馬春玉 牛萍 王新娜 于子喬 于俊超 王旭 董富香 趙德喜

腦卒中是世界范圍的公共衛(wèi)生問(wèn)題，位列全球死亡原因的第2位[1]。我國(guó)的形勢(shì)更為嚴(yán)峻，腦卒中死亡人數(shù)約占年總死亡人數(shù)的1/4[2,3]。蛋白組測(cè)序是研究基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制的一個(gè)重要工具[4]。近年來(lái)，研究人員在進(jìn)行疾病機(jī)制闡釋和新藥研發(fā)的過(guò)程中，廣泛應(yīng)用蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)。在疾病研究方面，該技術(shù)對(duì)闡明腫瘤、糖尿病和呼吸系統(tǒng)疾病的病理過(guò)程具有重要意義[5-8]。在藥物研究方面，蛋白質(zhì)組學(xué)的應(yīng)用為藥物作用機(jī)制[9]及中藥新藥的研發(fā)[10]提供了新思路。在中醫(yī)藥防治重大疾病的研究中，越來(lái)越多科研工作者認(rèn)識(shí)到應(yīng)用蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)的重要性。通過(guò)對(duì)疾病及新藥的研究，以期得到預(yù)測(cè)、治療疾病及預(yù)測(cè)預(yù)后的生物學(xué)標(biāo)志物，在此基礎(chǔ)上開(kāi)發(fā)新藥物，以推進(jìn)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的發(fā)展和人民健康水平的提高。中醫(yī)早在《內(nèi)經(jīng)》一書(shū)中就對(duì)腦卒中有了相關(guān)闡述，后世醫(yī)書(shū)中也不乏對(duì)這一疾病的記載。總結(jié)各代醫(yī)家對(duì)本病認(rèn)識(shí)的相關(guān)論述，并基于現(xiàn)代人體質(zhì)、發(fā)病特點(diǎn)等因素，現(xiàn)代中醫(yī)學(xué)家們已總結(jié)出本病的病因病機(jī)，而基于病因病機(jī)而發(fā)展出來(lái)的治則、治法、方劑，指導(dǎo)了很多中醫(yī)人的臨床應(yīng)用，且治療效果顯著。研究發(fā)現(xiàn)，腦血管病可歸因于單基因遺傳病的人群極少，故腦卒中損傷人體的途徑并不是單一的，而是多種因素共同影響的結(jié)果[11]，如通過(guò)興奮性氨基酸[12]、谷氨酸[13]等代謝產(chǎn)物的毒性作用、凋亡細(xì)胞的激活[14]、小膠質(zhì)細(xì)胞活化[15]等共同作用。另外，本病伴發(fā)疾病較多，是一系列疾病共同作用的結(jié)果[16]。腦梗死、腦出血等既是國(guó)際上的重大疾病，又是疑難、復(fù)雜疾病的病種,是中西醫(yī)臨床與基礎(chǔ)研究的熱點(diǎn)。中醫(yī)藥療法在治療疾病時(shí)能夠多靶點(diǎn)、多途徑的干預(yù)疾病病理過(guò)程的發(fā)生發(fā)展，中醫(yī)藥在防治本病上優(yōu)勢(shì)顯著。應(yīng)用蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)闡釋中醫(yī)藥防治腦卒中的研究已取得了很大的進(jìn)展。本文將近10年基于蛋白質(zhì)組學(xué)的中醫(yī)藥防治腦卒中的研究作如下綜述。

1 蛋白質(zhì)組學(xué)在揭示腦卒中發(fā)病機(jī)制、診斷中的應(yīng)用

蛋白質(zhì)組學(xué)是通過(guò)各種技術(shù)手段對(duì)蛋白質(zhì)在生物體內(nèi)的表達(dá)進(jìn)行多層次評(píng)估，從而掌握復(fù)雜的生理病理過(guò)程[17]，即獲得蛋白質(zhì)水平上的關(guān)于疾病發(fā)生、細(xì)胞代謝等過(guò)程的整體而全面的認(rèn)識(shí)。近年來(lái)，蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)為腦卒中發(fā)病機(jī)制的研究提供了新思路，如幫助研究人員從蛋白質(zhì)水平上更好地認(rèn)識(shí)復(fù)雜的顱內(nèi)、顱外腦血管體系損傷的可能原因，認(rèn)識(shí)卒中發(fā)生相關(guān)的生物學(xué)通路[18]。越來(lái)越多的學(xué)者開(kāi)始研究腦卒中發(fā)病機(jī)制及病程中的特異性標(biāo)志物。

