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        KIRREL 表達對胃癌的預(yù)后作用及與腫瘤免疫細胞浸潤的相關(guān)性

        2023-05-08 18:15:22李啟信楊侃侃
        醫(yī)學信息 2023年9期
        關(guān)鍵詞:胃癌數(shù)據(jù)庫分析

        王 接,李啟信,楊侃侃

        (安徽醫(yī)科大學附屬巢湖醫(yī)院胃腸外科,安徽 巢湖 238000)

        胃癌(gastric cancer)是消化系統(tǒng)常見的惡性腫瘤之一。據(jù)統(tǒng)計[1],2020 年全球人口中胃癌在所有惡性腫瘤中發(fā)病率排名第5,占5.6%,新發(fā)病例致死率排名第4,占7.7%,具有較高的發(fā)病率及死亡率,且我國胃癌發(fā)病情況相對于其他國家更為嚴重,對人類的健康及生活質(zhì)量產(chǎn)生巨大影響。胃癌的發(fā)生與發(fā)展與諸多因素相關(guān),如不良生活習慣、幽門螺桿菌感染、遺傳、基因突變等[2,3]。目前,早期胃癌的治療仍以手術(shù)為主[4],進展期胃癌的治療主要是手術(shù)治療聯(lián)合化學治療、內(nèi)分泌治療、免疫治療等輔助治療的綜合治療手段[5-7]。KIRREL 又稱Nehp1,是由人類KIRREL 基因轉(zhuǎn)錄翻譯的一種免疫球蛋白超家族類細胞黏附分子[8],屬于NEHP 蛋白家族。研究顯示[9-11],KIRREL 主要表達于腎臟足細胞、神經(jīng)突觸和胎盤中,參與足細胞修復(fù)、神經(jīng)發(fā)育和炎癥反應(yīng)。隨著臨床研究的進展,發(fā)現(xiàn)KIRREL 在許多惡性腫瘤中過表達,對腫瘤的發(fā)生、發(fā)展產(chǎn)生影響[12,13],并可能成為腫瘤治療的新靶點基因[14]。但KIRREL在胃癌中的表達等級和預(yù)后作用以及是否可以作為免疫治療的新靶點仍尚未可知。因此,本研究中通過使用腫瘤基因組圖譜(The Cancer Genome Atlas,TCGA)和各種公共數(shù)據(jù)庫對KIRREL 在胃癌中的表達、預(yù)后及其與腫瘤免疫浸潤的相關(guān)性進行分析,現(xiàn)報道如下。

        1 材料與方法

        1.1 KIRREL 基因表達分析 通過TIMER(https://cistrome.shinyapps.io/timer/)數(shù)據(jù)庫來分析KIRREL在泛癌及其癌旁組織中的差異表達,檢索條件:①Diff Exp;②Gene symbol:KIRREL;③Submit。接著,通過UALCAN(http://ualcan.path.uab.edu/index.html)數(shù)據(jù)庫對TCGA 數(shù)據(jù)進行分析,進一步驗證KIRREL 在胃癌組織及其癌旁組織中的表達差異以及與臨床特征之間的關(guān)系,檢索條件:①Gene symbol:KIRREL;②Select cancer:stomach adenocarcinomana;③Gene expression;④KIRREL expression based on sample types,individual cancer stages,tumor grade,nodal metastasis status,H.pylori infection status。

        1.2 預(yù)后價值分析 通過使用Kaplan-Meier(https://kmplot.com/analysis/)網(wǎng)站和GEPIA(http://gepia.cancer-pku.cn/index.html)數(shù)據(jù)庫繪制生存曲線,評估KIRREL 基因表達水平在胃癌患者預(yù)后中的價值,檢索條件為:①Gene symbol:KIRREL;②Cancer:gastric cancer;③Survival:OS。

        1.3 免疫細胞浸潤分析 采用TIMER 數(shù)據(jù)庫分析KIRREL 基因表達與免疫細胞浸潤等級的相關(guān)性,檢索條件:①Gene;②Gene symbol:KIRREL;③Cancer type:STAD;④Immune Infiltrates:Purity、B cell、CD8+T cell、CD4+T cell、macrophage、neutrophil、dendritic cell。

        1.4 KIRREL 的表達與免疫細胞浸潤的關(guān)系分析 通過SangerBox 分析KIRREL 相關(guān)的免疫檢查點基因,通過ESTIMATE 評估其在腫瘤微環(huán)境中的腫瘤純度,其中包括基質(zhì)分數(shù)(stromal score),免疫分數(shù)(immune score)和評估分數(shù)(estimate score)。另通過SangerBox 網(wǎng)站分析二者之間的相關(guān)性,檢索條件:①泛癌分析;②免疫檢查點基因分析;③Gene symbol:KIRREL;④Cancer type:STAD。

