓊脂糖凝膠回收和連接轉(zhuǎn)化等方法構(gòu)建pcDNA3.1-2B、 pcDNA3.1-2C、 pcDNA3.1-3AB、pcDNA3.1-3C 和pcDNA3.1-3D 5 個真核表達載體,并進行測序鑒定。

        RD 細胞以2×106個/孔的密度接種6 孔板,分別轉(zhuǎn)染上述構(gòu)建成功的CVB5 NSP 真核表達質(zhì)粒24 h(以pcDNA3.1空載為對照)后,CVB5(MOI=5)感染9 h,分別收取細胞上清及沉淀。

        Table 1 Primers used in this study

        1.4 促炎因子表達的檢測

        利用Trizol 法提取細胞沉淀中總RNA。RNA逆轉(zhuǎn)為cDNA 的步驟參照Hifair?III SuperMix,程序為:42℃ 2 min 去除DNA,25℃ 5 min→55℃15 min→85℃ 5 min 進行逆轉(zhuǎn)錄;逆轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物進行qPCR,程序為預變性95℃ 5 min,95℃ 10 s→60℃ 34 s(40 個循環(huán)),以GAPDH 作為內(nèi)參基因(引物序列見表1);同時,采用ELISA試劑盒,對上清液中促炎因子的含量進行定量分析。

        1.5 免疫印跡(Western blot)法檢測蛋白質(zhì)的表達

        利用RIPA 裂解液提取細胞沉淀中總蛋白質(zhì),BCA 蛋白濃度檢測試劑盒測定蛋白質(zhì)濃度。蛋白質(zhì)經(jīng)SDS-PAGE凝膠電泳分離后轉(zhuǎn)到PVDF膜,使用5%脫脂牛奶或2%BSA 封閉2 h,TBST 清洗3次;一抗4℃孵育過夜,TBST清洗3次;常溫中二抗孵育2 h,TBST清洗3次;ECL試劑進行顯影。

        1.6 NF-κB啟動子活性檢測

        將報告基因質(zhì)粒(p-NF-κB-Luc 與pRL-TK 以10∶1 混合)與CVB5 NSP 真核表達質(zhì)粒共轉(zhuǎn)染RD 細胞后,CVB5(MOI=5)感染9 h。采用雙熒光素酶報告基因檢測試劑盒,以螢火蟲熒光素酶活性與海腎熒光素酶活性的比值為標準,檢測NF-κB啟動子的活性。

        1.7 蛋白質(zhì)相互作用的預測與分析

        利用STRING 11.0 數(shù)據(jù)庫(https://string-db.org/)進行蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用分析,選出與CVB5 3CD 的互作候選蛋白。同1.3 節(jié),通過PCR方法、KpnI/NotI酶切、瓊脂糖凝膠回收和連接轉(zhuǎn)化等方法構(gòu)建pCDNA3.1-PCBP1 真核表達載體,并測序驗證。利用1.4和1.5節(jié)檢測其對CVB5 VP1表達的影響,同時檢測互作蛋白對NF-κB 通路的影響。

        1.8 數(shù)據(jù)分析

        采用GraphPad Prism 9 統(tǒng)計軟件進行分析。采用單因素方差分析(one-way ANOVA)進行組間的比較,采用獨立樣本t檢驗進行組內(nèi)兩兩比較,P<0.05為差異有統(tǒng)計學意義(*P<0.05,**P<0.01,***P<0.001,****P<0.000 1)。

        2 結(jié) 果

        2.1 CVB5負調(diào)控NF-κB信號通路

        CVB5感染RD細胞,NF-κB亞基p65的mRNA表達以及細胞內(nèi)p65 蛋白的磷酸化水平降低(圖2a);同時,對NF-κB 通路下游的促炎因子檢測發(fā)現(xiàn),TNF-α、IL-1β 和IL-6 表達量均呈現(xiàn)下調(diào)趨勢(圖2b)。綜上所述,CVB5感染宿主細胞后,可負調(diào)控NF-κB介導的天然免疫信號通路。

        2.2 成功構(gòu)建CVB5 NSP真核表達載體

        如圖3 所示:pcDNA3.1-2B、pcDNA3.1-2C、pcDNA3.1-3AB 3 個真核表達載體采用BamH I 和EcoR I 酶切驗證,酶切后片段大小分別為294 bp、987 bp、 333 bp, 與 目 的 序 列 大 小 相 符;pcDNA3.1-3C 和pcDNA3.1-3D 兩個真核表達載體采用BamH I和XhoI酶切驗證,酶切后片段大小分別為552 bp 和1 386 bp。同時,上述5 個真核表達載體測序結(jié)果正確。上述結(jié)果表明,CVB5 NSP真核表達載體構(gòu)建成功。

        2.3 CVB5 NSP抑制NF-κB信號通路

        為進一步闡明CVB5 NSP在NF-κB通路中的作用,我們分別從啟動子活性、促炎因子表達以及蛋白質(zhì)水平進行檢測。如圖4a結(jié)果所示,CVB5 NSP均可抑制NF-κB通路的啟動子活性,其中2C和3C對通路啟動子活性的抑制作用較為顯著;qRT-PCR檢測促炎因子水平表明,非結(jié)構(gòu)蛋白較為顯著的抑制促炎因子的表達(圖4b-d);通過Western blot對NF-κB 信 號 通 路 中 的 關(guān) 鍵 蛋 白(p65、IκBα、p-p65、p-IκBα)檢測表明(圖4e),3C 和3D 蛋白顯著下調(diào)了通路中關(guān)鍵蛋白p65 和IκBα 的磷酸化水平。