1.1 發(fā)病機(jī)制 蛋白質(zhì)聚集嚴(yán)重影響神經(jīng)退行性疾病中的細(xì)胞活力[19]，但這是否也發(fā)生在缺血性腦損傷中仍無(wú)定論，故Anja等[20]采用蛋白質(zhì)組學(xué)的方法來(lái)確定腦缺血后聚集的蛋白質(zhì)組，并對(duì)選定的聚集蛋白進(jìn)行了驗(yàn)證。缺血/再灌注會(huì)誘導(dǎo)RNA結(jié)合蛋白和熱休克蛋白、泛素、類(lèi)泛素蛋白修飾分子和其他參與細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的蛋白質(zhì)的聚集。其中RNA結(jié)合蛋白構(gòu)成了缺血中最大的聚集蛋白組。

大多數(shù)自發(fā)性腦出血患者并未從外科手術(shù)中獲益[21]，因此，明確腦出血的發(fā)病機(jī)制，以靶向治療本病，對(duì)ICH的治療意義重大，而應(yīng)用蛋白質(zhì)組學(xué)的方法可以為腦卒中發(fā)病機(jī)制尋找特異性標(biāo)志物提供新思路。

目前，神經(jīng)成像和動(dòng)物模型的研究提高了在分子水平上對(duì)腦出血病理、生理學(xué)的認(rèn)知，并提出了神經(jīng)損傷的2個(gè)階段：早期機(jī)械損傷期和亞急性期，其共同特征是炎癥和水腫。蛋白質(zhì)組學(xué)有助于分析在急性腦出血患者中不同表達(dá)的血漿蛋白。Li等[22]運(yùn)用血漿蛋白質(zhì)組的方法研究了急性ICH的病理機(jī)制，以尋找新的生物標(biāo)志物和治療靶標(biāo)，結(jié)果顯示，ICH發(fā)病急性期反應(yīng)信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)以巨噬細(xì)胞途徑中一氧化氮(NO)和活性氧(ROS)的產(chǎn)生為主。脂多糖(LPS)、人載脂蛋白A4(APOA4)、胰島素樣生長(zhǎng)因子結(jié)合蛋白2(IGFBP2)、重組蛋白(LBP)、溶菌酶(LYZ)和O6-甲基鳥(niǎo)嘌呤DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(MGMT)是ICH發(fā)展中新的潛在生物標(biāo)志物。篩選出的蛋白質(zhì)和通路為ICH潛在的病理機(jī)制和治療靶點(diǎn)提供了新的視角。本研究提供了一些參與腦出血的新途徑，如LXR/RXR激活、急性期反應(yīng)信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)以及巨噬細(xì)胞通路中NO和ROS的產(chǎn)生。在網(wǎng)絡(luò)分析中，得出p38MAPK和NFκB與腦出血繼發(fā)性損傷期的進(jìn)展和惡化有關(guān)。

Rajaneekar等[23]應(yīng)用定量蛋白質(zhì)組學(xué)結(jié)合生物信息學(xué)，對(duì)腦出血后繼發(fā)腦損傷的可能靶點(diǎn)及信號(hào)通路進(jìn)行了研究，結(jié)果表明，細(xì)胞周期蛋白依賴(lài)性激酶5(CKI-5)、E3泛素蛋白連接酶、蛋白磷酸酶2A-α、蛋白磷酸酶2A-β、絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶、鈣蛋白酶-8(calpain-8)、軸蛋白-1(axin-1)、隔蛋白-4(septin-4)等可能對(duì)ICH后繼發(fā)的腦損傷產(chǎn)生作用。值得注意的是，本研究中研究人員分離了腦組織的單細(xì)胞懸液，這使得在蛋白質(zhì)組學(xué)分析中能夠觀察到出血性腦損傷后細(xì)胞水平發(fā)生的變化，限制細(xì)胞外蛋白介導(dǎo)的信號(hào)掩蔽；同時(shí)，研究人員采用蛋白質(zhì)組學(xué)方法結(jié)合生物信息學(xué)來(lái)分析腦出血后細(xì)胞水平上同側(cè)腦區(qū)的分子變化。利用該方法，鑒定出假手術(shù)組和腦出血組之間的差異表達(dá)蛋白與凝血作用、纖溶酶原激活級(jí)聯(lián)反應(yīng)、p53通路、EGF受體信號(hào)通路、FGF信號(hào)通路等13條顯著的相關(guān)信號(hào)通路。