        1.5 統(tǒng)計學方法 采用Wilcoxon 檢驗分析KIRREL在泛癌中的表達水平差異,Kaplan-Meier 生存曲線和Log-rank 檢驗分析KIRREL 表達水平的生存差異。另采用Spearman 相關(guān)系數(shù)分析KIRREL 與胃癌腫瘤微環(huán)境中的免疫細胞浸潤及免疫檢查點基因表達的相關(guān)性,采用Pearson 相關(guān)系數(shù)分析KIRREL與基質(zhì)分數(shù)、免疫分數(shù)和評估分數(shù)的相關(guān)性,以P<0.05 表示差異有統(tǒng)計學意義,P<0.01 表示統(tǒng)計學意義顯著,P<0.001 表示統(tǒng)計學意義極顯著。

        2 結(jié)果

        2.1 KIRREL 在泛癌中的表達 KIRREL 在膽管癌、食管癌、頭頸鱗狀細胞癌、胃癌中的表達水平高于相對應(yīng)的癌旁組織(P<0.05),且在膀胱尿路上皮癌、乳腺浸潤癌、腎嫌色細胞癌、腎乳頭狀細胞癌、肺腺癌、肺鱗癌、前列腺癌、甲狀腺癌、子宮內(nèi)膜癌中表達下調(diào)(P<0.05),見圖1。通過UALCAN 數(shù)據(jù)庫分析TCGA 數(shù)據(jù),發(fā)現(xiàn)KIRREL 在胃癌組織中表達具有顯著差異(P=1.18E-06),見圖2。

        圖1 KIRREL 在泛癌中的表達

        圖2 KIRREL 在胃癌組織及癌旁組織中的表達差異

        2.2 KIRREL 表達與臨床特征的關(guān)系 UALCAN 數(shù)據(jù)庫分析顯示,腫瘤分期為2~4 期的患者中KIRREL 表達高于癌旁組織及腫瘤分期為1 期的患者,見圖3A;腫瘤分級為3 級的患者中KIRREL 表達高于癌旁組織和腫瘤分級為1、2 級的患者,且腫瘤分級為2 級的患者中KIRREL 表達高于癌旁組織,見圖3B;隨著淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移分期的增加,KIRREL 表達也呈上升趨勢,見圖3C。

        圖3 KIRREL 表達與臨床特征的關(guān)系

        2.3 KIRREL 表達對胃癌患者預(yù)后的價值 GEPIA數(shù)據(jù)庫分析顯示,高表達的KIRREL 對胃癌患者OS有顯著影響(HR=1.5,P=0.02;n=383),見圖4A。Kaplan-Meier 數(shù)據(jù)庫分析發(fā)現(xiàn),更高表達的KIRREL 預(yù)示著胃癌患者具有較差的OS(HR=1.5,P=2.7E-06;n=875),見圖4B。

        圖4 KIRREL 表達對胃癌患者預(yù)后的價值

        2.4 KIRREL 表達與免疫檢查點基因和ESTIMATE分數(shù)的關(guān)系 通過Sangerbox 數(shù)據(jù)庫分析與KIRREL密切相關(guān)的免疫檢查點,發(fā)現(xiàn)在胃癌患者中有60 個免疫檢查點途徑基因(Inhibitory=24,Stimulatory=36)與KIRREL 的表達有顯著相關(guān)性(圖5A)。然后,根據(jù)KIRREL 表達再次計算了胃癌中每例患者的基質(zhì)分數(shù)、免疫分數(shù)和評估分數(shù),結(jié)果顯示KIRREL的表達與基質(zhì)分數(shù)、免疫分數(shù)和評估分數(shù)均呈正相關(guān)(基質(zhì)分數(shù):r=0.70,P=3.5E-59;免疫分數(shù):r=0.25,P=4.4E-7;評估分數(shù):r=0.52,P=3.8E-28),見圖5B~5D。

        圖5 KIRREL 表達與免疫檢查點基因和ESTIMATE 分數(shù)的關(guān)系

        2.5 KIRREL 表達與免疫細胞浸潤的關(guān)系 TIMER數(shù)據(jù)庫分析顯示,KIRREL 表達與CD8+T 細胞、CD4+T 細胞、巨噬細胞、中性粒細胞、樹突狀細胞的浸潤等級呈正相關(guān)(P<0.05),與腫瘤純度、B 細胞無相關(guān)性(P>0.05),見表1。