        2.4 3CD互作蛋白PCBP1功能分析

        以對促炎因子表達具有顯著調(diào)控作用的CVB5 3CD 為候選蛋白,使用STRING 分析得出與3CD互作的候選蛋白多聚胞嘧啶結(jié)合蛋白(PCBP1)。在體外,PCBP1的過表達成功(圖5a);同時檢測其對CVB5 病毒復制的影響,如圖5b 和5c 所示,PCBP1 可抑制病毒復制。同時,進一步檢測了PCBP1對NF-κB通路的影響(圖5d),PCBP1可促進p65 以及IκBα 的磷酸化水平,對NF-κB 起正調(diào)控作用,提示PCBP1 可能促進NF-κB 信號通路的激活以抑制病毒復制。

        3 討 論

        CVB5可通過糞口途徑感染機體,從而導致了不同類型的疾病。此外,據(jù)報道,CVB5也可通過呼吸道感染人體,引起肺炎和哮喘,同時可分泌細胞因子RANTES、IL-8和MCP-1。這3種細胞因子基因啟動子的上游均含有轉(zhuǎn)錄因子NF-κB的結(jié)合位點,并受NF-κB的調(diào)控[10-12]。那么,關(guān)于CVB5感染細胞后是否能夠調(diào)控NF-κB信號通路?本研究結(jié)果表明,CVB5 感染RD 細胞后,可以降低細胞內(nèi)的NF-κB 亞基p65 的mRNA 拷貝數(shù)及蛋白質(zhì)表達,同時抑制NF-κB信號通路下游促炎因子的表達。由此可知,CVB5能夠抑制NF-κB激活的天然免疫信號通路。

        病毒的感染和宿主的免疫應(yīng)答是一場博弈,其中天然免疫是維持機體內(nèi)環(huán)境平衡清除感染的病毒的第一步。病毒感染細胞后,其核酸開始復制和翻譯,合成了具有酶活性的NSP,從而可阻斷受體識別的信號通路,使病毒逃逸天然免疫應(yīng)答[13]。如對于引起HFMD 的重要病原體EV71 和CVA16 的NSP 研究表明,EV71 3Cpro可通過與視黃酸誘導基因I(retinoic acid-induced gene I,RIG-I)結(jié)合,從而阻斷與下游接頭蛋白的結(jié)合,進而抑制促炎因子的產(chǎn)生,使病毒逃逸天然免疫應(yīng)答[14],CVA16 3C蛋白與RIG-I N 端結(jié)構(gòu)域結(jié)合,破壞RIG-I 與線粒體抗病毒信號蛋白之間相互作用,降低了IRF3 的激活,從而導致IFN-I 信號被阻斷[15-16]。此外,對于其他病毒如藍舌病毒(BTV)的NS3[17]、流感病毒的NS1[18]等非結(jié)構(gòu)蛋白也具有類似的功能。因此,本文對CVB5 NSP在NF-κB通路中的作用進行了初步探討。結(jié)果表明,CVB5 NSP 具有抑制NF-κB通路的作用。由于非結(jié)構(gòu)蛋白對促炎因子的影響顯著,因此,本文選取了對蛋白質(zhì)表達影響最為顯著的3C和3D蛋白的前體蛋白3CD作為候選蛋白,篩選與其互作的蛋白質(zhì)。

        3C 蛋白是糜蛋白酶樣的半胱氨酸蛋白酶,負責病毒多聚蛋白的切割過程[19]。晶體結(jié)構(gòu)和誘變研究表明,與3C 蛋白結(jié)合的裂縫存在一個包含β結(jié)構(gòu)的非極性表面環(huán),有助于底物的識別和的催化活性[20]。3D 蛋白是病毒編碼的RNA 依賴型RNA聚 合 酶 (RNA-dependent RNA polymerase,RdRp),是RNA 復制合成基因組的催化成分,在小RNA 病毒的生命周期中發(fā)揮著重要作用[21-22]。3CD 是由小RNA 病毒主要加工途徑產(chǎn)生的多功能前體蛋白,具有蛋白酶和RNA 結(jié)合活性,可參與復制細胞器的形成和病毒顆粒的組裝[23]。本研究通過STRING數(shù)據(jù)庫預測分析,篩選得到與3CD蛋白互作的候選蛋白PCBP1。PCBP1 是一種RNA 結(jié)合蛋白,此前有報道其可與丙型肝炎病毒基因組的5'非翻譯區(qū)結(jié)合,并可以抑制丙型肝炎病毒粒子的組裝和分泌[24]。本研究進一步驗證發(fā)現(xiàn),PCBP1可促進IκBα和p65磷酸化,抑制病毒復制。

        4 結(jié) 論

        本研究構(gòu)建了CVB5 NSP的真核表達載體,并初步研究了CVB5 NSP對NF-κB信號通路的調(diào)控作用。同時進一步揭示了與CVB5 3CD互作的PCBP1蛋白抑制病毒復制作用機制,從而為進一步探究CVB5感染機制的研究奠定基礎(chǔ)。

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