Chen等[24]通過(guò)蛋白質(zhì)組學(xué)方法探索ICH患者血腫周?chē)M織的整體蛋白質(zhì)表達(dá)譜，并確定潛在的病理生理學(xué)通路和蛋白質(zhì)標(biāo)志物，使用iTRAQ標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)，分析了4個(gè)ICH腦組織樣本和4個(gè)非ICH腦組織樣本，經(jīng)過(guò)生物信息學(xué)分析，發(fā)現(xiàn)差異表達(dá)的蛋白質(zhì)主要參與止血過(guò)程、營(yíng)養(yǎng)代謝信號(hào)通路和抗氧化通路，這是對(duì)ICH誘導(dǎo)的繼發(fā)性腦損傷機(jī)制的新發(fā)現(xiàn)；使用臨床前或臨床樣本對(duì)ICH誘導(dǎo)的繼發(fā)性腦損傷的蛋白質(zhì)組學(xué)研究有揭示損傷機(jī)制的潛力，使用一個(gè)二維的iTRAQ-液體采用基于色譜-串聯(lián)質(zhì)譜(iTRAQ-2D-LC-MS/MS)的定量蛋白質(zhì)組學(xué)方法，對(duì)ICH患者的血腫周?chē)X組織和年齡匹配的非腦出血對(duì)照組進(jìn)行分析對(duì)ICH的潛在分子病理學(xué)可提供新的研究視角。此外，纖維連接蛋白位于PPI網(wǎng)絡(luò)的中心，并與各種蛋白質(zhì)進(jìn)行通信。

1.2 預(yù)防與早期診斷 對(duì)于腦卒中預(yù)防及診斷生物標(biāo)志物的研究，主要集中在提高對(duì)本病的診斷效率，優(yōu)化診斷指標(biāo)的時(shí)效性與速度；改善臨床決策，提高藥物的有效性，降低不良反應(yīng)，并促進(jìn)藥物的個(gè)性化使用，實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)醫(yī)療，這與中醫(yī)理論中“因人制宜”相對(duì)應(yīng)。目前，腦卒中的診斷主要是通過(guò)臨床評(píng)估(癥狀、體征)和神經(jīng)影像學(xué)檢查實(shí)現(xiàn)的。故發(fā)現(xiàn)一種更快、更準(zhǔn)確的診斷技術(shù)，如血液檢測(cè)，對(duì)實(shí)現(xiàn)早期診斷、早期治療至關(guān)重要。在先前的一些研究中，單一生物標(biāo)志物或多種生物標(biāo)志物的效用已經(jīng)被評(píng)估，但所達(dá)到的準(zhǔn)確性遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于臨床實(shí)踐中的要求[25]。研究發(fā)現(xiàn)，利用蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)檢測(cè)腦卒中的生物學(xué)標(biāo)志物，有利于本病的預(yù)防及早期診斷[26]。

動(dòng)脈粥樣硬化的病因可歸結(jié)到免疫系統(tǒng)。在免疫系統(tǒng)發(fā)生內(nèi)環(huán)境改變時(shí)，會(huì)對(duì)循環(huán)內(nèi)和血管病灶部位產(chǎn)生多方面影響，從而導(dǎo)致動(dòng)脈粥樣硬化的產(chǎn)生。然而，目前對(duì)導(dǎo)致腦梗死等臨床事件的動(dòng)脈粥樣硬化病變內(nèi)失調(diào)的免疫細(xì)胞的具體特征知之甚少。Dawn等[27]使用單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)，發(fā)現(xiàn)了與近期無(wú)卒中相比，近期有卒中或短暫性腦缺血發(fā)作的患者頸動(dòng)脈斑塊中T細(xì)胞和巨噬細(xì)胞的不同特征，具體表現(xiàn)為：CD4+T細(xì)胞的不同亞群以及被激活和分化的T細(xì)胞，來(lái)自有卒中或短暫性腦缺血發(fā)作患者的斑塊中的一些T細(xì)胞亞群呈現(xiàn)出T細(xì)胞耗竭的標(biāo)志物。來(lái)自這些斑塊的巨噬細(xì)胞包含交替激活的表型，包括與斑塊易損性相關(guān)的亞群。在無(wú)卒中患者的斑塊中，T細(xì)胞和巨噬細(xì)胞被激活并顯示出白介素1β(IL-1β)信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)。識(shí)別與腦血管事件相關(guān)的斑塊中先天性和適應(yīng)性免疫細(xì)胞的特定特征，對(duì)研制出更精確的免疫療法具有重要意義。