        表1 KIRREL 表達與免疫細胞浸潤的關(guān)系

        3 討論

        胃癌是常見的消化道惡性腫瘤,其發(fā)生、發(fā)展、轉(zhuǎn)移受到多種因素影響,目前仍以手術(shù)為主要治療手段。但由于其進展較快,很多患者失去手術(shù)機會,嚴重威脅患者生命健康。近年來隨著分子生物學和腫瘤免疫學的快速發(fā)展,出現(xiàn)了一系列新的腫瘤治療方法,包括放射治療、化學治療、免疫治療等,逐漸成為治療惡性腫瘤的新選擇。其中,免疫治療在臨床上得到了廣泛應(yīng)用,并取得了顯著的療效,以PD-1/PD-L1 抑制劑、HER2 具有代表性[15,16]。既往研究表明[17],KIRREL 在腫瘤發(fā)生、炎癥反應(yīng)、足細胞細胞修復(fù)和神經(jīng)元發(fā)育等過程中起到重要作用。但KIRREL 在胃癌的發(fā)生、發(fā)展中是否發(fā)揮重要作用,并能夠作為免疫治療的潛在靶點尚未可知。因此,本研究通過數(shù)據(jù)挖掘?qū)CGA、GEO 等常見的生物醫(yī)學信息數(shù)據(jù)庫進行分析,以期為胃癌的免疫治療提供新的選擇。

        本研究首先通過TIMER 和UALCAN 數(shù)據(jù)庫分析了KIRREL 在惡性腫瘤組織和癌旁組織中的差異表達,發(fā)現(xiàn)KIRREL 在膽管癌、食管癌、頭頸鱗狀細胞癌、胃癌的腫瘤組織中的表達水平高于相對應(yīng)的癌旁組織,差異有統(tǒng)計學意義(P<0.05);而KIRREL在膀胱尿路上皮癌、乳腺浸潤癌、腎嫌色細胞癌、腎乳頭狀細胞癌、肺腺癌、肺鱗癌、前列腺癌、甲狀腺癌、子宮內(nèi)膜癌中表達下調(diào)(P<0.05);通過UALCAN數(shù)據(jù)庫分析TCGA 數(shù)據(jù),發(fā)現(xiàn)KIRREL 在胃癌組織中表達具有顯著差異(P=1.18E-06),提示KIRREL在胃癌的發(fā)生過程中起到重要作用。然后,經(jīng)UALCAN 數(shù)據(jù)庫進一步分析KIRREL 在胃癌患者不同臨床特征中的表達,發(fā)現(xiàn)KIRREL 的表達與胃癌患者腫瘤分期、分級、淋巴轉(zhuǎn)移密切相關(guān),表明KIRREL 表達對胃癌的發(fā)展和侵襲起到促進作用。接著,通過GEPIA 和Kaplan-Meier 數(shù)據(jù)庫分析KIRREL 與胃癌患者預(yù)后關(guān)系得出,高表達的KIRREL 患者具有更低的生存率。上述分析結(jié)果提示,KIRREL 的高表達在胃癌的發(fā)生、發(fā)展、侵襲、不良預(yù)后中起重要作用,是潛在的預(yù)后生物標志物。此外,通過TIMER 數(shù)據(jù)庫探究發(fā)現(xiàn),KIRREL 表達與CD8+T 細胞、CD4+T 細胞、巨噬細胞、中性粒細胞、樹突狀細胞的浸潤等級有顯著相關(guān)性,與B 細胞無相關(guān)性。另一方面,通過Sangerbox 數(shù)據(jù)庫分析與KIRREL 密切相關(guān)的免疫檢查點,發(fā)現(xiàn)在胃癌患者中有60 個免疫檢查點途徑基因(Inhibitory=24,Stimulatory=36)與KIRREL 的表達有顯著相關(guān)性。然后,根據(jù)KIRREL 表達再次計算了胃癌中每例患者的基質(zhì)分數(shù)、免疫分數(shù)和評估分數(shù),結(jié)果顯示KIRREL 的表達與基質(zhì)分數(shù)、免疫分數(shù)和評估分數(shù)均呈正相關(guān)。上述結(jié)果表明,KIRREL 調(diào)控了胃癌腫瘤微環(huán)境中的免疫細胞浸潤及免疫檢查點基因,參與腫瘤的免疫逃避和抑制,為胃癌的免疫治療提供了理論基礎(chǔ)[18-20],提示KIRREL 可能成為腫瘤免疫治療的潛在靶點。

        但本研究仍有很多局限性:首先,所有數(shù)據(jù)的來源是各個數(shù)據(jù)庫對TCGA 數(shù)據(jù)的加工、處理,各數(shù)據(jù)庫之間的統(tǒng)計方法可能存在誤差,缺乏特異性;其次,缺乏更多的實驗數(shù)據(jù)來進一步證明KIRREL 的高表達在胃癌腫瘤生成、發(fā)展和侵襲以及調(diào)控免疫細胞浸潤等級和免疫檢查點基因中的具體機制,需要更多的體內(nèi)和體外實驗設(shè)計來驗證研究結(jié)果。

        綜上所述,KIRREL 在胃癌的發(fā)生、發(fā)展及免疫浸潤中發(fā)揮了關(guān)鍵作用,可以作為評估患者臨床預(yù)后的生物學標記物和指導(dǎo)免疫治療的潛在靶點。

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