筆者目前尚未發(fā)現(xiàn)用于早期診斷缺血性腦卒中的血液生物標(biāo)志物。Lee等[28]試圖通過(guò)識(shí)別與潛在凝血機(jī)制相關(guān)的蛋白質(zhì)來(lái)檢測(cè)腦卒中特異性血液生物標(biāo)志物。使用來(lái)自16名健康對(duì)照和18名缺血性腦卒中患者的血液樣本進(jìn)行蛋白質(zhì)組學(xué)分析。運(yùn)用納米液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜法，確定了相應(yīng)水平上相對(duì)于健康對(duì)照組，腦卒中患者上調(diào)蛋白質(zhì)理論質(zhì)譜圖，以提高候選蛋白質(zhì)的一致性和準(zhǔn)確性。通路分析證實(shí)，上調(diào)的蛋白質(zhì)主要參與血液凝固。其中，選擇凝血酶原、纖溶酶原、纖維蛋白原α-鏈和富含組氨酸的糖蛋白作為候選生物標(biāo)志物。對(duì)61份血清樣本(31 名健康對(duì)照和30名缺血性腦卒中患者)進(jìn)行反向監(jiān)測(cè)分析，以評(píng)估候選生物標(biāo)志物的診斷價(jià)值。結(jié)果顯示，這4種蛋白質(zhì)在中風(fēng)患者中的表達(dá)水平都高于健康對(duì)照組，即這4種凝血蛋白對(duì)于快速而準(zhǔn)確地診斷缺血性腦卒中具有重要臨床意義。

趙新玲等[29]應(yīng)用蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)檢測(cè)和鑒定了對(duì)急性缺血性腦卒中患者有診斷和預(yù)后評(píng)估作用的潛在生物標(biāo)志物血小板反應(yīng)蛋白1(THBS-1)。結(jié)果表明，THBS-1在急性缺血性腦卒中患者的血漿中呈高表達(dá)，且THBS-1的表達(dá)水平與患者預(yù)后呈負(fù)相關(guān)。

2 蛋白質(zhì)組學(xué)在腦卒中中醫(yī)藥治療中的應(yīng)用

通過(guò)蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)對(duì)中醫(yī)藥治療腦卒中進(jìn)行深入研究，可發(fā)現(xiàn)多種蛋白質(zhì)、多靶標(biāo)、多信號(hào)通路共同調(diào)節(jié)腦卒中的分子機(jī)制，這可為中醫(yī)藥起效機(jī)制的研究帶來(lái)全新的思路，對(duì)臨床治療腦卒中具有重大意義[30-32]。

有研究表明，大黃及大黃為君的復(fù)方能針對(duì)“痰瘀交結(jié)，氣血逆亂，腑氣不通”這一缺血性中風(fēng)與出血性中風(fēng)在急性期的相同病機(jī)，有效治療缺血性中風(fēng)與出血性中風(fēng)急性期[33]。Wang等[34]對(duì)生大黃和酒大黃治療ICH大鼠模型的機(jī)制進(jìn)行了蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)實(shí)驗(yàn)研究。結(jié)果顯示，兩種大黃治療都能有效改善氧化應(yīng)激和炎性反應(yīng)。富集分析結(jié)果表明，與生大黃治療的腦出血大鼠相比，酒大黃治療可能調(diào)節(jié)氨基酸新陳代謝。生大黃治療后的差異代謝產(chǎn)物分析和酒大黃治療的大鼠相比結(jié)果顯示，兩種大黃治療均抑制苯丙氨酸代謝，顯示出神經(jīng)保護(hù)作用。酒大黃與谷氨酰胺的代謝有關(guān)，這可能是它對(duì)ICH的治療效果更好的可能機(jī)制之一。本研究為進(jìn)一步探討不同加工技術(shù)下大黃的治療機(jī)制提供了基礎(chǔ)，并促進(jìn)了大黃作為一種治療ICH藥物的應(yīng)用。

在我國(guó)，一些中藥湯劑已被臨床用于急性期ICH的臨床治療，其中大承氣湯(DCQ)尤為重要。盡管DCQ已經(jīng)使用了1800多年，但人們對(duì)它的神經(jīng)保護(hù)機(jī)制知之甚少。揭示DCQ的治療機(jī)制將有助于找到治療ICH的關(guān)鍵因素。大黃是DCQ的君藥。大黃素作為大黃中的一種天然活性化合物，已被證明具有腦保護(hù)作用。然而，大黃素的作用并不能完全代表DCQ的作用。因此，有必要系統(tǒng)地檢測(cè)DCQ的作用，以探索其作用機(jī)制。Zeng等[35]的研究觀察了DCQ和大黃素對(duì)ICH的保護(hù)作用及其可能的作用機(jī)制。結(jié)果顯示，DCQ和大黃素均顯著增加了M2小膠質(zhì)細(xì)胞的數(shù)量，并對(duì)腦卒中后海馬SND有保護(hù)作用。因此，抑制NR2B/MAPK和激活M2小膠質(zhì)細(xì)胞是DCQ和大黃素提供保護(hù)作用的兩個(gè)重要方面，在腦出血治療中也尤為重要。與大黃素相比，DCQ顯著改善了腦出血大鼠的神經(jīng)功能缺損，增加了膠原酶-VⅡ注射后第7天開(kāi)始的出血性病灶中小膠質(zhì)細(xì)胞的數(shù)量。DCQ的特定活性成分及其特異性保護(hù)機(jī)制有待進(jìn)一步研究。

3 多組學(xué)聯(lián)合分析在腦卒中機(jī)制及治療中的應(yīng)用

目前，如何通過(guò)多組學(xué)聯(lián)合分析的方式探討疾病機(jī)制、預(yù)防、診斷，及藥物治療靶點(diǎn)的研究，是當(dāng)前醫(yī)學(xué)領(lǐng)域研究的熱點(diǎn)，這對(duì)疾病的診斷、預(yù)防具有重要意義，也可為當(dāng)前機(jī)制并不明確疾病治療藥物的開(kāi)發(fā)提供新方向。在基于組學(xué)的研究方法中，蛋白質(zhì)組學(xué)是發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物的最常用工具。然而，基因組學(xué)，轉(zhuǎn)錄組學(xué)和代謝組學(xué)分析的結(jié)果也是有益的，多組學(xué)方法可以實(shí)現(xiàn)優(yōu)勢(shì)互補(bǔ)，特別是多種組學(xué)方法應(yīng)用于同一患者時(shí)。應(yīng)用不同的組學(xué)技術(shù)進(jìn)行多個(gè)數(shù)據(jù)集的聯(lián)合分析對(duì)于闡明不同分子成分之間的關(guān)系至關(guān)重要。因此，通過(guò)整合分析多組學(xué)技術(shù)結(jié)合的結(jié)果，有望提高對(duì)腦卒中背后的分子動(dòng)力學(xué)的理解。如因?yàn)椴煌幕颊邔?duì)靜脈溶栓和再灌注的反應(yīng)不同，預(yù)測(cè)治療預(yù)后的生物標(biāo)志物越來(lái)越重要，具體來(lái)說(shuō)，預(yù)測(cè)出血性轉(zhuǎn)化或識(shí)別有機(jī)會(huì)再次發(fā)生卒中的患者的生物標(biāo)記物是有價(jià)值的。目前，多組學(xué)聯(lián)合分析已經(jīng)證明了出血性轉(zhuǎn)化和基質(zhì)金屬蛋白蛋白水平增加之間的聯(lián)系，且在微血管和血腦屏障的完整性中起著關(guān)鍵作用[36]。

4 小結(jié)與展望

隨著醫(yī)療技術(shù)水平的不斷提高、對(duì)腦卒中診治認(rèn)識(shí)的不斷深入及百姓對(duì)本病防治觀念的提升，我國(guó)腦卒中的死亡率已經(jīng)大幅度下降。但仍有很多患者在急性期的救治(溶栓、抗血小板、控制血脂血糖等)后會(huì)遺留后遺癥，如不同程度的言語(yǔ)不利、飲水嗆咳。因此，如何早期識(shí)別、診斷并有效救治腦卒中具有重要意義。

4.1 中醫(yī)藥在防治腦卒中研究的展望 中醫(yī)藥在防治腦卒中方面具有獨(dú)特優(yōu)勢(shì)，且隨著現(xiàn)代中醫(yī)的發(fā)展，干預(yù)方法逐漸豐富，基礎(chǔ)研究日漸深入。腦卒中的診治是一項(xiàng)需要多學(xué)科交叉配合協(xié)調(diào)的系統(tǒng)工程。國(guó)內(nèi)中醫(yī)藥工作者對(duì)中風(fēng)病的系統(tǒng)研究開(kāi)展了三十余年，形成了《中風(fēng)病診斷與療效評(píng)定標(biāo)準(zhǔn)》，使其診斷及治療走向規(guī)范，對(duì)腦卒中的科研及臨床都起到了巨大的推動(dòng)作用。雖然中醫(yī)藥在我國(guó)大規(guī)模用于治療本病已有多年，但仍缺少高質(zhì)量的臨床試驗(yàn)說(shuō)明其科學(xué)性，需要進(jìn)一步開(kāi)展高質(zhì)量的臨床及基礎(chǔ)研究對(duì)其有效性、安全性進(jìn)行驗(yàn)證。與此同時(shí)，新方法、新技術(shù)的參與對(duì)于本病早期預(yù)防與診治也具有重要意義。對(duì)于中藥干預(yù)原本因出血或缺血產(chǎn)生紊亂的差異蛋白的研究，可為其病因病機(jī)和中藥療效提供物質(zhì)解釋。

4.2 蛋白質(zhì)組學(xué)在中醫(yī)藥領(lǐng)域研究中的展望 目前，蛋白質(zhì)組學(xué)作為系統(tǒng)生物學(xué)的主要組成部分，在醫(yī)學(xué)診斷、藥物開(kāi)發(fā)和機(jī)制研究等領(lǐng)域得到了廣泛的關(guān)注，在疾病的預(yù)防、診斷和預(yù)后中正發(fā)揮著越來(lái)越重要的作用。蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)是闡明外周體液、細(xì)胞、組織、血液和尿液樣本中蛋白質(zhì)差異表達(dá)的重要研究工具。血液和尿液因它們的分子組成會(huì)隨著身體的動(dòng)態(tài)生理和病理?xiàng)l件而波動(dòng)，成為蛋白質(zhì)組學(xué)使用最廣泛的標(biāo)本。由于蛋白質(zhì)是生物信息的主要執(zhí)行者，蛋白質(zhì)組學(xué)分析便直接反映了基因表達(dá)情況。利用蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)能讓我們?cè)诘鞍踪|(zhì)水平更深入地了解疾病；除了已知的危險(xiǎn)因素之外，在組學(xué)水平上研究疾病新的危險(xiǎn)因素和發(fā)病前患者的臨床癥狀、體征、理化檢查情況，對(duì)臨床診治和遠(yuǎn)期療效具有重大的指導(dǎo)意義，這也與中醫(yī)的“治未病”思想相契合，值得深入研究；此外，中藥方劑由多種藥物組成，每種藥物還由多種化學(xué)成分組成。而一種化合物可以調(diào)節(jié)多種蛋白質(zhì)。因此，蛋白質(zhì)組學(xué)可能是最有效的確定有效蛋白質(zhì)和解釋潛在的藥理機(jī)制的方法。如今，蛋白質(zhì)組學(xué)也成為中醫(yī)與現(xiàn)代生命科學(xué)的橋梁，極大地促進(jìn)了中醫(yī)的質(zhì)量評(píng)價(jià)和標(biāo)準(zhǔn)化，促進(jìn)了中醫(yī)的現(xiàn)代化和國(guó)際化。但蛋白質(zhì)組學(xué)在中藥研究中的應(yīng)用充滿(mǎn)了挑戰(zhàn)，蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)仍有待進(jìn)一步完善。目前，與來(lái)自基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)的數(shù)據(jù)相比，從蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)中鑒定出的蛋白質(zhì)相對(duì)較少；蛋白質(zhì)組學(xué)的結(jié)果通常是不穩(wěn)定的變量，這意味著蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)的重現(xiàn)性較差。為了獲得理想的結(jié)果，需要結(jié)合其他的組學(xué)技術(shù)進(jìn)行分析。

中醫(yī)已在中國(guó)和其他亞洲國(guó)家被應(yīng)用于疾病的診斷、治療和預(yù)防3 000多年。由于中醫(yī)診療概念的復(fù)雜性、技術(shù)的局限性，使中醫(yī)診療缺乏客觀的評(píng)價(jià)，中醫(yī)理論的本質(zhì)和作用機(jī)制尚不清楚。且中醫(yī)的診斷和治療主要依賴(lài)于中醫(yī)醫(yī)生的直覺(jué)和經(jīng)驗(yàn)。與生物分子科學(xué)和西醫(yī)相比，中醫(yī)顯得不客觀及缺乏識(shí)別的準(zhǔn)確性和可重復(fù)性。蛋白質(zhì)組學(xué)有助于探索中醫(yī)的科學(xué)內(nèi)涵與中藥現(xiàn)代化。首先，蛋白質(zhì)組學(xué)可以用來(lái)識(shí)別不同的健康個(gè)體與不同中醫(yī)證候患者的基因表達(dá)；其次，蛋白質(zhì)組學(xué)可以幫助發(fā)現(xiàn)分子靶點(diǎn)，開(kāi)發(fā)新的生物活性化合物，闡明中藥治療的潛在機(jī)制。因此，不僅是在腦卒中領(lǐng)域，從方劑的組成到中醫(yī)基本概念(氣、血等)的生物學(xué)基礎(chǔ)，從病理到藥理機(jī)制，蛋白質(zhì)組學(xué)在中醫(yī)學(xué)科很多方面的研究中都發(fā)揮了重要的作用。蛋白質(zhì)組學(xué)分析確定的差異蛋白不僅為診斷提供了潛在的生物標(biāo)志物，而且為更好地理解中醫(yī)治療提供了線索。更重要的是，這些發(fā)現(xiàn)有助于我們分析從古代文獻(xiàn)中的抽象詞中提取到的大量、重要信息，為新藥的開(kāi)發(fā)提供有價(jià)值的思路。但目前基于蛋白質(zhì)組學(xué)研究的中醫(yī)的大多數(shù)問(wèn)題仍然很模糊，需要更多的研究來(lái)解決這些問(wèn)題。例如，對(duì)中醫(yī)證候的研究需要更多的臨床數(shù)據(jù)，不同疾病之間相同的中醫(yī)證候的概念有待于更直接的驗(yàn)證；需要對(duì)更多的穴位進(jìn)行更多的臨床研究來(lái)探求針灸的起效的機(jī)制；需要更深入、更系統(tǒng)的研究，以揭示中藥處方活性成分之間的協(xié)同作用。此外，蛋白質(zhì)組學(xué)與其他技術(shù)(其他組學(xué)、網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)等)之間的聯(lián)用，對(duì)于全面了解目標(biāo)問(wèn)題至關(guān)重要。

蛋白質(zhì)組學(xué)自身的發(fā)展也為中醫(yī)藥的發(fā)展帶來(lái)了機(jī)遇。一方面，蛋白質(zhì)組學(xué)作為一個(gè)獨(dú)立的學(xué)科仍在發(fā)展中，如蛋白質(zhì)基因組學(xué)的研究持續(xù)進(jìn)展；另一方面，蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)在中醫(yī)研究中的應(yīng)用會(huì)不斷上升和擴(kuò)展，不僅在藥理學(xué)研究領(lǐng)域，而且在不良反應(yīng)和療效評(píng)估等領(lǐng)域也大放異彩。同時(shí)，由于蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)的固有局限性，將蛋白質(zhì)組學(xué)與其他組學(xué)和生物信息學(xué)進(jìn)行整合聯(lián)用也將成為研究趨勢(shì)。